Protein–RNA interactions for Protein: Q96RU2

USP28, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 28, humanhuman

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Length 1,077 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP28Q96RU2 PIP4K2A-202ENST00000376573 3802 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
USP28Q96RU2 PSEN1-203ENST00000394157 1249 ntTSL 2 BASIC21.87■■□□□ 1.09
USP28Q96RU2 MPV17L-202ENST00000396385 1037 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
USP28Q96RU2 AC110769.1-201ENST00000420161 815 ntTSL 3 BASIC21.87■■□□□ 1.09
USP28Q96RU2 CMTM3-207ENST00000564060 824 ntTSL 2 BASIC21.87■■□□□ 1.09
USP28Q96RU2 CMTM3-211ENST00000565922 615 ntTSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
USP28Q96RU2 KANSL1-AS1-203ENST00000572973 424 ntTSL 3 BASIC21.87■■□□□ 1.09
USP28Q96RU2 C20orf204-205ENST00000636176 961 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC21.87■■□□□ 1.09
USP28Q96RU2 SLC35A3-218ENST00000639994 1114 ntTSL 5 BASIC21.87■■□□□ 1.09
USP28Q96RU2 AC026412.3-201ENST00000605200 1661 ntTSL 5 BASIC21.87■■□□□ 1.09
USP28Q96RU2 MCU-202ENST00000373053 2949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
USP28Q96RU2 PTTG1IP-204ENST00000445724 2497 ntTSL 2 BASIC21.87■■□□□ 1.09
USP28Q96RU2 CACNA2D1-203ENST00000423588 1429 ntTSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
USP28Q96RU2 LONP1-201ENST00000360614 3236 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
USP28Q96RU2 MAN1B1-207ENST00000535144 2296 ntTSL 2 BASIC21.86■■□□□ 1.09
USP28Q96RU2 CCDC88B-202ENST00000356786 4915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
USP28Q96RU2 CEACAM3-202ENST00000357396 1316 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
USP28Q96RU2 DCAKD-208ENST00000614054 2054 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.86■■□□□ 1.09
USP28Q96RU2 UTP18-201ENST00000225298 1894 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
USP28Q96RU2 TH-203ENST00000352909 1889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
USP28Q96RU2 TH-205ENST00000381175 1898 ntTSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
USP28Q96RU2 PNPLA2-201ENST00000336615 2428 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
USP28Q96RU2 KRT13-202ENST00000336861 1673 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
USP28Q96RU2 GAS2L1P1-201ENST00000420145 1480 ntBASIC21.86■■□□□ 1.09
USP28Q96RU2 CDC42EP2-201ENST00000279249 2023 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
USP28Q96RU2 TSTD1-201ENST00000318289 626 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
USP28Q96RU2 TSPY23P-201ENST00000440136 739 ntBASIC21.86■■□□□ 1.09
USP28Q96RU2 AC009052.1-201ENST00000567090 298 ntTSL 3 BASIC21.86■■□□□ 1.09
USP28Q96RU2 AC022211.2-202ENST00000582668 546 ntTSL 4 BASIC21.86■■□□□ 1.09
USP28Q96RU2 AL445433.2-201ENST00000425113 2544 ntTSL 2 BASIC21.86■■□□□ 1.09
USP28Q96RU2 APLP2-210ENST00000528499 2530 ntTSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
USP28Q96RU2 PLEKHA2-206ENST00000521746 2127 ntTSL 5 BASIC21.86■■□□□ 1.09
USP28Q96RU2 ICA1-206ENST00000402384 2458 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC21.86■■□□□ 1.09
USP28Q96RU2 POLR3E-209ENST00000564209 2464 ntTSL 2 BASIC21.86■■□□□ 1.09
USP28Q96RU2 ZAR1L-202ENST00000533490 1564 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.86■■□□□ 1.09
USP28Q96RU2 LSM4-203ENST00000593829 1908 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
USP28Q96RU2 KCNK6-201ENST00000263372 5722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
USP28Q96RU2 AKAP17A-201ENST00000313871 3204 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
USP28Q96RU2 OCSTAMP-201ENST00000279028 2043 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.85■■□□□ 1.09
USP28Q96RU2 CHPF-201ENST00000243776 3013 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
USP28Q96RU2 PSMD3-201ENST00000264639 2158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
USP28Q96RU2 ZNF302-206ENST00000505242 2849 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
USP28Q96RU2 PARS2-201ENST00000371279 2347 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
USP28Q96RU2 SLC35B2-205ENST00000538577 1909 ntTSL 2 BASIC21.85■■□□□ 1.09
USP28Q96RU2 LLGL2-203ENST00000392550 3509 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
USP28Q96RU2 GLS-202ENST00000338435 4475 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
USP28Q96RU2 COX7A2L-201ENST00000234301 1112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
USP28Q96RU2 C1orf50-201ENST00000372525 996 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
USP28Q96RU2 KCNMA1-220ENST00000481070 896 ntTSL 2 BASIC21.85■■□□□ 1.09
USP28Q96RU2 RPS23-206ENST00000510210 1058 ntTSL 2 BASIC21.85■■□□□ 1.09
USP28Q96RU2 BAALC-AS1-206ENST00000521383 736 ntTSL 3 BASIC21.85■■□□□ 1.09
USP28Q96RU2 RNASEK-202ENST00000548577 810 ntTSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
USP28Q96RU2 AC022167.3-201ENST00000564485 427 ntTSL 2 BASIC21.85■■□□□ 1.09
USP28Q96RU2 ASB18-201ENST00000409749 1401 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
USP28Q96RU2 KLHL40-201ENST00000287777 2517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
USP28Q96RU2 CDK13-202ENST00000340829 5066 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
USP28Q96RU2 PPFIA1-201ENST00000253925 5234 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
USP28Q96RU2 ACAA1-201ENST00000301810 1540 ntTSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
USP28Q96RU2 CPEB2-207ENST00000507071 2103 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
USP28Q96RU2 RCAN3-205ENST00000436717 2574 ntTSL 3 BASIC21.85■■□□□ 1.09
USP28Q96RU2 RBM24-202ENST00000379052 2703 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
USP28Q96RU2 LMO4-202ENST00000370544 5405 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
USP28Q96RU2 NKD2-201ENST00000274150 1940 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
USP28Q96RU2 CCNA1-202ENST00000440264 1758 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.84■■□□□ 1.09
USP28Q96RU2 RNASEH2C-203ENST00000528220 1337 ntTSL 2 BASIC21.84■■□□□ 1.09
USP28Q96RU2 AP1AR-202ENST00000309703 2337 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
USP28Q96RU2 ZNF561-AS1-201ENST00000585797 1593 ntTSL 2 BASIC21.84■■□□□ 1.09
USP28Q96RU2 PLPPR2-208ENST00000591608 2552 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.84■■□□□ 1.09
USP28Q96RU2 IZUMO2-201ENST00000293405 728 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
USP28Q96RU2 EP300-AS1-201ENST00000420537 457 ntTSL 3 BASIC21.84■■□□□ 1.09
USP28Q96RU2 KRT17P3-201ENST00000420566 1262 ntBASIC21.84■■□□□ 1.09
USP28Q96RU2 MMAB-206ENST00000540016 945 ntTSL 3 BASIC21.84■■□□□ 1.09
USP28Q96RU2 MIXL1-202ENST00000542034 839 ntTSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
USP28Q96RU2 AL023875.1-201ENST00000640777 796 ntBASIC21.84■■□□□ 1.09
USP28Q96RU2 RAPGEF5-203ENST00000405243 2800 ntTSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
USP28Q96RU2 INPP4A-201ENST00000074304 6752 ntTSL 5 BASIC21.84■■□□□ 1.09
USP28Q96RU2 KRT8P41-201ENST00000533985 1514 ntBASIC21.84■■□□□ 1.09
USP28Q96RU2 EMILIN2-201ENST00000254528 5910 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
USP28Q96RU2 ST3GAL3-201ENST00000262915 2470 ntTSL 5 BASIC21.84■■□□□ 1.09
USP28Q96RU2 TAF6-211ENST00000453269 2464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
USP28Q96RU2 CBFA2T2-201ENST00000342704 2864 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
USP28Q96RU2 SIGLEC10-204ENST00000436984 1776 ntTSL 2 BASIC21.84■■□□□ 1.09
USP28Q96RU2 SUDS3-204ENST00000543473 4897 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
USP28Q96RU2 NEUROD2-201ENST00000302584 2041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
USP28Q96RU2 CCNJ-202ENST00000403870 2830 ntTSL 5 BASIC21.84■■□□□ 1.09
USP28Q96RU2 TSC22D4-202ENST00000393991 1469 ntTSL 2 BASIC21.83■■□□□ 1.09
USP28Q96RU2 NRXN2-201ENST00000265459 6621 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC21.83■■□□□ 1.09
USP28Q96RU2 TXNRD3-203ENST00000524230 2950 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.09
USP28Q96RU2 TSPY8-201ENST00000287721 1161 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.09
USP28Q96RU2 NDUFA8-201ENST00000373768 844 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.09
USP28Q96RU2 COQ10B-203ENST00000409398 879 ntTSL 3 BASIC21.83■■□□□ 1.09
USP28Q96RU2 METTL21A-204ENST00000425132 869 ntTSL 2 BASIC21.83■■□□□ 1.09
USP28Q96RU2 TSPY10-201ENST00000428845 1161 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.09
USP28Q96RU2 TSPY21P-201ENST00000433481 731 ntBASIC21.83■■□□□ 1.09
USP28Q96RU2 TSPY3-203ENST00000457222 1161 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.09
USP28Q96RU2 TMEM9-209ENST00000485839 938 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC21.83■■□□□ 1.09
USP28Q96RU2 ELAC1-203ENST00000588577 694 ntTSL 2 BASIC21.83■■□□□ 1.09
USP28Q96RU2 AC004264.1-201ENST00000608354 794 ntBASIC21.83■■□□□ 1.09
USP28Q96RU2 AC018445.1-201ENST00000621571 568 ntTSL 4 BASIC21.83■■□□□ 1.09
USP28Q96RU2 CORO1B-210ENST00000627576 960 ntTSL 5 BASIC21.83■■□□□ 1.09
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