Protein–RNA interactions for Protein: P29056

BRF1, Transcription factor IIIB 70 kDa subunit, yeastyeast

Predictions only

Length 596 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (RIP-Chip)
Gene UniProt Accession Gene Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score Detected Interaction
BRF1P29056 YML009W-BYML009W-B 477 nt20.51■□□□□ 0.87
BRF1P29056 NSR1YGR159C 1245 nt20.26■□□□□ 0.83
BRF1P29056 NOP1YDL014W 984 nt19.99■□□□□ 0.79
BRF1P29056 YKL036CYKL036C 393 nt18.57■□□□□ 0.56
BRF1P29056 MDJ1YFL016C 1536 nt17.87■□□□□ 0.45
BRF1P29056 Q0297Q0297 156 nt17.54■□□□□ 0.4
BRF1P29056 SRX1YKL086W 384 nt17.47■□□□□ 0.39
BRF1P29056 YJL027CYJL027C 417 nt17.37■□□□□ 0.37
BRF1P29056 SCS3YGL126W 1143 nt16.97■□□□□ 0.31
BRF1P29056 YCR051WYCR051W 669 nt16.59■□□□□ 0.25
BRF1P29056 YOL085CYOL085C 342 nt16.08■□□□□ 0.16
BRF1P29056 DBP2YNL112W 1641 nt15.86■□□□□ 0.13
BRF1P29056 PKP1YIL042C 1185 nt15.84■□□□□ 0.13
BRF1P29056 RPP1BYDL130W 321 nt15.74■□□□□ 0.11
BRF1P29056 TRN1tP(UGG)A 72 nt15.71■□□□□ 0.11
BRF1P29056 SUF9tP(UGG)F 72 nt15.71■□□□□ 0.11
BRF1P29056 SUF8tP(UGG)H 72 nt15.71■□□□□ 0.11
BRF1P29056 tP(UGG)LtP(UGG)L 72 nt15.71■□□□□ 0.11
BRF1P29056 SUF7tP(UGG)M 72 nt15.71■□□□□ 0.11
BRF1P29056 tP(UGG)N1tP(UGG)N1 72 nt15.71■□□□□ 0.11
BRF1P29056 tP(UGG)N2tP(UGG)N2 72 nt15.71■□□□□ 0.11
BRF1P29056 tP(UGG)O1tP(UGG)O1 72 nt15.71■□□□□ 0.11
BRF1P29056 SUF11tP(UGG)O2 72 nt15.71■□□□□ 0.11
BRF1P29056 SSA3YBL075C 1950 nt15.57■□□□□ 0.08
BRF1P29056 CCC1YLR220W 969 nt15.57■□□□□ 0.08
BRF1P29056 SCJ1YMR214W 1134 nt15.5■□□□□ 0.07
BRF1P29056 ATS1YAL020C 1002 nt15.21■□□□□ 0.03
BRF1P29056 YBR190WYBR190W 312 nt15.19■□□□□ 0.02
BRF1P29056 PET122YER153C 765 nt15.03■□□□□ -0
BRF1P29056 RVS167YDR388W 1449 nt14.95□□□□□ -0.02
BRF1P29056 tP(UGG)O3tP(UGG)O3 72 nt14.91□□□□□ -0.02
BRF1P29056 SCR1SCR1 522 nt14.9□□□□□ -0.02
BRF1P29056 RTC3YHR087W 336 nt14.88□□□□□ -0.03
BRF1P29056 RRN5YLR141W 1092 nt14.61□□□□□ -0.07
BRF1P29056 SHR5YOL110W 714 nt14.45□□□□□ -0.1
BRF1P29056 YDJ1YNL064C 1230 nt14.42□□□□□ -0.1
BRF1P29056 RSB1YOR049C 1065 nt14.35□□□□□ -0.11
BRF1P29056 YER088W-BYER088W-B 147 nt14.32□□□□□ -0.12
BRF1P29056 GAR1YHR089C 618 nt14.09□□□□□ -0.15
BRF1P29056 PST2YDR032C 597 nt14.06□□□□□ -0.16
BRF1P29056 DEP1YAL013W 1218 nt14.01□□□□□ -0.17
BRF1P29056 URN1YPR152C 1398 nt13.97□□□□□ -0.17
BRF1P29056 PUT4YOR348C 1884 nt13.97□□□□□ -0.17
BRF1P29056 RPN10YHR200W 807 nt13.79□□□□□ -0.2
BRF1P29056 YNL208WYNL208W 600 nt13.79□□□□□ -0.2
BRF1P29056 OPI9YLR338W 858 nt13.74□□□□□ -0.21
BRF1P29056 YKL097CYKL097C 411 nt13.63□□□□□ -0.23
BRF1P29056 SAH1YER043C 1350 nt13.61□□□□□ -0.23
BRF1P29056 TIR1YER011W 765 nt13.61□□□□□ -0.23
BRF1P29056 ARE1YCR048W 1833 nt13.54□□□□□ -0.24
BRF1P29056 POA1YBR022W 534 nt13.48□□□□□ -0.25
BRF1P29056 SHU1YHL006C 453 nt13.47□□□□□ -0.25
BRF1P29056 SSA1YAL005C 1929 nt13.41□□□□□ -0.26
BRF1P29056 YHR049C-AYHR049C-A 297 nt13.39□□□□□ -0.27
BRF1P29056 YJR018WYJR018W 363 nt13.34□□□□□ -0.27
BRF1P29056 PUN1YLR414C 792 nt13.34□□□□□ -0.27
BRF1P29056 Q0182Q0182 405 nt13.32□□□□□ -0.28
BRF1P29056 BSC6YOL137W 1494 nt13.3□□□□□ -0.28
BRF1P29056 PAC11YDR488C 1602 nt13.27□□□□□ -0.29
BRF1P29056 YAL037C-BYAL037C-B 975 nt13.23□□□□□ -0.29
BRF1P29056 SRB2YHR041C 633 nt13.21□□□□□ -0.29
BRF1P29056 NVJ2YPR091C 2313 nt13.19□□□□□ -0.3
BRF1P29056 YJR120WYJR120W 351 nt13.16□□□□□ -0.3
BRF1P29056 PTC2YER089C 1395 nt13.16□□□□□ -0.3
BRF1P29056 RPP2BYDR382W 333 nt13.11□□□□□ -0.31
BRF1P29056 SSA4YER103W 1929 nt13.1□□□□□ -0.31
BRF1P29056 SPT5YML010W 3192 nt13.06□□□□□ -0.32
BRF1P29056 WWM1YFL010C 636 nt13.04□□□□□ -0.32
BRF1P29056 BUD23YCR047C 828 nt13.03□□□□□ -0.32
BRF1P29056 YOR139CYOR139C 393 nt13.02□□□□□ -0.33
BRF1P29056 YGR021WYGR021W 873 nt12.99□□□□□ -0.33
BRF1P29056 FPS1YLL043W 2010 nt12.99□□□□□ -0.33
BRF1P29056 NAB2YGL122C 1578 nt12.96□□□□□ -0.33
BRF1P29056 HOM6YJR139C 1080 nt12.95□□□□□ -0.34
BRF1P29056 MNP1YGL068W 585 nt12.92□□□□□ -0.34
BRF1P29056 NPL3YDR432W 1245 nt12.88□□□□□ -0.35
BRF1P29056 BDH2YAL061W 1254 nt12.87□□□□□ -0.35
BRF1P29056 INM2YDR287W 879 nt12.84□□□□□ -0.35
BRF1P29056 DAL1YIR027C 1383 nt12.82□□□□□ -0.36
BRF1P29056 YFL021C-AYFL021C-A 855 nt12.81□□□□□ -0.36
BRF1P29056 FPR4YLR449W 1179 nt12.81□□□□□ -0.36
BRF1P29056 BDF1YLR399C 2061 nt12.81□□□□□ -0.36
BRF1P29056 FIS1YIL065C 468 nt12.79□□□□□ -0.36
BRF1P29056 RKM5YLR137W 1104 nt12.76□□□□□ -0.37
BRF1P29056 YBL100CYBL100C 315 nt12.75□□□□□ -0.37
BRF1P29056 YOL037CYOL037C 354 nt12.75□□□□□ -0.37
BRF1P29056 LSM3YLR438C-A 270 nt12.72□□□□□ -0.37
BRF1P29056 PHO4YFR034C 939 nt12.7□□□□□ -0.38
BRF1P29056 TRM9YML014W 840 nt12.61□□□□□ -0.39
BRF1P29056 FUN26YAL022C 1554 nt12.6□□□□□ -0.39
BRF1P29056 TAT1YBR069C 1860 nt12.58□□□□□ -0.4
BRF1P29056 MEP2YNL142W 1500 nt12.57□□□□□ -0.4
BRF1P29056 tM(CAU)CtM(CAU)C 72 nt12.5□□□□□ -0.41
BRF1P29056 IMT4tM(CAU)E 72 nt12.5□□□□□ -0.41
BRF1P29056 IMT3tM(CAU)J3 72 nt12.5□□□□□ -0.41
BRF1P29056 IMT1tM(CAU)O1 72 nt12.5□□□□□ -0.41
BRF1P29056 IMT2tM(CAU)P 72 nt12.5□□□□□ -0.41
BRF1P29056 CCT6YDR188W 1641 nt12.46□□□□□ -0.41
BRF1P29056 YLR281CYLR281C 468 nt12.44□□□□□ -0.42
BRF1P29056 ALF1YNL148C 765 nt12.4□□□□□ -0.42
Retrieved 100 of 7,029 protein–RNA pairs in 11.9 ms