Protein–RNA interactions for Protein: Q9UFE4

CCDC39, Coiled-coil domain-containing protein 39, humanhuman

Predictions only

Length 941 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC39Q9UFE4 SYNE2-201ENST00000341472 1132 ntTSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
CCDC39Q9UFE4 UNC93B4-201ENST00000505679 747 ntBASIC22.05■■□□□ 1.12
CCDC39Q9UFE4 PCDHAC2-201ENST00000289269 5963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
CCDC39Q9UFE4 NOC2LP2-201ENST00000407594 1944 ntBASIC22.05■■□□□ 1.12
CCDC39Q9UFE4 PDP1-208ENST00000520728 2554 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
CCDC39Q9UFE4 GMPPA-203ENST00000358215 1823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
CCDC39Q9UFE4 GAREM2-201ENST00000401533 4161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
CCDC39Q9UFE4 GXYLT1-202ENST00000398675 7497 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
CCDC39Q9UFE4 T-201ENST00000296946 2436 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.05■■□□□ 1.12
CCDC39Q9UFE4 AL355987.1-201ENST00000435202 2420 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.05■■□□□ 1.12
CCDC39Q9UFE4 ZDHHC8P1-204ENST00000433168 2309 ntTSL 2 BASIC22.05■■□□□ 1.12
CCDC39Q9UFE4 TEPSIN-213ENST00000637944 1782 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.04■■□□□ 1.12
CCDC39Q9UFE4 KCNK4-202ENST00000422670 1697 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
CCDC39Q9UFE4 DOK7-201ENST00000340083 2562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
CCDC39Q9UFE4 DOK7-203ENST00000507039 2551 ntTSL 2 BASIC22.04■■□□□ 1.12
CCDC39Q9UFE4 MIXL1-201ENST00000366810 2005 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
CCDC39Q9UFE4 RUSC2-202ENST00000455600 5636 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
CCDC39Q9UFE4 MICU2-201ENST00000382374 1920 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
CCDC39Q9UFE4 PTPRJ-202ENST00000440289 3158 ntTSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
CCDC39Q9UFE4 PTGER3-203ENST00000354608 1470 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.04■■□□□ 1.12
CCDC39Q9UFE4 TMEM53-205ENST00000372244 1472 ntTSL 2 BASIC22.04■■□□□ 1.12
CCDC39Q9UFE4 SHC3-202ENST00000375835 9768 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
CCDC39Q9UFE4 MCCC1-201ENST00000265594 2545 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
CCDC39Q9UFE4 AC090340.1-201ENST00000620778 4980 ntBASIC22.04■■□□□ 1.12
CCDC39Q9UFE4 THAP7-201ENST00000215742 1213 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
CCDC39Q9UFE4 MDK-204ENST00000395569 686 ntTSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
CCDC39Q9UFE4 AP001458.2-201ENST00000528405 577 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC22.04■■□□□ 1.12
CCDC39Q9UFE4 UNC93B5-201ENST00000530315 699 ntBASIC22.04■■□□□ 1.12
CCDC39Q9UFE4 AL121829.2-201ENST00000620908 328 ntBASIC22.04■■□□□ 1.12
CCDC39Q9UFE4 AC068987.5-201ENST00000642069 987 ntAPPRIS P1 BASIC22.04■■□□□ 1.12
CCDC39Q9UFE4 PRDM14-201ENST00000276594 2344 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
CCDC39Q9UFE4 MICU3-201ENST00000318063 3992 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
CCDC39Q9UFE4 DBN1-210ENST00000512501 1878 ntTSL 3 BASIC22.04■■□□□ 1.12
CCDC39Q9UFE4 GLDN-201ENST00000335449 4971 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.04■■□□□ 1.12
CCDC39Q9UFE4 CLK1-205ENST00000434813 2026 ntTSL 2 BASIC22.04■■□□□ 1.12
CCDC39Q9UFE4 TM9SF1-203ENST00000524835 1938 ntTSL 2 BASIC22.04■■□□□ 1.12
CCDC39Q9UFE4 RFC2-202ENST00000352131 1576 ntTSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
CCDC39Q9UFE4 SETD7-202ENST00000404104 1590 ntTSL 2 BASIC22.04■■□□□ 1.12
CCDC39Q9UFE4 XKR8-201ENST00000373884 2692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
CCDC39Q9UFE4 PJA1-202ENST00000374571 2672 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
CCDC39Q9UFE4 P2RY6-203ENST00000393591 1829 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
CCDC39Q9UFE4 ZNF821-221ENST00000611294 1833 ntTSL 3 BASIC22.03■■□□□ 1.12
CCDC39Q9UFE4 REEP2-201ENST00000254901 2099 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
CCDC39Q9UFE4 MAGED2-203ENST00000375053 2066 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
CCDC39Q9UFE4 CCNJ-202ENST00000403870 2830 ntTSL 5 BASIC22.03■■□□□ 1.12
CCDC39Q9UFE4 VSTM2B-201ENST00000335523 1488 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.03■■□□□ 1.12
CCDC39Q9UFE4 MCEMP1-201ENST00000333598 1730 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
CCDC39Q9UFE4 FAM187A-202ENST00000412523 1748 ntTSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
CCDC39Q9UFE4 OSR2-202ENST00000435298 1736 ntTSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
CCDC39Q9UFE4 LRPPRC-202ENST00000409659 1610 ntTSL 5 BASIC22.03■■□□□ 1.12
CCDC39Q9UFE4 AC090164.3-201ENST00000610780 2143 ntBASIC22.03■■□□□ 1.12
CCDC39Q9UFE4 ADAP1-217ENST00000611167 2118 ntTSL 5 BASIC22.03■■□□□ 1.12
CCDC39Q9UFE4 SAR1B-208ENST00000507419 2287 ntTSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
CCDC39Q9UFE4 AP006587.1-201ENST00000534129 1502 ntBASIC22.03■■□□□ 1.12
CCDC39Q9UFE4 MEA1-201ENST00000244711 1089 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
CCDC39Q9UFE4 LRRC26-201ENST00000371542 1209 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
CCDC39Q9UFE4 ZNF436-AS1-206ENST00000518821 461 ntTSL 2 BASIC22.03■■□□□ 1.12
CCDC39Q9UFE4 PNN-205ENST00000556530 601 ntTSL 2 BASIC22.03■■□□□ 1.12
CCDC39Q9UFE4 NCBP2-AS2-201ENST00000602845 918 ntAPPRIS P1 BASIC22.03■■□□□ 1.12
CCDC39Q9UFE4 USP49-202ENST00000373010 2446 ntTSL 5 BASIC22.03■■□□□ 1.12
CCDC39Q9UFE4 TMEM8B-204ENST00000439587 2150 ntTSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
CCDC39Q9UFE4 KDM1A-202ENST00000400181 3059 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
CCDC39Q9UFE4 HLA-G-201ENST00000360323 1427 ntAPPRIS P2 BASIC22.03■■□□□ 1.12
CCDC39Q9UFE4 NFS1-214ENST00000541387 1436 ntTSL 2 BASIC22.03■■□□□ 1.12
CCDC39Q9UFE4 NPTX2-201ENST00000265634 2700 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
CCDC39Q9UFE4 L2HGDH-203ENST00000421284 1958 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.03■■□□□ 1.12
CCDC39Q9UFE4 AC022916.1-201ENST00000590478 2658 ntTSL 2 BASIC22.03■■□□□ 1.12
CCDC39Q9UFE4 CHAC1-205ENST00000617961 1498 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
CCDC39Q9UFE4 C11orf49-201ENST00000278460 1645 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
CCDC39Q9UFE4 UBE2D2-202ENST00000398733 2702 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
CCDC39Q9UFE4 VEGFB-201ENST00000309422 1380 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
CCDC39Q9UFE4 TNPO2-203ENST00000450764 4993 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
CCDC39Q9UFE4 GCH1-207ENST00000622544 2923 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
CCDC39Q9UFE4 TIMP4-201ENST00000287814 1650 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
CCDC39Q9UFE4 PLCH2-205ENST00000449969 5450 ntTSL 5 BASIC22.02■■□□□ 1.12
CCDC39Q9UFE4 ITPK1-202ENST00000354313 2803 ntTSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
CCDC39Q9UFE4 TTC9B-201ENST00000311308 843 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
CCDC39Q9UFE4 ZDHHC20-204ENST00000415724 1296 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.02■■□□□ 1.12
CCDC39Q9UFE4 PDCD10-202ENST00000461494 934 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.02■■□□□ 1.12
CCDC39Q9UFE4 PRELID2-204ENST00000505416 738 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC22.02■■□□□ 1.12
CCDC39Q9UFE4 PSME3-210ENST00000590720 998 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
CCDC39Q9UFE4 HAUS4-204ENST00000490506 1447 ntTSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
CCDC39Q9UFE4 SLC25A15-201ENST00000338625 1586 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
CCDC39Q9UFE4 NDUFV3-202ENST00000354250 1575 ntTSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
CCDC39Q9UFE4 MRPL2-202ENST00000388752 1588 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
CCDC39Q9UFE4 FBXL12-205ENST00000586651 1736 ntTSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
CCDC39Q9UFE4 DHRS3-204ENST00000616661 1722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
CCDC39Q9UFE4 AC083805.3-201ENST00000619560 1315 ntTSL 3 BASIC22.02■■□□□ 1.12
CCDC39Q9UFE4 SARDH-201ENST00000298628 1484 ntTSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
CCDC39Q9UFE4 DSCAM-201ENST00000400454 8552 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.11
CCDC39Q9UFE4 UBE3C-201ENST00000348165 5229 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.11
CCDC39Q9UFE4 MAP6-201ENST00000304771 3334 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
CCDC39Q9UFE4 ZNF668-208ENST00000538906 2865 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.01■■□□□ 1.11
CCDC39Q9UFE4 AATF-208ENST00000619387 2141 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
CCDC39Q9UFE4 GSEC-202ENST00000629441 1572 ntTSL 2 BASIC22.01■■□□□ 1.11
CCDC39Q9UFE4 TBXAS1-204ENST00000416849 2505 ntTSL 5 BASIC22.01■■□□□ 1.11
CCDC39Q9UFE4 NFATC4-220ENST00000555393 2235 ntTSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
CCDC39Q9UFE4 ZNF446-203ENST00000594369 2238 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
CCDC39Q9UFE4 HAGLROS-201ENST00000426615 1121 ntTSL 2 BASIC22.01■■□□□ 1.11
CCDC39Q9UFE4 TSPAN14-209ENST00000481124 808 ntTSL 2 BASIC22.01■■□□□ 1.11
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 23 ms