Protein–RNA interactions for Protein: P19447

ERCC3, TFIIH basal transcription factor complex helicase XPB subunit, humanhuman

Predictions only

Length 782 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
ERCC3P19447 LINC01311-201ENST00000565162 1445 ntBASIC21.85■■□□□ 1.09
ERCC3P19447 FAM57B-204ENST00000564806 1710 ntTSL 2 BASIC21.85■■□□□ 1.09
ERCC3P19447 C2orf54-201ENST00000307486 2017 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
ERCC3P19447 RUVBL2-206ENST00000595090 2009 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
ERCC3P19447 KCTD18-201ENST00000359878 2940 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
ERCC3P19447 BSCL2-201ENST00000278893 1364 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.85■■□□□ 1.09
ERCC3P19447 CXorf40A-208ENST00000434353 1524 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.85■■□□□ 1.09
ERCC3P19447 ACBD4-215ENST00000592162 1684 ntTSL 5 BASIC21.85■■□□□ 1.09
ERCC3P19447 FAM217A-201ENST00000274673 2265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
ERCC3P19447 C1orf210-202ENST00000523677 1478 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
ERCC3P19447 CYSTM1-201ENST00000261811 1336 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
ERCC3P19447 NTMT1-211ENST00000617943 1346 ntTSL 3 BASIC21.84■■□□□ 1.09
ERCC3P19447 MRPL3-201ENST00000264995 1706 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
ERCC3P19447 ZNF815P-204ENST00000434898 1737 ntBASIC21.84■■□□□ 1.09
ERCC3P19447 POLD2-201ENST00000223361 1597 ntTSL 5 BASIC21.84■■□□□ 1.09
ERCC3P19447 C21orf91-203ENST00000400559 1593 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.84■■□□□ 1.09
ERCC3P19447 PAQR4-203ENST00000572687 2251 ntTSL 2 BASIC21.84■■□□□ 1.09
ERCC3P19447 IGLL1-201ENST00000249053 716 ntTSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
ERCC3P19447 LINC00421-201ENST00000413833 1054 ntTSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
ERCC3P19447 CSRP1-214ENST00000531916 890 ntTSL 5 BASIC21.84■■□□□ 1.09
ERCC3P19447 RAP1B-228ENST00000542145 1060 ntTSL 2 BASIC21.84■■□□□ 1.09
ERCC3P19447 AP1S2-206ENST00000545766 576 ntTSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
ERCC3P19447 KLK7-206ENST00000597707 1054 ntTSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
ERCC3P19447 SETD3-209ENST00000630307 1281 ntTSL 5 BASIC21.84■■□□□ 1.09
ERCC3P19447 SMAD7-201ENST00000262158 3087 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
ERCC3P19447 ANKRD40-201ENST00000285243 4184 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
ERCC3P19447 ACSF3-202ENST00000378345 1541 ntTSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
ERCC3P19447 RNF135-205ENST00000535306 2098 ntTSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
ERCC3P19447 PITX2-201ENST00000306732 2320 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
ERCC3P19447 SLC35A3-224ENST00000640732 1777 ntTSL 5 BASIC21.84■■□□□ 1.09
ERCC3P19447 KCNC2-204ENST00000540018 2168 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.84■■□□□ 1.09
ERCC3P19447 SBDS-201ENST00000246868 1631 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
ERCC3P19447 PARP2-202ENST00000429687 1881 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.09
ERCC3P19447 DNASE1L2-201ENST00000320700 1326 ntTSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.09
ERCC3P19447 MMAB-204ENST00000537236 1342 ntTSL 3 BASIC21.83■■□□□ 1.09
ERCC3P19447 SCFD2-204ENST00000611795 1320 ntTSL 5 BASIC21.83■■□□□ 1.09
ERCC3P19447 ALDH3B1-206ENST00000615463 1300 ntTSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.09
ERCC3P19447 AC008691.1-203ENST00000515337 1580 ntTSL 2 BASIC21.83■■□□□ 1.09
ERCC3P19447 KCNMB3-202ENST00000349697 1228 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.83■■□□□ 1.09
ERCC3P19447 CLN3-202ENST00000355477 1173 ntTSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.09
ERCC3P19447 GAD2-202ENST00000376248 680 ntTSL 5 BASIC21.83■■□□□ 1.09
ERCC3P19447 TSPY23P-201ENST00000440136 739 ntBASIC21.83■■□□□ 1.09
ERCC3P19447 DGUOK-AS1-203ENST00000453103 601 ntTSL 3 BASIC21.83■■□□□ 1.09
ERCC3P19447 CSNK1D-203ENST00000392334 2047 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.09
ERCC3P19447 P2RX2-208ENST00000542301 1881 ntTSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.08
ERCC3P19447 CASKIN2-205ENST00000581870 1612 ntTSL 2 BASIC21.83■■□□□ 1.08
ERCC3P19447 CA7-202ENST00000394069 1713 ntTSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.08
ERCC3P19447 EARS2-206ENST00000563232 1709 ntTSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.08
ERCC3P19447 NFIL3-201ENST00000297689 2085 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.08
ERCC3P19447 LEFTY2-202ENST00000420304 2085 ntTSL 2 BASIC21.83■■□□□ 1.08
ERCC3P19447 IRF7-202ENST00000348655 1801 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.08
ERCC3P19447 PHKG2-202ENST00000424889 1566 ntTSL 2 BASIC21.82■■□□□ 1.08
ERCC3P19447 MMP28-201ENST00000605424 1928 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
ERCC3P19447 SDHA-201ENST00000264932 2390 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
ERCC3P19447 KRT1-201ENST00000252244 2451 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
ERCC3P19447 AC116565.2-201ENST00000637674 1854 ntTSL 2 BASIC21.82■■□□□ 1.08
ERCC3P19447 E4F1-201ENST00000301727 2573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
ERCC3P19447 ACADVL-203ENST00000356839 2323 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
ERCC3P19447 ACTG1-201ENST00000331925 1994 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
ERCC3P19447 ISCA1-203ENST00000375991 1958 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
ERCC3P19447 SWI5-201ENST00000320188 980 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
ERCC3P19447 IFT27-201ENST00000340630 1113 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
ERCC3P19447 ILF2-202ENST00000368681 726 ntTSL 2 BASIC21.82■■□□□ 1.08
ERCC3P19447 FIS1-207ENST00000474120 915 ntTSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
ERCC3P19447 AC064807.1-201ENST00000518942 816 ntTSL 3 BASIC21.82■■□□□ 1.08
ERCC3P19447 AC021739.3-201ENST00000557908 855 ntTSL 2 BASIC21.82■■□□□ 1.08
ERCC3P19447 LINC01785-201ENST00000598042 1112 ntTSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
ERCC3P19447 TXNDC12-205ENST00000610127 806 ntTSL 2 BASIC21.82■■□□□ 1.08
ERCC3P19447 SMIM29-209ENST00000636500 1186 ntTSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
ERCC3P19447 TAX1BP3-201ENST00000225525 1377 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
ERCC3P19447 RBFOX1-215ENST00000553186 2196 ntTSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
ERCC3P19447 CEP78-202ENST00000376597 2618 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
ERCC3P19447 GPR42-201ENST00000454971 1804 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
ERCC3P19447 IL6R-208ENST00000622330 1496 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
ERCC3P19447 OGG1-217ENST00000449570 1948 ntTSL 5 BASIC21.82■■□□□ 1.08
ERCC3P19447 PIP5K1C-201ENST00000335312 5080 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
ERCC3P19447 RTKN-201ENST00000233330 2220 ntTSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
ERCC3P19447 FBXO27-201ENST00000292853 2330 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.81■■□□□ 1.08
ERCC3P19447 GABRD-201ENST00000378585 1961 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.81■■□□□ 1.08
ERCC3P19447 AQP11-201ENST00000313578 2152 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.81■■□□□ 1.08
ERCC3P19447 ETV4-204ENST00000545089 1628 ntTSL 2 BASIC21.81■■□□□ 1.08
ERCC3P19447 KCNK6-201ENST00000263372 5722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.81■■□□□ 1.08
ERCC3P19447 ABCC5-204ENST00000392579 1848 ntTSL 1 (best) BASIC21.81■■□□□ 1.08
ERCC3P19447 TLCD1-201ENST00000292090 1017 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.81■■□□□ 1.08
ERCC3P19447 FAM187B-201ENST00000324675 1184 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.81■■□□□ 1.08
ERCC3P19447 DMKN-208ENST00000424570 1293 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.81■■□□□ 1.08
ERCC3P19447 RPL29-202ENST00000466397 742 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.81■■□□□ 1.08
ERCC3P19447 AC022424.1-201ENST00000512155 889 ntTSL 3 BASIC21.81■■□□□ 1.08
ERCC3P19447 TYROBP-209ENST00000589517 415 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.81■■□□□ 1.08
ERCC3P19447 NKX2-1-202ENST00000498187 2338 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.81■■□□□ 1.08
ERCC3P19447 HAND2-AS1-237ENST00000616485 2420 ntTSL 2 BASIC21.81■■□□□ 1.08
ERCC3P19447 SKP2-208ENST00000546211 1589 ntTSL 5 BASIC21.81■■□□□ 1.08
ERCC3P19447 UBE2E3-209ENST00000602710 1556 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.81■■□□□ 1.08
ERCC3P19447 FAM213B-204ENST00000419916 2749 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.81■■□□□ 1.08
ERCC3P19447 ZFC3H1-206ENST00000548100 1771 ntTSL 1 (best) BASIC21.81■■□□□ 1.08
ERCC3P19447 KCNQ5-201ENST00000342056 6688 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.81■■□□□ 1.08
ERCC3P19447 GRM5-202ENST00000305447 4571 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.81■■□□□ 1.08
ERCC3P19447 CHTOP-204ENST00000368694 2096 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.81■■□□□ 1.08
ERCC3P19447 ROCK2-202ENST00000315872 8292 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.81■■□□□ 1.08
ERCC3P19447 RABEPK-202ENST00000373538 1504 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 63.5 ms