RNA–Protein interactions for RNA: YKR029C

SET3, Transcript of Defining member of the SET3 histone deacetylase complex, yeast

Gene SET3, Length 2,256 nt, Biotype protein coding.

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (RIP-Chip)
Gene	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	Detected Interaction
SET3	YKR029C	BIG1	P38813	335 aa		0.87	□□□□□ -2.27
SET3	YKR029C	AGX1	P43567	385 aa		0.87	□□□□□ -2.27
SET3	YKR029C	YJR141W	P47172	347 aa	Predicted RBP	0.87	□□□□□ -2.27
SET3	YKR029C	NBP35	P52920	328 aa		0.87	□□□□□ -2.27
SET3	YKR029C	SYF2	P53277	215 aa	Predicted RBP	0.87	□□□□□ -2.27
SET3	YKR029C	CDC14	Q00684	551 aa		0.87	□□□□□ -2.27
SET3	YKR029C	YPL039W	Q03080	316 aa		0.87	□□□□□ -2.27
SET3	YKR029C	SDO1	Q07953	250 aa	Known RBP	0.87	□□□□□ -2.27
SET3	YKR029C	RRS1	Q08746	203 aa	Known RBP	0.87	□□□□□ -2.27
SET3	YKR029C	RFM1	Q12192	310 aa		0.87	□□□□□ -2.27
SET3	YKR029C	APC1	P53886	1748 aa		0.87	□□□□□ -2.27
SET3	YKR029C	HIS3	P06633	220 aa		0.87	□□□□□ -2.27
SET3	YKR029C	DPB2	P24482	689 aa	Predicted RBP	0.87	□□□□□ -2.27
SET3	YKR029C	SRB4	P32569	687 aa		0.87	□□□□□ -2.27
SET3	YKR029C	DRE2	P36152	348 aa		0.87	□□□□□ -2.27
SET3	YKR029C	MAL32	P38158	584 aa		0.87	□□□□□ -2.27
SET3	YKR029C	MRX3	P38172	270 aa		0.87	□□□□□ -2.27
SET3	YKR029C	YHR045W	P38775	560 aa		0.87	□□□□□ -2.27
SET3	YKR029C	OST3	P48439	350 aa		0.87	□□□□□ -2.27
SET3	YKR029C	USE1	P53146	245 aa		0.87	□□□□□ -2.27
SET3	YKR029C	MAL12	P53341	584 aa		0.87	□□□□□ -2.27
SET3	YKR029C	YNL134C	P53912	376 aa	Known RBP	0.87	□□□□□ -2.27
SET3	YKR029C	GOT1	Q03554	138 aa		0.87	□□□□□ -2.27
SET3	YKR029C	KRE28	Q04431	385 aa		0.87	□□□□□ -2.27
SET3	YKR029C	YDR124W	Q04608	324 aa		0.87	□□□□□ -2.27
SET3	YKR029C	YPR098C	Q06089	161 aa		0.87	□□□□□ -2.27
SET3	YKR029C	BOP2	Q06150	570 aa		0.87	□□□□□ -2.27
SET3	YKR029C	PAM18	Q07914	168 aa		0.87	□□□□□ -2.27
SET3	YKR029C	YOL019W	Q08157	551 aa		0.87	□□□□□ -2.27
SET3	YKR029C	CSM4	Q08955	156 aa		0.87	□□□□□ -2.27
SET3	YKR029C	YBL008W-A	Q3E821	79 aa		0.87	□□□□□ -2.27
SET3	YKR029C	RPO41	P13433	1351 aa	Known RBP	0.87	□□□□□ -2.27
SET3	YKR029C	YIL177C	P40434	1758 aa		0.87	□□□□□ -2.27
SET3	YKR029C	YJL225C	P40889	1758 aa		0.87	□□□□□ -2.27
SET3	YKR029C	KRE1	P17260	313 aa		0.86	□□□□□ -2.27
SET3	YKR029C	JEN1	P36035	616 aa		0.86	□□□□□ -2.27
SET3	YKR029C	YJL028W	P47062	111 aa		0.86	□□□□□ -2.27
SET3	YKR029C	NBP1	P52919	319 aa	Predicted RBP	0.86	□□□□□ -2.27
SET3	YKR029C	DIA1	P54005	336 aa		0.86	□□□□□ -2.27
SET3	YKR029C	RHO3	Q00245	231 aa	Known RBP	0.86	□□□□□ -2.27
SET3	YKR029C	SPO77	Q06134	477 aa		0.86	□□□□□ -2.27
SET3	YKR029C	LOA1	Q06508	300 aa		0.86	□□□□□ -2.27
SET3	YKR029C	RRP40	Q08285	240 aa	Known RBP	0.86	□□□□□ -2.27
SET3	YKR029C	FEX1	Q08913	375 aa		0.86	□□□□□ -2.27
SET3	YKR029C	FEX2	Q08991	375 aa		0.86	□□□□□ -2.27
SET3	YKR029C	YOR029W	Q12243	111 aa		0.86	□□□□□ -2.27
SET3	YKR029C	TDH2	P00358	332 aa	Known RBP	0.86	□□□□□ -2.27
SET3	YKR029C	YKR104W	P0CE69	306 aa		0.86	□□□□□ -2.27
SET3	YKR029C	YCR016W	P25617	290 aa	Known RBP	0.86	□□□□□ -2.27
SET3	YKR029C	HOM6	P31116	359 aa	Known RBP	0.86	□□□□□ -2.27
SET3	YKR029C	UTR5	P32630	166 aa		0.86	□□□□□ -2.27
SET3	YKR029C	SKI2	P35207	1287 aa	Known RBP RIP-Chip data	0.86	□□□□□ -2.27	not detected
SET3	YKR029C	BFR1	P38934	470 aa	Known RBP RIP-Chip data	0.86	□□□□□ -2.27	not detected
SET3	YKR029C	YHB1	P39676	399 aa	Known RBP	0.86	□□□□□ -2.27
SET3	YKR029C	NUP84	P52891	726 aa		0.86	□□□□□ -2.27
SET3	YKR029C	PET117	Q02771	107 aa		0.86	□□□□□ -2.27
SET3	YKR029C	SRL4	Q03085	281 aa		0.86	□□□□□ -2.27
SET3	YKR029C	YMR166C	Q03829	368 aa		0.86	□□□□□ -2.27
SET3	YKR029C	CDD1	Q06549	142 aa		0.86	□□□□□ -2.27
SET3	YKR029C	PLB3	Q08108	686 aa		0.86	□□□□□ -2.27
SET3	YKR029C	TY3A-G	Q12173	290 aa		0.86	□□□□□ -2.27
SET3	YKR029C	MSH5	Q12175	901 aa		0.86	□□□□□ -2.27
SET3	YKR029C	YCT1	Q12235	531 aa		0.86	□□□□□ -2.27
SET3	YKR029C	TY3A-I	Q99219	290 aa		0.86	□□□□□ -2.27
SET3	YKR029C	COS2	P0CX12	379 aa		0.85	□□□□□ -2.27
SET3	YKR029C	COS3	P0CX13	379 aa		0.85	□□□□□ -2.27
SET3	YKR029C	MRPL25	P23369	157 aa		0.85	□□□□□ -2.27
SET3	YKR029C	MSN4	P33749	630 aa		0.85	□□□□□ -2.27
SET3	YKR029C	SDH4	P37298	181 aa		0.85	□□□□□ -2.27
SET3	YKR029C	SMB1	P40018	196 aa	Known RBP	0.85	□□□□□ -2.27
SET3	YKR029C	THO1	P40040	218 aa	Known RBP	0.85	□□□□□ -2.27
SET3	YKR029C	MRH4	P53166	561 aa		0.85	□□□□□ -2.27
SET3	YKR029C	SPG4	Q04438	115 aa		0.85	□□□□□ -2.27
SET3	YKR029C	FCF1	Q05498	189 aa	Predicted RBP	0.85	□□□□□ -2.27
SET3	YKR029C	HRT1	Q08273	121 aa		0.85	□□□□□ -2.27
SET3	YKR029C	SYC1	Q08553	188 aa	Predicted RBP	0.85	□□□□□ -2.27
SET3	YKR029C	CLP1	Q08685	445 aa	Predicted RBP	0.85	□□□□□ -2.27
SET3	YKR029C	YBL112C	Q3E7Y4	105 aa		0.85	□□□□□ -2.27
SET3	YKR029C	PMD1	P32634	1753 aa		0.85	□□□□□ -2.27
SET3	YKR029C	YLR419W	Q06698	1435 aa	Known RBP	0.85	□□□□□ -2.27
SET3	YKR029C	SIR4	P11978	1358 aa		0.85	□□□□□ -2.27
SET3	YKR029C	RAD10	P06838	210 aa		0.85	□□□□□ -2.27
SET3	YKR029C	PPH21	P23594	369 aa		0.85	□□□□□ -2.27
SET3	YKR029C	RPT5	P33297	434 aa	Known RBP	0.85	□□□□□ -2.27
SET3	YKR029C	ECM13	P38195	257 aa		0.85	□□□□□ -2.27
SET3	YKR029C	CUE1	P38428	203 aa		0.85	□□□□□ -2.27
SET3	YKR029C	YGP1	P38616	354 aa	Known RBP	0.85	□□□□□ -2.27
SET3	YKR029C	COS8	P38723	381 aa		0.85	□□□□□ -2.27
SET3	YKR029C	TCD1	P38756	429 aa		0.85	□□□□□ -2.27
SET3	YKR029C	YHR127W	P38833	243 aa	Known RBP	0.85	□□□□□ -2.27
SET3	YKR029C	YER189W	P40104	122 aa		0.85	□□□□□ -2.27
SET3	YKR029C	SNZ3	P43545	298 aa		0.85	□□□□□ -2.27
SET3	YKR029C	MYO5	Q04439	1219 aa	Known RBP	0.85	□□□□□ -2.27
SET3	YKR029C	GEP5	Q12393	293 aa		0.85	□□□□□ -2.27
SET3	YKR029C	YPL247C	Q12523	523 aa		0.85	□□□□□ -2.27
SET3	YKR029C	FAS2	P19097	1887 aa	Known RBP	0.85	□□□□□ -2.27
SET3	YKR029C	RIM15	P43565	1770 aa		0.85	□□□□□ -2.27
SET3	YKR029C	YRF1-3	P0CX14	1859 aa		0.84	□□□□□ -2.27
SET3	YKR029C	YRF1-7	P0CX15	1859 aa		0.84	□□□□□ -2.27
SET3	YKR029C	YRF1-6	P53819	1859 aa		0.84	□□□□□ -2.27

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