RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000467464.1

PTPRF-211, Transcript of protein tyrosine phosphatase, receptor type F, human

TSL 3

Gene PTPRF, Length 571 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum, Ribosome .

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RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
PTPRF-211	ENST00000467464	SLITRK1	Q96PX8	696 aa		12.69	□□□□□ -0.38
PTPRF-211	ENST00000467464	CCSER2	Q9H7U1	834 aa		12.69	□□□□□ -0.38
PTPRF-211	ENST00000467464	UTP3	Q9NQZ2	479 aa	Known RBP eCLIP	12.69	□□□□□ -0.38
PTPRF-211	ENST00000467464	GMIP	Q9P107	970 aa		12.69	□□□□□ -0.38
PTPRF-211	ENST00000467464	CCDC163	A0A0D9SF12	145 aa		12.68	□□□□□ -0.38
PTPRF-211	ENST00000467464		K7EQS6	105 aa		12.68	□□□□□ -0.38
PTPRF-211	ENST00000467464	GREM1	O60565	184 aa		12.68	□□□□□ -0.38
PTPRF-211	ENST00000467464	CILP	O75339	1184 aa		12.68	□□□□□ -0.38
PTPRF-211	ENST00000467464	NFATC1	O95644	943 aa		12.68	□□□□□ -0.38
PTPRF-211	ENST00000467464	RET	P07949	1114 aa		12.68	□□□□□ -0.38
PTPRF-211	ENST00000467464	P4HA1	P13674	534 aa		12.68	□□□□□ -0.38
PTPRF-211	ENST00000467464	PSMC2	P35998	433 aa	Known RBP	12.68	□□□□□ -0.38
PTPRF-211	ENST00000467464	TUB	P50607	506 aa		12.68	□□□□□ -0.38
PTPRF-211	ENST00000467464	AMPD2	Q01433	879 aa		12.68	□□□□□ -0.38
PTPRF-211	ENST00000467464	ADAM9	Q13443	819 aa		12.68	□□□□□ -0.38
PTPRF-211	ENST00000467464	SIM2	Q14190	667 aa	Predicted RBP	12.68	□□□□□ -0.38
PTPRF-211	ENST00000467464	RHBDF2	Q6PJF5	856 aa		12.68	□□□□□ -0.38
PTPRF-211	ENST00000467464	CLEC20A	Q6ZU45	233 aa		12.68	□□□□□ -0.38
PTPRF-211	ENST00000467464	C12orf40	Q86WS4	652 aa		12.68	□□□□□ -0.38
PTPRF-211	ENST00000467464	SFTPA1	Q8IWL2	248 aa		12.68	□□□□□ -0.38
PTPRF-211	ENST00000467464	RPLP0P6	Q8NHW5	317 aa		12.68	□□□□□ -0.38
PTPRF-211	ENST00000467464	CCDC47	Q96A33	483 aa	Known RBP	12.68	□□□□□ -0.38
PTPRF-211	ENST00000467464	EEF2KMT	Q96G04	330 aa		12.68	□□□□□ -0.38
PTPRF-211	ENST00000467464	HNRNPAB	Q99729	332 aa	Known RBP	12.68	□□□□□ -0.38
PTPRF-211	ENST00000467464	DUSP9	Q99956	384 aa	Known RBP	12.68	□□□□□ -0.38
PTPRF-211	ENST00000467464	MED10	Q9BTT4	135 aa		12.68	□□□□□ -0.38
PTPRF-211	ENST00000467464	NIF3L1	Q9GZT8	377 aa		12.68	□□□□□ -0.38
PTPRF-211	ENST00000467464	TMEM8A	Q9HCN3	771 aa		12.68	□□□□□ -0.38
PTPRF-211	ENST00000467464	FAM49B	Q9NUQ9	324 aa		12.68	□□□□□ -0.38
PTPRF-211	ENST00000467464	COMMD8	Q9NX08	183 aa		12.68	□□□□□ -0.38
PTPRF-211	ENST00000467464	CFAP97	Q9P2B7	532 aa		12.68	□□□□□ -0.38
PTPRF-211	ENST00000467464	CHORDC1	Q9UHD1	332 aa	Predicted RBP	12.68	□□□□□ -0.38
PTPRF-211	ENST00000467464	GMEB2	Q9UKD1	530 aa		12.68	□□□□□ -0.38
PTPRF-211	ENST00000467464	CACNA1A	O00555	2505 aa		12.67	□□□□□ -0.38
PTPRF-211	ENST00000467464	ANAPC1	Q9H1A4	1944 aa		12.67	□□□□□ -0.38
PTPRF-211	ENST00000467464	ATG13	O75143	517 aa		12.67	□□□□□ -0.38
PTPRF-211	ENST00000467464	ABL1	P00519	1130 aa		12.67	□□□□□ -0.38
PTPRF-211	ENST00000467464	PRCP	P42785	496 aa		12.67	□□□□□ -0.38
PTPRF-211	ENST00000467464	PMS1	P54277	932 aa	Known RBP	12.67	□□□□□ -0.38
PTPRF-211	ENST00000467464	MAP3K7CL	P57077	242 aa		12.67	□□□□□ -0.38
PTPRF-211	ENST00000467464	FOXK2	Q01167	660 aa		12.67	□□□□□ -0.38
PTPRF-211	ENST00000467464	SPEM2	Q0P670	501 aa		12.67	□□□□□ -0.38
PTPRF-211	ENST00000467464	PUM1	Q14671	1186 aa	Known RBP eCLIP	12.67	□□□□□ -0.38
PTPRF-211	ENST00000467464	DHCR24	Q15392	516 aa		12.67	□□□□□ -0.38
PTPRF-211	ENST00000467464	RSPO4	Q2I0M5	234 aa	Predicted RBP	12.67	□□□□□ -0.38
PTPRF-211	ENST00000467464	PRR23B	Q6ZRT6	265 aa		12.67	□□□□□ -0.38
PTPRF-211	ENST00000467464	SYT13	Q7L8C5	426 aa		12.67	□□□□□ -0.38
PTPRF-211	ENST00000467464	DDX42	Q86XP3	938 aa	Known RBP eCLIP	12.67	□□□□□ -0.38
PTPRF-211	ENST00000467464	PHTF2	Q8N3S3	785 aa		12.67	□□□□□ -0.38
PTPRF-211	ENST00000467464	FAM160A2	Q8N612	972 aa	Predicted RBP	12.67	□□□□□ -0.38
PTPRF-211	ENST00000467464	GPR161	Q8N6U8	529 aa	Known RBP	12.67	□□□□□ -0.38
PTPRF-211	ENST00000467464	USP33	Q8TEY7	942 aa		12.67	□□□□□ -0.38
PTPRF-211	ENST00000467464	GAB3	Q8WWW8	586 aa		12.67	□□□□□ -0.38
PTPRF-211	ENST00000467464	HHIP	Q96QV1	700 aa		12.67	□□□□□ -0.38
PTPRF-211	ENST00000467464	CYP3A43	Q9HB55	503 aa		12.67	□□□□□ -0.38
PTPRF-211	ENST00000467464	OSER1	Q9NX31	292 aa		12.67	□□□□□ -0.38
PTPRF-211	ENST00000467464	SPTBN4	Q9H254	2564 aa		12.67	□□□□□ -0.38
PTPRF-211	ENST00000467464	E2F8	A0AVK6	867 aa		12.66	□□□□□ -0.38
PTPRF-211	ENST00000467464	MED19	A0JLT2	244 aa	Predicted RBP	12.66	□□□□□ -0.38
PTPRF-211	ENST00000467464	LRP3	O75074	770 aa		12.66	□□□□□ -0.38
PTPRF-211	ENST00000467464	CLSTN1	O94985	981 aa		12.66	□□□□□ -0.38
PTPRF-211	ENST00000467464	FAM200B	P0CF97	657 aa		12.66	□□□□□ -0.38
PTPRF-211	ENST00000467464	MBL2	P11226	248 aa	Predicted RBP	12.66	□□□□□ -0.38
PTPRF-211	ENST00000467464	KRT13	P13646	458 aa		12.66	□□□□□ -0.38
PTPRF-211	ENST00000467464	RPL13	P26373	211 aa	Known RBP	12.66	□□□□□ -0.38
PTPRF-211	ENST00000467464	ADORA2B	P29275	332 aa		12.66	□□□□□ -0.38
PTPRF-211	ENST00000467464	GTF2H1	P32780	548 aa		12.66	□□□□□ -0.38
PTPRF-211	ENST00000467464	SLC6A11	P48066	632 aa		12.66	□□□□□ -0.38
PTPRF-211	ENST00000467464	NR1H3	Q13133	447 aa		12.66	□□□□□ -0.38
PTPRF-211	ENST00000467464	DMC1	Q14565	340 aa		12.66	□□□□□ -0.38
PTPRF-211	ENST00000467464	HECTD3	Q5T447	861 aa		12.66	□□□□□ -0.38
PTPRF-211	ENST00000467464	ETFBKMT	Q8IXQ9	262 aa		12.66	□□□□□ -0.38
PTPRF-211	ENST00000467464	CAMKK1	Q8N5S9	505 aa		12.66	□□□□□ -0.38
PTPRF-211	ENST00000467464	ERCC4	Q92889	916 aa	Predicted RBP	12.66	□□□□□ -0.38
PTPRF-211	ENST00000467464	SECISBP2L	Q93073	1101 aa	Known RBP	12.66	□□□□□ -0.38
PTPRF-211	ENST00000467464	NT5C1A	Q9BXI3	368 aa		12.66	□□□□□ -0.38
PTPRF-211	ENST00000467464	PNPLA8	Q9NP80	782 aa		12.66	□□□□□ -0.38
PTPRF-211	ENST00000467464	RAB23	Q9ULC3	237 aa		12.66	□□□□□ -0.38
PTPRF-211	ENST00000467464	SLC8A2	Q9UPR5	921 aa		12.66	□□□□□ -0.38
PTPRF-211	ENST00000467464	DYNC1LI1	Q9Y6G9	523 aa	Known RBP	12.66	□□□□□ -0.38
PTPRF-211	ENST00000467464	HELZ	P42694	1942 aa	Known RBP	12.65	□□□□□ -0.38
PTPRF-211	ENST00000467464	SLC9A3R1	O14745	358 aa	Predicted RBP	12.65	□□□□□ -0.38
PTPRF-211	ENST00000467464	CYP26A1	O43174	497 aa		12.65	□□□□□ -0.38
PTPRF-211	ENST00000467464	TLR5	O60602	858 aa		12.65	□□□□□ -0.38
PTPRF-211	ENST00000467464	HNRNPL	P14866	589 aa	Known RBP eCLIP	12.65	□□□□□ -0.38
PTPRF-211	ENST00000467464	EIF2D	P41214	584 aa	Known RBP	12.65	□□□□□ -0.38
PTPRF-211	ENST00000467464	LMNB2	Q03252	620 aa		12.65	□□□□□ -0.38
PTPRF-211	ENST00000467464	CSRP2	Q16527	193 aa		12.65	□□□□□ -0.38
PTPRF-211	ENST00000467464	CBWD6	Q4V339	395 aa		12.65	□□□□□ -0.38
PTPRF-211	ENST00000467464	CBWD3	Q5JTY5	395 aa		12.65	□□□□□ -0.38
PTPRF-211	ENST00000467464	CBWD5	Q5RIA9	395 aa		12.65	□□□□□ -0.38
PTPRF-211	ENST00000467464	KRT39	Q6A163	491 aa		12.65	□□□□□ -0.38
PTPRF-211	ENST00000467464	ARHGAP30	Q7Z6I6	1101 aa	Predicted RBP	12.65	□□□□□ -0.38
PTPRF-211	ENST00000467464	KBTBD6	Q86V97	674 aa		12.65	□□□□□ -0.38
PTPRF-211	ENST00000467464	BBS7	Q8IWZ6	715 aa		12.65	□□□□□ -0.38
PTPRF-211	ENST00000467464	EXOC4	Q96A65	974 aa		12.65	□□□□□ -0.38
PTPRF-211	ENST00000467464	ACD	Q96AP0	544 aa		12.65	□□□□□ -0.38
PTPRF-211	ENST00000467464	CYFIP2	Q96F07	1278 aa		12.65	□□□□□ -0.38
PTPRF-211	ENST00000467464	GSDMA	Q96QA5	445 aa		12.65	□□□□□ -0.38
PTPRF-211	ENST00000467464	ARID3A	Q99856	593 aa		12.65	□□□□□ -0.38

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