Protein–RNA interactions for Protein: P09016

HOXD4, Homeobox protein Hox-D4, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 255 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXD4P09016 PML-204ENST00000359928 1726 ntTSL 1 (best) BASIC17.12■□□□□ 0.33
HOXD4P09016 PRMT1-201ENST00000391851 1393 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.12■□□□□ 0.33
HOXD4P09016 GPT-205ENST00000528431 1822 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.12■□□□□ 0.33
HOXD4P09016 AP003071.5-201ENST00000641568 2695 ntAPPRIS P1 BASIC17.12■□□□□ 0.33
HOXD4P09016 PTPN11-202ENST00000392597 1876 ntTSL 1 (best) BASIC17.12■□□□□ 0.33
HOXD4P09016 ETV2-203ENST00000402764 1487 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.12■□□□□ 0.33
HOXD4P09016 SYTL1-201ENST00000318074 1900 ntTSL 2 BASIC17.11■□□□□ 0.33
HOXD4P09016 EPOR-201ENST00000222139 2411 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.11■□□□□ 0.33
HOXD4P09016 NHLH2-201ENST00000320238 2512 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.11■□□□□ 0.33
HOXD4P09016 RTN1-202ENST00000342503 1703 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.11■□□□□ 0.33
HOXD4P09016 PDZD3-201ENST00000322712 2204 ntTSL 1 (best) BASIC17.11■□□□□ 0.33
HOXD4P09016 CCDC3-201ENST00000378825 2731 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.11■□□□□ 0.33
HOXD4P09016 CALM3-201ENST00000291295 2289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.11■□□□□ 0.33
HOXD4P09016 RHEBL1-201ENST00000301068 1210 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.11■□□□□ 0.33
HOXD4P09016 COMMD1-201ENST00000311832 911 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.11■□□□□ 0.33
HOXD4P09016 FGF8-201ENST00000320185 799 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.11■□□□□ 0.33
HOXD4P09016 LCE3D-201ENST00000368787 613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.11■□□□□ 0.33
HOXD4P09016 HDAC11-AS1-201ENST00000424112 515 ntTSL 2 BASIC17.11■□□□□ 0.33
HOXD4P09016 ISOC2-202ENST00000425675 998 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.11■□□□□ 0.33
HOXD4P09016 TSPY5P-201ENST00000426936 936 ntBASIC17.11■□□□□ 0.33
HOXD4P09016 DCTN5-208ENST00000568589 772 ntTSL 2 BASIC17.11■□□□□ 0.33
HOXD4P09016 MED9-202ENST00000580462 565 ntTSL 1 (best) BASIC17.11■□□□□ 0.33
HOXD4P09016 EEF2KMT-206ENST00000587133 873 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC17.11■□□□□ 0.33
HOXD4P09016 UMOD-203ENST00000396138 2399 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.11■□□□□ 0.33
HOXD4P09016 RTBDN-201ENST00000322912 1328 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.11■□□□□ 0.33
HOXD4P09016 EIF5A-204ENST00000416016 1336 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.11■□□□□ 0.33
HOXD4P09016 NDUFB9-206ENST00000522532 1319 ntTSL 2 BASIC17.11■□□□□ 0.33
HOXD4P09016 PTGES2-214ENST00000617202 1344 ntTSL 5 BASIC17.11■□□□□ 0.33
HOXD4P09016 ANXA8L1-203ENST00000613703 1874 ntTSL 2 BASIC17.11■□□□□ 0.33
HOXD4P09016 LGALS9-202ENST00000313648 1378 ntTSL 3 BASIC17.11■□□□□ 0.33
HOXD4P09016 CHD1L-201ENST00000361293 2484 ntTSL 2 BASIC17.11■□□□□ 0.33
HOXD4P09016 GTF2IRD2B-210ENST00000629105 1910 ntTSL 5 BASIC17.11■□□□□ 0.33
HOXD4P09016 LANCL3-201ENST00000378619 3063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.11■□□□□ 0.33
HOXD4P09016 RHOT2-201ENST00000315082 2539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.11■□□□□ 0.33
HOXD4P09016 TMEM110-MUSTN1-202ENST00000504329 1405 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.11■□□□□ 0.33
HOXD4P09016 CCNC-207ENST00000518714 1426 ntTSL 5 BASIC17.11■□□□□ 0.33
HOXD4P09016 KRT17-205ENST00000540235 1438 ntTSL 5 BASIC17.11■□□□□ 0.33
HOXD4P09016 CPNE7-201ENST00000268720 2657 ntTSL 1 (best) BASIC17.11■□□□□ 0.33
HOXD4P09016 SNAP91-211ENST00000520213 2168 ntTSL 1 (best) BASIC17.11■□□□□ 0.33
HOXD4P09016 NETO1-207ENST00000583169 2357 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.1■□□□□ 0.33
HOXD4P09016 ST3GAL4-203ENST00000392669 1724 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.1■□□□□ 0.33
HOXD4P09016 TANGO2-217ENST00000456048 2439 ntTSL 2 BASIC17.1■□□□□ 0.33
HOXD4P09016 TMEM235-203ENST00000550981 1786 ntTSL 2 BASIC17.1■□□□□ 0.33
HOXD4P09016 COPS7A-222ENST00000626119 1768 ntTSL 3 BASIC17.1■□□□□ 0.33
HOXD4P09016 TMEM109-202ENST00000536171 1959 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.1■□□□□ 0.33
HOXD4P09016 BTBD9-205ENST00000419706 2034 ntTSL 1 (best) BASIC17.1■□□□□ 0.33
HOXD4P09016 SEMA6B-202ENST00000586965 2034 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.1■□□□□ 0.33
HOXD4P09016 CPLX3-201ENST00000395018 2082 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.1■□□□□ 0.33
HOXD4P09016 NCLN-205ENST00000590671 2070 ntTSL 2 BASIC17.1■□□□□ 0.33
HOXD4P09016 FAM86B2-202ENST00000309608 806 ntTSL 3 BASIC17.1■□□□□ 0.33
HOXD4P09016 NME1-202ENST00000336097 986 ntTSL 1 (best) BASIC17.1■□□□□ 0.33
HOXD4P09016 NME1-203ENST00000393196 940 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.1■□□□□ 0.33
HOXD4P09016 SLC5A10-204ENST00000395647 2140 ntTSL 2 BASIC17.1■□□□□ 0.33
HOXD4P09016 MRPL53-202ENST00000409710 386 ntTSL 2 BASIC17.1■□□□□ 0.33
HOXD4P09016 AL445685.1-201ENST00000425802 762 ntTSL 3 BASIC17.1■□□□□ 0.33
HOXD4P09016 AC117947.1-201ENST00000427448 529 ntBASIC17.1■□□□□ 0.33
HOXD4P09016 AL136307.1-201ENST00000454882 411 ntTSL 2 BASIC17.1■□□□□ 0.33
HOXD4P09016 MUC1-212ENST00000457295 1161 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.1■□□□□ 0.33
HOXD4P09016 LINC01024-205ENST00000521563 939 ntTSL 3 BASIC17.1■□□□□ 0.33
HOXD4P09016 BVES-AS1-203ENST00000580511 853 ntTSL 5 BASIC17.1■□□□□ 0.33
HOXD4P09016 AC022154.1-201ENST00000600303 766 ntTSL 3 BASIC17.1■□□□□ 0.33
HOXD4P09016 C16orf74-207ENST00000602914 761 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.1■□□□□ 0.33
HOXD4P09016 AC140113.3-201ENST00000605663 199 ntBASIC17.1■□□□□ 0.33
HOXD4P09016 SUSD3-205ENST00000617293 1076 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC17.1■□□□□ 0.33
HOXD4P09016 ISLR2-202ENST00000419208 2306 ntTSL 1 (best) BASIC17.1■□□□□ 0.33
HOXD4P09016 CENPA-202ENST00000335756 1452 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.1■□□□□ 0.33
HOXD4P09016 KRAS-203ENST00000556131 1696 ntTSL 1 (best) BASIC17.1■□□□□ 0.33
HOXD4P09016 FAM187A-202ENST00000412523 1748 ntTSL 1 (best) BASIC17.1■□□□□ 0.33
HOXD4P09016 EARS2-206ENST00000563232 1709 ntTSL 1 (best) BASIC17.1■□□□□ 0.33
HOXD4P09016 LMO4-202ENST00000370544 5405 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.1■□□□□ 0.33
HOXD4P09016 ZNF821-221ENST00000611294 1833 ntTSL 3 BASIC17.1■□□□□ 0.33
HOXD4P09016 TH-203ENST00000352909 1889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.1■□□□□ 0.33
HOXD4P09016 TH-205ENST00000381175 1898 ntTSL 1 (best) BASIC17.1■□□□□ 0.33
HOXD4P09016 SLC16A5-201ENST00000329783 1934 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.09■□□□□ 0.33
HOXD4P09016 CCT5-205ENST00000506600 1939 ntTSL 2 BASIC17.09■□□□□ 0.33
HOXD4P09016 STX18-201ENST00000306200 2138 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.09■□□□□ 0.33
HOXD4P09016 OGG1-202ENST00000302008 2191 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.09■□□□□ 0.33
HOXD4P09016 ULK3-220ENST00000569437 2611 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.09■□□□□ 0.33
HOXD4P09016 SLC22A23-205ENST00000436008 6641 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.09■□□□□ 0.33
HOXD4P09016 PIN1-201ENST00000247970 997 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.09■□□□□ 0.33
HOXD4P09016 LCE3C-201ENST00000333881 425 ntAPPRIS P1 BASIC17.09■□□□□ 0.33
HOXD4P09016 ROMO1-202ENST00000374072 350 ntTSL 5 BASIC17.09■□□□□ 0.33
HOXD4P09016 AL359747.1-201ENST00000442370 536 ntTSL 2 BASIC17.09■□□□□ 0.33
HOXD4P09016 FAHD2CP-202ENST00000443258 893 ntTSL 3 BASIC17.09■□□□□ 0.33
HOXD4P09016 HOMER2P1-201ENST00000455653 964 ntBASIC17.09■□□□□ 0.33
HOXD4P09016 WDR45-218ENST00000473974 1077 ntTSL 5 BASIC17.09■□□□□ 0.33
HOXD4P09016 NDUFV2-207ENST00000497577 868 ntTSL 2 BASIC17.09■□□□□ 0.33
HOXD4P09016 PRKCB-209ENST00000498058 480 ntTSL 3 BASIC17.09■□□□□ 0.33
HOXD4P09016 AKTIP-212ENST00000570004 1162 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.09■□□□□ 0.33
HOXD4P09016 AC139887.4-201ENST00000607877 719 ntBASIC17.09■□□□□ 0.33
HOXD4P09016 DHRS4-201ENST00000313250 1443 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.09■□□□□ 0.33
HOXD4P09016 SRMS-201ENST00000217188 1516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.09■□□□□ 0.33
HOXD4P09016 SERGEF-201ENST00000265965 1566 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.09■□□□□ 0.33
HOXD4P09016 LRRC14-201ENST00000292524 5328 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.09■□□□□ 0.33
HOXD4P09016 PDIA5-201ENST00000316218 1799 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.09■□□□□ 0.33
HOXD4P09016 QPCTL-202ENST00000366382 1814 ntTSL 2 BASIC17.09■□□□□ 0.33
HOXD4P09016 VMAC-201ENST00000339485 2254 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.09■□□□□ 0.33
HOXD4P09016 HAPLN4-201ENST00000291481 3449 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.09■□□□□ 0.33
HOXD4P09016 AC120498.9-201ENST00000339021 3867 ntBASIC17.09■□□□□ 0.33
HOXD4P09016 SRCIN1-213ENST00000617146 7058 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.09■□□□□ 0.33
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 27.2 ms