Protein–RNA interactions for Protein: Q9NTJ3

SMC4, Structural maintenance of chromosomes protein 4, humanhuman

Predictions only

Length 1,288 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SMC4Q9NTJ3 YY1AP1-213ENST00000405763 2011 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
SMC4Q9NTJ3 USP48-201ENST00000308271 4595 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
SMC4Q9NTJ3 NDUFS6-201ENST00000274137 1082 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
SMC4Q9NTJ3 RAC3-201ENST00000306897 1090 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
SMC4Q9NTJ3 ZCCHC24-201ENST00000372333 906 ntTSL 2 BASIC24.29■■□□□ 1.48
SMC4Q9NTJ3 GPM6B-204ENST00000398361 1033 ntTSL 2 BASIC24.29■■□□□ 1.48
SMC4Q9NTJ3 AL162231.1-203ENST00000416454 465 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.29■■□□□ 1.48
SMC4Q9NTJ3 AL390955.1-201ENST00000428694 934 ntBASIC24.29■■□□□ 1.48
SMC4Q9NTJ3 BNIP3L-206ENST00000523515 915 ntTSL 2 BASIC24.29■■□□□ 1.48
SMC4Q9NTJ3 LINC02256-201ENST00000561999 366 ntTSL 3 BASIC24.29■■□□□ 1.48
SMC4Q9NTJ3 AP005263.1-201ENST00000579126 914 ntTSL 2 BASIC24.29■■□□□ 1.48
SMC4Q9NTJ3 KATNBL1P6-202ENST00000562413 1466 ntBASIC24.29■■□□□ 1.48
SMC4Q9NTJ3 UTP18-201ENST00000225298 1894 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
SMC4Q9NTJ3 PLEKHA2-206ENST00000521746 2127 ntTSL 5 BASIC24.29■■□□□ 1.48
SMC4Q9NTJ3 ETS1-207ENST00000531611 2134 ntTSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
SMC4Q9NTJ3 TCTN1-223ENST00000550703 2149 ntTSL 2 BASIC24.29■■□□□ 1.48
SMC4Q9NTJ3 WNT6-201ENST00000233948 1703 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
SMC4Q9NTJ3 CCDC106-201ENST00000308964 1546 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
SMC4Q9NTJ3 TNFRSF1A-213ENST00000540022 1527 ntTSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
SMC4Q9NTJ3 P2RX5-203ENST00000547178 1998 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
SMC4Q9NTJ3 PDLIM3-202ENST00000284770 1766 ntTSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
SMC4Q9NTJ3 PRR23B-201ENST00000329447 1896 ntAPPRIS P1 BASIC24.28■■□□□ 1.48
SMC4Q9NTJ3 NECTIN3-211ENST00000493615 1876 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.28■■□□□ 1.48
SMC4Q9NTJ3 RPRM-201ENST00000325926 1471 ntAPPRIS P1 BASIC24.28■■□□□ 1.48
SMC4Q9NTJ3 IFNLR1-202ENST00000327575 1476 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
SMC4Q9NTJ3 HAUS4-217ENST00000555367 1454 ntTSL 5 BASIC24.28■■□□□ 1.48
SMC4Q9NTJ3 HBA1-201ENST00000320868 577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
SMC4Q9NTJ3 AC073343.2-203ENST00000366167 564 ntTSL 4 BASIC24.28■■□□□ 1.48
SMC4Q9NTJ3 ID1-202ENST00000376112 994 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
SMC4Q9NTJ3 AC134349.1-201ENST00000543969 385 ntTSL 3 BASIC24.28■■□□□ 1.48
SMC4Q9NTJ3 GRAMD4P8-201ENST00000605465 1115 ntBASIC24.28■■□□□ 1.48
SMC4Q9NTJ3 ASRGL1-211ENST00000628829 1161 ntTSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
SMC4Q9NTJ3 PDIA5-201ENST00000316218 1799 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
SMC4Q9NTJ3 SLC39A4-201ENST00000276833 2297 ntTSL 2 BASIC24.28■■□□□ 1.48
SMC4Q9NTJ3 AC027031.2-201ENST00000521369 1318 ntTSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
SMC4Q9NTJ3 PSRC1-202ENST00000369904 1584 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
SMC4Q9NTJ3 MTSS1L-201ENST00000338779 4992 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
SMC4Q9NTJ3 ZNF623-203ENST00000526926 2612 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.28■■□□□ 1.48
SMC4Q9NTJ3 AIPL1-209ENST00000575265 2111 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
SMC4Q9NTJ3 CD82-201ENST00000227155 2289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
SMC4Q9NTJ3 TRAM1L1-201ENST00000310754 2023 ntAPPRIS P1 BASIC24.27■■□□□ 1.48
SMC4Q9NTJ3 PGAM1-201ENST00000334828 1830 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
SMC4Q9NTJ3 CFAP46-201ENST00000368585 1825 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.27■■□□□ 1.48
SMC4Q9NTJ3 GHDC-212ENST00000593209 1827 ntTSL 5 BASIC24.27■■□□□ 1.48
SMC4Q9NTJ3 SYN2-206ENST00000621198 2674 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
SMC4Q9NTJ3 HAUS1-201ENST00000282058 1125 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
SMC4Q9NTJ3 PRR31-201ENST00000371629 978 ntTSL 2 BASIC24.27■■□□□ 1.48
SMC4Q9NTJ3 AP002433.1-201ENST00000525548 964 ntTSL 3 BASIC24.27■■□□□ 1.48
SMC4Q9NTJ3 AP005242.2-201ENST00000580065 1175 ntBASIC24.27■■□□□ 1.48
SMC4Q9NTJ3 CYGB-204ENST00000589342 815 ntTSL 3 BASIC24.27■■□□□ 1.48
SMC4Q9NTJ3 NECTIN1-201ENST00000264025 5840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
SMC4Q9NTJ3 SPATA20-226ENST00000619622 2769 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC24.27■■□□□ 1.48
SMC4Q9NTJ3 TMSB15B-201ENST00000419165 1666 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.27■■□□□ 1.48
SMC4Q9NTJ3 CDKN2C-201ENST00000262662 2904 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.27■■□□□ 1.48
SMC4Q9NTJ3 LINC00315-201ENST00000441947 2323 ntTSL 5 BASIC24.27■■□□□ 1.48
SMC4Q9NTJ3 MYC-201ENST00000259523 2042 ntTSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
SMC4Q9NTJ3 KRT8P3-201ENST00000519669 1449 ntBASIC24.27■■□□□ 1.48
SMC4Q9NTJ3 METRN-204ENST00000568223 3325 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
SMC4Q9NTJ3 ETV2-203ENST00000402764 1487 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
SMC4Q9NTJ3 ZIC4-209ENST00000473123 1481 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.26■■□□□ 1.47
SMC4Q9NTJ3 SPSB1-201ENST00000328089 3120 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
SMC4Q9NTJ3 GPR42-201ENST00000454971 1804 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
SMC4Q9NTJ3 DYNC1LI2-201ENST00000258198 4515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
SMC4Q9NTJ3 PTPA-204ENST00000355007 2515 ntTSL 5 BASIC24.26■■□□□ 1.47
SMC4Q9NTJ3 P2RX2-206ENST00000389110 1867 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
SMC4Q9NTJ3 HCCS-201ENST00000321143 2277 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.26■■□□□ 1.47
SMC4Q9NTJ3 STXBP2-203ENST00000441779 1914 ntTSL 2 BASIC24.26■■□□□ 1.47
SMC4Q9NTJ3 HDAC11-221ENST00000522202 1559 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.26■■□□□ 1.47
SMC4Q9NTJ3 FAM91A1-207ENST00000521166 2706 ntTSL 2 BASIC24.26■■□□□ 1.47
SMC4Q9NTJ3 SSNA1-201ENST00000322310 896 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
SMC4Q9NTJ3 CXADR-204ENST00000400166 1080 ntTSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
SMC4Q9NTJ3 TYROBP-209ENST00000589517 415 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
SMC4Q9NTJ3 CROCCP2-205ENST00000639481 1296 ntTSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
SMC4Q9NTJ3 AC083906.6-201ENST00000641366 219 ntBASIC24.26■■□□□ 1.47
SMC4Q9NTJ3 DIO1-201ENST00000322679 1658 ntTSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
SMC4Q9NTJ3 RBFOX1-204ENST00000422070 1684 ntTSL 2 BASIC24.26■■□□□ 1.47
SMC4Q9NTJ3 DIO1-217ENST00000617230 1656 ntTSL 5 BASIC24.26■■□□□ 1.47
SMC4Q9NTJ3 RENBP-202ENST00000393700 1388 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
SMC4Q9NTJ3 APIP-201ENST00000395787 1366 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
SMC4Q9NTJ3 JAKMIP1-208ENST00000637373 1362 ntTSL 5 BASIC24.26■■□□□ 1.47
SMC4Q9NTJ3 INAVA-202ENST00000413687 2197 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC24.26■■□□□ 1.47
SMC4Q9NTJ3 CARD9-202ENST00000371734 1814 ntTSL 5 BASIC24.26■■□□□ 1.47
SMC4Q9NTJ3 CD72-201ENST00000259633 1548 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
SMC4Q9NTJ3 AC139491.1-201ENST00000512675 1516 ntTSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
SMC4Q9NTJ3 LRRC23-201ENST00000007969 1615 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
SMC4Q9NTJ3 CD7-206ENST00000583376 1659 ntTSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
SMC4Q9NTJ3 ASB6-202ENST00000277459 2180 ntTSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
SMC4Q9NTJ3 MFSD10-202ENST00000355443 1753 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
SMC4Q9NTJ3 TSPAN14-205ENST00000372158 1095 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.25■■□□□ 1.47
SMC4Q9NTJ3 HDAC11-205ENST00000404548 577 ntTSL 4 BASIC24.25■■□□□ 1.47
SMC4Q9NTJ3 MIR1238-201ENST00000408483 83 ntBASIC24.25■■□□□ 1.47
SMC4Q9NTJ3 ECEL1-201ENST00000304546 2865 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
SMC4Q9NTJ3 PRMT1-201ENST00000391851 1393 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
SMC4Q9NTJ3 DBX1-201ENST00000524983 1380 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.25■■□□□ 1.47
SMC4Q9NTJ3 AD000671.2-201ENST00000589807 1925 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.25■■□□□ 1.47
SMC4Q9NTJ3 CACNA1I-204ENST00000407673 5952 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
SMC4Q9NTJ3 PER3-203ENST00000377541 1524 ntTSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
SMC4Q9NTJ3 GJA4-201ENST00000342280 1622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
SMC4Q9NTJ3 SEMA3D-202ENST00000444867 1605 ntTSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
SMC4Q9NTJ3 GRB10-201ENST00000335866 5032 ntTSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 24.5 ms