Protein–RNA interactions for Protein: Q9UFE4

CCDC39, Coiled-coil domain-containing protein 39, humanhuman

Predictions only

Length 941 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC39Q9UFE4 SLC25A48-201ENST00000274513 1880 ntTSL 2 BASIC21.84■■□□□ 1.09
CCDC39Q9UFE4 MEN1-205ENST00000377316 2868 ntTSL 5 BASIC21.84■■□□□ 1.09
CCDC39Q9UFE4 FNIP1-204ENST00000511848 1720 ntTSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
CCDC39Q9UFE4 SNX19-209ENST00000530356 1562 ntTSL 2 BASIC21.84■■□□□ 1.09
CCDC39Q9UFE4 GNE-201ENST00000377902 2565 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
CCDC39Q9UFE4 MAEA-208ENST00000505839 1444 ntTSL 2 BASIC21.84■■□□□ 1.09
CCDC39Q9UFE4 UHRF2-202ENST00000381373 802 ntTSL 3 BASIC21.84■■□□□ 1.09
CCDC39Q9UFE4 RNF135-204ENST00000443677 1261 ntTSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
CCDC39Q9UFE4 AC068831.2-201ENST00000448987 367 ntTSL 2 BASIC21.84■■□□□ 1.09
CCDC39Q9UFE4 Six3os1_6.1-201ENST00000620790 196 ntBASIC21.84■■□□□ 1.09
CCDC39Q9UFE4 ANKRD18DP-204ENST00000455355 1975 ntBASIC21.84■■□□□ 1.09
CCDC39Q9UFE4 LRRC32-202ENST00000404995 2656 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.84■■□□□ 1.09
CCDC39Q9UFE4 MAP3K11-210ENST00000532507 1812 ntTSL 2 BASIC21.84■■□□□ 1.09
CCDC39Q9UFE4 SMC5-AS1-201ENST00000594708 1818 ntTSL 2 BASIC21.84■■□□□ 1.09
CCDC39Q9UFE4 CLIP2-202ENST00000361545 5445 ntTSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
CCDC39Q9UFE4 MSL1-202ENST00000398532 4707 ntTSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
CCDC39Q9UFE4 AL031598.1-201ENST00000561511 1773 ntBASIC21.84■■□□□ 1.09
CCDC39Q9UFE4 CREG2-201ENST00000324768 6383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
CCDC39Q9UFE4 AJUBA-202ENST00000361265 2569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
CCDC39Q9UFE4 SIGLEC14-201ENST00000360844 2035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
CCDC39Q9UFE4 PSPC1-206ENST00000619300 2013 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.84■■□□□ 1.09
CCDC39Q9UFE4 MAN1B1-207ENST00000535144 2296 ntTSL 2 BASIC21.83■■□□□ 1.09
CCDC39Q9UFE4 PPP1R12C-202ENST00000435544 2363 ntTSL 2 BASIC21.83■■□□□ 1.09
CCDC39Q9UFE4 NOL3-204ENST00000564053 1592 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.83■■□□□ 1.09
CCDC39Q9UFE4 RNF144A-201ENST00000320892 5743 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.09
CCDC39Q9UFE4 MTFR1L-202ENST00000374301 2099 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.09
CCDC39Q9UFE4 AUP1-201ENST00000377526 1695 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.09
CCDC39Q9UFE4 CTBP2-214ENST00000531469 1918 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.83■■□□□ 1.09
CCDC39Q9UFE4 SEMA6B-201ENST00000586582 3986 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.09
CCDC39Q9UFE4 APMAP-201ENST00000217456 2430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.09
CCDC39Q9UFE4 SLCO6A1-201ENST00000379807 2437 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.09
CCDC39Q9UFE4 CXXC5-AS1-201ENST00000514287 577 ntTSL 4 BASIC21.83■■□□□ 1.09
CCDC39Q9UFE4 FAM32A-205ENST00000589852 1168 ntTSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.09
CCDC39Q9UFE4 MTDHP1-201ENST00000605323 784 ntBASIC21.83■■□□□ 1.09
CCDC39Q9UFE4 C20orf204-205ENST00000636176 961 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC21.83■■□□□ 1.09
CCDC39Q9UFE4 PDZD3-202ENST00000355547 2252 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.09
CCDC39Q9UFE4 CTSB-202ENST00000353047 3875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.08
CCDC39Q9UFE4 TMEM132A-201ENST00000005286 3480 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC21.83■■□□□ 1.08
CCDC39Q9UFE4 MTMR12-201ENST00000264934 2215 ntTSL 2 BASIC21.83■■□□□ 1.08
CCDC39Q9UFE4 ORC5-201ENST00000297431 1958 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.08
CCDC39Q9UFE4 KIFC3-201ENST00000379655 3427 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.08
CCDC39Q9UFE4 KLHDC4-203ENST00000347925 1821 ntTSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.08
CCDC39Q9UFE4 ANKRD13B-209ENST00000614878 2670 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.83■■□□□ 1.08
CCDC39Q9UFE4 CEACAM3-202ENST00000357396 1316 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
CCDC39Q9UFE4 C11orf80-214ENST00000532565 1948 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.82■■□□□ 1.08
CCDC39Q9UFE4 ADRA1A-201ENST00000276393 2281 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
CCDC39Q9UFE4 MELTF-202ENST00000296351 1650 ntTSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
CCDC39Q9UFE4 LRP1-204ENST00000553277 1693 ntTSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
CCDC39Q9UFE4 BOD1L2-201ENST00000585477 3239 ntAPPRIS P1 BASIC21.82■■□□□ 1.08
CCDC39Q9UFE4 CARHSP1-219ENST00000618335 2972 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC21.82■■□□□ 1.08
CCDC39Q9UFE4 CD8B-203ENST00000390655 1417 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
CCDC39Q9UFE4 AC008878.3-201ENST00000617428 4964 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
CCDC39Q9UFE4 SPAG9-202ENST00000357122 4761 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
CCDC39Q9UFE4 KRT6A-201ENST00000330722 2310 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
CCDC39Q9UFE4 CCNL2-201ENST00000400809 2305 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
CCDC39Q9UFE4 CORO1A-216ENST00000570045 1622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
CCDC39Q9UFE4 YBEY-205ENST00000397694 534 ntTSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
CCDC39Q9UFE4 F2R-202ENST00000505600 442 ntTSL 2 BASIC21.82■■□□□ 1.08
CCDC39Q9UFE4 RHOD-202ENST00000532559 538 ntTSL 3 BASIC21.82■■□□□ 1.08
CCDC39Q9UFE4 MIR381HG-201ENST00000553692 425 ntTSL 3 BASIC21.82■■□□□ 1.08
CCDC39Q9UFE4 AC004264.1-201ENST00000608354 794 ntBASIC21.82■■□□□ 1.08
CCDC39Q9UFE4 IL15RA-221ENST00000620865 1037 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
CCDC39Q9UFE4 KAZN-203ENST00000376030 6030 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.82■■□□□ 1.08
CCDC39Q9UFE4 FGFR3-202ENST00000340107 4293 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.82■■□□□ 1.08
CCDC39Q9UFE4 TDP2-202ENST00000378198 2071 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
CCDC39Q9UFE4 CXorf49-202ENST00000535490 1715 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.82■■□□□ 1.08
CCDC39Q9UFE4 CXorf49B-202ENST00000542739 1715 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.82■■□□□ 1.08
CCDC39Q9UFE4 FAM3A-201ENST00000322269 1815 ntTSL 5 BASIC21.82■■□□□ 1.08
CCDC39Q9UFE4 PLIN5-201ENST00000381848 2470 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
CCDC39Q9UFE4 SLC16A3-221ENST00000617373 2048 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.82■■□□□ 1.08
CCDC39Q9UFE4 ESPN-216ENST00000636330 4731 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.82■■□□□ 1.08
CCDC39Q9UFE4 ATP6V0B-213ENST00000532642 1685 ntTSL 2 BASIC21.82■■□□□ 1.08
CCDC39Q9UFE4 ACVR1B-205ENST00000541224 1791 ntTSL 2 BASIC21.82■■□□□ 1.08
CCDC39Q9UFE4 TMEM263-204ENST00000548125 3349 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.82■■□□□ 1.08
CCDC39Q9UFE4 SMPD4-202ENST00000409031 4896 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.81■■□□□ 1.08
CCDC39Q9UFE4 COMMD7-202ENST00000446419 1343 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC21.81■■□□□ 1.08
CCDC39Q9UFE4 GPR20-201ENST00000377741 1515 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.81■■□□□ 1.08
CCDC39Q9UFE4 CPZ-202ENST00000360986 2267 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.81■■□□□ 1.08
CCDC39Q9UFE4 CBS-203ENST00000398158 2453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.81■■□□□ 1.08
CCDC39Q9UFE4 CBSL-206ENST00000624406 2453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.81■■□□□ 1.08
CCDC39Q9UFE4 RASA4B-201ENST00000306682 2589 ntTSL 1 (best) BASIC21.81■■□□□ 1.08
CCDC39Q9UFE4 SIL1-202ENST00000394817 1923 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.81■■□□□ 1.08
CCDC39Q9UFE4 GLI4-202ENST00000344692 1012 ntTSL 2 BASIC21.81■■□□□ 1.08
CCDC39Q9UFE4 LINC01786-202ENST00000453732 389 ntTSL 2 BASIC21.81■■□□□ 1.08
CCDC39Q9UFE4 HOXB-AS3-204ENST00000466037 522 ntTSL 3 BASIC21.81■■□□□ 1.08
CCDC39Q9UFE4 DHRS4-206ENST00000558581 1143 ntTSL 1 (best) BASIC21.81■■□□□ 1.08
CCDC39Q9UFE4 NOXO1-205ENST00000566005 1144 ntTSL 1 (best) BASIC21.81■■□□□ 1.08
CCDC39Q9UFE4 AC022211.2-202ENST00000582668 546 ntTSL 4 BASIC21.81■■□□□ 1.08
CCDC39Q9UFE4 ELAC1-203ENST00000588577 694 ntTSL 2 BASIC21.81■■□□□ 1.08
CCDC39Q9UFE4 AP003774.1-201ENST00000316124 2340 ntTSL 2 BASIC21.81■■□□□ 1.08
CCDC39Q9UFE4 C21orf91-203ENST00000400559 1593 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.81■■□□□ 1.08
CCDC39Q9UFE4 RARRES1-201ENST00000237696 1952 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.81■■□□□ 1.08
CCDC39Q9UFE4 RASL11B-201ENST00000248706 1995 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.81■■□□□ 1.08
CCDC39Q9UFE4 BANP-202ENST00000355022 2164 ntTSL 1 (best) BASIC21.81■■□□□ 1.08
CCDC39Q9UFE4 CCM2-207ENST00000475551 2471 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.81■■□□□ 1.08
CCDC39Q9UFE4 PIF1-205ENST00000559239 2677 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.81■■□□□ 1.08
CCDC39Q9UFE4 MCIDAS-201ENST00000513312 1736 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
CCDC39Q9UFE4 QPCTL-202ENST00000366382 1814 ntTSL 2 BASIC21.8■■□□□ 1.08
CCDC39Q9UFE4 CARD9-202ENST00000371734 1814 ntTSL 5 BASIC21.8■■□□□ 1.08
CCDC39Q9UFE4 PRELID3A-209ENST00000592149 2001 ntTSL 2 BASIC21.8■■□□□ 1.08
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 24.8 ms