Protein–RNA interactions for Protein: Q9UPQ0

LIMCH1, LIM and calponin homology domains-containing protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 1,083 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMCH1Q9UPQ0 SBF2-AS1-202ENST00000499953 854 ntTSL 5 BASIC22.35■■□□□ 1.17
LIMCH1Q9UPQ0 AC110285.5-201ENST00000611501 352 ntBASIC22.35■■□□□ 1.17
LIMCH1Q9UPQ0 AL445675.2-201ENST00000620291 557 ntBASIC22.35■■□□□ 1.17
LIMCH1Q9UPQ0 TMPRSS5-205ENST00000538955 1956 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
LIMCH1Q9UPQ0 AC135050.7-201ENST00000624508 2218 ntBASIC22.35■■□□□ 1.17
LIMCH1Q9UPQ0 PLAUR-203ENST00000340093 1548 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
LIMCH1Q9UPQ0 FAM110D-201ENST00000374268 2858 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
LIMCH1Q9UPQ0 GAS7-205ENST00000542249 1799 ntTSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
LIMCH1Q9UPQ0 HYOU1-212ENST00000532519 2162 ntTSL 5 BASIC22.35■■□□□ 1.17
LIMCH1Q9UPQ0 EPB41L2-211ENST00000525271 2568 ntTSL 2 BASIC22.35■■□□□ 1.17
LIMCH1Q9UPQ0 TCP11-201ENST00000244645 2018 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
LIMCH1Q9UPQ0 CD55-206ENST00000391921 2433 ntTSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
LIMCH1Q9UPQ0 AMDHD2-201ENST00000293971 1459 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
LIMCH1Q9UPQ0 ZFP92-201ENST00000338647 6105 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.34■■□□□ 1.17
LIMCH1Q9UPQ0 RGS3-231ENST00000613049 1726 ntTSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
LIMCH1Q9UPQ0 AIRN-201ENST00000601203 4374 ntBASIC22.34■■□□□ 1.17
LIMCH1Q9UPQ0 TRIM73-202ENST00000430211 1321 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.34■■□□□ 1.17
LIMCH1Q9UPQ0 ACADS-201ENST00000242592 1950 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
LIMCH1Q9UPQ0 SMARCC2-201ENST00000267064 4076 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
LIMCH1Q9UPQ0 IL17RC-215ENST00000455057 2244 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
LIMCH1Q9UPQ0 ACTR3B-203ENST00000397282 1692 ntTSL 2 BASIC22.34■■□□□ 1.17
LIMCH1Q9UPQ0 PNKP-207ENST00000596014 1665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
LIMCH1Q9UPQ0 CNOT11-201ENST00000289382 2599 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
LIMCH1Q9UPQ0 AC135782.1-201ENST00000537498 2154 ntTSL 2 BASIC22.34■■□□□ 1.17
LIMCH1Q9UPQ0 PTMS-201ENST00000309083 1139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
LIMCH1Q9UPQ0 NMRK1-201ENST00000361092 1185 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
LIMCH1Q9UPQ0 GUK1-209ENST00000366730 937 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC22.34■■□□□ 1.17
LIMCH1Q9UPQ0 AC091564.2-201ENST00000527191 399 ntTSL 3 BASIC22.34■■□□□ 1.17
LIMCH1Q9UPQ0 ADM-205ENST00000528544 586 ntTSL 2 BASIC22.34■■□□□ 1.17
LIMCH1Q9UPQ0 CDIPT-204ENST00000563415 1047 ntTSL 3 BASIC22.34■■□□□ 1.17
LIMCH1Q9UPQ0 AC010336.4-201ENST00000595655 438 ntTSL 5 BASIC22.34■■□□□ 1.17
LIMCH1Q9UPQ0 ADAM33-202ENST00000356518 3677 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
LIMCH1Q9UPQ0 APLP2-210ENST00000528499 2530 ntTSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
LIMCH1Q9UPQ0 VAV1-204ENST00000596764 2775 ntTSL 2 BASIC22.34■■□□□ 1.17
LIMCH1Q9UPQ0 CPZ-201ENST00000315782 2136 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
LIMCH1Q9UPQ0 LRRC23-201ENST00000007969 1615 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
LIMCH1Q9UPQ0 PCCB-216ENST00000483687 1727 ntTSL 3 BASIC22.34■■□□□ 1.17
LIMCH1Q9UPQ0 ISM2-207ENST00000493585 1739 ntTSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
LIMCH1Q9UPQ0 INTS10-201ENST00000397977 2804 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.34■■□□□ 1.17
LIMCH1Q9UPQ0 RAPGEF5-203ENST00000405243 2800 ntTSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
LIMCH1Q9UPQ0 CELF2-217ENST00000638035 1849 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.34■■□□□ 1.17
LIMCH1Q9UPQ0 DCAF4-201ENST00000353777 1940 ntTSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
LIMCH1Q9UPQ0 ATP1B1-202ENST00000367816 2608 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.33■■□□□ 1.17
LIMCH1Q9UPQ0 BAIAP2-203ENST00000416299 1442 ntTSL 2 BASIC22.33■■□□□ 1.17
LIMCH1Q9UPQ0 FCMR-202ENST00000442471 1441 ntTSL 2 BASIC22.33■■□□□ 1.17
LIMCH1Q9UPQ0 CHPF-201ENST00000243776 3013 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
LIMCH1Q9UPQ0 AGTRAP-203ENST00000376629 1100 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
LIMCH1Q9UPQ0 ISG20-202ENST00000379224 540 ntTSL 3 BASIC22.33■■□□□ 1.17
LIMCH1Q9UPQ0 CCT7-202ENST00000398422 1234 ntTSL 2 BASIC22.33■■□□□ 1.17
LIMCH1Q9UPQ0 PTPA-216ENST00000432651 857 ntTSL 2 BASIC22.33■■□□□ 1.17
LIMCH1Q9UPQ0 AP003501.2-201ENST00000524433 477 ntTSL 4 BASIC22.33■■□□□ 1.17
LIMCH1Q9UPQ0 PDXDC2P-202ENST00000527016 543 ntTSL 3 BASIC22.33■■□□□ 1.17
LIMCH1Q9UPQ0 CSF1-203ENST00000369801 1364 ntTSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
LIMCH1Q9UPQ0 COMP-202ENST00000425807 2292 ntTSL 2 BASIC22.33■■□□□ 1.16
LIMCH1Q9UPQ0 NPTX2-201ENST00000265634 2700 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.16
LIMCH1Q9UPQ0 MYBL2-202ENST00000396863 2704 ntTSL 2 BASIC22.33■■□□□ 1.16
LIMCH1Q9UPQ0 WWOX-214ENST00000566780 2482 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.16
LIMCH1Q9UPQ0 RCAN3-205ENST00000436717 2574 ntTSL 3 BASIC22.33■■□□□ 1.16
LIMCH1Q9UPQ0 HSD11B1L-221ENST00000583928 1319 ntTSL 5 BASIC22.32■■□□□ 1.16
LIMCH1Q9UPQ0 P2RX2-206ENST00000389110 1867 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
LIMCH1Q9UPQ0 PCCA-203ENST00000376286 2481 ntTSL 2 BASIC22.32■■□□□ 1.16
LIMCH1Q9UPQ0 PDZRN3-202ENST00000308537 1136 ntTSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
LIMCH1Q9UPQ0 UBE2F-203ENST00000409633 837 ntTSL 3 BASIC22.32■■□□□ 1.16
LIMCH1Q9UPQ0 NME6-209ENST00000442597 757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
LIMCH1Q9UPQ0 ASH1L-AS1-202ENST00000456633 911 ntTSL 2 BASIC22.32■■□□□ 1.16
LIMCH1Q9UPQ0 ATP6V0E1-204ENST00000519911 718 ntTSL 2 BASIC22.32■■□□□ 1.16
LIMCH1Q9UPQ0 BAALC-AS1-207ENST00000522856 594 ntTSL 3 BASIC22.32■■□□□ 1.16
LIMCH1Q9UPQ0 ADD3-AS1-204ENST00000627565 388 ntTSL 3 BASIC22.32■■□□□ 1.16
LIMCH1Q9UPQ0 AC073648.6-201ENST00000641589 218 ntBASIC22.32■■□□□ 1.16
LIMCH1Q9UPQ0 ZNF446-203ENST00000594369 2238 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
LIMCH1Q9UPQ0 PCOLCE-AS1-201ENST00000442166 2537 ntTSL 2 BASIC22.32■■□□□ 1.16
LIMCH1Q9UPQ0 KANSL1L-203ENST00000418791 3562 ntTSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
LIMCH1Q9UPQ0 RCC2P6-201ENST00000526625 1557 ntBASIC22.32■■□□□ 1.16
LIMCH1Q9UPQ0 CPT2-207ENST00000636867 2643 ntTSL 5 BASIC22.32■■□□□ 1.16
LIMCH1Q9UPQ0 ARNTL-203ENST00000403290 2746 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
LIMCH1Q9UPQ0 FAM131A-204ENST00000418281 1664 ntTSL 5 BASIC22.32■■□□□ 1.16
LIMCH1Q9UPQ0 NECTIN3-211ENST00000493615 1876 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.32■■□□□ 1.16
LIMCH1Q9UPQ0 NCK1-207ENST00000481752 1971 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.32■■□□□ 1.16
LIMCH1Q9UPQ0 SNAI3-AS1-205ENST00000568633 2096 ntBASIC22.32■■□□□ 1.16
LIMCH1Q9UPQ0 AC007613.1-201ENST00000572811 2597 ntBASIC22.32■■□□□ 1.16
LIMCH1Q9UPQ0 KRT8P11-201ENST00000409686 1436 ntBASIC22.31■■□□□ 1.16
LIMCH1Q9UPQ0 SORBS3-221ENST00000523965 2028 ntTSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
LIMCH1Q9UPQ0 CCKBR-203ENST00000525462 2138 ntTSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
LIMCH1Q9UPQ0 CCDC17-202ENST00000421127 2216 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.31■■□□□ 1.16
LIMCH1Q9UPQ0 MTSS1L-204ENST00000616026 2241 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.31■■□□□ 1.16
LIMCH1Q9UPQ0 LINC00461-203ENST00000504246 2300 ntTSL 2 BASIC22.31■■□□□ 1.16
LIMCH1Q9UPQ0 RAPH1-201ENST00000308091 2768 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
LIMCH1Q9UPQ0 TLE3-201ENST00000317509 5207 ntTSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
LIMCH1Q9UPQ0 MATN4-201ENST00000353917 1657 ntTSL 5 BASIC22.31■■□□□ 1.16
LIMCH1Q9UPQ0 KRTCAP3-201ENST00000288873 872 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
LIMCH1Q9UPQ0 AC093620.1-201ENST00000342963 583 ntTSL 3 BASIC22.31■■□□□ 1.16
LIMCH1Q9UPQ0 TRA2B-203ENST00000382191 976 ntTSL 2 BASIC22.31■■□□□ 1.16
LIMCH1Q9UPQ0 AC027451.1-201ENST00000530667 553 ntTSL 4 BASIC22.31■■□□□ 1.16
LIMCH1Q9UPQ0 PSMC3IP-208ENST00000590760 664 ntTSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
LIMCH1Q9UPQ0 AC131212.4-201ENST00000623606 975 ntBASIC22.31■■□□□ 1.16
LIMCH1Q9UPQ0 KAZN-209ENST00000636564 1197 ntTSL 5 BASIC22.31■■□□□ 1.16
LIMCH1Q9UPQ0 AP003774.1-201ENST00000316124 2340 ntTSL 2 BASIC22.31■■□□□ 1.16
LIMCH1Q9UPQ0 AC138028.1-201ENST00000333666 2137 ntTSL 2 BASIC22.31■■□□□ 1.16
LIMCH1Q9UPQ0 AC018755.2-202ENST00000429354 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
LIMCH1Q9UPQ0 NF2-203ENST00000353887 1845 ntTSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 25.3 ms