Protein–RNA interactions for Protein: P39880

CUX1, Homeobox protein cut-like 1, humanhuman

Predictions only

Length 1,505 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CUX1P39880 MICA-209ENST00000449934 1386 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.06■■■□□ 2.72
CUX1P39880 AC069368.1-202ENST00000437723 750 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC32.06■■■□□ 2.72
CUX1P39880 SMN1-203ENST00000503079 1219 ntTSL 5 BASIC32.06■■■□□ 2.72
CUX1P39880 HDDC3-205ENST00000559898 1024 ntTSL 1 (best) BASIC32.06■■■□□ 2.72
CUX1P39880 AC008567.3-202ENST00000619671 859 ntTSL 1 (best) BASIC32.06■■■□□ 2.72
CUX1P39880 CLN3-259ENST00000637551 1083 ntTSL 5 BASIC32.06■■■□□ 2.72
CUX1P39880 C7orf25-201ENST00000350427 2451 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC32.06■■■□□ 2.72
CUX1P39880 TCP11-209ENST00000444780 1841 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC32.06■■■□□ 2.72
CUX1P39880 GNGT2-201ENST00000300406 889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.05■■■□□ 2.72
CUX1P39880 AL645608.6-201ENST00000418300 402 ntTSL 3 BASIC32.05■■■□□ 2.72
CUX1P39880 LINC01534-202ENST00000433232 554 ntTSL 3 BASIC32.05■■■□□ 2.72
CUX1P39880 TTTY14-203ENST00000447937 920 ntTSL 3 BASIC32.05■■■□□ 2.72
CUX1P39880 AC106795.1-205ENST00000512851 1056 ntBASIC32.05■■■□□ 2.72
CUX1P39880 C14orf144-201ENST00000553757 537 ntTSL 4 BASIC32.05■■■□□ 2.72
CUX1P39880 AC012615.1-201ENST00000565797 1299 ntBASIC32.05■■■□□ 2.72
CUX1P39880 AL671883.3-201ENST00000603274 991 ntBASIC32.05■■■□□ 2.72
CUX1P39880 DEF8-228ENST00000610455 816 ntTSL 1 (best) BASIC32.05■■■□□ 2.72
CUX1P39880 SCAMP4-213ENST00000621748 1172 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC32.05■■■□□ 2.72
CUX1P39880 C1orf43-210ENST00000640799 1287 ntTSL 5 BASIC32.05■■■□□ 2.72
CUX1P39880 FCER2-201ENST00000346664 1596 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC32.05■■■□□ 2.72
CUX1P39880 FCER2-205ENST00000597921 1560 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC32.05■■■□□ 2.72
CUX1P39880 SSH1-209ENST00000551165 2354 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC32.05■■■□□ 2.72
CUX1P39880 CYP2A7-202ENST00000301146 2281 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.05■■■□□ 2.72
CUX1P39880 GAS7-210ENST00000579158 1528 ntTSL 1 (best) BASIC32.05■■■□□ 2.72
CUX1P39880 SRP9-203ENST00000366839 1596 ntTSL 1 (best) BASIC32.05■■■□□ 2.72
CUX1P39880 GJC3-201ENST00000312891 1116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.05■■■□□ 2.72
CUX1P39880 AL022342.1-201ENST00000400363 863 ntBASIC32.05■■■□□ 2.72
CUX1P39880 RCHY1-208ENST00000512706 1011 ntTSL 3 BASIC32.05■■■□□ 2.72
CUX1P39880 KLK12-205ENST00000529888 735 ntTSL 1 (best) BASIC32.05■■■□□ 2.72
CUX1P39880 LINC01582-202ENST00000561215 452 ntTSL 4 BASIC32.05■■■□□ 2.72
CUX1P39880 PNMA8A-203ENST00000602246 572 ntAPPRIS ALT2 TSL 4 BASIC32.05■■■□□ 2.72
CUX1P39880 LINC00454-206ENST00000609861 841 ntTSL 5 BASIC32.05■■■□□ 2.72
CUX1P39880 CYP1B1-AS1-214ENST00000620177 554 ntTSL 4 BASIC32.05■■■□□ 2.72
CUX1P39880 CCDC130-201ENST00000221554 1792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.05■■■□□ 2.72
CUX1P39880 TMEM70-201ENST00000312184 2018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.04■■■□□ 2.72
CUX1P39880 USF2-202ENST00000343550 1523 ntTSL 1 (best) BASIC32.04■■■□□ 2.72
CUX1P39880 PCCB-216ENST00000483687 1727 ntTSL 3 BASIC32.04■■■□□ 2.72
CUX1P39880 MRPL2-202ENST00000388752 1588 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.04■■■□□ 2.72
CUX1P39880 MAP3K7CL-206ENST00000399928 1904 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.04■■■□□ 2.72
CUX1P39880 ZNF346-209ENST00000512315 1575 ntTSL 2 BASIC32.04■■■□□ 2.72
CUX1P39880 IFNL4-203ENST00000634680 1421 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC32.04■■■□□ 2.72
CUX1P39880 DMPK-205ENST00000458663 2548 ntTSL 5 BASIC32.04■■■□□ 2.72
CUX1P39880 GJA4-201ENST00000342280 1622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.04■■■□□ 2.72
CUX1P39880 EGLN2-202ENST00000406058 2150 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.04■■■□□ 2.72
CUX1P39880 TMEM150B-201ENST00000326652 943 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.04■■■□□ 2.72
CUX1P39880 TBPL1-203ENST00000367871 808 ntTSL 2 BASIC32.04■■■□□ 2.72
CUX1P39880 CGB7-201ENST00000377280 918 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC32.04■■■□□ 2.72
CUX1P39880 C7orf34-201ENST00000409607 766 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC32.04■■■□□ 2.72
CUX1P39880 TSPY22P-201ENST00000427496 604 ntBASIC32.04■■■□□ 2.72
CUX1P39880 AC093459.1-201ENST00000444567 481 ntTSL 3 BASIC32.04■■■□□ 2.72
CUX1P39880 DOC2A-201ENST00000350119 2071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.04■■■□□ 2.72
CUX1P39880 PAIP1-203ENST00000436644 1734 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC32.04■■■□□ 2.72
CUX1P39880 CLEC4G-201ENST00000328853 1360 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.03■■■□□ 2.72
CUX1P39880 AL391422.3-201ENST00000603791 2761 ntBASIC32.03■■■□□ 2.72
CUX1P39880 FCMR-202ENST00000442471 1441 ntTSL 2 BASIC32.03■■■□□ 2.72
CUX1P39880 FSTL3-201ENST00000166139 2542 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.03■■■□□ 2.72
CUX1P39880 TOB2P1-201ENST00000469761 992 ntBASIC32.03■■■□□ 2.72
CUX1P39880 VEGFA-222ENST00000520948 1199 ntTSL 1 (best) BASIC32.03■■■□□ 2.72
CUX1P39880 AC092338.2-202ENST00000567158 611 ntTSL 5 BASIC32.03■■■□□ 2.72
CUX1P39880 AC020909.1-201ENST00000599632 1265 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC32.03■■■□□ 2.72
CUX1P39880 TAX1BP3-202ENST00000611779 1302 ntTSL 2 BASIC32.03■■■□□ 2.72
CUX1P39880 PDLIM2-204ENST00000397760 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.03■■■□□ 2.72
CUX1P39880 CALB2-202ENST00000349553 1373 ntTSL 5 BASIC32.03■■■□□ 2.72
CUX1P39880 TAF7-201ENST00000313368 2334 ntAPPRIS P1 BASIC32.03■■■□□ 2.72
CUX1P39880 AC096719.1-201ENST00000510705 1874 ntTSL 5 BASIC32.03■■■□□ 2.72
CUX1P39880 TPCN2-205ENST00000542467 2000 ntTSL 2 BASIC32.02■■■□□ 2.72
CUX1P39880 APBB1IP-201ENST00000356785 1513 ntTSL 1 (best) BASIC32.02■■■□□ 2.72
CUX1P39880 SDR39U1-201ENST00000399395 1233 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.02■■■□□ 2.72
CUX1P39880 AC008878.2-201ENST00000601870 942 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC32.02■■■□□ 2.72
CUX1P39880 SPINK2-205ENST00000616980 677 ntTSL 5 BASIC32.02■■■□□ 2.72
CUX1P39880 IL17RC-205ENST00000413608 2147 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC32.02■■■□□ 2.72
CUX1P39880 TCP11-204ENST00000373979 1882 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC32.02■■■□□ 2.72
CUX1P39880 TXNDC5-201ENST00000379757 2964 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.02■■■□□ 2.72
CUX1P39880 SPSB3-208ENST00000566339 1784 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.02■■■□□ 2.72
CUX1P39880 TTC39C-202ENST00000317571 2442 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC32.01■■■□□ 2.72
CUX1P39880 GNG5-202ENST00000370645 790 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC32.01■■■□□ 2.72
CUX1P39880 CD99-205ENST00000381192 1245 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC32.01■■■□□ 2.72
CUX1P39880 CT47A4-201ENST00000415858 1298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.01■■■□□ 2.72
CUX1P39880 LINC02247-201ENST00000417135 743 ntTSL 3 BASIC32.01■■■□□ 2.72
CUX1P39880 CT47A9-201ENST00000417256 1298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.01■■■□□ 2.72
CUX1P39880 CT47A6-201ENST00000419194 1298 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC32.01■■■□□ 2.72
CUX1P39880 CT47A10-201ENST00000430448 1298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.01■■■□□ 2.72
CUX1P39880 CT47A5-201ENST00000439466 1298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.01■■■□□ 2.72
CUX1P39880 CT47A3-201ENST00000441330 1298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.01■■■□□ 2.72
CUX1P39880 CT47A8-201ENST00000457977 1298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.01■■■□□ 2.72
CUX1P39880 CT47A2-201ENST00000458218 1298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.01■■■□□ 2.72
CUX1P39880 PLPP5-214ENST00000531823 875 ntTSL 3 BASIC32.01■■■□□ 2.72
CUX1P39880 BMF-207ENST00000559701 630 ntTSL 3 BASIC32.01■■■□□ 2.72
CUX1P39880 AC243773.1-201ENST00000614759 544 ntTSL 5 BASIC32.01■■■□□ 2.72
CUX1P39880 METTL23-215ENST00000615984 1171 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC32.01■■■□□ 2.72
CUX1P39880 MAP2K3-215ENST00000627447 351 ntTSL 5 BASIC32.01■■■□□ 2.72
CUX1P39880 STXBP6-203ENST00000419632 1970 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.01■■■□□ 2.72
CUX1P39880 EARS2-206ENST00000563232 1709 ntTSL 1 (best) BASIC32.01■■■□□ 2.71
CUX1P39880 SEMA6B-202ENST00000586965 2034 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC32.01■■■□□ 2.71
CUX1P39880 CA9-201ENST00000378357 1618 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.01■■■□□ 2.71
CUX1P39880 PABPC4-204ENST00000372862 2470 ntTSL 5 BASIC32.01■■■□□ 2.71
CUX1P39880 SDHAF3-202ENST00000432641 2060 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.01■■■□□ 2.71
CUX1P39880 TREX2-203ENST00000338525 2116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32■■■□□ 2.71
CUX1P39880 AP002469.2-201ENST00000531724 424 ntBASIC32■■■□□ 2.71
CUX1P39880 CCDC74B-202ENST00000392984 1353 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC32■■■□□ 2.71
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 20.1 ms