RNA–Protein interactions for RNA: YMR067C

UBX4, Transcript of UBX domain-containing protein that interacts with Cdc48p, yeast

Gene UBX4, Length 1,251 nt, Biotype protein coding.

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (RIP-Chip)
Gene	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	Detected Interaction
UBX4	YMR067C	TY2A-DR3	Q99303	438 aa		3.16	□□□□□ -1.9
UBX4	YMR067C	TPK1	P06244	397 aa		3.15	□□□□□ -1.91
UBX4	YMR067C	YML002W	P0CF17	737 aa		3.15	□□□□□ -1.91
UBX4	YMR067C	MTF2	P10849	440 aa		3.15	□□□□□ -1.91
UBX4	YMR067C	BAR1	P12630	587 aa		3.15	□□□□□ -1.91
UBX4	YMR067C	YEF3	P16521	1044 aa	Known RBP	3.15	□□□□□ -1.91
UBX4	YMR067C	GID7	P25569	745 aa		3.15	□□□□□ -1.91
UBX4	YMR067C	RIM2	P38127	377 aa		3.15	□□□□□ -1.91
UBX4	YMR067C	PSF2	P40359	213 aa		3.15	□□□□□ -1.91
UBX4	YMR067C	HXT9	P40885	567 aa		3.15	□□□□□ -1.91
UBX4	YMR067C	YTP1	P53584	459 aa		3.15	□□□□□ -1.91
UBX4	YMR067C	TIP41	Q12199	356 aa		3.15	□□□□□ -1.91
UBX4	YMR067C	NYV1	Q12255	253 aa		3.15	□□□□□ -1.91
UBX4	YMR067C	ERG27	Q12452	347 aa	Known RBP	3.15	□□□□□ -1.91
UBX4	YMR067C	TRS65	P32893	560 aa		3.14	□□□□□ -1.91
UBX4	YMR067C	MIA40	P36046	403 aa		3.14	□□□□□ -1.91
UBX4	YMR067C	MIC60	P36112	540 aa		3.14	□□□□□ -1.91
UBX4	YMR067C	PHO90	P39535	881 aa		3.14	□□□□□ -1.91
UBX4	YMR067C	ACA1	P39970	489 aa		3.14	□□□□□ -1.91
UBX4	YMR067C	PKP1	P40530	394 aa		3.14	□□□□□ -1.91
UBX4	YMR067C	IST3	P40565	148 aa	Predicted RBP	3.14	□□□□□ -1.91
UBX4	YMR067C	FET5	P43561	622 aa		3.14	□□□□□ -1.91
UBX4	YMR067C	SMC3	P47037	1230 aa		3.14	□□□□□ -1.91
UBX4	YMR067C	COG1	P53079	417 aa		3.14	□□□□□ -1.91
UBX4	YMR067C	MRPL13	Q02204	264 aa		3.14	□□□□□ -1.91
UBX4	YMR067C	FCP1	Q03254	732 aa		3.14	□□□□□ -1.91
UBX4	YMR067C	YDR415C	Q04033	374 aa	Predicted RBP	3.14	□□□□□ -1.91
UBX4	YMR067C	TMA16	Q08687	178 aa		3.14	□□□□□ -1.91
UBX4	YMR067C	BSC1	Q12140	328 aa		3.14	□□□□□ -1.91
UBX4	YMR067C	COX17	Q12287	69 aa		3.14	□□□□□ -1.91
UBX4	YMR067C	HXK2	P04807	486 aa	Known RBP	3.13	□□□□□ -1.91
UBX4	YMR067C	UBC1	P21734	215 aa	Known RBP	3.13	□□□□□ -1.91
UBX4	YMR067C	RAD16	P31244	790 aa		3.13	□□□□□ -1.91
UBX4	YMR067C	ESL2	P36168	1195 aa		3.13	□□□□□ -1.91
UBX4	YMR067C	DHH1	P39517	506 aa	Known RBP	3.13	□□□□□ -1.91
UBX4	YMR067C	RPT2	P40327	437 aa	Known RBP	3.13	□□□□□ -1.91
UBX4	YMR067C	YJR061W	P40355	935 aa		3.13	□□□□□ -1.91
UBX4	YMR067C	YFR020W	P43600	232 aa		3.13	□□□□□ -1.91
UBX4	YMR067C	ARC35	P53731	342 aa	Known RBP	3.13	□□□□□ -1.91
UBX4	YMR067C	IMP4	P53941	290 aa	Known RBP	3.13	□□□□□ -1.91
UBX4	YMR067C	SMA1	Q02651	245 aa		3.13	□□□□□ -1.91
UBX4	YMR067C	CSR1	Q06705	408 aa	Known RBP	3.13	□□□□□ -1.91
UBX4	YMR067C	PSR2	Q07949	397 aa		3.13	□□□□□ -1.91
UBX4	YMR067C	DAP1	Q12091	152 aa		3.13	□□□□□ -1.91
UBX4	YMR067C	VCX1	Q99385	411 aa		3.13	□□□□□ -1.91
UBX4	YMR067C	XRS2	P33301	854 aa		3.12	□□□□□ -1.91
UBX4	YMR067C	DIM1	P41819	318 aa	Known RBP	3.12	□□□□□ -1.91
UBX4	YMR067C	UBX4	P54730	416 aa		3.12	□□□□□ -1.91
UBX4	YMR067C	CIA1	Q05583	330 aa		3.12	□□□□□ -1.91
UBX4	YMR067C	BLS1	Q06071	122 aa		3.12	□□□□□ -1.91
UBX4	YMR067C	YDL218W	Q07629	317 aa		3.12	□□□□□ -1.91
UBX4	YMR067C	YBR298C-A	Q8TGK4	73 aa		3.12	□□□□□ -1.91
UBX4	YMR067C	NUC1	P08466	329 aa		3.11	□□□□□ -1.91
UBX4	YMR067C	PFK26	P40433	827 aa	Known RBP	3.11	□□□□□ -1.91
UBX4	YMR067C	ROK1	P45818	564 aa	Predicted RBP	3.11	□□□□□ -1.91
UBX4	YMR067C	CTF18	P49956	741 aa		3.11	□□□□□ -1.91
UBX4	YMR067C	NNF2	P53253	936 aa		3.11	□□□□□ -1.91
UBX4	YMR067C	TFC6	Q06339	672 aa		3.11	□□□□□ -1.91
UBX4	YMR067C	CYB2	P00175	591 aa		3.1	□□□□□ -1.91
UBX4	YMR067C	PRP16	P15938	1071 aa	Predicted RBP	3.1	□□□□□ -1.91
UBX4	YMR067C	GLN3	P18494	730 aa		3.1	□□□□□ -1.91
UBX4	YMR067C	PRO3	P32263	286 aa	Known RBP	3.1	□□□□□ -1.91
UBX4	YMR067C	SPC34	P36131	295 aa		3.1	□□□□□ -1.91
UBX4	YMR067C	ERG7	P38604	731 aa		3.1	□□□□□ -1.91
UBX4	YMR067C	RRP3	P38712	501 aa	Known RBP	3.1	□□□□□ -1.91
UBX4	YMR067C	UIP3	P39547	235 aa		3.1	□□□□□ -1.91
UBX4	YMR067C	DPB11	P47027	764 aa	Predicted RBP	3.1	□□□□□ -1.91
UBX4	YMR067C	VPS4	P52917	437 aa		3.1	□□□□□ -1.91
UBX4	YMR067C	NUP100	Q02629	959 aa		3.1	□□□□□ -1.91
UBX4	YMR067C	ATG26	Q06321	1198 aa		3.1	□□□□□ -1.91
UBX4	YMR067C	YOL057W	Q08225	711 aa		3.1	□□□□□ -1.91
UBX4	YMR067C	PPT2	Q12036	173 aa		3.1	□□□□□ -1.91
UBX4	YMR067C	CSR2	Q12734	1121 aa		3.1	□□□□□ -1.91
UBX4	YMR067C	PDA1	P16387	420 aa	Known RBP	3.09	□□□□□ -1.91
UBX4	YMR067C	YKL050C	P35736	922 aa		3.09	□□□□□ -1.91
UBX4	YMR067C	AZF1	P41696	914 aa		3.09	□□□□□ -1.91
UBX4	YMR067C	SMK1	P41808	388 aa		3.09	□□□□□ -1.91
UBX4	YMR067C	GUF1	P46943	645 aa		3.09	□□□□□ -1.91
UBX4	YMR067C	TMA64	Q04600	565 aa	Known RBP	3.09	□□□□□ -1.91
UBX4	YMR067C	APL4	Q12028	832 aa		3.09	□□□□□ -1.91
UBX4	YMR067C	ATG9	Q12142	997 aa		3.09	□□□□□ -1.91
UBX4	YMR067C	ARP6	Q12509	438 aa		3.09	□□□□□ -1.91
UBX4	YMR067C	PCD1	Q12524	340 aa		3.09	□□□□□ -1.91
UBX4	YMR067C	ERG1	P32476	496 aa	Known RBP	3.08	□□□□□ -1.92
UBX4	YMR067C	TEF4	P36008	412 aa	Known RBP	3.08	□□□□□ -1.92
UBX4	YMR067C	PHD1	P36093	366 aa		3.08	□□□□□ -1.92
UBX4	YMR067C	YBR139W	P38109	508 aa		3.08	□□□□□ -1.92
UBX4	YMR067C	IFA38	P38286	347 aa		3.08	□□□□□ -1.92
UBX4	YMR067C	SDS24	P38314	527 aa		3.08	□□□□□ -1.92
UBX4	YMR067C	RTS1	P38903	757 aa		3.08	□□□□□ -1.92
UBX4	YMR067C	YIL060W	P40519	144 aa		3.08	□□□□□ -1.92
UBX4	YMR067C	NUS1	Q12063	375 aa		3.08	□□□□□ -1.92
UBX4	YMR067C	INP53	Q12271	1107 aa		3.08	□□□□□ -1.92
UBX4	YMR067C	NKP1	Q12493	238 aa		3.08	□□□□□ -1.92
UBX4	YMR067C	SPE2	P21182	396 aa		3.07	□□□□□ -1.92
UBX4	YMR067C	CPR3	P25719	182 aa		3.07	□□□□□ -1.92
UBX4	YMR067C	BUD14	P27637	709 aa		3.07	□□□□□ -1.92
UBX4	YMR067C	YOX1	P34161	385 aa		3.07	□□□□□ -1.92
UBX4	YMR067C	SNU114	P36048	1008 aa	Known RBP	3.07	□□□□□ -1.92
UBX4	YMR067C	MDM31	P38880	579 aa		3.07	□□□□□ -1.92

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