Protein–RNA interactions for Protein: Q9NRJ3

CCL28, C-C motif chemokine 28, humanhuman

Predictions only

Length 127 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCL28Q9NRJ3 C11orf80-210ENST00000527634 1666 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.96■□□□□ 0.95
CCL28Q9NRJ3 AP002414.2-202ENST00000590929 1450 ntBASIC20.95■□□□□ 0.94
CCL28Q9NRJ3 BCAP31-207ENST00000458587 1810 ntTSL 1 (best) BASIC20.95■□□□□ 0.94
CCL28Q9NRJ3 CIB2-201ENST00000258930 1598 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.95■□□□□ 0.94
CCL28Q9NRJ3 FTCDNL1-201ENST00000416668 944 ntTSL 1 (best) BASIC20.95■□□□□ 0.94
CCL28Q9NRJ3 AC012629.2-201ENST00000606513 377 ntTSL 5 BASIC20.95■□□□□ 0.94
CCL28Q9NRJ3 KANSL2-215ENST00000553086 1830 ntTSL 5 BASIC20.94■□□□□ 0.94
CCL28Q9NRJ3 ZDHHC16-204ENST00000370842 1877 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC20.94■□□□□ 0.94
CCL28Q9NRJ3 APLP1-201ENST00000221891 2495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.94■□□□□ 0.94
CCL28Q9NRJ3 TLE6-201ENST00000246112 2100 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.94■□□□□ 0.94
CCL28Q9NRJ3 MISP3-201ENST00000269720 1424 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.94■□□□□ 0.94
CCL28Q9NRJ3 MFSD12-202ENST00000389395 2039 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.94■□□□□ 0.94
CCL28Q9NRJ3 OTUD5-202ENST00000376488 2692 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.93■□□□□ 0.94
CCL28Q9NRJ3 MXRA7-202ENST00000375036 1950 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.92■□□□□ 0.94
CCL28Q9NRJ3 FAM66E-202ENST00000533615 2087 ntTSL 2 BASIC20.92■□□□□ 0.94
CCL28Q9NRJ3 MIR762-201ENST00000390236 83 ntBASIC20.92■□□□□ 0.94
CCL28Q9NRJ3 C14orf80-202ENST00000334656 1358 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.92■□□□□ 0.94
CCL28Q9NRJ3 RPUSD1-208ENST00000567114 1835 ntTSL 2 BASIC20.92■□□□□ 0.94
CCL28Q9NRJ3 AC027237.3-202ENST00000558617 1778 ntTSL 2 BASIC20.91■□□□□ 0.94
CCL28Q9NRJ3 TMEM185A-207ENST00000600449 2840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.91■□□□□ 0.94
CCL28Q9NRJ3 PLPPR3-201ENST00000359894 2387 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.9■□□□□ 0.94
CCL28Q9NRJ3 AKAP17A-202ENST00000381261 2187 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.9■□□□□ 0.94
CCL28Q9NRJ3 DHRS13-201ENST00000378895 1921 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.9■□□□□ 0.94
CCL28Q9NRJ3 HSD11B1L-202ENST00000339423 1660 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.9■□□□□ 0.94
CCL28Q9NRJ3 MKRN1-202ENST00000443720 1601 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.9■□□□□ 0.94
CCL28Q9NRJ3 PWWP2B-201ENST00000305233 2651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.9■□□□□ 0.94
CCL28Q9NRJ3 SEC61G-204ENST00000450622 512 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.9■□□□□ 0.94
CCL28Q9NRJ3 GSC2-201ENST00000086933 1033 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.9■□□□□ 0.94
CCL28Q9NRJ3 CD6-206ENST00000452451 1782 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.9■□□□□ 0.94
CCL28Q9NRJ3 KLC2-205ENST00000394078 1557 ntTSL 5 BASIC20.89■□□□□ 0.94
CCL28Q9NRJ3 HTR6-201ENST00000289753 1984 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.89■□□□□ 0.93
CCL28Q9NRJ3 KLC1-225ENST00000557575 2188 ntTSL 5 BASIC20.89■□□□□ 0.93
CCL28Q9NRJ3 MAZ-205ENST00000562337 1574 ntTSL 3 BASIC20.89■□□□□ 0.93
CCL28Q9NRJ3 PKDCC-201ENST00000294964 2502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.88■□□□□ 0.93
CCL28Q9NRJ3 MSANTD2-201ENST00000239614 2495 ntTSL 2 BASIC20.88■□□□□ 0.93
CCL28Q9NRJ3 GSR-206ENST00000546342 1482 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.88■□□□□ 0.93
CCL28Q9NRJ3 OSBP-201ENST00000263847 5083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.88■□□□□ 0.93
CCL28Q9NRJ3 H2AFV-205ENST00000381124 628 ntTSL 3 BASIC20.88■□□□□ 0.93
CCL28Q9NRJ3 FGF19-201ENST00000294312 2447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.88■□□□□ 0.93
CCL28Q9NRJ3 DEDD-212ENST00000545495 2329 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.88■□□□□ 0.93
CCL28Q9NRJ3 OXSR1-203ENST00000446845 1908 ntTSL 5 BASIC20.88■□□□□ 0.93
CCL28Q9NRJ3 PSMG4-205ENST00000419065 629 ntTSL 2 BASIC20.87■□□□□ 0.93
CCL28Q9NRJ3 RPS2-209ENST00000529806 993 ntTSL 3 BASIC20.87■□□□□ 0.93
CCL28Q9NRJ3 RASL10A-202ENST00000401450 1720 ntTSL 2 BASIC20.87■□□□□ 0.93
CCL28Q9NRJ3 DNAJB2-202ENST00000392086 1946 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.86■□□□□ 0.93
CCL28Q9NRJ3 GFRA4-202ENST00000319242 900 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.86■□□□□ 0.93
CCL28Q9NRJ3 MZT2B-202ENST00000409255 769 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.86■□□□□ 0.93
CCL28Q9NRJ3 ZDHHC16-207ENST00000393760 2014 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.86■□□□□ 0.93
CCL28Q9NRJ3 UNCX-201ENST00000316333 2048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.85■□□□□ 0.93
CCL28Q9NRJ3 TXNL4A-210ENST00000591711 669 ntTSL 2 BASIC20.85■□□□□ 0.93
CCL28Q9NRJ3 CHML-205ENST00000638160 705 ntTSL 3 BASIC20.85■□□□□ 0.93
CCL28Q9NRJ3 MEST-211ENST00000437945 1455 ntTSL 5 BASIC20.85■□□□□ 0.93
CCL28Q9NRJ3 DAZAP1-202ENST00000336761 2290 ntTSL 5 BASIC20.85■□□□□ 0.93
CCL28Q9NRJ3 GPS1-204ENST00000392358 2276 ntTSL 1 (best) BASIC20.85■□□□□ 0.93
CCL28Q9NRJ3 GTF3C4-202ENST00000483873 1417 ntTSL 3 BASIC20.85■□□□□ 0.93
CCL28Q9NRJ3 RASSF5-204ENST00000580449 1932 ntTSL 1 (best) BASIC20.84■□□□□ 0.93
CCL28Q9NRJ3 CCDC136-206ENST00000464832 1720 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.84■□□□□ 0.93
CCL28Q9NRJ3 DLG3-203ENST00000374360 5905 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.84■□□□□ 0.93
CCL28Q9NRJ3 TERF2-207ENST00000567296 1129 ntTSL 1 (best) BASIC20.84■□□□□ 0.93
CCL28Q9NRJ3 ZFPM1-201ENST00000319555 5380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.84■□□□□ 0.93
CCL28Q9NRJ3 AC092755.2-201ENST00000560199 402 ntTSL 3 BASIC20.83■□□□□ 0.93
CCL28Q9NRJ3 C16orf59-202ENST00000483320 1709 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.83■□□□□ 0.92
CCL28Q9NRJ3 BTBD7-201ENST00000298896 2621 ntTSL 1 (best) BASIC20.82■□□□□ 0.92
CCL28Q9NRJ3 FAM220A-201ENST00000313324 2214 ntTSL 1 (best) BASIC20.82■□□□□ 0.92
CCL28Q9NRJ3 DNMT3A-206ENST00000406659 1775 ntTSL 1 (best) BASIC20.82■□□□□ 0.92
CCL28Q9NRJ3 AC135983.2-203ENST00000454486 1613 ntBASIC20.82■□□□□ 0.92
CCL28Q9NRJ3 NKX2-1-204ENST00000522719 1417 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.81■□□□□ 0.92
CCL28Q9NRJ3 PACS2-201ENST00000325438 3708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.81■□□□□ 0.92
CCL28Q9NRJ3 REXO4-202ENST00000371942 2360 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.81■□□□□ 0.92
CCL28Q9NRJ3 RTN2-208ENST00000590526 2357 ntTSL 5 BASIC20.81■□□□□ 0.92
CCL28Q9NRJ3 C14orf80-205ENST00000392523 1845 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.81■□□□□ 0.92
CCL28Q9NRJ3 TSEN34-203ENST00000396388 1349 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.8■□□□□ 0.92
CCL28Q9NRJ3 PSMG4-202ENST00000380305 489 ntTSL 5 BASIC20.8■□□□□ 0.92
CCL28Q9NRJ3 INAFM1-201ENST00000552360 1255 ntAPPRIS P1 BASIC20.8■□□□□ 0.92
CCL28Q9NRJ3 BCL7C-202ENST00000380317 2409 ntTSL 1 (best) BASIC20.8■□□□□ 0.92
CCL28Q9NRJ3 CFAP99-207ENST00000635017 2298 ntTSL 5 BASIC20.8■□□□□ 0.92
CCL28Q9NRJ3 PCYT2-203ENST00000538936 5147 ntTSL 1 (best) BASIC20.8■□□□□ 0.92
CCL28Q9NRJ3 AL449106.1-201ENST00000608517 1980 ntBASIC20.79■□□□□ 0.92
CCL28Q9NRJ3 DTNBP1-202ENST00000344537 1403 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.79■□□□□ 0.92
CCL28Q9NRJ3 FSD1-201ENST00000221856 1831 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.79■□□□□ 0.92
CCL28Q9NRJ3 RAD21-AS1-201ENST00000521487 2010 ntTSL 1 (best) BASIC20.79■□□□□ 0.92
CCL28Q9NRJ3 POLR1D-201ENST00000302979 1166 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.79■□□□□ 0.92
CCL28Q9NRJ3 UBALD2-203ENST00000589240 660 ntTSL 2 BASIC20.79■□□□□ 0.92
CCL28Q9NRJ3 UBE2S-203ENST00000589978 496 ntTSL 5 BASIC20.79■□□□□ 0.92
CCL28Q9NRJ3 AC018358.1-201ENST00000631079 1402 ntBASIC20.78■□□□□ 0.92
CCL28Q9NRJ3 BBC3-204ENST00000449228 1827 ntTSL 1 (best) BASIC20.78■□□□□ 0.92
CCL28Q9NRJ3 SNX15-202ENST00000377244 1939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.78■□□□□ 0.92
CCL28Q9NRJ3 HTRA1-201ENST00000368984 2120 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.78■□□□□ 0.92
CCL28Q9NRJ3 TAZ-205ENST00000475699 1862 ntTSL 1 (best) BASIC20.78■□□□□ 0.92
CCL28Q9NRJ3 SOX1-201ENST00000330949 2842 ntAPPRIS P1 BASIC20.78■□□□□ 0.92
CCL28Q9NRJ3 ZNF692-201ENST00000306601 1931 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.78■□□□□ 0.92
CCL28Q9NRJ3 WHAMMP2-203ENST00000563942 1603 ntBASIC20.78■□□□□ 0.92
CCL28Q9NRJ3 RCC1L-205ENST00000618035 1409 ntTSL 1 (best) BASIC20.78■□□□□ 0.92
CCL28Q9NRJ3 HIST2H3C-201ENST00000369158 1656 ntAPPRIS P1 BASIC20.77■□□□□ 0.92
CCL28Q9NRJ3 HIST2H3A-201ENST00000403683 1656 ntAPPRIS P1 BASIC20.77■□□□□ 0.92
CCL28Q9NRJ3 MARCH2-202ENST00000381035 1192 ntTSL 5 BASIC20.77■□□□□ 0.92
CCL28Q9NRJ3 AC005559.1-201ENST00000589661 871 ntBASIC20.77■□□□□ 0.92
CCL28Q9NRJ3 NRARP-201ENST00000356628 1770 ntAPPRIS P1 BASIC20.77■□□□□ 0.91
CCL28Q9NRJ3 C8orf58-202ENST00000409586 2021 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.77■□□□□ 0.91
CCL28Q9NRJ3 VRK2-202ENST00000412104 1916 ntTSL 1 (best) BASIC20.76■□□□□ 0.91
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 18.5 ms