RNA–Protein interactions for RNA: YKL054C

DEF1, Transcript of RNAPII degradation factor, yeast

Gene DEF1, Length 2,217 nt, Biotype protein coding.

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (RIP-Chip)
Gene	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	Detected Interaction
DEF1	YKL054C	YJR085C	P47131	105 aa	Known RBP	4.96	□□□□□ -1.62
DEF1	YKL054C	AIM25	P47140	327 aa		4.96	□□□□□ -1.62
DEF1	YKL054C	AIM34	Q03673	198 aa		4.96	□□□□□ -1.62
DEF1	YKL054C	APS1	P35181	156 aa		4.96	□□□□□ -1.62
DEF1	YKL054C	PCI8	P40512	444 aa		4.96	□□□□□ -1.62
DEF1	YKL054C	YMR010W	Q03687	405 aa		4.96	□□□□□ -1.62
DEF1	YKL054C	YPD1	Q07688	167 aa		4.96	□□□□□ -1.62
DEF1	YKL054C	YLR046C	Q12253	270 aa		4.96	□□□□□ -1.62
DEF1	YKL054C	IPI1	P38803	334 aa	Predicted RBP	4.95	□□□□□ -1.62
DEF1	YKL054C	SEN34	P39707	275 aa		4.95	□□□□□ -1.62
DEF1	YKL054C	XBP1	P40489	647 aa		4.95	□□□□□ -1.62
DEF1	YKL054C	HST4	P53688	370 aa		4.95	□□□□□ -1.62
DEF1	YKL054C	TMA20	P89886	181 aa	Predicted RBP	4.95	□□□□□ -1.62
DEF1	YKL054C	YPL113C	Q02961	396 aa		4.95	□□□□□ -1.62
DEF1	YKL054C	YLR030W	Q07967	263 aa		4.95	□□□□□ -1.62
DEF1	YKL054C	BBP1	Q12365	385 aa		4.95	□□□□□ -1.62
DEF1	YKL054C	YDL085C-A	Q3E7B7	68 aa	Known RBP	4.95	□□□□□ -1.62
DEF1	YKL054C	TRP1	P00912	224 aa		4.95	□□□□□ -1.62
DEF1	YKL054C	URA10	P30402	227 aa		4.95	□□□□□ -1.62
DEF1	YKL054C	DIM1	P41819	318 aa	Known RBP	4.95	□□□□□ -1.62
DEF1	YKL054C	SNO3	P43544	222 aa		4.95	□□□□□ -1.62
DEF1	YKL054C	COQ5	P49017	307 aa		4.95	□□□□□ -1.62
DEF1	YKL054C	BNS1	P50084	137 aa		4.95	□□□□□ -1.62
DEF1	YKL054C	LSM7	P53905	115 aa	Known RBP	4.95	□□□□□ -1.62
DEF1	YKL054C	DYN2	Q02647	92 aa		4.95	□□□□□ -1.62
DEF1	YKL054C	CRC1	Q12289	327 aa		4.95	□□□□□ -1.62
DEF1	YKL054C	PSK1	P31374	1356 aa		4.94	□□□□□ -1.62
DEF1	YKL054C	AAT2	P23542	418 aa	Known RBP	4.94	□□□□□ -1.62
DEF1	YKL054C	COG7	P53195	279 aa		4.94	□□□□□ -1.62
DEF1	YKL054C	AAH1	P53909	347 aa		4.94	□□□□□ -1.62
DEF1	YKL054C	CSN9	Q03981	162 aa		4.94	□□□□□ -1.62
DEF1	YKL054C	SYC1	Q08553	188 aa	Predicted RBP	4.94	□□□□□ -1.62
DEF1	YKL054C	CDC50	P25656	391 aa		4.93	□□□□□ -1.62
DEF1	YKL054C	CAM1	P29547	415 aa	Known RBP	4.93	□□□□□ -1.62
DEF1	YKL054C	MRPL39	P36533	70 aa		4.93	□□□□□ -1.62
DEF1	YKL054C	TRM7	P38238	310 aa	Known RBP	4.93	□□□□□ -1.62
DEF1	YKL054C	LSM12	P38828	187 aa	Known RBP	4.93	□□□□□ -1.62
DEF1	YKL054C	YJL213W	P40896	331 aa		4.93	□□□□□ -1.62
DEF1	YKL054C	FLC3	P53121	802 aa		4.93	□□□□□ -1.62
DEF1	YKL054C	ERP1	Q05359	219 aa	Known RBP	4.93	□□□□□ -1.62
DEF1	YKL054C	YOL160W	Q08321	113 aa		4.93	□□□□□ -1.62
DEF1	YKL054C	HTZ1	Q12692	134 aa	Known RBP	4.93	□□□□□ -1.62
DEF1	YKL054C	MAM33	P40513	266 aa		4.93	□□□□□ -1.62
DEF1	YKL054C	YFL064C	P43540	174 aa		4.93	□□□□□ -1.62
DEF1	YKL054C	YDR415C	Q04033	374 aa	Predicted RBP	4.93	□□□□□ -1.62
DEF1	YKL054C	YOR376W	Q08900	122 aa		4.93	□□□□□ -1.62
DEF1	YKL054C	YPR202W	Q08993	238 aa		4.93	□□□□□ -1.62
DEF1	YKL054C	PEX11	Q12462	236 aa		4.93	□□□□□ -1.62
DEF1	YKL054C	SWI1	P09547	1314 aa		4.92	□□□□□ -1.62
DEF1	YKL054C	RPL15A	P05748	204 aa	Known RBP	4.92	□□□□□ -1.62
DEF1	YKL054C	CMD1	P06787	147 aa	Known RBP	4.92	□□□□□ -1.62
DEF1	YKL054C	AHC2	P25649	128 aa		4.92	□□□□□ -1.62
DEF1	YKL054C	PEX2	P32800	271 aa		4.92	□□□□□ -1.62
DEF1	YKL054C	POP8	P38208	133 aa		4.92	□□□□□ -1.62
DEF1	YKL054C	SCS3	P53012	380 aa		4.92	□□□□□ -1.62
DEF1	YKL054C	RIB3	Q99258	208 aa		4.92	□□□□□ -1.62
DEF1	YKL054C	YMR316C-A	I2HB70	103 aa		4.92	□□□□□ -1.62
DEF1	YKL054C	ERG24	P32462	438 aa	Known RBP	4.92	□□□□□ -1.62
DEF1	YKL054C	PKR1	Q03880	122 aa	Known RBP	4.92	□□□□□ -1.62
DEF1	YKL054C	FSH2	Q05015	223 aa		4.92	□□□□□ -1.62
DEF1	YKL054C	MHT1	Q12525	324 aa		4.92	□□□□□ -1.62
DEF1	YKL054C	YAL063C-A	Q3E791	96 aa		4.92	□□□□□ -1.62
DEF1	YKL054C	MSI1	P13712	422 aa		4.91	□□□□□ -1.62
DEF1	YKL054C	EPT1	P22140	391 aa		4.91	□□□□□ -1.62
DEF1	YKL054C	DOG2	P38773	246 aa		4.91	□□□□□ -1.62
DEF1	YKL054C	ERV29	P53337	310 aa		4.91	□□□□□ -1.62
DEF1	YKL054C	TRR2	P38816	342 aa		4.91	□□□□□ -1.62
DEF1	YKL054C	HAC1	P41546	238 aa		4.91	□□□□□ -1.62
DEF1	YKL054C	APS3	P47064	194 aa		4.91	□□□□□ -1.62
DEF1	YKL054C	TRM12	Q04235	462 aa		4.91	□□□□□ -1.62
DEF1	YKL054C	HRI1	Q05905	244 aa	Known RBP	4.91	□□□□□ -1.62
DEF1	YKL054C	RPB5	P20434	215 aa		4.9	□□□□□ -1.63
DEF1	YKL054C	LDS1	P31379	325 aa		4.9	□□□□□ -1.63
DEF1	YKL054C	FMP23	P38231	175 aa		4.9	□□□□□ -1.63
DEF1	YKL054C	NCA3	P46955	337 aa		4.9	□□□□□ -1.63
DEF1	YKL054C	COS10	P52924	374 aa		4.9	□□□□□ -1.63
DEF1	YKL054C	YGR050C	P53231	118 aa		4.9	□□□□□ -1.63
DEF1	YKL054C	YMR317W	Q04893	1140 aa		4.9	□□□□□ -1.63
DEF1	YKL054C	YMR320W	Q04897	101 aa		4.9	□□□□□ -1.63
DEF1	YKL054C	YLR177W	Q06251	628 aa		4.9	□□□□□ -1.63
DEF1	YKL054C	YPL278C	Q08990	100 aa		4.9	□□□□□ -1.63
DEF1	YKL054C	YHR214C-E	Q8TGK0	99 aa		4.9	□□□□□ -1.63
DEF1	YKL054C	DRS2	P39524	1355 aa		4.9	□□□□□ -1.63
DEF1	YKL054C	RPS8A	P0CX39	200 aa	Known RBP	4.89	□□□□□ -1.63
DEF1	YKL054C	RPS8B	P0CX40	200 aa	Known RBP	4.89	□□□□□ -1.63
DEF1	YKL054C	SCO2	P38072	301 aa		4.89	□□□□□ -1.63
DEF1	YKL054C	SHE1	P38200	338 aa		4.89	□□□□□ -1.63
DEF1	YKL054C	PRS3	P38689	320 aa	Known RBP	4.89	□□□□□ -1.63
DEF1	YKL054C	PRM5	P40476	318 aa		4.89	□□□□□ -1.63
DEF1	YKL054C	YGR015C	P53208	328 aa		4.89	□□□□□ -1.63
DEF1	YKL054C	YGR018C	P53211	109 aa		4.89	□□□□□ -1.63
DEF1	YKL054C	YOR1	P53049	1477 aa		4.89	□□□□□ -1.63
DEF1	YKL054C	NHP6A	P11632	93 aa	Known RBP	4.89	□□□□□ -1.63
DEF1	YKL054C	CNB1	P25296	175 aa		4.89	□□□□□ -1.63
DEF1	YKL054C	ILV6	P25605	309 aa	Known RBP	4.89	□□□□□ -1.63
DEF1	YKL054C	BUB2	P26448	306 aa	Predicted RBP	4.89	□□□□□ -1.63
DEF1	YKL054C	SFK1	P35735	353 aa		4.89	□□□□□ -1.63
DEF1	YKL054C	GLE2	P40066	365 aa		4.89	□□□□□ -1.63
DEF1	YKL054C	RBL2	P48606	106 aa	Known RBP	4.89	□□□□□ -1.63
DEF1	YKL054C	TSA2	Q04120	196 aa		4.89	□□□□□ -1.63

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