Protein–RNA interactions for Protein: Q70EK8

USP53, Inactive ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 53, humanhuman

Predictions only

Length 1,073 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP53Q70EK8 KLK7-206ENST00000597707 1054 ntTSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
USP53Q70EK8 SLF2-205ENST00000609386 891 ntAPPRIS ALT2 BASIC18.23■□□□□ 0.51
USP53Q70EK8 PPP1R3F-201ENST00000055335 3421 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.23■□□□□ 0.51
USP53Q70EK8 MEN1-206ENST00000377321 2614 ntTSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
USP53Q70EK8 KIF22-203ENST00000561482 2505 ntTSL 2 BASIC18.23■□□□□ 0.51
USP53Q70EK8 NKX2-1-202ENST00000498187 2338 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
USP53Q70EK8 NKD2-201ENST00000274150 1940 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
USP53Q70EK8 PCCB-216ENST00000483687 1727 ntTSL 3 BASIC18.23■□□□□ 0.51
USP53Q70EK8 CASKIN2-205ENST00000581870 1612 ntTSL 2 BASIC18.23■□□□□ 0.51
USP53Q70EK8 GALNT13-201ENST00000392825 5536 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.23■□□□□ 0.51
USP53Q70EK8 RAB29-205ENST00000446390 1441 ntTSL 2 BASIC18.23■□□□□ 0.51
USP53Q70EK8 LY6E-203ENST00000517503 1335 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC18.23■□□□□ 0.51
USP53Q70EK8 AC005332.1-201ENST00000577698 1310 ntBASIC18.23■□□□□ 0.51
USP53Q70EK8 NTMT1-211ENST00000617943 1346 ntTSL 3 BASIC18.23■□□□□ 0.51
USP53Q70EK8 P2RX2-208ENST00000542301 1881 ntTSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
USP53Q70EK8 GOSR2-210ENST00000576910 1891 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC18.22■□□□□ 0.51
USP53Q70EK8 KLHDC2-201ENST00000298307 5514 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
USP53Q70EK8 TINCR-201ENST00000448587 3733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
USP53Q70EK8 TRMT6-202ENST00000453074 2239 ntTSL 2 BASIC18.22■□□□□ 0.51
USP53Q70EK8 NRL-206ENST00000561028 2103 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.22■□□□□ 0.51
USP53Q70EK8 STARD4-203ENST00000502322 1467 ntTSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
USP53Q70EK8 AC005332.7-201ENST00000614046 2005 ntBASIC18.22■□□□□ 0.51
USP53Q70EK8 ZDHHC20-201ENST00000320220 1351 ntTSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
USP53Q70EK8 BLACE-201ENST00000378120 2456 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
USP53Q70EK8 CKMT1A-202ENST00000413453 1911 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
USP53Q70EK8 CYP21A2-222ENST00000435122 1914 ntTSL 2 BASIC18.22■□□□□ 0.51
USP53Q70EK8 GPR32-201ENST00000270590 1269 ntAPPRIS P1 BASIC18.22■□□□□ 0.51
USP53Q70EK8 DAP-202ENST00000432074 1048 ntTSL 2 BASIC18.22■□□□□ 0.51
USP53Q70EK8 CBR1-203ENST00000439427 1024 ntTSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
USP53Q70EK8 LINC01063-201ENST00000441644 348 ntTSL 3 BASIC18.22■□□□□ 0.51
USP53Q70EK8 LINC00599-204ENST00000521242 716 ntTSL 3 BASIC18.22■□□□□ 0.51
USP53Q70EK8 VENTXP5-201ENST00000523979 775 ntBASIC18.22■□□□□ 0.51
USP53Q70EK8 NUDT16L1-203ENST00000586252 922 ntTSL 3 BASIC18.22■□□□□ 0.51
USP53Q70EK8 VPS72-207ENST00000640458 689 ntTSL 5 BASIC18.22■□□□□ 0.51
USP53Q70EK8 CDC42EP1-201ENST00000249014 2181 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
USP53Q70EK8 ICA1-208ENST00000407906 1615 ntTSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
USP53Q70EK8 AC087482.1-204ENST00000636067 2431 ntTSL 5 BASIC18.22■□□□□ 0.51
USP53Q70EK8 TFEB-211ENST00000420312 1996 ntTSL 5 BASIC18.22■□□□□ 0.51
USP53Q70EK8 CCDC106-201ENST00000308964 1546 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
USP53Q70EK8 CLINT1-207ENST00000523908 2346 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
USP53Q70EK8 FBXW9-203ENST00000587955 1437 ntTSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
USP53Q70EK8 ZNF12-201ENST00000342651 2921 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.22■□□□□ 0.51
USP53Q70EK8 OTOP2-201ENST00000331427 2147 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.22■□□□□ 0.51
USP53Q70EK8 GPR3-201ENST00000374024 2115 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
USP53Q70EK8 LIMS2-204ENST00000409286 1678 ntTSL 2 BASIC18.22■□□□□ 0.51
USP53Q70EK8 MIXL1-201ENST00000366810 2005 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
USP53Q70EK8 ATP5L-201ENST00000300688 1577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
USP53Q70EK8 CRYZL1-203ENST00000381540 1482 ntTSL 2 BASIC18.21■□□□□ 0.51
USP53Q70EK8 LRPPRC-202ENST00000409659 1610 ntTSL 5 BASIC18.21■□□□□ 0.51
USP53Q70EK8 TLCD1-201ENST00000292090 1017 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
USP53Q70EK8 SPATA22-202ENST00000355380 1216 ntTSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
USP53Q70EK8 ILF2-202ENST00000368681 726 ntTSL 2 BASIC18.21■□□□□ 0.51
USP53Q70EK8 STARP1-201ENST00000397973 869 ntBASIC18.21■□□□□ 0.51
USP53Q70EK8 AL023284.2-201ENST00000405850 579 ntBASIC18.21■□□□□ 0.51
USP53Q70EK8 CATIP-AS1-202ENST00000441749 480 ntTSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
USP53Q70EK8 HCG4P8-203ENST00000443049 980 ntBASIC18.21■□□□□ 0.51
USP53Q70EK8 CNTD2-203ENST00000513948 787 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.21■□□□□ 0.51
USP53Q70EK8 LINC00910-203ENST00000587874 544 ntTSL 4 BASIC18.21■□□□□ 0.51
USP53Q70EK8 FBXL16-203ENST00000562563 2257 ntTSL 2 BASIC18.21■□□□□ 0.51
USP53Q70EK8 KLRG2-201ENST00000340940 2197 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
USP53Q70EK8 MRM3-201ENST00000304478 1809 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
USP53Q70EK8 FOXD4-201ENST00000382500 1974 ntAPPRIS P1 BASIC18.21■□□□□ 0.5
USP53Q70EK8 KLC2-204ENST00000394067 2898 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
USP53Q70EK8 CDC14B-208ENST00000463569 1734 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.2■□□□□ 0.5
USP53Q70EK8 DISC1-215ENST00000602281 2761 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
USP53Q70EK8 TAX1BP3-201ENST00000225525 1377 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
USP53Q70EK8 JAKMIP1-208ENST00000637373 1362 ntTSL 5 BASIC18.2■□□□□ 0.5
USP53Q70EK8 GRM5-202ENST00000305447 4571 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
USP53Q70EK8 TNFRSF1A-213ENST00000540022 1527 ntTSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
USP53Q70EK8 RAP1GDS1-201ENST00000264572 1686 ntTSL 5 BASIC18.2■□□□□ 0.5
USP53Q70EK8 KCNMB3-202ENST00000349697 1228 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.2■□□□□ 0.5
USP53Q70EK8 NMRK1-202ENST00000376808 1121 ntTSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
USP53Q70EK8 RNF216P1-205ENST00000406089 807 ntTSL 5 BASIC18.2■□□□□ 0.5
USP53Q70EK8 SPDYE15P-201ENST00000424157 909 ntBASIC18.2■□□□□ 0.5
USP53Q70EK8 DUSP5P1-201ENST00000441325 1139 ntBASIC18.2■□□□□ 0.5
USP53Q70EK8 PTK2-216ENST00000519881 863 ntTSL 3 BASIC18.2■□□□□ 0.5
USP53Q70EK8 ZNF444P1-201ENST00000559497 298 ntBASIC18.2■□□□□ 0.5
USP53Q70EK8 AC138207.7-201ENST00000584499 668 ntTSL 5 BASIC18.2■□□□□ 0.5
USP53Q70EK8 BCL2L12-208ENST00000600947 633 ntTSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
USP53Q70EK8 GFOD2-207ENST00000602855 819 ntTSL 3 BASIC18.2■□□□□ 0.5
USP53Q70EK8 HYMAI.1-201ENST00000620949 238 ntBASIC18.2■□□□□ 0.5
USP53Q70EK8 TDRP-203ENST00000523656 2622 ntTSL 5 BASIC18.2■□□□□ 0.5
USP53Q70EK8 C14orf79-202ENST00000547315 2370 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
USP53Q70EK8 LINC01311-201ENST00000565162 1445 ntBASIC18.2■□□□□ 0.5
USP53Q70EK8 AC007952.6-201ENST00000573168 2673 ntBASIC18.2■□□□□ 0.5
USP53Q70EK8 AC003957.1-201ENST00000625108 2673 ntBASIC18.2■□□□□ 0.5
USP53Q70EK8 TH-203ENST00000352909 1889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
USP53Q70EK8 SNRPN-207ENST00000554227 1763 ntTSL 5 BASIC18.19■□□□□ 0.5
USP53Q70EK8 GIT1-201ENST00000225394 3768 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
USP53Q70EK8 TMEM176A-210ENST00000484928 1530 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC18.19■□□□□ 0.5
USP53Q70EK8 MELTF-202ENST00000296351 1650 ntTSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
USP53Q70EK8 COPE-201ENST00000262812 1141 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
USP53Q70EK8 BET1L-202ENST00000332865 533 ntTSL 5 BASIC18.19■□□□□ 0.5
USP53Q70EK8 SYCE1L-201ENST00000378644 858 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC18.19■□□□□ 0.5
USP53Q70EK8 ZMYM5-203ENST00000382907 1092 ntTSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
USP53Q70EK8 FXN-203ENST00000396366 922 ntTSL 2 BASIC18.19■□□□□ 0.5
USP53Q70EK8 LINC00421-201ENST00000413833 1054 ntTSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
USP53Q70EK8 DMKN-208ENST00000424570 1293 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
USP53Q70EK8 AC005091.1-201ENST00000441955 1190 ntTSL 3 BASIC18.19■□□□□ 0.5
USP53Q70EK8 AL162457.2-201ENST00000447909 937 ntTSL 3 BASIC18.19■□□□□ 0.5
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 37.3 ms