Protein–RNA interactions for Protein: Q53GG5

PDLIM3, PDZ and LIM domain protein 3, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 364 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
PDLIM3Q53GG5 NFIX-205ENST00000585575 1485 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.64■□□□□ 0.09
PDLIM3Q53GG5 IVNS1ABP-202ENST00000367498 4199 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.64■□□□□ 0.09
PDLIM3Q53GG5 TMTC1-203ENST00000539277 2758 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.64■□□□□ 0.09
PDLIM3Q53GG5 TBXA2R-201ENST00000375190 2608 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.64■□□□□ 0.09
PDLIM3Q53GG5 SH3BP4-202ENST00000392011 5194 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.64■□□□□ 0.09
PDLIM3Q53GG5 HIKESHI-207ENST00000533986 1694 ntTSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
PDLIM3Q53GG5 LRCH2-202ENST00000538422 4868 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
PDLIM3Q53GG5 PDZD8-201ENST00000334464 9699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
PDLIM3Q53GG5 TMEM70-201ENST00000312184 2018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
PDLIM3Q53GG5 CORO1B-201ENST00000341356 1881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
PDLIM3Q53GG5 MCIDAS-201ENST00000513312 1736 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
PDLIM3Q53GG5 WNK1-203ENST00000447667 1902 ntTSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
PDLIM3Q53GG5 HLA-G-201ENST00000360323 1427 ntAPPRIS P2 BASIC15.63■□□□□ 0.09
PDLIM3Q53GG5 HIPK1-207ENST00000369561 3777 ntTSL 5 BASIC15.63■□□□□ 0.09
PDLIM3Q53GG5 LGI3-201ENST00000306317 3272 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
PDLIM3Q53GG5 PAIP1-201ENST00000306846 2782 ntTSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
PDLIM3Q53GG5 BTD-202ENST00000383778 2261 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.63■□□□□ 0.09
PDLIM3Q53GG5 GCHFR-201ENST00000260447 777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
PDLIM3Q53GG5 MSGN1-201ENST00000281047 606 ntAPPRIS P1 BASIC15.63■□□□□ 0.09
PDLIM3Q53GG5 FAM86B2-202ENST00000309608 806 ntTSL 3 BASIC15.63■□□□□ 0.09
PDLIM3Q53GG5 MUC1-204ENST00000343256 648 ntTSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
PDLIM3Q53GG5 AC005521.1-201ENST00000393351 872 ntBASIC15.63■□□□□ 0.09
PDLIM3Q53GG5 IFRD2-202ENST00000417626 2109 ntTSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
PDLIM3Q53GG5 STK24-AS1-201ENST00000434547 1278 ntTSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
PDLIM3Q53GG5 AL807752.2-201ENST00000435463 301 ntTSL 3 BASIC15.63■□□□□ 0.09
PDLIM3Q53GG5 AP001059.1-201ENST00000442785 523 ntTSL 3 BASIC15.63■□□□□ 0.09
PDLIM3Q53GG5 SLC52A2-205ENST00000526752 710 ntTSL 3 BASIC15.63■□□□□ 0.09
PDLIM3Q53GG5 RPH3AL-203ENST00000536489 1235 ntTSL 2 BASIC15.63■□□□□ 0.09
PDLIM3Q53GG5 AC002310.4-201ENST00000568114 377 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.63■□□□□ 0.09
PDLIM3Q53GG5 AL590627.2-201ENST00000637510 144 ntTSL 5 BASIC15.63■□□□□ 0.09
PDLIM3Q53GG5 SLC38A11-203ENST00000409149 1621 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC15.63■□□□□ 0.09
PDLIM3Q53GG5 FBXL3-201ENST00000355619 3503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
PDLIM3Q53GG5 ADGRB2-212ENST00000527361 4919 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
PDLIM3Q53GG5 TLCD2-201ENST00000330676 5971 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.63■□□□□ 0.09
PDLIM3Q53GG5 PLCG1-AS1-201ENST00000454626 1462 ntTSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
PDLIM3Q53GG5 PDLIM2-221ENST00000622702 1490 ntTSL 5 BASIC15.63■□□□□ 0.09
PDLIM3Q53GG5 CPEB2-202ENST00000345451 2013 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
PDLIM3Q53GG5 ZNF281-201ENST00000294740 4891 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
PDLIM3Q53GG5 SLC25A20-201ENST00000319017 1879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
PDLIM3Q53GG5 PRDM11-201ENST00000424263 1858 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.63■□□□□ 0.09
PDLIM3Q53GG5 SYTL1-210ENST00000616558 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
PDLIM3Q53GG5 C17orf58-201ENST00000334461 1535 ntTSL 2 BASIC15.63■□□□□ 0.09
PDLIM3Q53GG5 PCDH7-206ENST00000543491 4457 ntAPPRIS ALT2 BASIC15.62■□□□□ 0.09
PDLIM3Q53GG5 KRT81-201ENST00000327741 1929 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.62■□□□□ 0.09
PDLIM3Q53GG5 MICU2-201ENST00000382374 1920 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.62■□□□□ 0.09
PDLIM3Q53GG5 ATPAF2-206ENST00000474627 1564 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.62■□□□□ 0.09
PDLIM3Q53GG5 TBX6-201ENST00000279386 1796 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.62■□□□□ 0.09
PDLIM3Q53GG5 WDR34-201ENST00000372715 1755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.62■□□□□ 0.09
PDLIM3Q53GG5 TBX6-205ENST00000627355 1796 ntTSL 5 BASIC15.62■□□□□ 0.09
PDLIM3Q53GG5 KIF1BP-201ENST00000361983 2544 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.62■□□□□ 0.09
PDLIM3Q53GG5 ANKRD65-201ENST00000427211 1976 ntTSL 1 (best) BASIC15.62■□□□□ 0.09
PDLIM3Q53GG5 SLC23A3-201ENST00000295738 2037 ntTSL 1 (best) BASIC15.62■□□□□ 0.09
PDLIM3Q53GG5 PRR5-ARHGAP8-201ENST00000352766 2043 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.62■□□□□ 0.09
PDLIM3Q53GG5 COPS7A-204ENST00000534947 2034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.62■□□□□ 0.09
PDLIM3Q53GG5 RPP25-201ENST00000322177 3049 ntAPPRIS P1 BASIC15.62■□□□□ 0.09
PDLIM3Q53GG5 KRAS-201ENST00000256078 1119 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.62■□□□□ 0.09
PDLIM3Q53GG5 PRSS57-201ENST00000329267 1025 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.62■□□□□ 0.09
PDLIM3Q53GG5 IFI6-201ENST00000339145 822 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC15.62■□□□□ 0.09
PDLIM3Q53GG5 POM121L13P-201ENST00000422362 380 ntBASIC15.62■□□□□ 0.09
PDLIM3Q53GG5 NOL7-202ENST00000451315 1184 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.62■□□□□ 0.09
PDLIM3Q53GG5 OPA3-203ENST00000544371 1146 ntTSL 2 BASIC15.62■□□□□ 0.09
PDLIM3Q53GG5 SLC39A11-207ENST00000579732 1004 ntTSL 2 BASIC15.62■□□□□ 0.09
PDLIM3Q53GG5 NTF6B-201ENST00000591913 560 ntBASIC15.62■□□□□ 0.09
PDLIM3Q53GG5 CD209-209ENST00000601256 994 ntTSL 1 (best) BASIC15.62■□□□□ 0.09
PDLIM3Q53GG5 PRSS57-202ENST00000613411 1090 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.62■□□□□ 0.09
PDLIM3Q53GG5 VSTM2B-201ENST00000335523 1488 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.62■□□□□ 0.09
PDLIM3Q53GG5 KLHDC4-201ENST00000270583 1886 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.62■□□□□ 0.09
PDLIM3Q53GG5 PCID2-202ENST00000337344 1898 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.62■□□□□ 0.09
PDLIM3Q53GG5 EFCAB11-202ENST00000538485 1870 ntTSL 2 BASIC15.62■□□□□ 0.09
PDLIM3Q53GG5 CHTOP-204ENST00000368694 2096 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.62■□□□□ 0.09
PDLIM3Q53GG5 CEP85L-205ENST00000419517 2079 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.62■□□□□ 0.09
PDLIM3Q53GG5 NRG2-202ENST00000289422 2923 ntTSL 5 BASIC15.62■□□□□ 0.09
PDLIM3Q53GG5 SNX4-201ENST00000251775 2513 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.62■□□□□ 0.09
PDLIM3Q53GG5 ZNF346-201ENST00000358149 2314 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.62■□□□□ 0.09
PDLIM3Q53GG5 ACHE-205ENST00000419336 1906 ntTSL 1 (best) BASIC15.62■□□□□ 0.09
PDLIM3Q53GG5 SLC16A13-201ENST00000308027 1748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.62■□□□□ 0.09
PDLIM3Q53GG5 YPEL5-205ENST00000402708 1735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.62■□□□□ 0.09
PDLIM3Q53GG5 KRT17P1-201ENST00000399211 1546 ntBASIC15.62■□□□□ 0.09
PDLIM3Q53GG5 LINC01505-207ENST00000637185 1540 ntTSL 5 BASIC15.62■□□□□ 0.09
PDLIM3Q53GG5 DDRGK1-201ENST00000354488 1306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.62■□□□□ 0.09
PDLIM3Q53GG5 GATAD1-201ENST00000287957 3361 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.62■□□□□ 0.09
PDLIM3Q53GG5 CTSH-201ENST00000220166 2190 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.62■□□□□ 0.09
PDLIM3Q53GG5 ASB6-202ENST00000277459 2180 ntTSL 1 (best) BASIC15.62■□□□□ 0.09
PDLIM3Q53GG5 TMEM250-201ENST00000418388 2823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.62■□□□□ 0.09
PDLIM3Q53GG5 CBX1-202ENST00000393408 2422 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.62■□□□□ 0.09
PDLIM3Q53GG5 CLDN5-204ENST00000618236 1374 ntAPPRIS P1 BASIC15.62■□□□□ 0.09
PDLIM3Q53GG5 PADI2-201ENST00000375481 1607 ntTSL 1 (best) BASIC15.61■□□□□ 0.09
PDLIM3Q53GG5 DND1-201ENST00000542735 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.61■□□□□ 0.09
PDLIM3Q53GG5 SPRYD7-204ENST00000613924 2285 ntTSL 1 (best) BASIC15.61■□□□□ 0.09
PDLIM3Q53GG5 ATF5-201ENST00000423777 2069 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.61■□□□□ 0.09
PDLIM3Q53GG5 SMPD3-203ENST00000563226 2093 ntTSL 1 (best) BASIC15.61■□□□□ 0.09
PDLIM3Q53GG5 FARSA-207ENST00000588025 2057 ntTSL 5 BASIC15.61■□□□□ 0.09
PDLIM3Q53GG5 EPOR-208ENST00000592375 2086 ntTSL 2 BASIC15.61■□□□□ 0.09
PDLIM3Q53GG5 KRT24-201ENST00000264651 1881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.61■□□□□ 0.09
PDLIM3Q53GG5 CCDC177-201ENST00000599174 4131 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.61■□□□□ 0.09
PDLIM3Q53GG5 TCTA-201ENST00000273590 2146 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.61■□□□□ 0.09
PDLIM3Q53GG5 NKX2-1-203ENST00000518149 2583 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.61■□□□□ 0.09
PDLIM3Q53GG5 BTBD1-202ENST00000379403 1467 ntTSL 5 BASIC15.61■□□□□ 0.09
PDLIM3Q53GG5 GMPPA-213ENST00000622191 1473 ntTSL 5 BASIC15.61■□□□□ 0.09
PDLIM3Q53GG5 PRR14-202ENST00000300835 2198 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.61■□□□□ 0.09
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 34.8 ms