Protein–RNA interactions for Protein: Q7Z494

NPHP3, Nephrocystin-3, humanhuman

Predictions only

Length 1,330 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
NPHP3Q7Z494 TMED4-203ENST00000457408 2322 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.96■■□□□ 1.75
NPHP3Q7Z494 ATP5J-201ENST00000284971 614 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.96■■□□□ 1.75
NPHP3Q7Z494 KRT16P4-201ENST00000453883 522 ntBASIC25.96■■□□□ 1.75
NPHP3Q7Z494 AC104819.1-201ENST00000504587 486 ntBASIC25.96■■□□□ 1.75
NPHP3Q7Z494 PENK-208ENST00000523051 772 ntTSL 5 BASIC25.96■■□□□ 1.75
NPHP3Q7Z494 ADAM10-217ENST00000561288 583 ntTSL 3 BASIC25.96■■□□□ 1.75
NPHP3Q7Z494 VPS51-217ENST00000639871 243 ntTSL 5 BASIC25.96■■□□□ 1.75
NPHP3Q7Z494 CDX4-201ENST00000373514 1515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.96■■□□□ 1.75
NPHP3Q7Z494 MTFR1L-203ENST00000374303 2004 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.96■■□□□ 1.75
NPHP3Q7Z494 C2orf72-201ENST00000373640 3657 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.96■■□□□ 1.75
NPHP3Q7Z494 UBE2E3-209ENST00000602710 1556 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.96■■□□□ 1.75
NPHP3Q7Z494 CACNB3-205ENST00000547392 2237 ntTSL 5 BASIC25.95■■□□□ 1.75
NPHP3Q7Z494 LINC00960-201ENST00000463183 1333 ntTSL 1 (best) BASIC25.95■■□□□ 1.75
NPHP3Q7Z494 APBB1IP-201ENST00000356785 1513 ntTSL 1 (best) BASIC25.95■■□□□ 1.75
NPHP3Q7Z494 AC002310.5-201ENST00000569360 1515 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.95■■□□□ 1.75
NPHP3Q7Z494 GTF2IRD2B-210ENST00000629105 1910 ntTSL 5 BASIC25.95■■□□□ 1.75
NPHP3Q7Z494 BAALC-202ENST00000306391 243 ntTSL 5 BASIC25.95■■□□□ 1.75
NPHP3Q7Z494 BAALC-204ENST00000330955 222 ntTSL 5 BASIC25.95■■□□□ 1.75
NPHP3Q7Z494 C1orf43-204ENST00000368518 1278 ntTSL 1 (best) BASIC25.95■■□□□ 1.75
NPHP3Q7Z494 TSPY12P-201ENST00000421279 868 ntBASIC25.95■■□□□ 1.75
NPHP3Q7Z494 EEF1E1-202ENST00000429723 562 ntTSL 3 BASIC25.95■■□□□ 1.75
NPHP3Q7Z494 C7orf49-209ENST00000483029 596 ntTSL 2 BASIC25.95■■□□□ 1.75
NPHP3Q7Z494 AC243965.1-201ENST00000557595 781 ntTSL 3 BASIC25.95■■□□□ 1.75
NPHP3Q7Z494 BRICD5-203ENST00000566018 555 ntTSL 2 BASIC25.95■■□□□ 1.75
NPHP3Q7Z494 AC015961.2-201ENST00000589281 701 ntTSL 3 BASIC25.95■■□□□ 1.75
NPHP3Q7Z494 AC117500.6-201ENST00000624871 588 ntBASIC25.95■■□□□ 1.75
NPHP3Q7Z494 MRGPRF-203ENST00000441623 2282 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.95■■□□□ 1.74
NPHP3Q7Z494 SBDS-201ENST00000246868 1631 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.95■■□□□ 1.74
NPHP3Q7Z494 NTN5-201ENST00000270235 1836 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.95■■□□□ 1.74
NPHP3Q7Z494 ILDR2-206ENST00000528703 2446 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.95■■□□□ 1.74
NPHP3Q7Z494 POLD2-202ENST00000406581 2158 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.95■■□□□ 1.74
NPHP3Q7Z494 AC110285.2-201ENST00000571724 1565 ntTSL 2 BASIC25.95■■□□□ 1.74
NPHP3Q7Z494 ZNF655-203ENST00000357864 1370 ntTSL 2 BASIC25.95■■□□□ 1.74
NPHP3Q7Z494 RABEPK-202ENST00000373538 1504 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.95■■□□□ 1.74
NPHP3Q7Z494 TSR2-201ENST00000375151 1534 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.95■■□□□ 1.74
NPHP3Q7Z494 AL390860.1-201ENST00000449298 1541 ntTSL 1 (best) BASIC25.95■■□□□ 1.74
NPHP3Q7Z494 TAX1BP3-202ENST00000611779 1302 ntTSL 2 BASIC25.95■■□□□ 1.74
NPHP3Q7Z494 TMEM237-213ENST00000621467 1824 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.94■■□□□ 1.74
NPHP3Q7Z494 CCDC134-201ENST00000255784 1270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.94■■□□□ 1.74
NPHP3Q7Z494 CARHSP1-201ENST00000311052 746 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.94■■□□□ 1.74
NPHP3Q7Z494 TPM1-203ENST00000317516 738 ntTSL 1 (best) BASIC25.94■■□□□ 1.74
NPHP3Q7Z494 ATP6V0C-201ENST00000330398 1175 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.94■■□□□ 1.74
NPHP3Q7Z494 CRELD2-202ENST00000403427 1242 ntTSL 1 (best) BASIC25.94■■□□□ 1.74
NPHP3Q7Z494 MCCD1P1-208ENST00000445732 328 ntBASIC25.94■■□□□ 1.74
NPHP3Q7Z494 AL445472.1-201ENST00000452532 1007 ntTSL 2 BASIC25.94■■□□□ 1.74
NPHP3Q7Z494 TPM1-218ENST00000559281 851 ntTSL 5 BASIC25.94■■□□□ 1.74
NPHP3Q7Z494 AL353801.3-201ENST00000609898 542 ntBASIC25.94■■□□□ 1.74
NPHP3Q7Z494 AC112497.1-201ENST00000624824 639 ntBASIC25.94■■□□□ 1.74
NPHP3Q7Z494 SEC61A2-205ENST00000379033 2462 ntTSL 2 BASIC25.94■■□□□ 1.74
NPHP3Q7Z494 KREMEN2-202ENST00000319500 1882 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.94■■□□□ 1.74
NPHP3Q7Z494 P2RY6-210ENST00000542092 1674 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.94■■□□□ 1.74
NPHP3Q7Z494 CD7-206ENST00000583376 1659 ntTSL 1 (best) BASIC25.94■■□□□ 1.74
NPHP3Q7Z494 CREB3-201ENST00000353704 1832 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.94■■□□□ 1.74
NPHP3Q7Z494 IL6R-208ENST00000622330 1496 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.94■■□□□ 1.74
NPHP3Q7Z494 SCRT2-201ENST00000246104 3577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.93■■□□□ 1.74
NPHP3Q7Z494 AC104417.2-201ENST00000562989 1793 ntBASIC25.93■■□□□ 1.74
NPHP3Q7Z494 ZSCAN1-201ENST00000282326 2054 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.93■■□□□ 1.74
NPHP3Q7Z494 ISG15-201ENST00000379389 711 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.93■■□□□ 1.74
NPHP3Q7Z494 RAB24-204ENST00000393611 1236 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.93■■□□□ 1.74
NPHP3Q7Z494 TTTY14-203ENST00000447937 920 ntTSL 3 BASIC25.93■■□□□ 1.74
NPHP3Q7Z494 AP003555.3-201ENST00000534086 432 ntTSL 4 BASIC25.93■■□□□ 1.74
NPHP3Q7Z494 AC138894.3-201ENST00000603787 634 ntBASIC25.93■■□□□ 1.74
NPHP3Q7Z494 IRX4-201ENST00000231357 2221 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.93■■□□□ 1.74
NPHP3Q7Z494 IRF3-202ENST00000377135 1442 ntTSL 1 (best) BASIC25.93■■□□□ 1.74
NPHP3Q7Z494 LAT-204ENST00000395461 1448 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.93■■□□□ 1.74
NPHP3Q7Z494 CDK10-208ENST00000505473 1424 ntTSL 1 (best) BASIC25.93■■□□□ 1.74
NPHP3Q7Z494 ADCK2-201ENST00000072869 2377 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.93■■□□□ 1.74
NPHP3Q7Z494 CACYBP-201ENST00000367679 2766 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.93■■□□□ 1.74
NPHP3Q7Z494 PPP1R12C-201ENST00000263433 2924 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.93■■□□□ 1.74
NPHP3Q7Z494 CHMP4A-201ENST00000347519 1393 ntTSL 1 (best) BASIC25.93■■□□□ 1.74
NPHP3Q7Z494 FKBP3-201ENST00000216330 1684 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.93■■□□□ 1.74
NPHP3Q7Z494 ADAM9-203ENST00000466936 2053 ntTSL 2 BASIC25.93■■□□□ 1.74
NPHP3Q7Z494 CENPT-215ENST00000564817 1638 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.93■■□□□ 1.74
NPHP3Q7Z494 IMPDH1-208ENST00000470772 1888 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC25.92■■□□□ 1.74
NPHP3Q7Z494 FCER2-201ENST00000346664 1596 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.92■■□□□ 1.74
NPHP3Q7Z494 FCER2-205ENST00000597921 1560 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.92■■□□□ 1.74
NPHP3Q7Z494 EXOSC4-201ENST00000316052 887 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.92■■□□□ 1.74
NPHP3Q7Z494 AC079848.1-202ENST00000507924 444 ntTSL 3 BASIC25.92■■□□□ 1.74
NPHP3Q7Z494 PRTN3-202ENST00000544537 1036 ntTSL 1 (best) BASIC25.92■■□□□ 1.74
NPHP3Q7Z494 MYBL1-204ENST00000522677 5192 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.92■■□□□ 1.74
NPHP3Q7Z494 P4HA3-202ENST00000427714 2248 ntTSL 2 BASIC25.92■■□□□ 1.74
NPHP3Q7Z494 DENND1A-201ENST00000373618 3003 ntTSL 1 (best) BASIC25.92■■□□□ 1.74
NPHP3Q7Z494 RABL2B-206ENST00000395598 2169 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.92■■□□□ 1.74
NPHP3Q7Z494 DNASE1L2-203ENST00000564065 2194 ntTSL 1 (best) BASIC25.92■■□□□ 1.74
NPHP3Q7Z494 LINC00482-201ENST00000332012 2023 ntTSL 1 (best) BASIC25.92■■□□□ 1.74
NPHP3Q7Z494 ZBTB22-208ENST00000431845 2651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.92■■□□□ 1.74
NPHP3Q7Z494 RBPMS-203ENST00000339877 1341 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.92■■□□□ 1.74
NPHP3Q7Z494 COQ10A-201ENST00000308197 1652 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.91■■□□□ 1.74
NPHP3Q7Z494 AL049795.1-201ENST00000373604 642 ntTSL 3 BASIC25.91■■□□□ 1.74
NPHP3Q7Z494 NFIB-201ENST00000380921 1274 ntTSL 1 (best) BASIC25.91■■□□□ 1.74
NPHP3Q7Z494 TMEM220-AS1-201ENST00000579114 575 ntTSL 4 BASIC25.91■■□□□ 1.74
NPHP3Q7Z494 MAFG-AS1-201ENST00000582106 1895 ntTSL 1 (best) BASIC25.91■■□□□ 1.74
NPHP3Q7Z494 MAN1B1-AS1-201ENST00000596585 1872 ntBASIC25.91■■□□□ 1.74
NPHP3Q7Z494 CYB561-204ENST00000448884 1496 ntTSL 2 BASIC25.91■■□□□ 1.74
NPHP3Q7Z494 LCK-214ENST00000619559 2099 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.91■■□□□ 1.74
NPHP3Q7Z494 B3GALT6-201ENST00000379198 2777 ntAPPRIS P1 BASIC25.91■■□□□ 1.74
NPHP3Q7Z494 SETD3-201ENST00000329331 1330 ntTSL 1 (best) BASIC25.91■■□□□ 1.74
NPHP3Q7Z494 LPCAT4-201ENST00000314891 2262 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.91■■□□□ 1.74
NPHP3Q7Z494 IRX3-201ENST00000329734 2601 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.91■■□□□ 1.74
NPHP3Q7Z494 NEIL1-206ENST00000564784 2019 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.91■■□□□ 1.74
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 22.9 ms