Protein–RNA interactions for Protein: Q96RU2

USP28, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 28, humanhuman

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Length 1,077 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP28Q96RU2 LZTS3-201ENST00000329152 5257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
USP28Q96RU2 FST-201ENST00000256759 2519 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
USP28Q96RU2 TFAP4-201ENST00000204517 2215 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
USP28Q96RU2 ZNF420-201ENST00000304239 1945 ntTSL 2 BASIC21.59■■□□□ 1.05
USP28Q96RU2 SMPD1-203ENST00000527275 2188 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC21.58■■□□□ 1.05
USP28Q96RU2 FAM219B-204ENST00000563119 2721 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.05
USP28Q96RU2 HOXC11-201ENST00000243082 2039 ntTSL 3 BASIC21.58■■□□□ 1.05
USP28Q96RU2 MICU3-201ENST00000318063 3992 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.05
USP28Q96RU2 CD248-201ENST00000311330 2558 ntAPPRIS P1 BASIC21.58■■□□□ 1.05
USP28Q96RU2 P2RY6-201ENST00000349767 1700 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.58■■□□□ 1.05
USP28Q96RU2 PTGER3-209ENST00000460330 1447 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.05
USP28Q96RU2 STMN3-202ENST00000540534 2351 ntTSL 2 BASIC21.58■■□□□ 1.05
USP28Q96RU2 GUCY1A2-201ENST00000282249 3047 ntTSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.05
USP28Q96RU2 NDUFB10-201ENST00000268668 705 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.05
USP28Q96RU2 CLDND2-201ENST00000291715 974 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.05
USP28Q96RU2 AC093620.1-201ENST00000342963 583 ntTSL 3 BASIC21.58■■□□□ 1.05
USP28Q96RU2 FAM167B-201ENST00000373582 936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.05
USP28Q96RU2 AP002982.1-201ENST00000492365 877 ntBASIC21.58■■□□□ 1.05
USP28Q96RU2 FCMR-210ENST00000628511 1055 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.05
USP28Q96RU2 TYMS-203ENST00000323274 1662 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.05
USP28Q96RU2 GPRIN2-201ENST00000374314 1696 ntAPPRIS P1 BASIC21.58■■□□□ 1.05
USP28Q96RU2 ISYNA1-206ENST00000578963 1691 ntTSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.05
USP28Q96RU2 PRR14-202ENST00000300835 2198 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.04
USP28Q96RU2 LRP3-201ENST00000253193 3807 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.04
USP28Q96RU2 MAFF-207ENST00000538999 2365 ntTSL 2 BASIC21.58■■□□□ 1.04
USP28Q96RU2 LINC00511-201ENST00000453722 1716 ntTSL 2 BASIC21.58■■□□□ 1.04
USP28Q96RU2 AC018470.1-201ENST00000624790 3129 ntBASIC21.58■■□□□ 1.04
USP28Q96RU2 KIFC3-201ENST00000379655 3427 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
USP28Q96RU2 KLC1-217ENST00000554280 2426 ntTSL 5 BASIC21.57■■□□□ 1.04
USP28Q96RU2 MCCC1-214ENST00000610757 2410 ntTSL 5 BASIC21.57■■□□□ 1.04
USP28Q96RU2 TNFSF9-201ENST00000245817 1665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
USP28Q96RU2 MTERF2-202ENST00000392830 1763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
USP28Q96RU2 IL17C-201ENST00000244241 1044 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
USP28Q96RU2 TMEM223-201ENST00000307366 1288 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
USP28Q96RU2 STK24-AS1-201ENST00000434547 1278 ntTSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
USP28Q96RU2 KSR1P1-201ENST00000446298 240 ntBASIC21.57■■□□□ 1.04
USP28Q96RU2 AC073111.3-201ENST00000478789 635 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.57■■□□□ 1.04
USP28Q96RU2 PRSS44-201ENST00000515154 1146 ntBASIC21.57■■□□□ 1.04
USP28Q96RU2 AMN1-211ENST00000541931 880 ntTSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
USP28Q96RU2 ASB7-203ENST00000558747 2133 ntTSL 5 BASIC21.57■■□□□ 1.04
USP28Q96RU2 MRPL4-204ENST00000588502 827 ntTSL 2 BASIC21.57■■□□□ 1.04
USP28Q96RU2 MARK1-203ENST00000402574 5273 ntTSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
USP28Q96RU2 ZGPAT-202ENST00000355969 1871 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
USP28Q96RU2 TBC1D9-201ENST00000442267 5306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
USP28Q96RU2 KRT8P32-201ENST00000512863 1461 ntBASIC21.57■■□□□ 1.04
USP28Q96RU2 AC073592.3-201ENST00000625118 1834 ntBASIC21.57■■□□□ 1.04
USP28Q96RU2 SLC39A7-201ENST00000374675 2153 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
USP28Q96RU2 VMAC-201ENST00000339485 2254 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
USP28Q96RU2 CASKIN1-201ENST00000343516 5759 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
USP28Q96RU2 KDM4B-202ENST00000381759 3058 ntTSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
USP28Q96RU2 KRT14-201ENST00000167586 1662 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
USP28Q96RU2 ECE1-203ENST00000374893 2484 ntTSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
USP28Q96RU2 ALKBH4-201ENST00000292566 2105 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
USP28Q96RU2 LURAP1-201ENST00000371980 1854 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
USP28Q96RU2 ADAMTS8-201ENST00000257359 4010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
USP28Q96RU2 UCHL5-202ENST00000367449 1507 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
USP28Q96RU2 TNFRSF1A-213ENST00000540022 1527 ntTSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
USP28Q96RU2 CENPA-201ENST00000233505 1299 ntTSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
USP28Q96RU2 TNFRSF18-204ENST00000486728 727 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
USP28Q96RU2 RPPH1-201ENST00000516869 333 ntBASIC21.56■■□□□ 1.04
USP28Q96RU2 CNOT8-224ENST00000523698 862 ntTSL 2 BASIC21.56■■□□□ 1.04
USP28Q96RU2 AC087498.1-201ENST00000572493 945 ntAPPRIS P1 BASIC21.56■■□□□ 1.04
USP28Q96RU2 ASPSCR1-211ENST00000581647 720 ntTSL 2 BASIC21.56■■□□□ 1.04
USP28Q96RU2 MMD2-204ENST00000612910 778 ntTSL 5 BASIC21.56■■□□□ 1.04
USP28Q96RU2 KANSL1-218ENST00000638275 5352 ntTSL 5 BASIC21.56■■□□□ 1.04
USP28Q96RU2 BAG3-201ENST00000369085 2571 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
USP28Q96RU2 NARFL-201ENST00000251588 2112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
USP28Q96RU2 C5orf30-203ENST00000515669 1573 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.56■■□□□ 1.04
USP28Q96RU2 NAPRT-202ENST00000426292 1654 ntTSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
USP28Q96RU2 LRP1-204ENST00000553277 1693 ntTSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
USP28Q96RU2 CABIN1-202ENST00000337989 2422 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
USP28Q96RU2 CADPS-201ENST00000283269 4591 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
USP28Q96RU2 DOC2A-208ENST00000564944 1782 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.56■■□□□ 1.04
USP28Q96RU2 KRT8P3-201ENST00000519669 1449 ntBASIC21.55■■□□□ 1.04
USP28Q96RU2 ANKRD10-201ENST00000267339 2495 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.55■■□□□ 1.04
USP28Q96RU2 AGAP1-205ENST00000409538 6138 ntTSL 5 BASIC21.55■■□□□ 1.04
USP28Q96RU2 PRSS12-201ENST00000296498 4809 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
USP28Q96RU2 RRN3-205ENST00000563559 2128 ntTSL 5 BASIC21.55■■□□□ 1.04
USP28Q96RU2 TCTN1-225ENST00000551590 2309 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
USP28Q96RU2 HOXA9-202ENST00000396345 797 ntTSL 2 BASIC21.55■■□□□ 1.04
USP28Q96RU2 AC004951.3-201ENST00000418645 1148 ntBASIC21.55■■□□□ 1.04
USP28Q96RU2 LINC01301-204ENST00000530725 577 ntTSL 4 BASIC21.55■■□□□ 1.04
USP28Q96RU2 ICAM2-207ENST00000579687 1154 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.55■■□□□ 1.04
USP28Q96RU2 AC011445.1-201ENST00000601911 877 ntTSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
USP28Q96RU2 LGALS9-202ENST00000313648 1378 ntTSL 3 BASIC21.55■■□□□ 1.04
USP28Q96RU2 SIGIRR-202ENST00000397632 1598 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
USP28Q96RU2 DNAJC8-201ENST00000263697 1759 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
USP28Q96RU2 SLC22A23-205ENST00000436008 6641 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.55■■□□□ 1.04
USP28Q96RU2 SHKBP1-201ENST00000291842 2363 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
USP28Q96RU2 CPAMD8-202ENST00000388925 5355 ntTSL 5 BASIC21.55■■□□□ 1.04
USP28Q96RU2 SLC9A6-202ENST00000370698 4631 ntTSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
USP28Q96RU2 URI1-202ENST00000392271 3444 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
USP28Q96RU2 RNF121-201ENST00000361756 2625 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
USP28Q96RU2 PRELID3A-209ENST00000592149 2001 ntTSL 2 BASIC21.55■■□□□ 1.04
USP28Q96RU2 C6orf118-201ENST00000230301 1812 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
USP28Q96RU2 PTN-201ENST00000348225 1614 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
USP28Q96RU2 NUBP2-201ENST00000262302 1413 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
USP28Q96RU2 LINC02028-204ENST00000449350 1419 ntTSL 3 BASIC21.55■■□□□ 1.04
USP28Q96RU2 SMN1-209ENST00000514951 1308 ntTSL 2 BASIC21.55■■□□□ 1.04
USP28Q96RU2 PROB1-201ENST00000434752 5122 ntAPPRIS P1 BASIC21.54■■□□□ 1.04
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