RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000439720.3

RABGEF1-203, Transcript of RAB guanine nucleotide exchange factor 1, humanhuman

TSL 2 BASIC

Gene RABGEF1, Length 3,065 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Cytosol .

RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
RABGEF1-203ENST00000439720 NISCHQ9Y2I1 1504 aa17.74■□□□□ 0.43
RABGEF1-203ENST00000439720 CCDC180Q9P1Z9 1646 aa16.18■□□□□ 0.18
RABGEF1-203ENST00000439720 MYO15BQ96JP2 1530 aa15.2■□□□□ 0.02
RABGEF1-203ENST00000439720 DCAF1Q9Y4B6 1507 aa15.07■□□□□ 0
RABGEF1-203ENST00000439720 NACADO15069 1562 aa15.03■□□□□ -0
RABGEF1-203ENST00000439720 SLC24A1O60721 1099 aa14.99□□□□□ -0.01
RABGEF1-203ENST00000439720 ABCC9O60706 1549 aa14.99□□□□□ -0.01
RABGEF1-203ENST00000439720 RB1CC1Q8TDY2 1594 aa14.95□□□□□ -0.02
RABGEF1-203ENST00000439720 ZCCHC6Q5VYS8 1495 aaKnown RBP14.86□□□□□ -0.03
RABGEF1-203ENST00000439720 SHROOM4Q9ULL8 1493 aa14.76□□□□□ -0.05
RABGEF1-203ENST00000439720 UNC13AQ9UPW8 1703 aa14.62□□□□□ -0.07
RABGEF1-203ENST00000439720 BICRAQ9NZM4 1560 aa14.41□□□□□ -0.1
RABGEF1-203ENST00000439720 HRCP23327 699 aa14.22□□□□□ -0.13
RABGEF1-203ENST00000439720 SCRIBQ14160 1630 aa14.16□□□□□ -0.14
RABGEF1-203ENST00000439720 PELP1Q8IZL8 1130 aaKnown RBP14.1□□□□□ -0.15
RABGEF1-203ENST00000439720 PPARGC1BQ86YN6 1023 aaKnown RBP13.99□□□□□ -0.17
RABGEF1-203ENST00000439720 EIF4G1Q04637 1599 aaKnown RBP13.98□□□□□ -0.17
RABGEF1-203ENST00000439720 DNAJC5BQ9UF47 199 aa13.92□□□□□ -0.18
RABGEF1-203ENST00000439720 PEG3Q9GZU2 1588 aa13.92□□□□□ -0.18
RABGEF1-203ENST00000439720 CC2D2AQ9P2K1 1620 aa13.87□□□□□ -0.19
RABGEF1-203ENST00000439720 DCAF8L2P0C7V8 631 aa13.85□□□□□ -0.19
RABGEF1-203ENST00000439720 PCGF6Q9BYE7 350 aa13.84□□□□□ -0.19
RABGEF1-203ENST00000439720 SMARCA2P51531 1590 aa13.83□□□□□ -0.2
RABGEF1-203ENST00000439720 BAZ1AQ9NRL2 1556 aaPredicted RBP13.83□□□□□ -0.2
RABGEF1-203ENST00000439720 HMGXB3Q12766 1538 aa13.82□□□□□ -0.2
RABGEF1-203ENST00000439720 SMARCA4P51532 1647 aa13.81□□□□□ -0.2
RABGEF1-203ENST00000439720 PRKCSHP14314 528 aaPredicted RBP13.75□□□□□ -0.21
RABGEF1-203ENST00000439720 NCAPD3P42695 1498 aa13.74□□□□□ -0.21
RABGEF1-203ENST00000439720 PABPN1Q86U42 306 aaKnown RBP eCLIP13.73□□□□□ -0.21
RABGEF1-203ENST00000439720 EHMT2Q96KQ7 1210 aa13.69□□□□□ -0.22
RABGEF1-203ENST00000439720 DAXXQ9UER7 740 aaPredicted RBP13.68□□□□□ -0.22
RABGEF1-203ENST00000439720 CECR2Q9BXF3 1484 aa13.65□□□□□ -0.22
RABGEF1-203ENST00000439720 SCAF1Q9H7N4 1312 aaKnown RBP13.65□□□□□ -0.23
RABGEF1-203ENST00000439720 ATAD2BQ9ULI0 1458 aa13.61□□□□□ -0.23
RABGEF1-203ENST00000439720 MYT1Q01538 1121 aa13.61□□□□□ -0.23
RABGEF1-203ENST00000439720 PLPPR3Q6T4P5 718 aa13.6□□□□□ -0.23
RABGEF1-203ENST00000439720 SUPT5HO00267 1087 aaKnown RBP13.57□□□□□ -0.24
RABGEF1-203ENST00000439720 PRDM2Q13029 1718 aa13.5□□□□□ -0.25
RABGEF1-203ENST00000439720 MROH2BQ7Z745 1585 aa13.49□□□□□ -0.25
RABGEF1-203ENST00000439720 LAMC3Q9Y6N6 1575 aa13.47□□□□□ -0.25
RABGEF1-203ENST00000439720 TOP2AP11388 1531 aaKnown RBP13.46□□□□□ -0.25
RABGEF1-203ENST00000439720 BAZ1BQ9UIG0 1483 aaKnown RBP13.46□□□□□ -0.25
RABGEF1-203ENST00000439720 APLP2Q06481 763 aa13.43□□□□□ -0.26
RABGEF1-203ENST00000439720 RTN4Q9NQC3 1192 aaKnown RBP13.39□□□□□ -0.27
RABGEF1-203ENST00000439720 TTBK1Q5TCY1 1321 aaPredicted RBP13.39□□□□□ -0.27
RABGEF1-203ENST00000439720 CHIC1Q5VXU3 224 aa13.38□□□□□ -0.27
RABGEF1-203ENST00000439720 CUX2O14529 1486 aa13.37□□□□□ -0.27
RABGEF1-203ENST00000439720 WIZO95785 1651 aa13.36□□□□□ -0.27
RABGEF1-203ENST00000439720 RSF1Q96T23 1441 aaPredicted RBP13.35□□□□□ -0.27
RABGEF1-203ENST00000439720 DNAJC5Q9H3Z4 198 aa13.32□□□□□ -0.28
RABGEF1-203ENST00000439720 ERICH6Q7L0X2 663 aa13.27□□□□□ -0.28
RABGEF1-203ENST00000439720 TRIM26Q12899 539 aaPredicted RBP13.25□□□□□ -0.29
RABGEF1-203ENST00000439720 THOC2Q8NI27 1593 aaKnown RBP13.23□□□□□ -0.29
RABGEF1-203ENST00000439720 ZEB1P37275 1124 aaPredicted RBP13.21□□□□□ -0.29
RABGEF1-203ENST00000439720 CFTRP13569 1480 aa13.21□□□□□ -0.3
RABGEF1-203ENST00000439720 ACIN1Q9UKV3 1341 aaKnown RBP13.19□□□□□ -0.3
RABGEF1-203ENST00000439720 NCBP3Q53F19 620 aaKnown RBP13.19□□□□□ -0.3
RABGEF1-203ENST00000439720 NEUROD1Q13562 356 aa13.17□□□□□ -0.3
RABGEF1-203ENST00000439720 PDS5BQ9NTI5 1447 aa13.17□□□□□ -0.3
RABGEF1-203ENST00000439720 LOC105371045A0A1W2PR82 267 aa13.16□□□□□ -0.3
RABGEF1-203ENST00000439720 CADPSQ9ULU8 1353 aa13.16□□□□□ -0.3
RABGEF1-203ENST00000439720 WDR62O43379 1518 aa13.16□□□□□ -0.3
RABGEF1-203ENST00000439720 KIF21AQ7Z4S6 1674 aa13.15□□□□□ -0.3
RABGEF1-203ENST00000439720 WDR97A6NE52 1622 aa13.15□□□□□ -0.3
RABGEF1-203ENST00000439720 GTF3C3Q9Y5Q9 886 aa13.14□□□□□ -0.31
RABGEF1-203ENST00000439720 ABCC8Q09428 1581 aa13.1□□□□□ -0.31
RABGEF1-203ENST00000439720 MRC2Q9UBG0 1479 aa13.08□□□□□ -0.32
RABGEF1-203ENST00000439720 CCDC88BA6NC98 1476 aa13.06□□□□□ -0.32
RABGEF1-203ENST00000439720 CEP164Q9UPV0 1460 aa13.03□□□□□ -0.32
RABGEF1-203ENST00000439720 ERCC6Q03468 1493 aa13.01□□□□□ -0.33
RABGEF1-203ENST00000439720 FANCD2Q9BXW9 1451 aa12.99□□□□□ -0.33
RABGEF1-203ENST00000439720 NESP48681 1621 aa12.99□□□□□ -0.33
RABGEF1-203ENST00000439720 CENPBP07199 599 aaPredicted RBP12.98□□□□□ -0.33
RABGEF1-203ENST00000439720 DNMBPQ6XZF7 1577 aa12.98□□□□□ -0.33
RABGEF1-203ENST00000439720 BIVM-ERCC5R4GMW8 1640 aa12.9□□□□□ -0.34
RABGEF1-203ENST00000439720 TIMELESSQ9UNS1 1208 aa12.89□□□□□ -0.35
RABGEF1-203ENST00000439720 URB2Q14146 1524 aaKnown RBP12.87□□□□□ -0.35
RABGEF1-203ENST00000439720 IFT140Q96RY7 1462 aa12.86□□□□□ -0.35
RABGEF1-203ENST00000439720 TOPBP1Q92547 1522 aa12.84□□□□□ -0.35
RABGEF1-203ENST00000439720 TARBP1Q13395 1621 aaKnown RBP12.84□□□□□ -0.35
RABGEF1-203ENST00000439720 DIEXFQ68CQ4 756 aaKnown RBP12.83□□□□□ -0.36
RABGEF1-203ENST00000439720 BCL11AQ9H165 835 aa12.8□□□□□ -0.36
RABGEF1-203ENST00000439720 TOP2BQ02880 1626 aa12.79□□□□□ -0.36
RABGEF1-203ENST00000439720 EIF5BO60841 1220 aaKnown RBP12.79□□□□□ -0.36
RABGEF1-203ENST00000439720 HNRNPUL2-BSCL2H3BQZ7 746 aaPredicted RBP12.73□□□□□ -0.37
RABGEF1-203ENST00000439720 YTHDC1Q96MU7 727 aaKnown RBP12.73□□□□□ -0.37
RABGEF1-203ENST00000439720 ABCA5Q8WWZ7 1642 aa12.72□□□□□ -0.37
RABGEF1-203ENST00000439720 CUX1P39880 1505 aa12.72□□□□□ -0.37
RABGEF1-203ENST00000439720 FAM9AQ8IZU1 332 aaPredicted RBP12.71□□□□□ -0.37
RABGEF1-203ENST00000439720 KLHL34Q8N239 644 aa12.71□□□□□ -0.38
RABGEF1-203ENST00000439720 EIF4G3O43432 1585 aaKnown RBP12.7□□□□□ -0.38
RABGEF1-203ENST00000439720 AEBP2Q6ZN18 517 aaPredicted RBP12.7□□□□□ -0.38
RABGEF1-203ENST00000439720 CCER1Q8TC90 406 aaPredicted RBP12.7□□□□□ -0.38
RABGEF1-203ENST00000439720 KCNA4P22459 653 aa12.7□□□□□ -0.38
RABGEF1-203ENST00000439720 ABCA10Q8WWZ4 1543 aa12.69□□□□□ -0.38
RABGEF1-203ENST00000439720 PBRM1Q86U86 1689 aa12.68□□□□□ -0.38
RABGEF1-203ENST00000439720 POLA1P09884 1462 aaPredicted RBP12.68□□□□□ -0.38
RABGEF1-203ENST00000439720 PLEKHG5O94827 1062 aa12.67□□□□□ -0.38
RABGEF1-203ENST00000439720 ARXQ96QS3 562 aa12.67□□□□□ -0.38
RABGEF1-203ENST00000439720 EEA1Q15075 1411 aa12.66□□□□□ -0.38
Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 70.2 ms