Protein–RNA interactions for Protein: Q96CM3

RPUSD4, Mitochondrial RNA pseudouridine synthase RPUSD4, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 377 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
RPUSD4Q96CM3 C11orf49-201ENST00000278460 1645 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
RPUSD4Q96CM3 TDP2-202ENST00000378198 2071 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
RPUSD4Q96CM3 TCEA1-208ENST00000521604 2858 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
RPUSD4Q96CM3 CD55-206ENST00000391921 2433 ntTSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
RPUSD4Q96CM3 SH2D3C-203ENST00000373277 2750 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
RPUSD4Q96CM3 MED26-207ENST00000611692 1444 ntTSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
RPUSD4Q96CM3 PRR5-201ENST00000006251 1767 ntTSL 2 BASIC15.16■□□□□ 0.02
RPUSD4Q96CM3 CCM2-207ENST00000475551 2471 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.16■□□□□ 0.02
RPUSD4Q96CM3 GPR78-201ENST00000382487 1694 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
RPUSD4Q96CM3 CTBP2-214ENST00000531469 1918 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.15■□□□□ 0.02
RPUSD4Q96CM3 PDCD7-201ENST00000204549 2851 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
RPUSD4Q96CM3 PHRF1-202ENST00000413872 5224 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
RPUSD4Q96CM3 BANP-202ENST00000355022 2164 ntTSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
RPUSD4Q96CM3 CAPZB-205ENST00000433834 1462 ntTSL 2 BASIC15.15■□□□□ 0.02
RPUSD4Q96CM3 RAB23-202ENST00000468148 4837 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
RPUSD4Q96CM3 QPRT-202ENST00000395384 2343 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
RPUSD4Q96CM3 CNTNAP3-201ENST00000297668 5064 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
RPUSD4Q96CM3 ORC5-201ENST00000297431 1958 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
RPUSD4Q96CM3 RAVER1-207ENST00000615032 1952 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.15■□□□□ 0.02
RPUSD4Q96CM3 RAB4B-EGLN2-201ENST00000594136 2554 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.15■□□□□ 0.02
RPUSD4Q96CM3 AC118553.2-203ENST00000639037 2590 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC15.15■□□□□ 0.02
RPUSD4Q96CM3 MAEA-213ENST00000510794 1607 ntTSL 2 BASIC15.15■□□□□ 0.02
RPUSD4Q96CM3 AMZ1-202ENST00000407112 1862 ntTSL 2 BASIC15.15■□□□□ 0.02
RPUSD4Q96CM3 ADPGK-AS1-201ENST00000563592 2730 ntTSL 2 BASIC15.15■□□□□ 0.02
RPUSD4Q96CM3 ATP5C1-202ENST00000356708 1163 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
RPUSD4Q96CM3 DHRS4-202ENST00000397074 785 ntTSL 5 BASIC15.15■□□□□ 0.02
RPUSD4Q96CM3 SLC25A45-206ENST00000526432 894 ntTSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
RPUSD4Q96CM3 SSBP2-218ENST00000514493 1790 ntTSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
RPUSD4Q96CM3 ACVR1B-205ENST00000541224 1791 ntTSL 2 BASIC15.15■□□□□ 0.02
RPUSD4Q96CM3 ADO-201ENST00000373783 3627 ntAPPRIS P1 BASIC15.15■□□□□ 0.02
RPUSD4Q96CM3 PDZD3-202ENST00000355547 2252 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
RPUSD4Q96CM3 PYGL-201ENST00000216392 3048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
RPUSD4Q96CM3 CDKN1B-201ENST00000228872 2657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
RPUSD4Q96CM3 PIP5K1C-205ENST00000589578 2933 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
RPUSD4Q96CM3 APP-203ENST00000354192 3167 ntTSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
RPUSD4Q96CM3 AC067852.2-201ENST00000590513 2313 ntBASIC15.15■□□□□ 0.02
RPUSD4Q96CM3 AC139713.2-201ENST00000641328 2723 ntBASIC15.15■□□□□ 0.02
RPUSD4Q96CM3 RARRES1-201ENST00000237696 1952 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
RPUSD4Q96CM3 DPYSL5-202ENST00000401478 1972 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
RPUSD4Q96CM3 GAB1-201ENST00000262994 2648 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
RPUSD4Q96CM3 SHKBP1-201ENST00000291842 2363 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
RPUSD4Q96CM3 CHRFAM7A-202ENST00000397827 2794 ntTSL 5 BASIC15.14■□□□□ 0.01
RPUSD4Q96CM3 TSC2-222ENST00000568454 5434 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.14■□□□□ 0.01
RPUSD4Q96CM3 ANTXR1-202ENST00000409349 1384 ntTSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
RPUSD4Q96CM3 KDM4B-201ENST00000159111 5593 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
RPUSD4Q96CM3 LIN28B-AS1-203ENST00000636682 1797 ntTSL 3 BASIC15.14■□□□□ 0.01
RPUSD4Q96CM3 BCL11B-202ENST00000357195 7559 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
RPUSD4Q96CM3 ADA-201ENST00000372874 1539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
RPUSD4Q96CM3 TMEM121-201ENST00000392519 1532 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
RPUSD4Q96CM3 SIL1-202ENST00000394817 1923 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
RPUSD4Q96CM3 SLC2A14-202ENST00000396589 2335 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
RPUSD4Q96CM3 ZDHHC8-202ENST00000334554 5046 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
RPUSD4Q96CM3 PDS5A-201ENST00000303538 7176 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
RPUSD4Q96CM3 AC005833.1-201ENST00000280684 4237 ntAPPRIS P1 BASIC15.14■□□□□ 0.01
RPUSD4Q96CM3 PLCB2-202ENST00000456256 4242 ntTSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
RPUSD4Q96CM3 HACD1-201ENST00000326961 773 ntTSL 2 BASIC15.14■□□□□ 0.01
RPUSD4Q96CM3 HIST2H2AC-201ENST00000331380 390 ntAPPRIS P1 BASIC15.14■□□□□ 0.01
RPUSD4Q96CM3 MLLT10-204ENST00000377091 905 ntTSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
RPUSD4Q96CM3 CDKN3-204ENST00000442975 727 ntTSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
RPUSD4Q96CM3 NAT16-202ENST00000443096 1286 ntTSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
RPUSD4Q96CM3 AC079305.3-201ENST00000455416 218 ntTSL 5 BASIC15.14■□□□□ 0.01
RPUSD4Q96CM3 TRIQK-221ENST00000524107 737 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.14■□□□□ 0.01
RPUSD4Q96CM3 AP001972.3-201ENST00000530792 495 ntTSL 3 BASIC15.14■□□□□ 0.01
RPUSD4Q96CM3 DBI-210ENST00000542275 757 ntTSL 5 BASIC15.14■□□□□ 0.01
RPUSD4Q96CM3 PYCARD-AS1-201ENST00000561916 1095 ntTSL 2 BASIC15.14■□□□□ 0.01
RPUSD4Q96CM3 AL356652.1-201ENST00000615962 565 ntBASIC15.14■□□□□ 0.01
RPUSD4Q96CM3 SATB2-202ENST00000417098 5730 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.14■□□□□ 0.01
RPUSD4Q96CM3 UXS1-203ENST00000409501 1839 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
RPUSD4Q96CM3 EGFL6-202ENST00000380602 2385 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
RPUSD4Q96CM3 AC087633.2-202ENST00000565166 1439 ntBASIC15.14■□□□□ 0.01
RPUSD4Q96CM3 ANKS3-230ENST00000614075 2387 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.14■□□□□ 0.01
RPUSD4Q96CM3 ZNF346-209ENST00000512315 1575 ntTSL 2 BASIC15.14■□□□□ 0.01
RPUSD4Q96CM3 NETO2-202ENST00000562435 7481 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
RPUSD4Q96CM3 FPGS-201ENST00000373225 2278 ntTSL 2 BASIC15.14■□□□□ 0.01
RPUSD4Q96CM3 MRPS7-204ENST00000579761 1717 ntTSL 2 BASIC15.14■□□□□ 0.01
RPUSD4Q96CM3 TLK2-201ENST00000326270 3512 ntTSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
RPUSD4Q96CM3 AC114490.1-202ENST00000311990 1887 ntTSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
RPUSD4Q96CM3 CORO1B-201ENST00000341356 1881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
RPUSD4Q96CM3 HYOU1-212ENST00000532519 2162 ntTSL 5 BASIC15.14■□□□□ 0.01
RPUSD4Q96CM3 SPART-209ENST00000494062 3018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
RPUSD4Q96CM3 DSCC1-201ENST00000313655 2314 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
RPUSD4Q96CM3 CORO1A-216ENST00000570045 1622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
RPUSD4Q96CM3 WDR34-201ENST00000372715 1755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
RPUSD4Q96CM3 C11orf80-214ENST00000532565 1948 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.13■□□□□ 0.01
RPUSD4Q96CM3 TSGA10IP-203ENST00000532620 1925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
RPUSD4Q96CM3 PYCR1-216ENST00000619204 1904 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
RPUSD4Q96CM3 ACTN3-203ENST00000513398 2939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
RPUSD4Q96CM3 PLPPR4-202ENST00000370185 5369 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
RPUSD4Q96CM3 L2HGDH-202ENST00000267436 6414 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
RPUSD4Q96CM3 UBE2Q2-201ENST00000267938 3130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
RPUSD4Q96CM3 FAM3A-201ENST00000322269 1815 ntTSL 5 BASIC15.13■□□□□ 0.01
RPUSD4Q96CM3 RFT1-202ENST00000394738 1800 ntTSL 5 BASIC15.13■□□□□ 0.01
RPUSD4Q96CM3 NECAB3-201ENST00000246190 1989 ntTSL 5 BASIC15.13■□□□□ 0.01
RPUSD4Q96CM3 TSC2-201ENST00000219476 6156 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.13■□□□□ 0.01
RPUSD4Q96CM3 MADCAM1-201ENST00000215637 1572 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
RPUSD4Q96CM3 WDR88-201ENST00000355868 1718 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC15.13■□□□□ 0.01
RPUSD4Q96CM3 TNFRSF18-202ENST00000379265 705 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
RPUSD4Q96CM3 KRT18P11-201ENST00000435214 1283 ntBASIC15.13■□□□□ 0.01
RPUSD4Q96CM3 PBX1-209ENST00000485769 834 ntTSL 2 BASIC15.13■□□□□ 0.01
RPUSD4Q96CM3 AC044860.1-203ENST00000560811 844 ntTSL 3 BASIC15.13■□□□□ 0.01
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 46.2 ms