Protein–RNA interactions for Protein: P35499

SCN4A, Sodium channel protein type 4 subunit alpha, humanhuman

Predictions only

Length 1,836 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SCN4AP35499 GNB1-210ENST00000615252 3048 ntTSL 5 BASIC22.31■■□□□ 1.16
SCN4AP35499 AL353692.3-201ENST00000407031 1396 ntBASIC22.31■■□□□ 1.16
SCN4AP35499 MRGBP-201ENST00000370487 2781 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
SCN4AP35499 EEF1AKMT2-201ENST00000368836 1462 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
SCN4AP35499 SPDYC-201ENST00000377185 991 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
SCN4AP35499 AC005336.2-201ENST00000593183 939 ntBASIC22.31■■□□□ 1.16
SCN4AP35499 AC110285.2-201ENST00000571724 1565 ntTSL 2 BASIC22.31■■□□□ 1.16
SCN4AP35499 CHTOP-204ENST00000368694 2096 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
SCN4AP35499 AC093323.1-201ENST00000307533 2311 ntTSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
SCN4AP35499 AL365232.1-201ENST00000423730 1636 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.3■■□□□ 1.16
SCN4AP35499 RNF32-208ENST00000432459 1893 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
SCN4AP35499 ARHGDIA-201ENST00000269321 1906 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
SCN4AP35499 PMPCA-203ENST00000399219 1987 ntTSL 2 BASIC22.3■■□□□ 1.16
SCN4AP35499 TMEM104-202ENST00000417024 1781 ntTSL 2 BASIC22.3■■□□□ 1.16
SCN4AP35499 SPSB3-208ENST00000566339 1784 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
SCN4AP35499 PGAM1-201ENST00000334828 1830 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
SCN4AP35499 ELOF1-201ENST00000252445 1019 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.3■■□□□ 1.16
SCN4AP35499 CD63-204ENST00000546939 779 ntTSL 3 BASIC22.3■■□□□ 1.16
SCN4AP35499 GPAA1-201ENST00000355091 2078 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
SCN4AP35499 MATN4-204ENST00000372756 2077 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
SCN4AP35499 ILDR1-203ENST00000393631 1456 ntTSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
SCN4AP35499 SLC30A2-201ENST00000374276 2494 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
SCN4AP35499 CALHM2-201ENST00000260743 1859 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
SCN4AP35499 TH-203ENST00000352909 1889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
SCN4AP35499 EED-201ENST00000263360 2223 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
SCN4AP35499 CERS1-205ENST00000623927 2558 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
SCN4AP35499 DMAP1-201ENST00000315913 1552 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
SCN4AP35499 LINC00882-201ENST00000473636 710 ntTSL 3 BASIC22.29■■□□□ 1.16
SCN4AP35499 ENDOV-205ENST00000518644 625 ntTSL 4 BASIC22.29■■□□□ 1.16
SCN4AP35499 AC021739.2-201ENST00000558375 964 ntTSL 5 BASIC22.29■■□□□ 1.16
SCN4AP35499 AC013356.2-201ENST00000559730 729 ntTSL 3 BASIC22.29■■□□□ 1.16
SCN4AP35499 PAQR4-204ENST00000574988 869 ntTSL 2 BASIC22.29■■□□□ 1.16
SCN4AP35499 NAT14-202ENST00000587400 416 ntTSL 5 BASIC22.29■■□□□ 1.16
SCN4AP35499 FLT3LG-204ENST00000595510 1301 ntTSL 5 BASIC22.29■■□□□ 1.16
SCN4AP35499 FBXO27-202ENST00000509137 2130 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
SCN4AP35499 RABL2B-206ENST00000395598 2169 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
SCN4AP35499 S1PR5-202ENST00000439028 2191 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.29■■□□□ 1.16
SCN4AP35499 STAP2-201ENST00000594605 1426 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
SCN4AP35499 ILDR2-205ENST00000526687 2299 ntTSL 5 BASIC22.29■■□□□ 1.16
SCN4AP35499 DOK2-201ENST00000276420 1936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
SCN4AP35499 SRSF11-203ENST00000370951 2385 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
SCN4AP35499 UBTF-213ENST00000533177 3011 ntTSL 5 BASIC22.29■■□□□ 1.16
SCN4AP35499 ARHGEF25-201ENST00000286494 2552 ntTSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
SCN4AP35499 CLDN6-202ENST00000396925 1739 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.29■■□□□ 1.16
SCN4AP35499 PHOSPHO2-201ENST00000359744 1125 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
SCN4AP35499 LBH-204ENST00000406087 559 ntTSL 4 BASIC22.29■■□□□ 1.16
SCN4AP35499 PDCD6-207ENST00000509581 1156 ntTSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
SCN4AP35499 AP000763.4-201ENST00000544674 752 ntTSL 5 BASIC22.29■■□□□ 1.16
SCN4AP35499 FAM57A-205ENST00000572018 373 ntTSL 3 BASIC22.29■■□□□ 1.16
SCN4AP35499 ARMC7-203ENST00000581078 1002 ntTSL 2 BASIC22.29■■□□□ 1.16
SCN4AP35499 MIR3180-4-201ENST00000582223 153 ntBASIC22.29■■□□□ 1.16
SCN4AP35499 SEC11C-205ENST00000588875 718 ntTSL 2 BASIC22.29■■□□□ 1.16
SCN4AP35499 ANO2-212ENST00000612575 1087 ntTSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
SCN4AP35499 AC114341.1-201ENST00000618070 349 ntBASIC22.29■■□□□ 1.16
SCN4AP35499 AC116407.3-201ENST00000623905 1129 ntBASIC22.29■■□□□ 1.16
SCN4AP35499 XBP1-203ENST00000403532 1824 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC22.29■■□□□ 1.16
SCN4AP35499 ANXA8-202ENST00000583448 1971 ntTSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
SCN4AP35499 DNAJC7-203ENST00000457167 2022 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
SCN4AP35499 FAM83D-202ENST00000619850 2361 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
SCN4AP35499 PBX1-222ENST00000627490 1769 ntTSL 2 BASIC22.28■■□□□ 1.16
SCN4AP35499 CST3-201ENST00000376925 873 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
SCN4AP35499 RBM17P3-201ENST00000417687 1192 ntBASIC22.28■■□□□ 1.16
SCN4AP35499 METTL21A-205ENST00000426075 1051 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.28■■□□□ 1.16
SCN4AP35499 PP7080-203ENST00000510604 859 ntTSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
SCN4AP35499 CFL1-212ENST00000531413 636 ntTSL 3 BASIC22.28■■□□□ 1.16
SCN4AP35499 KIRREL3-AS1-201ENST00000548204 586 ntTSL 3 BASIC22.28■■□□□ 1.16
SCN4AP35499 C6orf48-210ENST00000614363 748 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.28■■□□□ 1.16
SCN4AP35499 AC073188.6-202ENST00000616616 2281 ntTSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
SCN4AP35499 CBWD2-204ENST00000433343 1411 ntTSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
SCN4AP35499 ZBTB22-208ENST00000431845 2651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
SCN4AP35499 RBM42-201ENST00000262633 1680 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
SCN4AP35499 BTBD9-205ENST00000419706 2034 ntTSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
SCN4AP35499 SDHAP1-207ENST00000440850 2000 ntBASIC22.28■■□□□ 1.16
SCN4AP35499 UBAP1-204ENST00000625521 2029 ntTSL 2 BASIC22.28■■□□□ 1.16
SCN4AP35499 TM2D1-201ENST00000294613 1250 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
SCN4AP35499 DPY30-201ENST00000295066 631 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
SCN4AP35499 DPY30-202ENST00000342166 708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
SCN4AP35499 TM2D1-204ENST00000371180 1248 ntTSL 5 BASIC22.27■■□□□ 1.16
SCN4AP35499 MSANTD3-201ENST00000374885 786 ntTSL 2 BASIC22.27■■□□□ 1.16
SCN4AP35499 SMIM27-204ENST00000453396 1003 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC22.27■■□□□ 1.16
SCN4AP35499 AC004967.1-201ENST00000453589 447 ntBASIC22.27■■□□□ 1.16
SCN4AP35499 MVB12A-211ENST00000529939 1091 ntTSL 3 BASIC22.27■■□□□ 1.16
SCN4AP35499 PAM16-208ENST00000573553 722 ntTSL 2 BASIC22.27■■□□□ 1.16
SCN4AP35499 RLN3-202ENST00000585987 541 ntTSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
SCN4AP35499 AL356488.2-201ENST00000602755 427 ntBASIC22.27■■□□□ 1.16
SCN4AP35499 TM2D1-212ENST00000606498 969 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.27■■□□□ 1.16
SCN4AP35499 INF2-204ENST00000398337 1689 ntTSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
SCN4AP35499 NDOR1-201ENST00000344894 1794 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
SCN4AP35499 PDLIM2-204ENST00000397760 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
SCN4AP35499 TMEM129-206ENST00000536901 2172 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.27■■□□□ 1.16
SCN4AP35499 BMP2K-204ENST00000502871 3195 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
SCN4AP35499 MAG-201ENST00000361922 2426 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
SCN4AP35499 SMTNL2-202ENST00000389313 2280 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
SCN4AP35499 TREX2-203ENST00000338525 2116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
SCN4AP35499 RGMA-210ENST00000557301 1929 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.27■■□□□ 1.16
SCN4AP35499 PRSS33-204ENST00000576886 1755 ntTSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
SCN4AP35499 MAGEA6-201ENST00000329342 1740 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
SCN4AP35499 MAGEA3-201ENST00000370278 1724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
SCN4AP35499 SKP2-208ENST00000546211 1589 ntTSL 5 BASIC22.27■■□□□ 1.15
SCN4AP35499 NUDT17-201ENST00000334513 1473 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.27■■□□□ 1.15
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 25.5 ms