Protein–RNA interactions for Protein: P18827

SDC1, Syndecan-1, humanhuman

Predictions only

Length 310 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SDC1P18827 TPGS2-221ENST00000614939 1268 ntTSL 4 BASIC18.22■□□□□ 0.51
SDC1P18827 C20orf204-205ENST00000636176 961 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC18.22■□□□□ 0.51
SDC1P18827 PALM3-201ENST00000340790 2262 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC18.22■□□□□ 0.51
SDC1P18827 PRELID3A-201ENST00000336990 1715 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.22■□□□□ 0.51
SDC1P18827 PRELID3A-202ENST00000440960 1716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
SDC1P18827 RNF146-201ENST00000309649 2624 ntAPPRIS P3 TSL 4 BASIC18.22■□□□□ 0.51
SDC1P18827 PRODH-215ENST00000610940 2405 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
SDC1P18827 MARK2-203ENST00000377810 4560 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.22■□□□□ 0.51
SDC1P18827 UTP18-201ENST00000225298 1894 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
SDC1P18827 AP001351.1-201ENST00000501397 1865 ntTSL 2 BASIC18.22■□□□□ 0.51
SDC1P18827 ENOPH1-203ENST00000509635 1874 ntTSL 3 BASIC18.22■□□□□ 0.51
SDC1P18827 CACNA2D1-203ENST00000423588 1429 ntTSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
SDC1P18827 TMEM79-203ENST00000405535 2201 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
SDC1P18827 MYEOV-201ENST00000308946 2287 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
SDC1P18827 ZAR1L-202ENST00000533490 1564 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.21■□□□□ 0.51
SDC1P18827 LSM4-203ENST00000593829 1908 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
SDC1P18827 GOLGA6L5P-202ENST00000515341 1828 ntBASIC18.21■□□□□ 0.51
SDC1P18827 C19orf25-203ENST00000585675 1837 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
SDC1P18827 LINC02361-201ENST00000538731 1484 ntTSL 2 BASIC18.21■□□□□ 0.51
SDC1P18827 FBXO41-204ENST00000520530 3293 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.21■□□□□ 0.51
SDC1P18827 MARK1-205ENST00000611084 5321 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
SDC1P18827 P2RX5-203ENST00000547178 1998 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
SDC1P18827 KLHL17-201ENST00000338591 2560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
SDC1P18827 GAS2L1-210ENST00000621062 2483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
SDC1P18827 IL4I1-202ENST00000391826 1863 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
SDC1P18827 FLT1-207ENST00000615840 6453 ntTSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
SDC1P18827 IPO13-201ENST00000372339 1201 ntTSL 2 BASIC18.21■□□□□ 0.51
SDC1P18827 TSPY21P-201ENST00000433481 731 ntBASIC18.21■□□□□ 0.51
SDC1P18827 B3GAT3-205ENST00000534026 1120 ntTSL 2 BASIC18.21■□□□□ 0.51
SDC1P18827 MIXL1-202ENST00000542034 839 ntTSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
SDC1P18827 RNASEK-202ENST00000548577 810 ntTSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
SDC1P18827 AC022211.2-202ENST00000582668 546 ntTSL 4 BASIC18.21■□□□□ 0.51
SDC1P18827 SNAP47-201ENST00000315781 2367 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
SDC1P18827 WDR90-201ENST00000293879 5488 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC18.21■□□□□ 0.51
SDC1P18827 SLC6A9-201ENST00000357730 2168 ntTSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
SDC1P18827 MSLN-207ENST00000566549 2418 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
SDC1P18827 ZNF707-202ENST00000418203 2661 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.21■□□□□ 0.51
SDC1P18827 FOXP4-202ENST00000373057 3300 ntTSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
SDC1P18827 ABCG4-206ENST00000622721 2553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
SDC1P18827 KIF26A-202ENST00000423312 5649 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC18.21■□□□□ 0.51
SDC1P18827 C1orf198-201ENST00000366663 3858 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.5
SDC1P18827 DNAJC28-204ENST00000617313 2237 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.21■□□□□ 0.5
SDC1P18827 SORCS2-203ENST00000507866 6152 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.5
SDC1P18827 CYP2F1-201ENST00000331105 1720 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
SDC1P18827 SH3BP1-201ENST00000357436 2852 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
SDC1P18827 AC104581.1-202ENST00000635932 2618 ntBASIC18.2■□□□□ 0.5
SDC1P18827 SLC6A18-201ENST00000324642 2121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
SDC1P18827 AIRE-201ENST00000291582 2257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
SDC1P18827 CCNJ-203ENST00000465148 2677 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.2■□□□□ 0.5
SDC1P18827 RIPK2-201ENST00000220751 2584 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
SDC1P18827 CHRNB1-201ENST00000306071 2557 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
SDC1P18827 ACAA1-201ENST00000301810 1540 ntTSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
SDC1P18827 DNM1-206ENST00000475805 2710 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC18.2■□□□□ 0.5
SDC1P18827 FUT4-201ENST00000358752 6059 ntAPPRIS P1 BASIC18.2■□□□□ 0.5
SDC1P18827 RGS9BP-201ENST00000334176 2894 ntAPPRIS P1 BASIC18.2■□□□□ 0.5
SDC1P18827 MAFF-206ENST00000538320 2458 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC18.2■□□□□ 0.5
SDC1P18827 GRM2-204ENST00000442933 2064 ntTSL 5 BASIC18.2■□□□□ 0.5
SDC1P18827 AC026412.3-201ENST00000605200 1661 ntTSL 5 BASIC18.2■□□□□ 0.5
SDC1P18827 COX7A2L-201ENST00000234301 1112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
SDC1P18827 GTF2A2-203ENST00000396061 758 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.2■□□□□ 0.5
SDC1P18827 COQ10B-203ENST00000409398 879 ntTSL 3 BASIC18.2■□□□□ 0.5
SDC1P18827 AC110769.1-201ENST00000420161 815 ntTSL 3 BASIC18.2■□□□□ 0.5
SDC1P18827 TSPY23P-201ENST00000440136 739 ntBASIC18.2■□□□□ 0.5
SDC1P18827 CORO1B-210ENST00000627576 960 ntTSL 5 BASIC18.2■□□□□ 0.5
SDC1P18827 SLC35A3-218ENST00000639994 1114 ntTSL 5 BASIC18.2■□□□□ 0.5
SDC1P18827 CHPF-203ENST00000535926 2634 ntTSL 2 BASIC18.2■□□□□ 0.5
SDC1P18827 SNX4-201ENST00000251775 2513 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
SDC1P18827 KDM5C-203ENST00000375383 5122 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.2■□□□□ 0.5
SDC1P18827 ZNF561-AS1-201ENST00000585797 1593 ntTSL 2 BASIC18.2■□□□□ 0.5
SDC1P18827 PLEKHB2-204ENST00000409158 2277 ntTSL 2 BASIC18.2■□□□□ 0.5
SDC1P18827 UMOD-202ENST00000396134 2408 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.2■□□□□ 0.5
SDC1P18827 RNASEH2C-203ENST00000528220 1337 ntTSL 2 BASIC18.2■□□□□ 0.5
SDC1P18827 GAS2L1P1-201ENST00000420145 1480 ntBASIC18.2■□□□□ 0.5
SDC1P18827 LUC7L2-210ENST00000619796 2783 ntTSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
SDC1P18827 FAM3A-203ENST00000369641 1359 ntTSL 5 BASIC18.19■□□□□ 0.5
SDC1P18827 PHKA1-204ENST00000373545 6173 ntTSL 5 BASIC18.19■□□□□ 0.5
SDC1P18827 TRIM47-201ENST00000254816 2266 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
SDC1P18827 ANKS3-202ENST00000446014 2265 ntTSL 5 BASIC18.19■□□□□ 0.5
SDC1P18827 WIZP1-201ENST00000531444 2299 ntBASIC18.19■□□□□ 0.5
SDC1P18827 AC009113.1-201ENST00000570267 2443 ntBASIC18.19■□□□□ 0.5
SDC1P18827 AK3-202ENST00000381809 2736 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
SDC1P18827 CD2AP-201ENST00000359314 5412 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
SDC1P18827 TSTD1-201ENST00000318289 626 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
SDC1P18827 ZDHHC12-202ENST00000372667 1187 ntTSL 5 BASIC18.19■□□□□ 0.5
SDC1P18827 PIP4K2A-202ENST00000376573 3802 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
SDC1P18827 RGCC-201ENST00000379359 960 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
SDC1P18827 MPV17L-202ENST00000396385 1037 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
SDC1P18827 ASB18-201ENST00000409749 1401 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
SDC1P18827 DYNLT3-203ENST00000432389 719 ntTSL 5 BASIC18.19■□□□□ 0.5
SDC1P18827 HOXB-AS3-204ENST00000466037 522 ntTSL 3 BASIC18.19■□□□□ 0.5
SDC1P18827 KCNMA1-220ENST00000481070 896 ntTSL 2 BASIC18.19■□□□□ 0.5
SDC1P18827 ARF3-208ENST00000541959 807 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.19■□□□□ 0.5
SDC1P18827 AC009052.1-201ENST00000567090 298 ntTSL 3 BASIC18.19■□□□□ 0.5
SDC1P18827 NUP50-AS1-201ENST00000426282 2076 ntTSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
SDC1P18827 TSC22D4-202ENST00000393991 1469 ntTSL 2 BASIC18.19■□□□□ 0.5
SDC1P18827 AC087457.1-201ENST00000503496 2727 ntTSL 2 BASIC18.19■□□□□ 0.5
SDC1P18827 IFFO1-212ENST00000619571 2724 ntTSL 2 BASIC18.19■□□□□ 0.5
SDC1P18827 IFRD2-204ENST00000436390 2275 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.19■□□□□ 0.5
SDC1P18827 ADGRD2-201ENST00000334810 3244 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.19■□□□□ 0.5
SDC1P18827 RASSF1-210ENST00000616212 1842 ntTSL 2 BASIC18.19■□□□□ 0.5
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 55.7 ms