Protein–RNA interactions for Protein: Q08285

RRP40, Exosome complex component RRP40, yeastyeast

Known RBP Predictions only

Length 240 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (RIP-Chip)
Gene UniProt Accession Gene Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score Detected Interaction
RRP40Q08285 YML009W-BYML009W-B 477 nt19.51■□□□□ 0.71
RRP40Q08285 NSR1YGR159C 1245 nt19.39■□□□□ 0.69
RRP40Q08285 NOP1YDL014W 984 nt18.97■□□□□ 0.63
RRP40Q08285 YKL036CYKL036C 393 nt17.5■□□□□ 0.39
RRP40Q08285 MDJ1YFL016C 1536 nt17.22■□□□□ 0.35
RRP40Q08285 Q0297Q0297 156 nt16.61■□□□□ 0.25
RRP40Q08285 SRX1YKL086W 384 nt16.57■□□□□ 0.24
RRP40Q08285 YJL027CYJL027C 417 nt16.33■□□□□ 0.2
RRP40Q08285 SCS3YGL126W 1143 nt15.94■□□□□ 0.14
RRP40Q08285 YCR051WYCR051W 669 nt15.71■□□□□ 0.11
RRP40Q08285 DBP2YNL112W 1641 nt15.25■□□□□ 0.03
RRP40Q08285 YOL085CYOL085C 342 nt15.16■□□□□ 0.02
RRP40Q08285 TRN1tP(UGG)A 72 nt15□□□□□ -0.01
RRP40Q08285 SUF9tP(UGG)F 72 nt15□□□□□ -0.01
RRP40Q08285 SUF8tP(UGG)H 72 nt15□□□□□ -0.01
RRP40Q08285 tP(UGG)LtP(UGG)L 72 nt15□□□□□ -0.01
RRP40Q08285 SUF7tP(UGG)M 72 nt15□□□□□ -0.01
RRP40Q08285 tP(UGG)N1tP(UGG)N1 72 nt15□□□□□ -0.01
RRP40Q08285 tP(UGG)N2tP(UGG)N2 72 nt15□□□□□ -0.01
RRP40Q08285 tP(UGG)O1tP(UGG)O1 72 nt15□□□□□ -0.01
RRP40Q08285 SUF11tP(UGG)O2 72 nt15□□□□□ -0.01
RRP40Q08285 PKP1YIL042C 1185 nt14.92□□□□□ -0.02
RRP40Q08285 RPP1BYDL130W 321 nt14.91□□□□□ -0.02
RRP40Q08285 CCC1YLR220W 969 nt14.81□□□□□ -0.04
RRP40Q08285 YBR190WYBR190W 312 nt14.68□□□□□ -0.06
RRP40Q08285 RTC3YHR087W 336 nt14.33□□□□□ -0.12
RRP40Q08285 RVS167YDR388W 1449 nt14.32□□□□□ -0.12
RRP40Q08285 SCJ1YMR214W 1134 nt14.29□□□□□ -0.12
RRP40Q08285 ATS1YAL020C 1002 nt14.25□□□□□ -0.13
RRP40Q08285 PET122YER153C 765 nt14.24□□□□□ -0.13
RRP40Q08285 tP(UGG)O3tP(UGG)O3 72 nt14.18□□□□□ -0.14
RRP40Q08285 SCR1SCR1 522 nt14.07□□□□□ -0.16
RRP40Q08285 SHR5YOL110W 714 nt13.84□□□□□ -0.19
RRP40Q08285 RRN5YLR141W 1092 nt13.81□□□□□ -0.2
RRP40Q08285 YDJ1YNL064C 1230 nt13.72□□□□□ -0.21
RRP40Q08285 SSA3YBL075C 1950 nt13.63□□□□□ -0.23
RRP40Q08285 YER088W-BYER088W-B 147 nt13.55□□□□□ -0.24
RRP40Q08285 RSB1YOR049C 1065 nt13.53□□□□□ -0.24
RRP40Q08285 URN1YPR152C 1398 nt13.44□□□□□ -0.26
RRP40Q08285 DEP1YAL013W 1218 nt13.42□□□□□ -0.26
RRP40Q08285 GAR1YHR089C 618 nt13.39□□□□□ -0.27
RRP40Q08285 PUT4YOR348C 1884 nt13.34□□□□□ -0.27
RRP40Q08285 OPI9YLR338W 858 nt13.25□□□□□ -0.29
RRP40Q08285 RPN10YHR200W 807 nt13.24□□□□□ -0.29
RRP40Q08285 YNL208WYNL208W 600 nt13.23□□□□□ -0.29
RRP40Q08285 PST2YDR032C 597 nt13.2□□□□□ -0.3
RRP40Q08285 SAH1YER043C 1350 nt13.16□□□□□ -0.3
RRP40Q08285 ARE1YCR048W 1833 nt13.1□□□□□ -0.31
RRP40Q08285 TIR1YER011W 765 nt12.96□□□□□ -0.33
RRP40Q08285 YHR049C-AYHR049C-A 297 nt12.93□□□□□ -0.34
RRP40Q08285 POA1YBR022W 534 nt12.9□□□□□ -0.34
RRP40Q08285 PUN1YLR414C 792 nt12.86□□□□□ -0.35
RRP40Q08285 YJR018WYJR018W 363 nt12.81□□□□□ -0.36
RRP40Q08285 SSA1YAL005C 1929 nt12.81□□□□□ -0.36
RRP40Q08285 PTC2YER089C 1395 nt12.69□□□□□ -0.38
RRP40Q08285 YKL097CYKL097C 411 nt12.67□□□□□ -0.38
RRP40Q08285 SHU1YHL006C 453 nt12.66□□□□□ -0.38
RRP40Q08285 YJR120WYJR120W 351 nt12.65□□□□□ -0.38
RRP40Q08285 BSC6YOL137W 1494 nt12.64□□□□□ -0.39
RRP40Q08285 SRB2YHR041C 633 nt12.61□□□□□ -0.39
RRP40Q08285 BUD23YCR047C 828 nt12.6□□□□□ -0.39
RRP40Q08285 RPP2BYDR382W 333 nt12.55□□□□□ -0.4
RRP40Q08285 NAB2YGL122C 1578 nt12.53□□□□□ -0.4
RRP40Q08285 YAL037C-BYAL037C-B 975 nt12.45□□□□□ -0.42
RRP40Q08285 FIS1YIL065C 468 nt12.4□□□□□ -0.42
RRP40Q08285 WWM1YFL010C 636 nt12.38□□□□□ -0.43
RRP40Q08285 DAL1YIR027C 1383 nt12.38□□□□□ -0.43
RRP40Q08285 INM2YDR287W 879 nt12.35□□□□□ -0.43
RRP40Q08285 YGR021WYGR021W 873 nt12.34□□□□□ -0.43
RRP40Q08285 BDH2YAL061W 1254 nt12.32□□□□□ -0.44
RRP40Q08285 FPR4YLR449W 1179 nt12.32□□□□□ -0.44
RRP40Q08285 HOM6YJR139C 1080 nt12.29□□□□□ -0.44
RRP40Q08285 PHO4YFR034C 939 nt12.27□□□□□ -0.45
RRP40Q08285 YBL100CYBL100C 315 nt12.25□□□□□ -0.45
RRP40Q08285 MNP1YGL068W 585 nt12.23□□□□□ -0.45
RRP40Q08285 YFL021C-AYFL021C-A 855 nt12.2□□□□□ -0.46
RRP40Q08285 YOR139CYOR139C 393 nt12.18□□□□□ -0.46
RRP40Q08285 LSM3YLR438C-A 270 nt12.16□□□□□ -0.46
RRP40Q08285 RKM5YLR137W 1104 nt12.11□□□□□ -0.47
RRP40Q08285 FUN26YAL022C 1554 nt12.1□□□□□ -0.47
RRP40Q08285 TRM9YML014W 840 nt12.06□□□□□ -0.48
RRP40Q08285 NPL3YDR432W 1245 nt12.05□□□□□ -0.48
RRP40Q08285 SPT5YML010W 3192 nt12.04□□□□□ -0.48
RRP40Q08285 YOL037CYOL037C 354 nt12.04□□□□□ -0.48
RRP40Q08285 YPS1YLR120C 1710 nt12.02□□□□□ -0.49
RRP40Q08285 CCT6YDR188W 1641 nt11.97□□□□□ -0.49
RRP40Q08285 YDR095CYDR095C 411 nt11.96□□□□□ -0.49
RRP40Q08285 ALF1YNL148C 765 nt11.91□□□□□ -0.5
RRP40Q08285 SSA4YER103W 1929 nt11.91□□□□□ -0.5
RRP40Q08285 YHR165W-AYHR165W-A 312 nt11.88□□□□□ -0.51
RRP40Q08285 MEP2YNL142W 1500 nt11.86□□□□□ -0.51
RRP40Q08285 SUF2tP(AGG)C 72 nt11.85□□□□□ -0.51
RRP40Q08285 SUF10tP(AGG)N 72 nt11.85□□□□□ -0.51
RRP40Q08285 SIS1YNL007C 1059 nt11.76□□□□□ -0.53
RRP40Q08285 YLR281CYLR281C 468 nt11.75□□□□□ -0.53
RRP40Q08285 RPP2AYOL039W 321 nt11.72□□□□□ -0.53
RRP40Q08285 WHI5YOR083W 888 nt11.7□□□□□ -0.54
RRP40Q08285 tM(CAU)CtM(CAU)C 72 nt11.69□□□□□ -0.54
RRP40Q08285 IMT4tM(CAU)E 72 nt11.69□□□□□ -0.54
RRP40Q08285 IMT3tM(CAU)J3 72 nt11.69□□□□□ -0.54
Retrieved 100 of 7,029 protein–RNA pairs in 12.7 ms