Protein–RNA interactions for Protein: P39060

COL18A1, Collagen alpha-1(XVIII) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,754 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL18A1P39060 AC113382.1-201ENST00000500267 1253 ntTSL 1 (best) BASIC25.12■■□□□ 1.61
COL18A1P39060 AP000867.3-201ENST00000524675 377 ntBASIC25.12■■□□□ 1.61
COL18A1P39060 TK1-205ENST00000590862 642 ntTSL 3 BASIC25.12■■□□□ 1.61
COL18A1P39060 PLAUR-214ENST00000601723 1205 ntTSL 1 (best) BASIC25.12■■□□□ 1.61
COL18A1P39060 USP39-204ENST00000409766 2033 ntTSL 2 BASIC25.12■■□□□ 1.61
COL18A1P39060 VPS37D-202ENST00000451519 1303 ntTSL 5 BASIC25.12■■□□□ 1.61
COL18A1P39060 MAFF-204ENST00000426621 2216 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC25.12■■□□□ 1.61
COL18A1P39060 BRD4-202ENST00000360016 3240 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.12■■□□□ 1.61
COL18A1P39060 FUCA1-201ENST00000374479 2047 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.11■■□□□ 1.61
COL18A1P39060 DNAJC7-203ENST00000457167 2022 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.11■■□□□ 1.61
COL18A1P39060 FAM187A-202ENST00000412523 1748 ntTSL 1 (best) BASIC25.11■■□□□ 1.61
COL18A1P39060 PTPMT1-201ENST00000326656 928 ntTSL 1 (best) BASIC25.11■■□□□ 1.61
COL18A1P39060 TSPY8-203ENST00000383005 435 ntTSL 5 BASIC25.11■■□□□ 1.61
COL18A1P39060 CRELD2-202ENST00000403427 1242 ntTSL 1 (best) BASIC25.11■■□□□ 1.61
COL18A1P39060 MYD88-211ENST00000495303 976 ntTSL 1 (best) BASIC25.11■■□□□ 1.61
COL18A1P39060 AC008825.1-201ENST00000504398 452 ntTSL 3 BASIC25.11■■□□□ 1.61
COL18A1P39060 FOSL1P1-201ENST00000511041 816 ntBASIC25.11■■□□□ 1.61
COL18A1P39060 ANKRD36-207ENST00000639293 1168 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.11■■□□□ 1.61
COL18A1P39060 TMEM237-213ENST00000621467 1824 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.11■■□□□ 1.61
COL18A1P39060 PDE9A-206ENST00000380328 1875 ntTSL 1 (best) BASIC25.11■■□□□ 1.61
COL18A1P39060 AKR1A1-214ENST00000621846 1360 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.11■■□□□ 1.61
COL18A1P39060 MELTF-202ENST00000296351 1650 ntTSL 1 (best) BASIC25.11■■□□□ 1.61
COL18A1P39060 RRS1-201ENST00000320270 1706 ntAPPRIS P1 BASIC25.11■■□□□ 1.61
COL18A1P39060 NFIX-203ENST00000397661 3143 ntTSL 5 BASIC25.11■■□□□ 1.61
COL18A1P39060 FAM83D-201ENST00000619304 2475 ntTSL 1 (best) BASIC25.11■■□□□ 1.61
COL18A1P39060 AP5S1-202ENST00000379567 1791 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.11■■□□□ 1.61
COL18A1P39060 TH-206ENST00000381178 1910 ntTSL 1 (best) BASIC25.11■■□□□ 1.61
COL18A1P39060 TP53RK-201ENST00000372102 2012 ntTSL 1 (best) BASIC25.11■■□□□ 1.61
COL18A1P39060 TMEM42-201ENST00000302392 1026 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.1■■□□□ 1.61
COL18A1P39060 TMEM89-201ENST00000330862 662 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.1■■□□□ 1.61
COL18A1P39060 SERBP1-201ENST00000361219 2103 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.1■■□□□ 1.61
COL18A1P39060 WIPI2-203ENST00000401525 2112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.1■■□□□ 1.61
COL18A1P39060 SLC2A1-204ENST00000460369 541 ntTSL 2 BASIC25.1■■□□□ 1.61
COL18A1P39060 GPR32P1-201ENST00000601788 811 ntBASIC25.1■■□□□ 1.61
COL18A1P39060 NEK2-205ENST00000540251 1318 ntTSL 1 (best) BASIC25.1■■□□□ 1.61
COL18A1P39060 GBX2-203ENST00000551105 1307 ntTSL 1 (best) BASIC25.1■■□□□ 1.61
COL18A1P39060 LRRC23-209ENST00000443597 1628 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.1■■□□□ 1.61
COL18A1P39060 CENPT-215ENST00000564817 1638 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.1■■□□□ 1.61
COL18A1P39060 RPRD1A-201ENST00000357384 1850 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.1■■□□□ 1.61
COL18A1P39060 AC016757.1-205ENST00000470346 1888 ntTSL 2 BASIC25.1■■□□□ 1.61
COL18A1P39060 MTMR14-201ENST00000296003 2494 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.1■■□□□ 1.61
COL18A1P39060 ATP5J-201ENST00000284971 614 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.1■■□□□ 1.61
COL18A1P39060 PCAT7-201ENST00000452148 1164 ntTSL 2 BASIC25.1■■□□□ 1.61
COL18A1P39060 KRT16P4-201ENST00000453883 522 ntBASIC25.1■■□□□ 1.61
COL18A1P39060 KCTD10-211ENST00000540411 866 ntTSL 1 (best) BASIC25.1■■□□□ 1.61
COL18A1P39060 RABAC1-208ENST00000601078 728 ntTSL 3 BASIC25.1■■□□□ 1.61
COL18A1P39060 AC138894.3-201ENST00000603787 634 ntBASIC25.1■■□□□ 1.61
COL18A1P39060 AL360181.3-201ENST00000468317 1605 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.1■■□□□ 1.61
COL18A1P39060 RBM42-201ENST00000262633 1680 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.1■■□□□ 1.61
COL18A1P39060 PPP5C-202ENST00000391919 1929 ntTSL 5 BASIC25.1■■□□□ 1.61
COL18A1P39060 HMOX2-218ENST00000619913 1908 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.1■■□□□ 1.61
COL18A1P39060 ANAPC4-201ENST00000315368 2685 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.1■■□□□ 1.61
COL18A1P39060 BCL7A-201ENST00000261822 2581 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.09■■□□□ 1.61
COL18A1P39060 CCM2L-201ENST00000262659 2523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.09■■□□□ 1.61
COL18A1P39060 PTDSS2-201ENST00000308020 2445 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.09■■□□□ 1.61
COL18A1P39060 DALRD3-205ENST00000440857 2014 ntTSL 1 (best) BASIC25.09■■□□□ 1.61
COL18A1P39060 ALDH7A1-215ENST00000553117 1935 ntTSL 2 BASIC25.09■■□□□ 1.61
COL18A1P39060 SNRPN-207ENST00000554227 1763 ntTSL 5 BASIC25.09■■□□□ 1.61
COL18A1P39060 ISYNA1-206ENST00000578963 1691 ntTSL 1 (best) BASIC25.09■■□□□ 1.61
COL18A1P39060 Z83836.1-201ENST00000624605 1642 ntBASIC25.09■■□□□ 1.61
COL18A1P39060 ZFYVE21-202ENST00000311141 1383 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.09■■□□□ 1.61
COL18A1P39060 RSPH14-201ENST00000216036 1291 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.09■■□□□ 1.61
COL18A1P39060 MPIG6B-202ENST00000375805 668 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.09■■□□□ 1.61
COL18A1P39060 RPL36-202ENST00000394580 556 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.09■■□□□ 1.61
COL18A1P39060 ELP6-205ENST00000439305 880 ntTSL 2 BASIC25.09■■□□□ 1.61
COL18A1P39060 RNA5SP419-201ENST00000515908 135 ntBASIC25.09■■□□□ 1.61
COL18A1P39060 METTL23-215ENST00000615984 1171 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.09■■□□□ 1.61
COL18A1P39060 DAZAP2-201ENST00000412716 2598 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.09■■□□□ 1.61
COL18A1P39060 DTNB-201ENST00000288642 2464 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.09■■□□□ 1.61
COL18A1P39060 DTNB-208ENST00000406818 2474 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.09■■□□□ 1.61
COL18A1P39060 KIRREL2-201ENST00000262625 1969 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.09■■□□□ 1.61
COL18A1P39060 HDHD5-201ENST00000155674 1735 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.09■■□□□ 1.61
COL18A1P39060 GRAMD1A-201ENST00000317991 2695 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.09■■□□□ 1.61
COL18A1P39060 DOK7-206ENST00000515886 2263 ntTSL 2 BASIC25.08■■□□□ 1.61
COL18A1P39060 C6orf15-201ENST00000259870 1140 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.08■■□□□ 1.61
COL18A1P39060 KRTAP5-6-201ENST00000382160 561 ntAPPRIS P1 BASIC25.08■■□□□ 1.61
COL18A1P39060 CDK2AP1-207ENST00000618072 1144 ntTSL 3 BASIC25.08■■□□□ 1.61
COL18A1P39060 STK11-205ENST00000586243 2777 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.08■■□□□ 1.61
COL18A1P39060 MRM3-201ENST00000304478 1809 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.08■■□□□ 1.61
COL18A1P39060 PDLIM3-202ENST00000284770 1766 ntTSL 1 (best) BASIC25.08■■□□□ 1.61
COL18A1P39060 GDF5OS-201ENST00000374375 1734 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.08■■□□□ 1.61
COL18A1P39060 LINC01700-201ENST00000433952 1598 ntTSL 1 (best) BASIC25.08■■□□□ 1.61
COL18A1P39060 SUSD1-203ENST00000374264 2754 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.08■■□□□ 1.61
COL18A1P39060 ZHX3-212ENST00000558993 1528 ntTSL 5 BASIC25.08■■□□□ 1.61
COL18A1P39060 TP73-202ENST00000354437 2140 ntTSL 5 BASIC25.08■■□□□ 1.61
COL18A1P39060 HLA-A-201ENST00000376802 1334 ntBASIC25.08■■□□□ 1.6
COL18A1P39060 MED17-221ENST00000639724 2317 ntTSL 5 BASIC25.08■■□□□ 1.6
COL18A1P39060 AC104819.1-201ENST00000504587 486 ntBASIC25.08■■□□□ 1.6
COL18A1P39060 ABR-204ENST00000543210 1049 ntTSL 2 BASIC25.08■■□□□ 1.6
COL18A1P39060 TP73-AS1-207ENST00000624167 988 ntBASIC25.08■■□□□ 1.6
COL18A1P39060 MFSD1-201ENST00000264266 1594 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
COL18A1P39060 C17orf67-201ENST00000397861 2013 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
COL18A1P39060 TH-202ENST00000333684 1535 ntTSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
COL18A1P39060 CTGF-201ENST00000367976 2339 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
COL18A1P39060 BACE1-204ENST00000445823 1408 ntTSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
COL18A1P39060 CFC1-203ENST00000621673 1444 ntTSL 2 BASIC25.07■■□□□ 1.6
COL18A1P39060 RAB34-204ENST00000395245 1766 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
COL18A1P39060 LINC02381-201ENST00000508564 1369 ntTSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
COL18A1P39060 SEPT9-211ENST00000585930 1387 ntTSL 2 BASIC25.07■■□□□ 1.6
COL18A1P39060 PRRT1-202ENST00000375150 1726 ntTSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 22.4 ms