Protein–RNA interactions for Protein: O75056

SDC3, Syndecan-3, humanhuman

Predictions only

Length 442 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SDC3O75056 GPX4-210ENST00000611653 793 ntTSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
SDC3O75056 NDUFAB1-201ENST00000007516 717 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
SDC3O75056 AC009041.2-204ENST00000568394 3343 ntTSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
SDC3O75056 PROB1-201ENST00000434752 5122 ntAPPRIS P1 BASIC18.46■□□□□ 0.55
SDC3O75056 PILRB-207ENST00000448382 2314 ntTSL 2 BASIC18.46■□□□□ 0.55
SDC3O75056 SMIM10L2B-201ENST00000433425 2737 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
SDC3O75056 BCR-202ENST00000359540 4708 ntTSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
SDC3O75056 FAM189B-201ENST00000350210 2379 ntTSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
SDC3O75056 CSNK2A2-201ENST00000262506 1701 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
SDC3O75056 BTD-202ENST00000383778 2261 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.46■□□□□ 0.54
SDC3O75056 FAM50A-202ENST00000393600 1352 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
SDC3O75056 PNKP-224ENST00000631020 1545 ntTSL 5 BASIC18.45■□□□□ 0.54
SDC3O75056 LINC00304-201ENST00000321214 2243 ntTSL 2 BASIC18.45■□□□□ 0.54
SDC3O75056 NAPRT-202ENST00000426292 1654 ntTSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
SDC3O75056 NR1H2-211ENST00000599105 1830 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.45■□□□□ 0.54
SDC3O75056 YAP1-201ENST00000282441 5386 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
SDC3O75056 S100A11-201ENST00000271638 594 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
SDC3O75056 TMEM190-201ENST00000291934 593 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
SDC3O75056 OTOP2-201ENST00000331427 2147 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.45■□□□□ 0.54
SDC3O75056 SMYD3-204ENST00000403792 1209 ntTSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
SDC3O75056 DECR2-202ENST00000424398 1012 ntTSL 5 BASIC18.45■□□□□ 0.54
SDC3O75056 ATP5G2P1-201ENST00000433580 426 ntBASIC18.45■□□□□ 0.54
SDC3O75056 LAMTOR4-205ENST00000468582 621 ntTSL 2 BASIC18.45■□□□□ 0.54
SDC3O75056 AP003396.1-201ENST00000501918 507 ntTSL 5 BASIC18.45■□□□□ 0.54
SDC3O75056 MIR3180-5-201ENST00000583743 153 ntBASIC18.45■□□□□ 0.54
SDC3O75056 AL117335.1-203ENST00000619200 948 ntTSL 5 BASIC18.45■□□□□ 0.54
SDC3O75056 CACNA1A-218ENST00000635895 8657 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.45■□□□□ 0.54
SDC3O75056 CACNA1A-257ENST00000638009 8665 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
SDC3O75056 RNF38-202ENST00000350199 5104 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.45■□□□□ 0.54
SDC3O75056 KCNQ5-202ENST00000355194 6566 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC18.45■□□□□ 0.54
SDC3O75056 KCNQ5-206ENST00000402622 6596 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.45■□□□□ 0.54
SDC3O75056 GOSR2-210ENST00000576910 1891 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC18.45■□□□□ 0.54
SDC3O75056 NTMT1-203ENST00000372483 1315 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
SDC3O75056 RASSF7-205ENST00000454668 1450 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
SDC3O75056 AC107959.1-202ENST00000502083 1945 ntTSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
SDC3O75056 APBB3-203ENST00000357560 2218 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC18.45■□□□□ 0.54
SDC3O75056 IQCJ-SCHIP1-204ENST00000485419 2445 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.44■□□□□ 0.54
SDC3O75056 AC026362.1-201ENST00000540866 5618 ntTSL 2 BASIC18.44■□□□□ 0.54
SDC3O75056 MAP3K11-210ENST00000532507 1812 ntTSL 2 BASIC18.44■□□□□ 0.54
SDC3O75056 SNX8-201ENST00000222990 4727 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
SDC3O75056 LIMS2-207ENST00000409808 2315 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC18.44■□□□□ 0.54
SDC3O75056 MIXL1-201ENST00000366810 2005 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
SDC3O75056 C7orf43-206ENST00000456769 2046 ntTSL 2 BASIC18.44■□□□□ 0.54
SDC3O75056 TH-203ENST00000352909 1889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
SDC3O75056 AC096719.1-201ENST00000510705 1874 ntTSL 5 BASIC18.44■□□□□ 0.54
SDC3O75056 Z82202.1-201ENST00000623446 1880 ntBASIC18.44■□□□□ 0.54
SDC3O75056 PVRIG-201ENST00000317271 1583 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
SDC3O75056 NPNT-214ENST00000514622 2362 ntTSL 2 BASIC18.44■□□□□ 0.54
SDC3O75056 ZNF276-208ENST00000568064 2203 ntTSL 5 BASIC18.44■□□□□ 0.54
SDC3O75056 HEBP2-201ENST00000367697 844 ntTSL 2 BASIC18.44■□□□□ 0.54
SDC3O75056 MRPL43-205ENST00000370234 798 ntTSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
SDC3O75056 AC003075.1-204ENST00000433005 540 ntTSL 2 BASIC18.44■□□□□ 0.54
SDC3O75056 CUTA-210ENST00000488034 769 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC18.44■□□□□ 0.54
SDC3O75056 MRPL2-208ENST00000489623 570 ntTSL 2 BASIC18.44■□□□□ 0.54
SDC3O75056 AC020558.2-201ENST00000582325 795 ntTSL 3 BASIC18.44■□□□□ 0.54
SDC3O75056 ZNF534-205ENST00000617900 1085 ntTSL 2 BASIC18.44■□□□□ 0.54
SDC3O75056 ILKAP-212ENST00000622223 1088 ntTSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
SDC3O75056 DNAJB6-218ENST00000634080 1005 ntTSL 2 BASIC18.44■□□□□ 0.54
SDC3O75056 ADAP1-218ENST00000617043 1946 ntTSL 2 BASIC18.44■□□□□ 0.54
SDC3O75056 PLBD1-201ENST00000240617 2426 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
SDC3O75056 GJA4-201ENST00000342280 1622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
SDC3O75056 EHBP1-209ENST00000431489 5076 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
SDC3O75056 ARID4B-203ENST00000366603 5946 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
SDC3O75056 MRM3-201ENST00000304478 1809 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
SDC3O75056 TMEM129-201ENST00000303277 2678 ntTSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
SDC3O75056 KRT14-201ENST00000167586 1662 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
SDC3O75056 ZNF773-204ENST00000598770 2019 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.44■□□□□ 0.54
SDC3O75056 RIMBP3B-201ENST00000620804 6105 ntAPPRIS P1 BASIC18.43■□□□□ 0.54
SDC3O75056 TMSB4X-203ENST00000380636 1702 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
SDC3O75056 GFI1-201ENST00000294702 2784 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.43■□□□□ 0.54
SDC3O75056 UBE2Z-201ENST00000360943 3122 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
SDC3O75056 FCER2-201ENST00000346664 1596 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
SDC3O75056 RPS6KB1-204ENST00000443572 1913 ntTSL 2 BASIC18.43■□□□□ 0.54
SDC3O75056 FCER2-205ENST00000597921 1560 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
SDC3O75056 DNAJC8-201ENST00000263697 1759 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
SDC3O75056 RIIAD1-201ENST00000326413 1772 ntTSL 2 BASIC18.43■□□□□ 0.54
SDC3O75056 SNRPN-207ENST00000554227 1763 ntTSL 5 BASIC18.43■□□□□ 0.54
SDC3O75056 RBFA-202ENST00000306735 1407 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
SDC3O75056 SMIM3-201ENST00000526627 2332 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
SDC3O75056 GABRD-201ENST00000378585 1961 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
SDC3O75056 GPR139-202ENST00000570682 1613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
SDC3O75056 MRPL20-201ENST00000344843 721 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
SDC3O75056 AC116353.4-201ENST00000507279 576 ntTSL 4 BASIC18.43■□□□□ 0.54
SDC3O75056 AC087623.2-201ENST00000528407 534 ntTSL 4 BASIC18.43■□□□□ 0.54
SDC3O75056 AC079385.1-201ENST00000551505 570 ntTSL 4 BASIC18.43■□□□□ 0.54
SDC3O75056 CLDN7-204ENST00000571881 735 ntTSL 3 BASIC18.43■□□□□ 0.54
SDC3O75056 KRT13-202ENST00000336861 1673 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
SDC3O75056 SPG7-202ENST00000341316 2288 ntTSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
SDC3O75056 FBXL16-203ENST00000562563 2257 ntTSL 2 BASIC18.43■□□□□ 0.54
SDC3O75056 VPS53-201ENST00000291074 2656 ntTSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
SDC3O75056 LINC01547-202ENST00000397841 2303 ntTSL 2 BASIC18.43■□□□□ 0.54
SDC3O75056 UBTD2-201ENST00000393792 3301 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
SDC3O75056 DMPK-203ENST00000354227 1982 ntTSL 2 BASIC18.42■□□□□ 0.54
SDC3O75056 IRX4-208ENST00000622814 2398 ntTSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
SDC3O75056 PPTC7-201ENST00000354300 4996 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
SDC3O75056 PGAM5-203ENST00000498926 2834 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.42■□□□□ 0.54
SDC3O75056 FAM66B-202ENST00000606573 2630 ntTSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
SDC3O75056 ERVK13-1-203ENST00000564340 1449 ntTSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
SDC3O75056 ERLEC1-202ENST00000378239 2271 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
SDC3O75056 MRM1-204ENST00000614766 1857 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 10.4 ms