Protein–RNA interactions for Protein: Q9UBQ0

VPS29, Vacuolar protein sorting-associated protein 29, humanhuman

Predictions only

Length 182 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS29Q9UBQ0 MMD2-204ENST00000612910 778 ntTSL 5 BASIC18.22■□□□□ 0.51
VPS29Q9UBQ0 KIAA1324L-208ENST00000450689 6841 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.22■□□□□ 0.51
VPS29Q9UBQ0 TMEM74-201ENST00000297459 1741 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
VPS29Q9UBQ0 FGFR1-203ENST00000341462 6054 ntTSL 5 BASIC18.22■□□□□ 0.51
VPS29Q9UBQ0 MAPK9-208ENST00000455781 4336 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC18.22■□□□□ 0.51
VPS29Q9UBQ0 P2RX5-203ENST00000547178 1998 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
VPS29Q9UBQ0 CDH24-205ENST00000554034 2759 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
VPS29Q9UBQ0 WDTC1-201ENST00000319394 4819 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
VPS29Q9UBQ0 NR2F1-205ENST00000615873 1427 ntTSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
VPS29Q9UBQ0 DNAJC28-204ENST00000617313 2237 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.22■□□□□ 0.51
VPS29Q9UBQ0 FBXO28-202ENST00000424254 1334 ntTSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
VPS29Q9UBQ0 DHRS4-204ENST00000543741 1340 ntTSL 2 BASIC18.22■□□□□ 0.51
VPS29Q9UBQ0 COPS7A-204ENST00000534947 2034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
VPS29Q9UBQ0 RHBDL1-201ENST00000219551 1560 ntTSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
VPS29Q9UBQ0 SEMA7A-203ENST00000543145 2304 ntTSL 2 BASIC18.21■□□□□ 0.51
VPS29Q9UBQ0 AL512353.2-201ENST00000448759 1962 ntBASIC18.21■□□□□ 0.51
VPS29Q9UBQ0 LGALS12-203ENST00000394618 1618 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
VPS29Q9UBQ0 AC020763.4-201ENST00000623414 4170 ntBASIC18.21■□□□□ 0.51
VPS29Q9UBQ0 NDUFB10-201ENST00000268668 705 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
VPS29Q9UBQ0 KRTCAP3-201ENST00000288873 872 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
VPS29Q9UBQ0 LRRC27-203ENST00000368613 2113 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
VPS29Q9UBQ0 RALGPS1-206ENST00000394011 819 ntTSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
VPS29Q9UBQ0 KSR1P1-201ENST00000446298 240 ntBASIC18.21■□□□□ 0.51
VPS29Q9UBQ0 ASH1L-AS1-202ENST00000456633 911 ntTSL 2 BASIC18.21■□□□□ 0.51
VPS29Q9UBQ0 RPPH1-201ENST00000516869 333 ntBASIC18.21■□□□□ 0.51
VPS29Q9UBQ0 ALKAL1-202ENST00000523939 536 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
VPS29Q9UBQ0 C14orf144-202ENST00000555282 854 ntTSL 3 BASIC18.21■□□□□ 0.51
VPS29Q9UBQ0 IRX5-204ENST00000560154 879 ntTSL 5 BASIC18.21■□□□□ 0.51
VPS29Q9UBQ0 IRX5-205ENST00000620085 881 ntTSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
VPS29Q9UBQ0 AC083906.6-201ENST00000641366 219 ntBASIC18.21■□□□□ 0.51
VPS29Q9UBQ0 OCSTAMP-201ENST00000279028 2043 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.21■□□□□ 0.51
VPS29Q9UBQ0 BCL7A-203ENST00000538010 6247 ntTSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
VPS29Q9UBQ0 ACTR3B-203ENST00000397282 1692 ntTSL 2 BASIC18.21■□□□□ 0.51
VPS29Q9UBQ0 SPOPL-201ENST00000280098 6025 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
VPS29Q9UBQ0 PARS2-201ENST00000371279 2347 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
VPS29Q9UBQ0 SERGEF-201ENST00000265965 1566 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
VPS29Q9UBQ0 UBE2E3-209ENST00000602710 1556 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
VPS29Q9UBQ0 GOLPH3-201ENST00000265070 2721 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.5
VPS29Q9UBQ0 C1orf198-201ENST00000366663 3858 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.5
VPS29Q9UBQ0 MTSS1-203ENST00000431961 1711 ntTSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
VPS29Q9UBQ0 TRIM47-201ENST00000254816 2266 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
VPS29Q9UBQ0 MAN1A1-201ENST00000368468 5014 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.2■□□□□ 0.5
VPS29Q9UBQ0 TRPC1-203ENST00000476941 3061 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
VPS29Q9UBQ0 GPBAR1-202ENST00000519574 1382 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
VPS29Q9UBQ0 KCNA3-201ENST00000369769 2569 ntAPPRIS P1 BASIC18.2■□□□□ 0.5
VPS29Q9UBQ0 GALNT2-201ENST00000366672 4454 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
VPS29Q9UBQ0 EI24-201ENST00000278903 2455 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
VPS29Q9UBQ0 ZNF211-204ENST00000347302 2472 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
VPS29Q9UBQ0 KCTD12-201ENST00000377474 6225 ntAPPRIS P1 BASIC18.2■□□□□ 0.5
VPS29Q9UBQ0 ATP5D-201ENST00000215375 997 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
VPS29Q9UBQ0 SIVA1-201ENST00000329967 802 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
VPS29Q9UBQ0 CHPF-202ENST00000373891 1079 ntTSL 2 BASIC18.2■□□□□ 0.5
VPS29Q9UBQ0 AL353807.1-201ENST00000427475 662 ntBASIC18.2■□□□□ 0.5
VPS29Q9UBQ0 AC004980.1-204ENST00000429707 299 ntBASIC18.2■□□□□ 0.5
VPS29Q9UBQ0 AMN1-211ENST00000541931 880 ntTSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
VPS29Q9UBQ0 ZNF667-AS1-206ENST00000591797 535 ntTSL 5 BASIC18.2■□□□□ 0.5
VPS29Q9UBQ0 AC020922.2-201ENST00000596786 359 ntTSL 4 BASIC18.2■□□□□ 0.5
VPS29Q9UBQ0 AC004816.2-201ENST00000622856 284 ntTSL 5 BASIC18.2■□□□□ 0.5
VPS29Q9UBQ0 FCMR-210ENST00000628511 1055 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
VPS29Q9UBQ0 KAZN-209ENST00000636564 1197 ntTSL 5 BASIC18.2■□□□□ 0.5
VPS29Q9UBQ0 RASSF1-210ENST00000616212 1842 ntTSL 2 BASIC18.2■□□□□ 0.5
VPS29Q9UBQ0 HDAC11-221ENST00000522202 1559 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.2■□□□□ 0.5
VPS29Q9UBQ0 CLIP2-202ENST00000361545 5445 ntTSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
VPS29Q9UBQ0 RILPL2-201ENST00000280571 6141 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
VPS29Q9UBQ0 ISM2-207ENST00000493585 1739 ntTSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
VPS29Q9UBQ0 IL4I1-202ENST00000391826 1863 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
VPS29Q9UBQ0 AP001351.1-201ENST00000501397 1865 ntTSL 2 BASIC18.2■□□□□ 0.5
VPS29Q9UBQ0 NAT6-201ENST00000354862 1330 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
VPS29Q9UBQ0 ZNF302-214ENST00000613363 2893 ntAPPRIS ALT2 TSL 4 BASIC18.2■□□□□ 0.5
VPS29Q9UBQ0 CTSH-201ENST00000220166 2190 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
VPS29Q9UBQ0 KLF13-201ENST00000307145 6825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
VPS29Q9UBQ0 FDXR-217ENST00000582944 1766 ntTSL 2 BASIC18.19■□□□□ 0.5
VPS29Q9UBQ0 GTF3A-201ENST00000381140 1383 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
VPS29Q9UBQ0 GHDC-212ENST00000593209 1827 ntTSL 5 BASIC18.19■□□□□ 0.5
VPS29Q9UBQ0 PSAP-205ENST00000610929 1969 ntTSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
VPS29Q9UBQ0 SEMA3B-210ENST00000611067 2292 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
VPS29Q9UBQ0 ENOPH1-201ENST00000273920 2025 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
VPS29Q9UBQ0 EIF4E3-201ENST00000295612 2764 ntTSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
VPS29Q9UBQ0 UBXN2A-201ENST00000309033 6066 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
VPS29Q9UBQ0 PTMS-201ENST00000309083 1139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
VPS29Q9UBQ0 TMEM240-202ENST00000425828 717 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.19■□□□□ 0.5
VPS29Q9UBQ0 STK24-AS1-201ENST00000434547 1278 ntTSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
VPS29Q9UBQ0 PPP1R14BP5-201ENST00000440334 435 ntBASIC18.19■□□□□ 0.5
VPS29Q9UBQ0 RPS2P4-201ENST00000476944 856 ntBASIC18.19■□□□□ 0.5
VPS29Q9UBQ0 AC093627.4-201ENST00000484550 5008 ntTSL 2 BASIC18.19■□□□□ 0.5
VPS29Q9UBQ0 DENND3-207ENST00000518347 850 ntTSL 2 BASIC18.19■□□□□ 0.5
VPS29Q9UBQ0 LINC01301-204ENST00000530725 577 ntTSL 4 BASIC18.19■□□□□ 0.5
VPS29Q9UBQ0 RNF121-214ENST00000533380 870 ntTSL 3 BASIC18.19■□□□□ 0.5
VPS29Q9UBQ0 HLX-AS1-201ENST00000552026 563 ntTSL 4 BASIC18.19■□□□□ 0.5
VPS29Q9UBQ0 C17orf62-238ENST00000585064 1074 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.19■□□□□ 0.5
VPS29Q9UBQ0 SLC35A2-213ENST00000635015 1008 ntTSL 2 BASIC18.19■□□□□ 0.5
VPS29Q9UBQ0 ZCCHC24-202ENST00000372336 4933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
VPS29Q9UBQ0 NFATC1-201ENST00000253506 4642 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
VPS29Q9UBQ0 ABHD14B-202ENST00000361143 1636 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
VPS29Q9UBQ0 HSD11B1L-221ENST00000583928 1319 ntTSL 5 BASIC18.19■□□□□ 0.5
VPS29Q9UBQ0 ZBTB48-202ENST00000377674 2293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
VPS29Q9UBQ0 IQSEC1-201ENST00000273221 5279 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
VPS29Q9UBQ0 TIMM13-201ENST00000215570 1973 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
VPS29Q9UBQ0 PLIN2-201ENST00000276914 1972 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
VPS29Q9UBQ0 PLIN5-201ENST00000381848 2470 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 48 ms