Protein–RNA interactions for Protein: P06340

HLA-DOA, HLA class II histocompatibility antigen, DO alpha chain, humanhuman

Predictions only

Length 250 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HLA-DOAP06340 PTGER3-202ENST00000351052 1404 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.19■■□□□ 1.14
HLA-DOAP06340 ARID3C-201ENST00000378909 1411 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.19■■□□□ 1.14
HLA-DOAP06340 WNT5B-203ENST00000537031 1437 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.19■■□□□ 1.14
HLA-DOAP06340 KRT81-202ENST00000615839 1505 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.19■■□□□ 1.14
HLA-DOAP06340 CDK4-202ENST00000312990 1650 ntTSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
HLA-DOAP06340 CCT5-205ENST00000506600 1939 ntTSL 2 BASIC22.19■■□□□ 1.14
HLA-DOAP06340 NBL1-209ENST00000548815 1953 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC22.19■■□□□ 1.14
HLA-DOAP06340 SIX5-203ENST00000560168 1975 ntTSL 4 BASIC22.19■■□□□ 1.14
HLA-DOAP06340 VWA8-AS1-201ENST00000611103 2079 ntTSL 2 BASIC22.19■■□□□ 1.14
HLA-DOAP06340 TOR1B-201ENST00000259339 2769 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
HLA-DOAP06340 PLEKHG2-202ENST00000409797 2205 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.18■■□□□ 1.14
HLA-DOAP06340 HDAC2-201ENST00000368632 2084 ntTSL 2 BASIC22.18■■□□□ 1.14
HLA-DOAP06340 CD7-206ENST00000583376 1659 ntTSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
HLA-DOAP06340 PNKP-224ENST00000631020 1545 ntTSL 5 BASIC22.18■■□□□ 1.14
HLA-DOAP06340 FGF2-202ENST00000608478 3880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
HLA-DOAP06340 TMEM190-201ENST00000291934 593 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
HLA-DOAP06340 TMEM88-201ENST00000301599 875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
HLA-DOAP06340 ZFAND2A-201ENST00000316495 860 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
HLA-DOAP06340 ZFAND2A-203ENST00000401903 968 ntTSL 3 BASIC22.18■■□□□ 1.14
HLA-DOAP06340 TMEM243-203ENST00000433078 1273 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.18■■□□□ 1.14
HLA-DOAP06340 ELP6-205ENST00000439305 880 ntTSL 2 BASIC22.18■■□□□ 1.14
HLA-DOAP06340 AC051649.1-201ENST00000509204 330 ntTSL 3 BASIC22.18■■□□□ 1.14
HLA-DOAP06340 MIR3917-201ENST00000580971 93 ntBASIC22.18■■□□□ 1.14
HLA-DOAP06340 LCE1C-202ENST00000607093 644 ntAPPRIS P2 BASIC22.18■■□□□ 1.14
HLA-DOAP06340 AL157888.1-201ENST00000631930 593 ntBASIC22.18■■□□□ 1.14
HLA-DOAP06340 EIF2B1-201ENST00000424014 2477 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
HLA-DOAP06340 NEK3-208ENST00000618534 2414 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.18■■□□□ 1.14
HLA-DOAP06340 SMARCD2-212ENST00000613943 2342 ntTSL 5 BASIC22.18■■□□□ 1.14
HLA-DOAP06340 SLC39A1-209ENST00000537590 2022 ntTSL 2 BASIC22.18■■□□□ 1.14
HLA-DOAP06340 ISCA1-203ENST00000375991 1958 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
HLA-DOAP06340 SORCS3-201ENST00000369699 5530 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.17■■□□□ 1.14
HLA-DOAP06340 MATN4-201ENST00000353917 1657 ntTSL 5 BASIC22.17■■□□□ 1.14
HLA-DOAP06340 SEPT9-236ENST00000591088 1691 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.17■■□□□ 1.14
HLA-DOAP06340 CDX4-201ENST00000373514 1515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
HLA-DOAP06340 MATR3-206ENST00000503811 2518 ntTSL 2 BASIC22.17■■□□□ 1.14
HLA-DOAP06340 GNAI1-201ENST00000351004 3347 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
HLA-DOAP06340 NAB2-202ENST00000342556 2318 ntTSL 5 BASIC22.17■■□□□ 1.14
HLA-DOAP06340 NTMT1-203ENST00000372483 1315 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
HLA-DOAP06340 SRRM2-AS1-203ENST00000571305 1344 ntTSL 2 BASIC22.17■■□□□ 1.14
HLA-DOAP06340 MIR564-202ENST00000385049 94 ntBASIC22.17■■□□□ 1.14
HLA-DOAP06340 AC093901.1-201ENST00000414886 778 ntTSL 5 BASIC22.17■■□□□ 1.14
HLA-DOAP06340 AL603832.1-201ENST00000421943 449 ntTSL 5 BASIC22.17■■□□□ 1.14
HLA-DOAP06340 HOXB-AS3-203ENST00000465846 434 ntTSL 3 BASIC22.17■■□□□ 1.14
HLA-DOAP06340 PIGQ-209ENST00000470411 2112 ntTSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
HLA-DOAP06340 CSRP1-214ENST00000531916 890 ntTSL 5 BASIC22.17■■□□□ 1.14
HLA-DOAP06340 PRTN3-202ENST00000544537 1036 ntTSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
HLA-DOAP06340 CEP85L-205ENST00000419517 2079 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
HLA-DOAP06340 ACBD4-204ENST00000431281 2026 ntTSL 5 BASIC22.17■■□□□ 1.14
HLA-DOAP06340 PDE9A-206ENST00000380328 1875 ntTSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
HLA-DOAP06340 STXBP2-202ENST00000414284 1859 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
HLA-DOAP06340 ARID4B-203ENST00000366603 5946 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
HLA-DOAP06340 OBSL1-204ENST00000404537 5841 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
HLA-DOAP06340 SHCBP1L-201ENST00000367547 2317 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
HLA-DOAP06340 CCK-202ENST00000396169 1527 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
HLA-DOAP06340 HOXB1-202ENST00000577092 1414 ntBASIC22.16■■□□□ 1.14
HLA-DOAP06340 CFAP100-203ENST00000505024 1994 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
HLA-DOAP06340 UPF1-201ENST00000262803 5348 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
HLA-DOAP06340 PLEKHM2-202ENST00000375799 4122 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
HLA-DOAP06340 PGAM1-201ENST00000334828 1830 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
HLA-DOAP06340 CD1E-211ENST00000368166 1271 ntTSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
HLA-DOAP06340 UFD1-202ENST00000399523 1007 ntTSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
HLA-DOAP06340 CRELD2-204ENST00000407217 1230 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
HLA-DOAP06340 HCG4P8-203ENST00000443049 980 ntBASIC22.16■■□□□ 1.14
HLA-DOAP06340 LINC02317-201ENST00000555413 426 ntTSL 3 BASIC22.16■■□□□ 1.14
HLA-DOAP06340 LINC00092-202ENST00000580908 580 ntTSL 2 BASIC22.16■■□□□ 1.14
HLA-DOAP06340 NDUFV2-AS1-203ENST00000608008 779 ntBASIC22.16■■□□□ 1.14
HLA-DOAP06340 Metazoa_SRP.33-201ENST00000613468 285 ntBASIC22.16■■□□□ 1.14
HLA-DOAP06340 SMIM20-205ENST00000614775 1190 ntTSL 5 BASIC22.16■■□□□ 1.14
HLA-DOAP06340 IFNL4-202ENST00000616270 1132 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
HLA-DOAP06340 SCUBE1-201ENST00000290460 2258 ntTSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
HLA-DOAP06340 ARHGAP11A-205ENST00000563864 2279 ntTSL 5 BASIC22.16■■□□□ 1.14
HLA-DOAP06340 CD19-206ENST00000567541 1707 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
HLA-DOAP06340 AKIRIN2-201ENST00000257787 1662 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
HLA-DOAP06340 FAM182B-201ENST00000376403 1681 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
HLA-DOAP06340 ISYNA1-206ENST00000578963 1691 ntTSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
HLA-DOAP06340 APAF1-210ENST00000551964 5444 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
HLA-DOAP06340 CAB39-202ENST00000409788 1626 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.16■■□□□ 1.14
HLA-DOAP06340 RUVBL2-206ENST00000595090 2009 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
HLA-DOAP06340 HOXD10-201ENST00000249501 1989 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
HLA-DOAP06340 RMND5A-201ENST00000283632 6301 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
HLA-DOAP06340 NFE2-204ENST00000553070 1523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
HLA-DOAP06340 EML2-220ENST00000589876 2364 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
HLA-DOAP06340 SRSF2-202ENST00000359995 1927 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
HLA-DOAP06340 TRIP13-201ENST00000166345 2672 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
HLA-DOAP06340 CDK13-202ENST00000340829 5066 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
HLA-DOAP06340 CELF2-217ENST00000638035 1849 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.15■■□□□ 1.14
HLA-DOAP06340 MYC-205ENST00000524013 2150 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
HLA-DOAP06340 ALDOA-212ENST00000564546 2104 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
HLA-DOAP06340 DMRTA2-202ENST00000418121 2840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
HLA-DOAP06340 LIMS2-204ENST00000409286 1678 ntTSL 2 BASIC22.15■■□□□ 1.14
HLA-DOAP06340 PRMT8-202ENST00000382622 2366 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
HLA-DOAP06340 TSPY8-203ENST00000383005 435 ntTSL 5 BASIC22.15■■□□□ 1.14
HLA-DOAP06340 UBE2E1-AS1-201ENST00000426702 778 ntTSL 3 BASIC22.15■■□□□ 1.14
HLA-DOAP06340 CNP-204ENST00000472031 1019 ntTSL 2 BASIC22.15■■□□□ 1.14
HLA-DOAP06340 MFGE8-203ENST00000542878 1172 ntTSL 2 BASIC22.15■■□□□ 1.14
HLA-DOAP06340 SPACA6-213ENST00000637797 1073 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
HLA-DOAP06340 SHANK1-203ENST00000391813 4785 ntTSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
HLA-DOAP06340 SNX19-209ENST00000530356 1562 ntTSL 2 BASIC22.15■■□□□ 1.14
HLA-DOAP06340 UBE2Q2-204ENST00000561851 1582 ntTSL 2 BASIC22.15■■□□□ 1.14
HLA-DOAP06340 SPRYD7-204ENST00000613924 2285 ntTSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 34.9 ms