Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y3E7

CHMP3, Charged multivesicular body protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 222 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHMP3Q9Y3E7 FAM168B-201ENST00000389915 944 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC31.83■■■□□ 2.69
CHMP3Q9Y3E7 AC008813.1-201ENST00000536597 885 ntBASIC31.83■■■□□ 2.69
CHMP3Q9Y3E7 ZFAND2B-208ENST00000409594 2021 ntTSL 2 BASIC31.83■■■□□ 2.69
CHMP3Q9Y3E7 PI4KAP2-202ENST00000450651 2294 ntTSL 5 BASIC31.83■■■□□ 2.69
CHMP3Q9Y3E7 AC100797.4-201ENST00000631653 1827 ntBASIC31.82■■■□□ 2.68
CHMP3Q9Y3E7 U2AF1-203ENST00000398137 1019 ntTSL 1 (best) BASIC31.82■■■□□ 2.68
CHMP3Q9Y3E7 LINC01896-206ENST00000575722 1256 ntTSL 2 BASIC31.82■■■□□ 2.68
CHMP3Q9Y3E7 SRP68-213ENST00000629930 165 ntTSL 5 BASIC31.82■■■□□ 2.68
CHMP3Q9Y3E7 U2AF1L5-212ENST00000639996 1019 ntTSL 1 (best) BASIC31.82■■■□□ 2.68
CHMP3Q9Y3E7 DCDC2C-201ENST00000399143 1476 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC31.82■■■□□ 2.68
CHMP3Q9Y3E7 LDLRAD4-218ENST00000592991 1640 ntTSL 1 (best) BASIC31.82■■■□□ 2.68
CHMP3Q9Y3E7 EMC10-202ENST00000376918 2014 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC31.81■■■□□ 2.68
CHMP3Q9Y3E7 AL139393.2-201ENST00000608721 2025 ntBASIC31.8■■■□□ 2.68
CHMP3Q9Y3E7 AP004833.2-201ENST00000532228 1454 ntBASIC31.8■■■□□ 2.68
CHMP3Q9Y3E7 PKIG-207ENST00000372894 1191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.8■■■□□ 2.68
CHMP3Q9Y3E7 PHF20L1-207ENST00000395379 1998 ntTSL 5 BASIC31.79■■■□□ 2.68
CHMP3Q9Y3E7 CBWD5-202ENST00000377384 1347 ntTSL 1 (best) BASIC31.79■■■□□ 2.68
CHMP3Q9Y3E7 BANF1-208ENST00000533166 1135 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC31.79■■■□□ 2.68
CHMP3Q9Y3E7 RCC1L-202ENST00000614461 2419 ntTSL 1 (best) BASIC31.79■■■□□ 2.68
CHMP3Q9Y3E7 TMEM150A-202ENST00000334462 1518 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.79■■■□□ 2.68
CHMP3Q9Y3E7 ZBTB25-202ENST00000555220 1440 ntTSL 1 (best) BASIC31.78■■■□□ 2.68
CHMP3Q9Y3E7 BOK-AS1-201ENST00000434306 643 ntTSL 1 (best) BASIC31.77■■■□□ 2.68
CHMP3Q9Y3E7 AC016595.1-201ENST00000559410 383 ntTSL 3 BASIC31.77■■■□□ 2.68
CHMP3Q9Y3E7 BRD4-212ENST00000630599 726 ntTSL 2 BASIC31.77■■■□□ 2.68
CHMP3Q9Y3E7 PGM5P2-201ENST00000613141 1980 ntTSL 1 (best) BASIC31.77■■■□□ 2.68
CHMP3Q9Y3E7 PHOX2A-201ENST00000298231 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.76■■■□□ 2.68
CHMP3Q9Y3E7 FEZ1-201ENST00000278919 1748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.76■■■□□ 2.67
CHMP3Q9Y3E7 PDF-201ENST00000288022 1158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.76■■■□□ 2.67
CHMP3Q9Y3E7 TXNL4A-208ENST00000588162 752 ntTSL 2 BASIC31.76■■■□□ 2.67
CHMP3Q9Y3E7 C16orf74-204ENST00000602719 1002 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC31.76■■■□□ 2.67
CHMP3Q9Y3E7 COPZ2-210ENST00000621465 895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.76■■■□□ 2.67
CHMP3Q9Y3E7 CUL4A-202ENST00000375440 2364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.76■■■□□ 2.67
CHMP3Q9Y3E7 LRRC10B-201ENST00000378075 2219 ntAPPRIS P1 BASIC31.76■■■□□ 2.67
CHMP3Q9Y3E7 SSBP3-202ENST00000357475 1533 ntTSL 1 (best) BASIC31.75■■■□□ 2.67
CHMP3Q9Y3E7 HSD17B12-202ENST00000395700 994 ntTSL 1 (best) BASIC31.75■■■□□ 2.67
CHMP3Q9Y3E7 AP000911.3-201ENST00000526377 1130 ntTSL 3 BASIC31.75■■■□□ 2.67
CHMP3Q9Y3E7 C9orf50-201ENST00000372478 1620 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC31.75■■■□□ 2.67
CHMP3Q9Y3E7 PEX7-203ENST00000541292 945 ntTSL 5 BASIC31.74■■■□□ 2.67
CHMP3Q9Y3E7 PIGX-201ENST00000296333 953 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC31.73■■■□□ 2.67
CHMP3Q9Y3E7 PTPMT1-203ENST00000426530 1014 ntTSL 1 (best) BASIC31.73■■■□□ 2.67
CHMP3Q9Y3E7 LACTBL1-202ENST00000618559 1500 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC31.73■■■□□ 2.67
CHMP3Q9Y3E7 TAZ-201ENST00000369776 1596 ntTSL 1 (best) BASIC31.73■■■□□ 2.67
CHMP3Q9Y3E7 FKBP1A-205ENST00000439640 1583 ntTSL 3 BASIC31.73■■■□□ 2.67
CHMP3Q9Y3E7 FGFRL1-205ENST00000510644 2304 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.72■■■□□ 2.67
CHMP3Q9Y3E7 CHST11-203ENST00000547956 936 ntTSL 2 BASIC31.72■■■□□ 2.67
CHMP3Q9Y3E7 LINC01918-201ENST00000436841 797 ntTSL 2 BASIC31.71■■■□□ 2.67
CHMP3Q9Y3E7 CEP120-209ENST00000515110 606 ntTSL 3 BASIC31.71■■■□□ 2.67
CHMP3Q9Y3E7 C14orf80-203ENST00000354560 1553 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC31.71■■■□□ 2.67
CHMP3Q9Y3E7 EFNA3-201ENST00000368408 1782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.71■■■□□ 2.67
CHMP3Q9Y3E7 ABCB10P3-201ENST00000561950 2166 ntBASIC31.7■■■□□ 2.67
CHMP3Q9Y3E7 RPS2-210ENST00000530225 765 ntTSL 2 BASIC31.7■■■□□ 2.67
CHMP3Q9Y3E7 RPARP-AS1-205ENST00000596045 431 ntTSL 3 BASIC31.7■■■□□ 2.67
CHMP3Q9Y3E7 MPP6-203ENST00000409761 1703 ntTSL 5 BASIC31.69■■■□□ 2.66
CHMP3Q9Y3E7 GIPC1-203ENST00000393033 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.69■■■□□ 2.66
CHMP3Q9Y3E7 GPX1-201ENST00000419349 1106 ntBASIC31.69■■■□□ 2.66
CHMP3Q9Y3E7 NME2-205ENST00000512737 826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.69■■■□□ 2.66
CHMP3Q9Y3E7 ANKRD13D-211ENST00000511455 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.69■■■□□ 2.66
CHMP3Q9Y3E7 KCTD17-202ENST00000403888 1763 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC31.68■■■□□ 2.66
CHMP3Q9Y3E7 FOXA2-202ENST00000419308 2422 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC31.68■■■□□ 2.66
CHMP3Q9Y3E7 UBALD1-203ENST00000587649 707 ntTSL 3 BASIC31.68■■■□□ 2.66
CHMP3Q9Y3E7 PTPRF-216ENST00000617451 1129 ntTSL 5 BASIC31.68■■■□□ 2.66
CHMP3Q9Y3E7 F8A3-201ENST00000622749 1759 ntAPPRIS P1 BASIC31.67■■■□□ 2.66
CHMP3Q9Y3E7 BAX-202ENST00000345358 793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.67■■■□□ 2.66
CHMP3Q9Y3E7 ANKS1B-203ENST00000341752 2115 ntTSL 2 BASIC31.67■■■□□ 2.66
CHMP3Q9Y3E7 SPIRE1-202ENST00000409402 5665 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC31.66■■■□□ 2.66
CHMP3Q9Y3E7 PPP1CC-208ENST00000551676 1581 ntTSL 2 BASIC31.66■■■□□ 2.66
CHMP3Q9Y3E7 TAF10-201ENST00000299424 1215 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.66■■■□□ 2.66
CHMP3Q9Y3E7 SNX15-202ENST00000377244 1939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.66■■■□□ 2.66
CHMP3Q9Y3E7 BLOC1S3-202ENST00000587722 732 ntAPPRIS P1 BASIC31.65■■■□□ 2.66
CHMP3Q9Y3E7 AC078883.1-202ENST00000450443 1397 ntTSL 3 BASIC31.65■■■□□ 2.66
CHMP3Q9Y3E7 G6PC3-201ENST00000269097 1533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.65■■■□□ 2.66
CHMP3Q9Y3E7 RUNDC3A-206ENST00000590941 1675 ntTSL 1 (best) BASIC31.64■■■□□ 2.66
CHMP3Q9Y3E7 SIGMAR1-203ENST00000378892 1743 ntTSL 2 BASIC31.63■■■□□ 2.65
CHMP3Q9Y3E7 PAPD7-201ENST00000230859 5459 ntTSL 1 (best) BASIC31.63■■■□□ 2.65
CHMP3Q9Y3E7 AC148477.6-201ENST00000623746 465 ntBASIC31.63■■■□□ 2.65
CHMP3Q9Y3E7 KIF13A-207ENST00000502704 1330 ntTSL 1 (best) BASIC31.63■■■□□ 2.65
CHMP3Q9Y3E7 FHL2-202ENST00000344213 1769 ntTSL 1 (best) BASIC31.63■■■□□ 2.65
CHMP3Q9Y3E7 LSM7-201ENST00000252622 529 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.62■■■□□ 2.65
CHMP3Q9Y3E7 ATOH7-201ENST00000373673 1480 ntAPPRIS P1 BASIC31.62■■■□□ 2.65
CHMP3Q9Y3E7 MIR219A2-201ENST00000608502 1504 ntBASIC31.62■■■□□ 2.65
CHMP3Q9Y3E7 AC022413.1-201ENST00000624602 984 ntBASIC31.62■■■□□ 2.65
CHMP3Q9Y3E7 MDFIC-203ENST00000423503 474 ntTSL 1 (best) BASIC31.61■■■□□ 2.65
CHMP3Q9Y3E7 CDC34-201ENST00000215574 1471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.6■■■□□ 2.65
CHMP3Q9Y3E7 JAG2-201ENST00000331782 5835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.6■■■□□ 2.65
CHMP3Q9Y3E7 AC068134.2-201ENST00000437095 576 ntTSL 3 BASIC31.6■■■□□ 2.65
CHMP3Q9Y3E7 IGFBP2-201ENST00000233809 1439 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.59■■■□□ 2.65
CHMP3Q9Y3E7 EPB41L4A-AS2-201ENST00000623705 1396 ntBASIC31.59■■■□□ 2.65
CHMP3Q9Y3E7 RNF130-205ENST00000521389 2263 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.59■■■□□ 2.65
CHMP3Q9Y3E7 ACTG1-210ENST00000575842 2256 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.59■■■□□ 2.65
CHMP3Q9Y3E7 MYCL-202ENST00000372816 1688 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC31.59■■■□□ 2.65
CHMP3Q9Y3E7 AGO3-204ENST00000397828 1035 ntTSL 2 BASIC31.58■■■□□ 2.65
CHMP3Q9Y3E7 CCNYL1-203ENST00000392209 1952 ntTSL 2 BASIC31.57■■■□□ 2.65
CHMP3Q9Y3E7 TNFRSF25-205ENST00000377782 1632 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC31.57■■■□□ 2.64
CHMP3Q9Y3E7 PLEKHF2-202ENST00000519516 1144 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC31.57■■■□□ 2.64
CHMP3Q9Y3E7 C1orf122-201ENST00000373042 973 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC31.56■■■□□ 2.64
CHMP3Q9Y3E7 MAP3K8-203ENST00000375322 932 ntTSL 2 BASIC31.56■■■□□ 2.64
CHMP3Q9Y3E7 SPATA33-209ENST00000579310 1490 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC31.56■■■□□ 2.64
CHMP3Q9Y3E7 SPATA5L1-208ENST00000638607 1863 ntTSL 2 BASIC31.56■■■□□ 2.64
CHMP3Q9Y3E7 AGFG1-205ENST00000409979 2089 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC31.55■■■□□ 2.64
CHMP3Q9Y3E7 PIP4K2B-204ENST00000619039 5734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.54■■■□□ 2.64
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 42.1 ms