Protein–RNA interactions for Protein: P39060

COL18A1, Collagen alpha-1(XVIII) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,754 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL18A1P39060 TBPL1-203ENST00000367871 808 ntTSL 2 BASIC25.28■■□□□ 1.64
COL18A1P39060 LINC01770-202ENST00000430109 510 ntTSL 3 BASIC25.28■■□□□ 1.64
COL18A1P39060 LINC01128-207ENST00000449005 874 ntTSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
COL18A1P39060 SMN1-203ENST00000503079 1219 ntTSL 5 BASIC25.28■■□□□ 1.64
COL18A1P39060 BARHL1-202ENST00000542090 1197 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
COL18A1P39060 C14orf144-201ENST00000553757 537 ntTSL 4 BASIC25.28■■□□□ 1.64
COL18A1P39060 BMF-207ENST00000559701 630 ntTSL 3 BASIC25.28■■□□□ 1.64
COL18A1P39060 CARHSP1-205ENST00000562843 843 ntTSL 2 BASIC25.28■■□□□ 1.64
COL18A1P39060 AC027796.4-201ENST00000575741 874 ntTSL 5 BASIC25.28■■□□□ 1.64
COL18A1P39060 DEF8-228ENST00000610455 816 ntTSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
COL18A1P39060 TAX1BP3-202ENST00000611779 1302 ntTSL 2 BASIC25.28■■□□□ 1.64
COL18A1P39060 MAZ-201ENST00000219782 2698 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
COL18A1P39060 WRNIP1-204ENST00000380773 2670 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
COL18A1P39060 ABHD5-205ENST00000458276 1690 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
COL18A1P39060 TEAD2-201ENST00000311227 2164 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
COL18A1P39060 MAP2K5-202ENST00000340972 1491 ntTSL 2 BASIC25.28■■□□□ 1.64
COL18A1P39060 APBB1-207ENST00000529519 1442 ntTSL 5 BASIC25.28■■□□□ 1.64
COL18A1P39060 CYP2A7-202ENST00000301146 2281 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
COL18A1P39060 PAQR6-215ENST00000623241 1961 ntTSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
COL18A1P39060 PTPN11-202ENST00000392597 1876 ntTSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
COL18A1P39060 GJA4-201ENST00000342280 1622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
COL18A1P39060 PHPT1-202ENST00000371661 985 ntTSL 5 BASIC25.27■■□□□ 1.64
COL18A1P39060 RABL2B-209ENST00000435118 1126 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
COL18A1P39060 PHGR1-201ENST00000448599 436 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.27■■□□□ 1.64
COL18A1P39060 TRAF3IP2-AS1-208ENST00000525151 609 ntTSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
COL18A1P39060 SPINT1-AS1-202ENST00000564302 643 ntTSL 2 BASIC25.27■■□□□ 1.64
COL18A1P39060 MARK4-211ENST00000622871 1147 ntTSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
COL18A1P39060 AC096719.1-201ENST00000510705 1874 ntTSL 5 BASIC25.27■■□□□ 1.64
COL18A1P39060 TAF7-201ENST00000313368 2334 ntAPPRIS P1 BASIC25.27■■□□□ 1.64
COL18A1P39060 APBB1IP-201ENST00000356785 1513 ntTSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
COL18A1P39060 CRYZL1-203ENST00000381540 1482 ntTSL 2 BASIC25.26■■□□□ 1.64
COL18A1P39060 DOC2A-201ENST00000350119 2071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
COL18A1P39060 MCCD1P1-208ENST00000445732 328 ntBASIC25.26■■□□□ 1.63
COL18A1P39060 FNDC5-205ENST00000496770 837 ntTSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
COL18A1P39060 AC015961.2-201ENST00000589281 701 ntTSL 3 BASIC25.26■■□□□ 1.63
COL18A1P39060 AC008878.2-201ENST00000601870 942 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC25.26■■□□□ 1.63
COL18A1P39060 CYP1B1-AS1-214ENST00000620177 554 ntTSL 4 BASIC25.26■■□□□ 1.63
COL18A1P39060 SCAMP4-213ENST00000621748 1172 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.26■■□□□ 1.63
COL18A1P39060 GSX2-201ENST00000326902 1812 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
COL18A1P39060 AGO3-202ENST00000324350 1726 ntTSL 2 BASIC25.26■■□□□ 1.63
COL18A1P39060 FSTL3-201ENST00000166139 2542 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
COL18A1P39060 SRSF11-203ENST00000370951 2385 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
COL18A1P39060 NEU4-205ENST00000407683 2273 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.26■■□□□ 1.63
COL18A1P39060 PALM-208ENST00000592155 2272 ntTSL 4 BASIC25.26■■□□□ 1.63
COL18A1P39060 ZBTB7B-201ENST00000292176 2129 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
COL18A1P39060 HDDC3-205ENST00000559898 1024 ntTSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
COL18A1P39060 TMIGD2-202ENST00000595645 1212 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
COL18A1P39060 SEMA6B-202ENST00000586965 2034 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
COL18A1P39060 MYOG-201ENST00000241651 1528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
COL18A1P39060 UBXN11-201ENST00000314675 2254 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.25■■□□□ 1.63
COL18A1P39060 TCP11-204ENST00000373979 1882 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC25.25■■□□□ 1.63
COL18A1P39060 AL391422.3-201ENST00000603791 2761 ntBASIC25.25■■□□□ 1.63
COL18A1P39060 HAUS3-202ENST00000443786 2430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
COL18A1P39060 AC007249.2-201ENST00000553181 1737 ntTSL 5 BASIC25.25■■□□□ 1.63
COL18A1P39060 CYCS-202ENST00000409409 974 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.25■■□□□ 1.63
COL18A1P39060 TSPY22P-201ENST00000427496 604 ntBASIC25.25■■□□□ 1.63
COL18A1P39060 NUS1P1-201ENST00000446295 882 ntBASIC25.25■■□□□ 1.63
COL18A1P39060 TRMT112-203ENST00000535750 823 ntTSL 2 BASIC25.25■■□□□ 1.63
COL18A1P39060 AC092338.2-202ENST00000567158 611 ntTSL 5 BASIC25.25■■□□□ 1.63
COL18A1P39060 TEN1-204ENST00000588202 862 ntTSL 3 BASIC25.25■■□□□ 1.63
COL18A1P39060 HOXA10-201ENST00000283921 2541 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
COL18A1P39060 ASMTL-202ENST00000381333 2035 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.25■■□□□ 1.63
COL18A1P39060 KRT8P3-201ENST00000519669 1449 ntBASIC25.25■■□□□ 1.63
COL18A1P39060 MAPK15-201ENST00000338033 1961 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
COL18A1P39060 DMPK-205ENST00000458663 2548 ntTSL 5 BASIC25.24■■□□□ 1.63
COL18A1P39060 CDK4-202ENST00000312990 1650 ntTSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
COL18A1P39060 STARD3-209ENST00000544210 1666 ntTSL 2 BASIC25.24■■□□□ 1.63
COL18A1P39060 TXNDC5-201ENST00000379757 2964 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
COL18A1P39060 STXBP2-202ENST00000414284 1859 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
COL18A1P39060 GOSR2-210ENST00000576910 1891 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC25.24■■□□□ 1.63
COL18A1P39060 PDLIM2-204ENST00000397760 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
COL18A1P39060 AC069368.1-202ENST00000437723 750 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.24■■□□□ 1.63
COL18A1P39060 AL512357.1-201ENST00000557687 518 ntTSL 4 BASIC25.24■■□□□ 1.63
COL18A1P39060 C1orf43-210ENST00000640799 1287 ntTSL 5 BASIC25.24■■□□□ 1.63
COL18A1P39060 DUSP1-201ENST00000239223 2019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
COL18A1P39060 DBNL-219ENST00000490734 2004 ntTSL 2 BASIC25.24■■□□□ 1.63
COL18A1P39060 DYRK3-202ENST00000367108 2218 ntTSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
COL18A1P39060 SPSB3-201ENST00000301717 1449 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
COL18A1P39060 ARID3C-201ENST00000378909 1411 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.24■■□□□ 1.63
COL18A1P39060 SLC44A3-203ENST00000446120 2094 ntTSL 2 BASIC25.24■■□□□ 1.63
COL18A1P39060 CCDC74B-202ENST00000392984 1353 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.24■■□□□ 1.63
COL18A1P39060 PTPRN2-204ENST00000404321 1374 ntTSL 5 BASIC25.24■■□□□ 1.63
COL18A1P39060 MICA-209ENST00000449934 1386 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
COL18A1P39060 FAM3A-204ENST00000369643 1521 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.24■■□□□ 1.63
COL18A1P39060 GML-201ENST00000220940 723 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
COL18A1P39060 TREX2-203ENST00000338525 2116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
COL18A1P39060 NFIB-201ENST00000380921 1274 ntTSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
COL18A1P39060 AC243773.1-201ENST00000614759 544 ntTSL 5 BASIC25.23■■□□□ 1.63
COL18A1P39060 CA9-201ENST00000378357 1618 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
COL18A1P39060 ZNF707-222ENST00000532158 2218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
COL18A1P39060 ZNF655-203ENST00000357864 1370 ntTSL 2 BASIC25.23■■□□□ 1.63
COL18A1P39060 PCBP3-203ENST00000400308 1911 ntTSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
COL18A1P39060 ERCC2-205ENST00000485403 1538 ntTSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
COL18A1P39060 CCDC74A-206ENST00000467992 1347 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
COL18A1P39060 CT47A4-201ENST00000415858 1298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
COL18A1P39060 CT47A9-201ENST00000417256 1298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
COL18A1P39060 CT47A6-201ENST00000419194 1298 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.23■■□□□ 1.63
COL18A1P39060 CT47A10-201ENST00000430448 1298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
COL18A1P39060 CT47A5-201ENST00000439466 1298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
COL18A1P39060 CT47A3-201ENST00000441330 1298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 21.2 ms