Protein–RNA interactions for Protein: Q9NXS3

KLHL28, Kelch-like protein 28, humanhuman

Predictions only

Length 571 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
KLHL28Q9NXS3 TP53I3-202ENST00000335934 1635 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.56■□□□□ 0.4
KLHL28Q9NXS3 AL512353.2-201ENST00000448759 1962 ntBASIC17.56■□□□□ 0.4
KLHL28Q9NXS3 CPSF3-201ENST00000238112 2345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.56■□□□□ 0.4
KLHL28Q9NXS3 CBL-204ENST00000634840 4813 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.56■□□□□ 0.4
KLHL28Q9NXS3 PALM3-201ENST00000340790 2262 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC17.56■□□□□ 0.4
KLHL28Q9NXS3 ACAA1-201ENST00000301810 1540 ntTSL 1 (best) BASIC17.56■□□□□ 0.4
KLHL28Q9NXS3 CD151-201ENST00000322008 1548 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.56■□□□□ 0.4
KLHL28Q9NXS3 TMEM106C-202ENST00000429772 1515 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.56■□□□□ 0.4
KLHL28Q9NXS3 NFE2-204ENST00000553070 1523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.56■□□□□ 0.4
KLHL28Q9NXS3 RNF114-201ENST00000244061 2503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.56■□□□□ 0.4
KLHL28Q9NXS3 ADAM33-202ENST00000356518 3677 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.56■□□□□ 0.4
KLHL28Q9NXS3 MTSS1-203ENST00000431961 1711 ntTSL 1 (best) BASIC17.55■□□□□ 0.4
KLHL28Q9NXS3 OGG1-201ENST00000302003 1655 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.55■□□□□ 0.4
KLHL28Q9NXS3 HNRNPLL-206ENST00000410076 1687 ntTSL 1 (best) BASIC17.55■□□□□ 0.4
KLHL28Q9NXS3 TEPSIN-201ENST00000300714 2287 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.55■□□□□ 0.4
KLHL28Q9NXS3 TTLL10-203ENST00000379290 2283 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.55■□□□□ 0.4
KLHL28Q9NXS3 SLC35B2-205ENST00000538577 1909 ntTSL 2 BASIC17.55■□□□□ 0.4
KLHL28Q9NXS3 SNTB1-201ENST00000395601 5164 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.55■□□□□ 0.4
KLHL28Q9NXS3 WNK1-206ENST00000535572 9886 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.55■□□□□ 0.4
KLHL28Q9NXS3 PLA2G15-202ENST00000413021 1346 ntTSL 2 BASIC17.55■□□□□ 0.4
KLHL28Q9NXS3 FBXO28-202ENST00000424254 1334 ntTSL 1 (best) BASIC17.55■□□□□ 0.4
KLHL28Q9NXS3 RAC3-201ENST00000306897 1090 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.55■□□□□ 0.4
KLHL28Q9NXS3 IMMP2L-201ENST00000331762 1205 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.55■□□□□ 0.4
KLHL28Q9NXS3 PHYHD1-207ENST00000421063 1182 ntTSL 1 (best) BASIC17.55■□□□□ 0.4
KLHL28Q9NXS3 AL390719.1-201ENST00000427998 977 ntTSL 1 (best) BASIC17.55■□□□□ 0.4
KLHL28Q9NXS3 AC012618.2-201ENST00000428058 849 ntBASIC17.55■□□□□ 0.4
KLHL28Q9NXS3 AIPL1-209ENST00000575265 2111 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.55■□□□□ 0.4
KLHL28Q9NXS3 AC233702.5-201ENST00000584107 538 ntBASIC17.55■□□□□ 0.4
KLHL28Q9NXS3 FXYD3-214ENST00000605677 633 ntTSL 2 BASIC17.55■□□□□ 0.4
KLHL28Q9NXS3 TH-202ENST00000333684 1535 ntTSL 1 (best) BASIC17.55■□□□□ 0.4
KLHL28Q9NXS3 PFN2-203ENST00000452853 1780 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.55■□□□□ 0.4
KLHL28Q9NXS3 LINC01168-201ENST00000461291 5254 ntTSL 2 BASIC17.55■□□□□ 0.4
KLHL28Q9NXS3 TMEM250-201ENST00000418388 2823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.55■□□□□ 0.4
KLHL28Q9NXS3 ELF3-201ENST00000359651 4994 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.55■□□□□ 0.4
KLHL28Q9NXS3 GAS2L1P1-201ENST00000420145 1480 ntBASIC17.55■□□□□ 0.4
KLHL28Q9NXS3 OGG1-203ENST00000302036 2220 ntTSL 1 (best) BASIC17.55■□□□□ 0.4
KLHL28Q9NXS3 IPMK-201ENST00000373935 6133 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.55■□□□□ 0.4
KLHL28Q9NXS3 POU5F1-201ENST00000259915 1420 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.55■□□□□ 0.4
KLHL28Q9NXS3 ITGA4-202ENST00000339307 1403 ntTSL 1 (best) BASIC17.55■□□□□ 0.4
KLHL28Q9NXS3 HOXC13-AS-201ENST00000512916 1408 ntTSL 3 BASIC17.55■□□□□ 0.4
KLHL28Q9NXS3 DCLK2-207ENST00000635524 2153 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.55■□□□□ 0.4
KLHL28Q9NXS3 SOX15-201ENST00000250055 1396 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.54■□□□□ 0.4
KLHL28Q9NXS3 TEKT5-201ENST00000283025 1612 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.54■□□□□ 0.4
KLHL28Q9NXS3 EGLN2-201ENST00000303961 2102 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.54■□□□□ 0.4
KLHL28Q9NXS3 RNF146-201ENST00000309649 2624 ntAPPRIS P3 TSL 4 BASIC17.54■□□□□ 0.4
KLHL28Q9NXS3 SLC6A18-201ENST00000324642 2121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.54■□□□□ 0.4
KLHL28Q9NXS3 HACE1-202ENST00000369125 3102 ntTSL 2 BASIC17.54■□□□□ 0.4
KLHL28Q9NXS3 KRT15-203ENST00000393976 2394 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.54■□□□□ 0.4
KLHL28Q9NXS3 AP001351.1-201ENST00000501397 1865 ntTSL 2 BASIC17.54■□□□□ 0.4
KLHL28Q9NXS3 TCTN1-223ENST00000550703 2149 ntTSL 2 BASIC17.54■□□□□ 0.4
KLHL28Q9NXS3 KANSL1L-203ENST00000418791 3562 ntTSL 1 (best) BASIC17.54■□□□□ 0.4
KLHL28Q9NXS3 FOXP4-202ENST00000373057 3300 ntTSL 1 (best) BASIC17.54■□□□□ 0.4
KLHL28Q9NXS3 CLUH-201ENST00000435359 5224 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC17.54■□□□□ 0.4
KLHL28Q9NXS3 HDAC11-221ENST00000522202 1559 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.54■□□□□ 0.4
KLHL28Q9NXS3 ZNF561-AS1-201ENST00000585797 1593 ntTSL 2 BASIC17.54■□□□□ 0.4
KLHL28Q9NXS3 PLEKHB2-204ENST00000409158 2277 ntTSL 2 BASIC17.54■□□□□ 0.4
KLHL28Q9NXS3 NCK2-205ENST00000451463 1795 ntTSL 2 BASIC17.54■□□□□ 0.4
KLHL28Q9NXS3 ZFC3H1-206ENST00000548100 1771 ntTSL 1 (best) BASIC17.54■□□□□ 0.4
KLHL28Q9NXS3 CASC2-205ENST00000454781 2216 ntTSL 1 (best) BASIC17.54■□□□□ 0.4
KLHL28Q9NXS3 LIME1-201ENST00000309546 1178 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.54■□□□□ 0.4
KLHL28Q9NXS3 AKR1A1-201ENST00000351829 1166 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.54■□□□□ 0.4
KLHL28Q9NXS3 TCEAL6-202ENST00000372774 1106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.54■□□□□ 0.4
KLHL28Q9NXS3 UBE2F-203ENST00000409633 837 ntTSL 3 BASIC17.54■□□□□ 0.4
KLHL28Q9NXS3 STK24-AS1-201ENST00000434547 1278 ntTSL 1 (best) BASIC17.54■□□□□ 0.4
KLHL28Q9NXS3 C16orf90-202ENST00000437192 907 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.54■□□□□ 0.4
KLHL28Q9NXS3 KCNMA1-220ENST00000481070 896 ntTSL 2 BASIC17.54■□□□□ 0.4
KLHL28Q9NXS3 AC027682.2-201ENST00000563083 336 ntTSL 5 BASIC17.54■□□□□ 0.4
KLHL28Q9NXS3 SRSF2-202ENST00000359995 1927 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.54■□□□□ 0.4
KLHL28Q9NXS3 ATPAF1-214ENST00000576409 4158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.54■□□□□ 0.4
KLHL28Q9NXS3 FAM135A-209ENST00000505769 4806 ntTSL 5 BASIC17.54■□□□□ 0.4
KLHL28Q9NXS3 TH-203ENST00000352909 1889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.54■□□□□ 0.4
KLHL28Q9NXS3 AIRE-201ENST00000291582 2257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.54■□□□□ 0.4
KLHL28Q9NXS3 ZNF211-204ENST00000347302 2472 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.54■□□□□ 0.4
KLHL28Q9NXS3 GOLGA6L5P-202ENST00000515341 1828 ntBASIC17.54■□□□□ 0.4
KLHL28Q9NXS3 IFRD1-201ENST00000005558 1834 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.54■□□□□ 0.4
KLHL28Q9NXS3 ING5-201ENST00000313552 5196 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.53■□□□□ 0.4
KLHL28Q9NXS3 LYSMD4-210ENST00000545021 2431 ntTSL 4 BASIC17.53■□□□□ 0.4
KLHL28Q9NXS3 BLOC1S3-201ENST00000433642 2601 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.53■□□□□ 0.4
KLHL28Q9NXS3 PODXL2-201ENST00000342480 2186 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.53■□□□□ 0.4
KLHL28Q9NXS3 SLC6A9-201ENST00000357730 2168 ntTSL 1 (best) BASIC17.53■□□□□ 0.4
KLHL28Q9NXS3 TMEM74-201ENST00000297459 1741 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.53■□□□□ 0.4
KLHL28Q9NXS3 TSGA10IP-203ENST00000532620 1925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.53■□□□□ 0.4
KLHL28Q9NXS3 CPXM2-204ENST00000615851 2512 ntTSL 5 BASIC17.53■□□□□ 0.4
KLHL28Q9NXS3 ZSWIM8-213ENST00000603114 5919 ntTSL 5 BASIC17.53■□□□□ 0.4
KLHL28Q9NXS3 ACAP3-202ENST00000354700 3896 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.53■□□□□ 0.4
KLHL28Q9NXS3 CDK11A-205ENST00000378633 2458 ntTSL 1 (best) BASIC17.53■□□□□ 0.4
KLHL28Q9NXS3 ANKRD29-201ENST00000322980 1658 ntTSL 2 BASIC17.53■□□□□ 0.4
KLHL28Q9NXS3 LINC02361-201ENST00000538731 1484 ntTSL 2 BASIC17.53■□□□□ 0.4
KLHL28Q9NXS3 WDR74-201ENST00000278856 1289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.53■□□□□ 0.4
KLHL28Q9NXS3 C5orf56-203ENST00000378953 942 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.53■□□□□ 0.4
KLHL28Q9NXS3 PSMG1-202ENST00000380900 907 ntTSL 1 (best) BASIC17.53■□□□□ 0.4
KLHL28Q9NXS3 RALGPS1-206ENST00000394011 819 ntTSL 1 (best) BASIC17.53■□□□□ 0.4
KLHL28Q9NXS3 TSPAN4-209ENST00000409543 1031 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.53■□□□□ 0.4
KLHL28Q9NXS3 METTL21A-204ENST00000425132 869 ntTSL 2 BASIC17.53■□□□□ 0.4
KLHL28Q9NXS3 TSPY7P-201ENST00000431358 1114 ntBASIC17.53■□□□□ 0.4
KLHL28Q9NXS3 AL359747.1-201ENST00000442370 536 ntTSL 2 BASIC17.53■□□□□ 0.4
KLHL28Q9NXS3 TSPY1-202ENST00000451548 1160 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC17.53■□□□□ 0.4
KLHL28Q9NXS3 KRT16P5-201ENST00000455284 522 ntBASIC17.53■□□□□ 0.4
KLHL28Q9NXS3 CABP2-204ENST00000636477 941 ntTSL 5 BASIC17.53■□□□□ 0.4
KLHL28Q9NXS3 REST-211ENST00000640168 1268 ntTSL 1 (best) BASIC17.53■□□□□ 0.4
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 50 ms