Protein–RNA interactions for Protein: Q96RU2

USP28, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 28, humanhuman

Predictions only

Length 1,077 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP28Q96RU2 KANK3-201ENST00000330915 2787 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
USP28Q96RU2 EGFL6-201ENST00000361306 2398 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
USP28Q96RU2 SERPINF2-202ENST00000382061 2265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
USP28Q96RU2 OSM-201ENST00000215781 1854 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
USP28Q96RU2 DISP3-202ENST00000304391 1495 ntTSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
USP28Q96RU2 ZNF205-206ENST00000620094 2309 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
USP28Q96RU2 CRYBB2P1-202ENST00000382734 1364 ntTSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
USP28Q96RU2 EEF1D-205ENST00000442189 2207 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
USP28Q96RU2 SEMA3B-209ENST00000456560 2221 ntTSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
USP28Q96RU2 ULK2-201ENST00000361658 3908 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
USP28Q96RU2 MAL-201ENST00000309988 1112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
USP28Q96RU2 UBTF-202ENST00000343638 4684 ntTSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
USP28Q96RU2 AC019257.1-201ENST00000517676 557 ntTSL 5 BASIC21.54■■□□□ 1.04
USP28Q96RU2 DENND3-207ENST00000518347 850 ntTSL 2 BASIC21.54■■□□□ 1.04
USP28Q96RU2 ARMC4P1-202ENST00000576034 643 ntTSL 2 BASIC21.54■■□□□ 1.04
USP28Q96RU2 PNMA8A-203ENST00000602246 572 ntAPPRIS ALT2 TSL 4 BASIC21.54■■□□□ 1.04
USP28Q96RU2 MARK2-203ENST00000377810 4560 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.54■■□□□ 1.04
USP28Q96RU2 FAM213B-202ENST00000378425 2665 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.54■■□□□ 1.04
USP28Q96RU2 HOXC6-202ENST00000394331 2943 ntTSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
USP28Q96RU2 DYRK2-202ENST00000344096 8912 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
USP28Q96RU2 DNAL4-201ENST00000216068 1504 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
USP28Q96RU2 HCK-202ENST00000375852 2082 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
USP28Q96RU2 FAM99A-201ENST00000382167 1432 ntTSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
USP28Q96RU2 KRT16P1-201ENST00000399124 1418 ntBASIC21.54■■□□□ 1.04
USP28Q96RU2 GGNBP2-210ENST00000611219 2315 ntTSL 2 BASIC21.54■■□□□ 1.04
USP28Q96RU2 RIN1-205ENST00000530056 2122 ntTSL 2 BASIC21.53■■□□□ 1.04
USP28Q96RU2 WIPF1-206ENST00000409891 2568 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
USP28Q96RU2 CASD1-201ENST00000297273 3942 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
USP28Q96RU2 DACT2-201ENST00000366795 2942 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC21.53■■□□□ 1.04
USP28Q96RU2 GUCA1A-205ENST00000541991 1921 ntTSL 5 BASIC21.53■■□□□ 1.04
USP28Q96RU2 HSPB6-201ENST00000004982 1457 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
USP28Q96RU2 TFCP2-205ENST00000549867 1727 ntTSL 5 BASIC21.53■■□□□ 1.04
USP28Q96RU2 MTFP1-202ENST00000355143 891 ntTSL 2 BASIC21.53■■□□□ 1.04
USP28Q96RU2 CHPF-202ENST00000373891 1079 ntTSL 2 BASIC21.53■■□□□ 1.04
USP28Q96RU2 UHRF2-202ENST00000381373 802 ntTSL 3 BASIC21.53■■□□□ 1.04
USP28Q96RU2 RTBDN-202ENST00000393233 1000 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC21.53■■□□□ 1.04
USP28Q96RU2 RNF121-214ENST00000533380 870 ntTSL 3 BASIC21.53■■□□□ 1.04
USP28Q96RU2 ADGRD1-AS1-202ENST00000542980 1277 ntTSL 4 BASIC21.53■■□□□ 1.04
USP28Q96RU2 NDUFV2-AS1-201ENST00000582375 770 ntTSL 2 BASIC21.53■■□□□ 1.04
USP28Q96RU2 JADE2-211ENST00000612830 1251 ntTSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
USP28Q96RU2 AC103746.1-201ENST00000617440 1133 ntTSL 3 BASIC21.53■■□□□ 1.04
USP28Q96RU2 CR392000.1-201ENST00000624770 1228 ntBASIC21.53■■□□□ 1.04
USP28Q96RU2 GJA4-201ENST00000342280 1622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
USP28Q96RU2 ARID4B-203ENST00000366603 5946 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
USP28Q96RU2 ARPC4-201ENST00000397261 2582 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
USP28Q96RU2 AC107464.1-203ENST00000468356 2120 ntTSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
USP28Q96RU2 FKBP8-206ENST00000596558 1756 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC21.53■■□□□ 1.04
USP28Q96RU2 HCLS1-201ENST00000314583 2000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
USP28Q96RU2 GCSH-208ENST00000639169 2537 ntTSL 2 BASIC21.53■■□□□ 1.04
USP28Q96RU2 ACAA1-209ENST00000450296 1570 ntTSL 5 BASIC21.53■■□□□ 1.04
USP28Q96RU2 SLC37A2-203ENST00000403796 2910 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC21.52■■□□□ 1.04
USP28Q96RU2 TULP1-208ENST00000614066 2084 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.52■■□□□ 1.04
USP28Q96RU2 BPIFB3-201ENST00000375494 1454 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
USP28Q96RU2 PRDM12-201ENST00000253008 2476 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
USP28Q96RU2 VPS37B-201ENST00000267202 3028 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
USP28Q96RU2 BIRC8-201ENST00000426466 2026 ntAPPRIS P1 BASIC21.52■■□□□ 1.04
USP28Q96RU2 FAM98C-201ENST00000252530 1271 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
USP28Q96RU2 AC011506.1-201ENST00000474329 610 ntBASIC21.52■■□□□ 1.04
USP28Q96RU2 SNX5-213ENST00000486039 602 ntTSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
USP28Q96RU2 C14orf144-202ENST00000555282 854 ntTSL 3 BASIC21.52■■□□□ 1.04
USP28Q96RU2 AF186192.3-201ENST00000583427 947 ntBASIC21.52■■□□□ 1.04
USP28Q96RU2 ZNF599-203ENST00000588760 948 ntTSL 2 BASIC21.52■■□□□ 1.04
USP28Q96RU2 AC011298.2-201ENST00000617989 482 ntBASIC21.52■■□□□ 1.04
USP28Q96RU2 SERPINE2-201ENST00000258405 2195 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
USP28Q96RU2 WNT5B-201ENST00000310594 2184 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
USP28Q96RU2 DUS1L-202ENST00000354321 2151 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
USP28Q96RU2 C19orf48-202ENST00000391812 1666 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.52■■□□□ 1.04
USP28Q96RU2 WISP2-201ENST00000190983 1403 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
USP28Q96RU2 GATAD1-201ENST00000287957 3361 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
USP28Q96RU2 EXOSC3-201ENST00000327304 1806 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
USP28Q96RU2 FDXR-214ENST00000581530 1827 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
USP28Q96RU2 TRIM61-201ENST00000329314 1582 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
USP28Q96RU2 SCYL2-201ENST00000360820 5779 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
USP28Q96RU2 KCNC4-203ENST00000413138 3018 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.52■■□□□ 1.04
USP28Q96RU2 P2RX2-208ENST00000542301 1881 ntTSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.03
USP28Q96RU2 AC079598.2-202ENST00000546624 1451 ntBASIC21.52■■□□□ 1.03
USP28Q96RU2 AL133373.2-201ENST00000623187 2828 ntBASIC21.51■■□□□ 1.03
USP28Q96RU2 TRIP4-201ENST00000261884 2045 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
USP28Q96RU2 UBE2QL1-201ENST00000399816 4317 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
USP28Q96RU2 TMEM91-210ENST00000542945 1610 ntTSL 2 BASIC21.51■■□□□ 1.03
USP28Q96RU2 RASA4B-201ENST00000306682 2589 ntTSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
USP28Q96RU2 HOXC10-201ENST00000303460 1936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
USP28Q96RU2 CHRFAM7A-202ENST00000397827 2794 ntTSL 5 BASIC21.51■■□□□ 1.03
USP28Q96RU2 ZCCHC17-205ENST00000615916 1652 ntTSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
USP28Q96RU2 SPERT-202ENST00000378966 1842 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
USP28Q96RU2 EIF2B5-201ENST00000273783 2655 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
USP28Q96RU2 ACOT8-201ENST00000217455 1168 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
USP28Q96RU2 TLCD1-202ENST00000394933 784 ntTSL 2 BASIC21.51■■□□□ 1.03
USP28Q96RU2 INS-203ENST00000397262 639 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
USP28Q96RU2 AC010531.6-201ENST00000602282 401 ntTSL 2 BASIC21.51■■□□□ 1.03
USP28Q96RU2 C19orf25-201ENST00000427685 1410 ntTSL 2 BASIC21.51■■□□□ 1.03
USP28Q96RU2 PDE4A-202ENST00000344979 2579 ntTSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
USP28Q96RU2 CLN3-204ENST00000357857 1720 ntTSL 2 BASIC21.51■■□□□ 1.03
USP28Q96RU2 ZNF419-207ENST00000442920 1857 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.51■■□□□ 1.03
USP28Q96RU2 ZNF655-202ENST00000320583 1601 ntTSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
USP28Q96RU2 PLK1-201ENST00000300093 2227 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
USP28Q96RU2 PCDHA1-202ENST00000394633 2204 ntTSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
USP28Q96RU2 STK25-203ENST00000403346 2210 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
USP28Q96RU2 HS3ST3A1-201ENST00000284110 2527 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
USP28Q96RU2 GPR75-201ENST00000394705 2115 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 39.9 ms