RNA–Protein interactions for RNA: YLL039C

UBI4, Transcript of Ubiquitin, yeast

Gene UBI4, Length 1,146 nt, Biotype protein coding.

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (RIP-Chip)
Gene	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	Detected Interaction
UBI4	YLL039C	SAP190	P36123	1033 aa		4.81	□□□□□ -1.64
UBI4	YLL039C	RTT107	P38850	1070 aa		4.81	□□□□□ -1.64
UBI4	YLL039C	SPT8	P38915	602 aa		4.81	□□□□□ -1.64
UBI4	YLL039C	YFL052W	P43551	465 aa		4.81	□□□□□ -1.64
UBI4	YLL039C	TAF1	P46677	1066 aa		4.81	□□□□□ -1.64
UBI4	YLL039C	FYV8	P46949	817 aa	Known RBP	4.81	□□□□□ -1.64
UBI4	YLL039C	NNF2	P53253	936 aa		4.81	□□□□□ -1.64
UBI4	YLL039C	RPA49	Q01080	415 aa	Predicted RBP	4.81	□□□□□ -1.64
UBI4	YLL039C	UBP3	Q01477	912 aa	Known RBP RIP-Chip data	4.81	□□□□□ -1.64	not detected
UBI4	YLL039C	CSR1	Q06705	408 aa	Known RBP	4.81	□□□□□ -1.64
UBI4	YLL039C	IWR1	Q07532	353 aa	Predicted RBP	4.81	□□□□□ -1.64
UBI4	YLL039C	TRE1	Q08919	783 aa		4.81	□□□□□ -1.64
UBI4	YLL039C	PKH2	Q12236	1081 aa	Known RBP	4.81	□□□□□ -1.64
UBI4	YLL039C	YVC1	Q12324	675 aa		4.81	□□□□□ -1.64
UBI4	YLL039C	LPX1	Q12405	387 aa	Known RBP	4.81	□□□□□ -1.64
UBI4	YLL039C	HAP2	P06774	265 aa		4.8	□□□□□ -1.64
UBI4	YLL039C	RAD3	P06839	778 aa		4.8	□□□□□ -1.64
UBI4	YLL039C	POL3	P15436	1097 aa		4.8	□□□□□ -1.64
UBI4	YLL039C	CDC42	P19073	191 aa		4.8	□□□□□ -1.64
UBI4	YLL039C	SPO11	P23179	398 aa		4.8	□□□□□ -1.64
UBI4	YLL039C	MCM2	P29469	868 aa		4.8	□□□□□ -1.64
UBI4	YLL039C	RRP1	P35178	278 aa	Predicted RBP	4.8	□□□□□ -1.64
UBI4	YLL039C	PXL1	P36166	706 aa		4.8	□□□□□ -1.64
UBI4	YLL039C	CCL1	P37366	393 aa		4.8	□□□□□ -1.64
UBI4	YLL039C	MED8	P38304	223 aa		4.8	□□□□□ -1.64
UBI4	YLL039C	POL31	P46957	487 aa		4.8	□□□□□ -1.64
UBI4	YLL039C	YGR045C	P53229	120 aa		4.8	□□□□□ -1.64
UBI4	YLL039C	RCR2	Q03446	210 aa	Known RBP	4.8	□□□□□ -1.64
UBI4	YLL039C	SNU56	Q03782	492 aa	Known RBP	4.8	□□□□□ -1.64
UBI4	YLL039C	CDD1	Q06549	142 aa		4.8	□□□□□ -1.64
UBI4	YLL039C	SDH5	Q08230	162 aa		4.8	□□□□□ -1.64
UBI4	YLL039C	ABP140	Q08641	628 aa	Known RBP	4.8	□□□□□ -1.64
UBI4	YLL039C	MRN1	Q08925	612 aa	Known RBP RIP-Chip data	4.8	□□□□□ -1.64	not detected
UBI4	YLL039C	CWC2	Q12046	339 aa	Predicted RBP	4.8	□□□□□ -1.64
UBI4	YLL039C	SEC39	Q12745	709 aa		4.8	□□□□□ -1.64
UBI4	YLL039C	FLP1	P03870	423 aa		4.79	□□□□□ -1.64
UBI4	YLL039C	CIT2	P08679	460 aa		4.79	□□□□□ -1.64
UBI4	YLL039C	TY1A-LR4	P0C2I8	440 aa	Known RBP	4.79	□□□□□ -1.64
UBI4	YLL039C	TY1A-DR6	P0CX70	440 aa		4.79	□□□□□ -1.64
UBI4	YLL039C	TY1A-ER1	P0CX71	440 aa		4.79	□□□□□ -1.64
UBI4	YLL039C	TY1A-LR2	P0CX72	440 aa		4.79	□□□□□ -1.64
UBI4	YLL039C	TY1A-PL	P0CX73	440 aa		4.79	□□□□□ -1.64
UBI4	YLL039C	TY1A-JR1	P0CX74	440 aa		4.79	□□□□□ -1.64
UBI4	YLL039C	TY1A-LR3	P0CX75	440 aa		4.79	□□□□□ -1.64
UBI4	YLL039C	TY1A-ML2	P0CX76	440 aa		4.79	□□□□□ -1.64
UBI4	YLL039C	COX11	P19516	300 aa	Known RBP	4.79	□□□□□ -1.64
UBI4	YLL039C	PHO13	P19881	312 aa		4.79	□□□□□ -1.64
UBI4	YLL039C	RRT12	P25381	491 aa		4.79	□□□□□ -1.64
UBI4	YLL039C	URK1	P27515	501 aa		4.79	□□□□□ -1.64
UBI4	YLL039C	KIP1	P28742	1111 aa		4.79	□□□□□ -1.64
UBI4	YLL039C	SEC65	P29478	273 aa		4.79	□□□□□ -1.64
UBI4	YLL039C	GCS1	P35197	352 aa		4.79	□□□□□ -1.64
UBI4	YLL039C	MNR2	P35724	969 aa		4.79	□□□□□ -1.64
UBI4	YLL039C	HMT1	P38074	348 aa		4.79	□□□□□ -1.64
UBI4	YLL039C	STB5	P38699	743 aa		4.79	□□□□□ -1.64
UBI4	YLL039C	ECM1	P39715	212 aa		4.79	□□□□□ -1.64
UBI4	YLL039C	SAH1	P39954	449 aa	Known RBP	4.79	□□□□□ -1.64
UBI4	YLL039C	MMF1	P40185	145 aa	Known RBP	4.79	□□□□□ -1.64
UBI4	YLL039C	SDS3	P40505	327 aa		4.79	□□□□□ -1.64
UBI4	YLL039C	FAF1	P40546	346 aa	Predicted RBP	4.79	□□□□□ -1.64
UBI4	YLL039C	CPR7	P47103	393 aa		4.79	□□□□□ -1.64
UBI4	YLL039C	HFM1	P51979	1187 aa		4.79	□□□□□ -1.64
UBI4	YLL039C	NOP13	P53883	403 aa	Known RBP RIP-Chip data	4.79	□□□□□ -1.64	not detected
UBI4	YLL039C	YNL034W	P53963	612 aa		4.79	□□□□□ -1.64
UBI4	YLL039C	YNL018C	P53976	612 aa		4.79	□□□□□ -1.64
UBI4	YLL039C	STP1	Q00947	519 aa		4.79	□□□□□ -1.64
UBI4	YLL039C	CEF1	Q03654	590 aa	Predicted RBP	4.79	□□□□□ -1.64
UBI4	YLL039C	TIF35	Q04067	274 aa	Known RBP	4.79	□□□□□ -1.64
UBI4	YLL039C	PPM1	Q04081	328 aa		4.79	□□□□□ -1.64
UBI4	YLL039C	MRI1	Q06489	411 aa	Known RBP	4.79	□□□□□ -1.64
UBI4	YLL039C	TY1A-GR1	Q12085	440 aa		4.79	□□□□□ -1.64
UBI4	YLL039C	TY1A-PR3	Q6Q5H1	440 aa	Known RBP	4.79	□□□□□ -1.64
UBI4	YLL039C	YDR034W-B	Q6Q5X2	51 aa		4.79	□□□□□ -1.64
UBI4	YLL039C	TY1A-OL	Q92392	440 aa	Known RBP	4.79	□□□□□ -1.64
UBI4	YLL039C	GAL80	P04387	435 aa		4.78	□□□□□ -1.64
UBI4	YLL039C	GAL10	P04397	699 aa		4.78	□□□□□ -1.64
UBI4	YLL039C	TPK1	P06244	397 aa		4.78	□□□□□ -1.64
UBI4	YLL039C	CHS1	P08004	1131 aa		4.78	□□□□□ -1.64
UBI4	YLL039C	RNR1	P21524	888 aa	Known RBP	4.78	□□□□□ -1.64
UBI4	YLL039C	VPS3	P23643	1011 aa		4.78	□□□□□ -1.64
UBI4	YLL039C	NFS1	P25374	497 aa		4.78	□□□□□ -1.64
UBI4	YLL039C	MSH1	P25846	959 aa		4.78	□□□□□ -1.64
UBI4	YLL039C	CDC11	P32458	415 aa		4.78	□□□□□ -1.64
UBI4	YLL039C	CBF2	P32504	956 aa		4.78	□□□□□ -1.64
UBI4	YLL039C	SLA2	P33338	968 aa		4.78	□□□□□ -1.64
UBI4	YLL039C	AGP2	P38090	596 aa		4.78	□□□□□ -1.64
UBI4	YLL039C	SIC1	P38634	284 aa		4.78	□□□□□ -1.64
UBI4	YLL039C	KAP123	P40069	1113 aa	Known RBP	4.78	□□□□□ -1.64
UBI4	YLL039C	SIP5	P40210	489 aa	Known RBP	4.78	□□□□□ -1.64
UBI4	YLL039C	SPC98	P53540	846 aa		4.78	□□□□□ -1.64
UBI4	YLL039C	VPS75	P53853	264 aa		4.78	□□□□□ -1.64
UBI4	YLL039C	ELA1	P53861	379 aa	Predicted RBP	4.78	□□□□□ -1.64
UBI4	YLL039C	ESBP6	P53918	673 aa		4.78	□□□□□ -1.64
UBI4	YLL039C	SML1	Q04964	104 aa		4.78	□□□□□ -1.64
UBI4	YLL039C	BSC2	Q05611	235 aa		4.78	□□□□□ -1.64
UBI4	YLL039C	YPR027C	Q12079	277 aa		4.78	□□□□□ -1.64
UBI4	YLL039C	ATP1	P07251	545 aa	Known RBP	4.77	□□□□□ -1.65
UBI4	YLL039C	TUP1	P16649	713 aa		4.77	□□□□□ -1.65
UBI4	YLL039C	DAL2	P25335	343 aa		4.77	□□□□□ -1.65
UBI4	YLL039C	SYN8	P31377	255 aa		4.77	□□□□□ -1.65

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