Protein–RNA interactions for Protein: Q00056

HOXA4, Homeobox protein Hox-A4, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 320 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXA4Q00056 CHMP6-201ENST00000325167 1664 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
HOXA4Q00056 AC124066.1-201ENST00000581122 1660 ntTSL 5 BASIC16.06■□□□□ 0.16
HOXA4Q00056 CYP46A1-202ENST00000380228 1597 ntTSL 2 BASIC16.06■□□□□ 0.16
HOXA4Q00056 BST1-201ENST00000265016 1480 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
HOXA4Q00056 GAS2L1P1-201ENST00000420145 1480 ntBASIC16.06■□□□□ 0.16
HOXA4Q00056 KIAA1522-201ENST00000294521 878 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.06■□□□□ 0.16
HOXA4Q00056 RAC3-201ENST00000306897 1090 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
HOXA4Q00056 HLA-DRB1-201ENST00000360004 1229 ntAPPRIS P1 BASIC16.06■□□□□ 0.16
HOXA4Q00056 ZCCHC24-201ENST00000372333 906 ntTSL 2 BASIC16.06■□□□□ 0.16
HOXA4Q00056 CRYGFP-201ENST00000418459 633 ntBASIC16.06■□□□□ 0.16
HOXA4Q00056 KCNIP3-205ENST00000468529 985 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
HOXA4Q00056 WDR86-AS1-203ENST00000480632 704 ntTSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
HOXA4Q00056 ROPN1L-202ENST00000503804 1291 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.06■□□□□ 0.16
HOXA4Q00056 AC097488.1-201ENST00000507834 756 ntBASIC16.06■□□□□ 0.16
HOXA4Q00056 SRRM3-204ENST00000611745 3612 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.06■□□□□ 0.16
HOXA4Q00056 TRPC1-203ENST00000476941 3061 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
HOXA4Q00056 P2RY2-201ENST00000311131 2660 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
HOXA4Q00056 TIGD6-202ENST00000515406 2429 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
HOXA4Q00056 MBD3-201ENST00000156825 5518 ntTSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
HOXA4Q00056 PPFIA1-201ENST00000253925 5234 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
HOXA4Q00056 RAB7A-201ENST00000265062 2244 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
HOXA4Q00056 DNAJC28-204ENST00000617313 2237 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.06■□□□□ 0.16
HOXA4Q00056 PODXL2-201ENST00000342480 2186 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
HOXA4Q00056 ASPHD2-201ENST00000215906 3357 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
HOXA4Q00056 SLC3A2-202ENST00000377889 1993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
HOXA4Q00056 TH-203ENST00000352909 1889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
HOXA4Q00056 TCP11-204ENST00000373979 1882 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC16.05■□□□□ 0.16
HOXA4Q00056 RUSC2-202ENST00000455600 5636 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
HOXA4Q00056 CDCA7L-203ENST00000406877 3066 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
HOXA4Q00056 ABCC5-204ENST00000392579 1848 ntTSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
HOXA4Q00056 DGKI-202ENST00000424189 4163 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.05■□□□□ 0.16
HOXA4Q00056 THOC3-208ENST00000513482 1796 ntTSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
HOXA4Q00056 MARK1-202ENST00000366918 5169 ntTSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
HOXA4Q00056 WT1-205ENST00000452863 2768 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
HOXA4Q00056 AC004408.2-201ENST00000623613 2777 ntBASIC16.05■□□□□ 0.16
HOXA4Q00056 BTBD11-201ENST00000280758 5767 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC16.05■□□□□ 0.16
HOXA4Q00056 SNX19-209ENST00000530356 1562 ntTSL 2 BASIC16.05■□□□□ 0.16
HOXA4Q00056 RIPK2-201ENST00000220751 2584 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
HOXA4Q00056 MARK2-203ENST00000377810 4560 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.05■□□□□ 0.16
HOXA4Q00056 ANKRD17-211ENST00000639793 3486 ntTSL 5 BASIC16.05■□□□□ 0.16
HOXA4Q00056 CYP2D8P-201ENST00000433633 1490 ntBASIC16.05■□□□□ 0.16
HOXA4Q00056 HSPB6-201ENST00000004982 1457 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
HOXA4Q00056 AHCYL1-203ENST00000393614 4313 ntTSL 2 BASIC16.05■□□□□ 0.16
HOXA4Q00056 PPP2R5A-201ENST00000261461 3128 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
HOXA4Q00056 AC027031.2-201ENST00000521369 1318 ntTSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
HOXA4Q00056 SCFD2-204ENST00000611795 1320 ntTSL 5 BASIC16.05■□□□□ 0.16
HOXA4Q00056 WNT1-201ENST00000293549 1185 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
HOXA4Q00056 PRSS3-201ENST00000342836 1144 ntTSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
HOXA4Q00056 POLR2D-202ENST00000409698 806 ntTSL 2 BASIC16.05■□□□□ 0.16
HOXA4Q00056 TINAGL1-202ENST00000457433 2140 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.05■□□□□ 0.16
HOXA4Q00056 FOXN3-AS1-201ENST00000555562 1077 ntTSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
HOXA4Q00056 CIRBP-217ENST00000588230 1013 ntTSL 5 BASIC16.05■□□□□ 0.16
HOXA4Q00056 AP000692.2-201ENST00000608391 879 ntBASIC16.05■□□□□ 0.16
HOXA4Q00056 NFATC2IP-201ENST00000320805 4569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
HOXA4Q00056 PSPC1-206ENST00000619300 2013 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.05■□□□□ 0.16
HOXA4Q00056 EIF4E3-201ENST00000295612 2764 ntTSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
HOXA4Q00056 CAPN12-201ENST00000328867 2762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
HOXA4Q00056 AMIGO1-202ENST00000369864 5088 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
HOXA4Q00056 ATP1B1-202ENST00000367816 2608 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.05■□□□□ 0.16
HOXA4Q00056 TCERG1L-201ENST00000368642 2618 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
HOXA4Q00056 LINC01356-201ENST00000401018 1819 ntTSL 2 BASIC16.05■□□□□ 0.16
HOXA4Q00056 ABHD13-201ENST00000375898 5338 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
HOXA4Q00056 ZFC3H1-206ENST00000548100 1771 ntTSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
HOXA4Q00056 MEN1-202ENST00000315422 3148 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.05■□□□□ 0.16
HOXA4Q00056 HEXDC-201ENST00000327949 1733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
HOXA4Q00056 ST3GAL4-205ENST00000449406 1669 ntTSL 5 BASIC16.05■□□□□ 0.16
HOXA4Q00056 IL4I1-201ENST00000341114 2349 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
HOXA4Q00056 TMEM53-202ENST00000372237 2310 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
HOXA4Q00056 CXXC4-201ENST00000394767 5565 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.05■□□□□ 0.16
HOXA4Q00056 GAL3ST1-206ENST00000406955 1635 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
HOXA4Q00056 GPRC5C-205ENST00000481232 1592 ntTSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
HOXA4Q00056 INTS10-201ENST00000397977 2804 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.04■□□□□ 0.16
HOXA4Q00056 ZBTB10-205ENST00000610895 2833 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.04■□□□□ 0.16
HOXA4Q00056 CDH24-205ENST00000554034 2759 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
HOXA4Q00056 PSMD8-210ENST00000620216 1538 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
HOXA4Q00056 KMT5B-203ENST00000401547 2666 ntTSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
HOXA4Q00056 IFNLR1-202ENST00000327575 1476 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
HOXA4Q00056 CRYBB2P1-202ENST00000382734 1364 ntTSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
HOXA4Q00056 PDZD3-203ENST00000525131 1882 ntTSL 2 BASIC16.04■□□□□ 0.16
HOXA4Q00056 MLST8-232ENST00000569417 1870 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
HOXA4Q00056 HSD11B1L-221ENST00000583928 1319 ntTSL 5 BASIC16.04■□□□□ 0.16
HOXA4Q00056 UBQLN4P1-201ENST00000461599 1801 ntBASIC16.04■□□□□ 0.16
HOXA4Q00056 INGX-201ENST00000359239 846 ntBASIC16.04■□□□□ 0.16
HOXA4Q00056 AL162231.1-203ENST00000416454 465 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.04■□□□□ 0.16
HOXA4Q00056 MFAP1P1-201ENST00000442257 1255 ntBASIC16.04■□□□□ 0.16
HOXA4Q00056 DBNL-214ENST00000456905 1241 ntTSL 2 BASIC16.04■□□□□ 0.16
HOXA4Q00056 CD209-209ENST00000601256 994 ntTSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
HOXA4Q00056 KANK3-205ENST00000610351 1191 ntTSL 5 BASIC16.04■□□□□ 0.16
HOXA4Q00056 AC097662.2-201ENST00000641359 267 ntAPPRIS P1 BASIC16.04■□□□□ 0.16
HOXA4Q00056 TRIM47-201ENST00000254816 2266 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
HOXA4Q00056 FAM239A-202ENST00000438107 2155 ntTSL 5 BASIC16.04■□□□□ 0.16
HOXA4Q00056 ARHGEF28-204ENST00000437974 5792 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
HOXA4Q00056 ISOC2-203ENST00000438389 1566 ntTSL 2 BASIC16.04■□□□□ 0.16
HOXA4Q00056 SLC5A10-205ENST00000417251 1984 ntTSL 2 BASIC16.04■□□□□ 0.16
HOXA4Q00056 ATP6V0E2-203ENST00000456496 2722 ntTSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
HOXA4Q00056 ATP6V0E2-213ENST00000615196 2727 ntTSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
HOXA4Q00056 SLC25A20-201ENST00000319017 1879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
HOXA4Q00056 NUBP2-201ENST00000262302 1413 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
HOXA4Q00056 HOXB8-201ENST00000239144 1823 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC16.03■□□□□ 0.16
HOXA4Q00056 DNAJC8-201ENST00000263697 1759 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 31.4 ms