Protein–RNA interactions for Protein: Q9C037

TRIM4, E3 ubiquitin-protein ligase TRIM4, humanhuman

Predictions only

Length 500 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TRIM4Q9C037 PELI3-203ENST00000524466 1671 ntTSL 1 (best) BASIC24.84■■□□□ 1.57
TRIM4Q9C037 SIGMAR1-203ENST00000378892 1743 ntTSL 2 BASIC24.83■■□□□ 1.57
TRIM4Q9C037 CLDND1-226ENST00000513287 999 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.83■■□□□ 1.57
TRIM4Q9C037 OTUD5-201ENST00000156084 2740 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.83■■□□□ 1.56
TRIM4Q9C037 MAD2L2-205ENST00000376669 864 ntTSL 3 BASIC24.82■■□□□ 1.56
TRIM4Q9C037 AL121749.1-202ENST00000609313 2153 ntBASIC24.81■■□□□ 1.56
TRIM4Q9C037 MFSD12-202ENST00000389395 2039 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.81■■□□□ 1.56
TRIM4Q9C037 FAAP20-202ENST00000378546 729 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.81■■□□□ 1.56
TRIM4Q9C037 CLEC3B-202ENST00000428034 752 ntTSL 2 BASIC24.81■■□□□ 1.56
TRIM4Q9C037 CIB2-204ENST00000557846 934 ntTSL 3 BASIC24.81■■□□□ 1.56
TRIM4Q9C037 EIF5A-208ENST00000573542 1089 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.81■■□□□ 1.56
TRIM4Q9C037 NRXN1-205ENST00000401710 2873 ntTSL 5 BASIC24.81■■□□□ 1.56
TRIM4Q9C037 CARS2-201ENST00000257347 1879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.81■■□□□ 1.56
TRIM4Q9C037 VEGFC-202ENST00000618562 2064 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.81■■□□□ 1.56
TRIM4Q9C037 CCKBR-201ENST00000334619 2121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.8■■□□□ 1.56
TRIM4Q9C037 C16orf72-201ENST00000327827 5953 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.8■■□□□ 1.56
TRIM4Q9C037 TRIM52-AS1-203ENST00000509252 529 ntTSL 3 BASIC24.8■■□□□ 1.56
TRIM4Q9C037 SP8-201ENST00000361443 1714 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.8■■□□□ 1.56
TRIM4Q9C037 HDGF-201ENST00000357325 2380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.8■■□□□ 1.56
TRIM4Q9C037 PPP3CC-204ENST00000518852 1598 ntTSL 2 BASIC24.8■■□□□ 1.56
TRIM4Q9C037 TERF2-207ENST00000567296 1129 ntTSL 1 (best) BASIC24.79■■□□□ 1.56
TRIM4Q9C037 AC018755.3-201ENST00000598755 664 ntTSL 2 BASIC24.79■■□□□ 1.56
TRIM4Q9C037 PTPRF-216ENST00000617451 1129 ntTSL 5 BASIC24.79■■□□□ 1.56
TRIM4Q9C037 CR559946.2-201ENST00000623684 991 ntBASIC24.79■■□□□ 1.56
TRIM4Q9C037 FRAT2-201ENST00000371019 2213 ntAPPRIS P1 BASIC24.79■■□□□ 1.56
TRIM4Q9C037 DPF1-202ENST00000412732 2303 ntTSL 1 (best) BASIC24.78■■□□□ 1.56
TRIM4Q9C037 SSU72-201ENST00000291386 1290 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.78■■□□□ 1.56
TRIM4Q9C037 ACTR3B-201ENST00000256001 2216 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.78■■□□□ 1.56
TRIM4Q9C037 HSD17B1-201ENST00000225929 1265 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.77■■□□□ 1.56
TRIM4Q9C037 RUNDC3A-206ENST00000590941 1675 ntTSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
TRIM4Q9C037 NPAS3-201ENST00000346562 5847 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
TRIM4Q9C037 DEDD-212ENST00000545495 2329 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.76■■□□□ 1.55
TRIM4Q9C037 HDGF-210ENST00000537739 2073 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
TRIM4Q9C037 ETS1-201ENST00000319397 2231 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
TRIM4Q9C037 CIB1-201ENST00000328649 1247 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
TRIM4Q9C037 CIB1-202ENST00000612800 1096 ntTSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
TRIM4Q9C037 TOP2B-204ENST00000435706 5389 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
TRIM4Q9C037 AC010864.1-201ENST00000609407 1511 ntBASIC24.75■■□□□ 1.55
TRIM4Q9C037 JAG2-202ENST00000347004 5720 ntTSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
TRIM4Q9C037 RASSF5-204ENST00000580449 1932 ntTSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
TRIM4Q9C037 FAM107B-205ENST00000378467 2374 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
TRIM4Q9C037 PARD6A-201ENST00000219255 1248 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
TRIM4Q9C037 HINT2-201ENST00000259667 628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
TRIM4Q9C037 PURG-202ENST00000475541 2875 ntAPPRIS P1 BASIC24.74■■□□□ 1.55
TRIM4Q9C037 HOXB3-212ENST00000498678 2196 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.73■■□□□ 1.55
TRIM4Q9C037 GTF3C4-202ENST00000483873 1417 ntTSL 3 BASIC24.73■■□□□ 1.55
TRIM4Q9C037 P2RX2-203ENST00000350048 1344 ntTSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
TRIM4Q9C037 NMB-202ENST00000394588 1017 ntTSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
TRIM4Q9C037 PKM-203ENST00000389093 2279 ntTSL 5 BASIC24.73■■□□□ 1.55
TRIM4Q9C037 EFEMP2-201ENST00000307998 2034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
TRIM4Q9C037 CARM1-202ENST00000344150 2722 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.72■■□□□ 1.55
TRIM4Q9C037 STUB1-201ENST00000219548 1472 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
TRIM4Q9C037 BCL7B-202ENST00000411832 1458 ntTSL 2 BASIC24.72■■□□□ 1.55
TRIM4Q9C037 RP9P-201ENST00000381639 1303 ntTSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
TRIM4Q9C037 U2AF1-201ENST00000291552 962 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
TRIM4Q9C037 ING2-201ENST00000302327 1189 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
TRIM4Q9C037 DNLZ-201ENST00000371738 724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
TRIM4Q9C037 DUX4L11-201ENST00000611504 1267 ntBASIC24.72■■□□□ 1.55
TRIM4Q9C037 DUX4L12-201ENST00000614593 1267 ntBASIC24.72■■□□□ 1.55
TRIM4Q9C037 U2AF1L5-202ENST00000619610 813 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
TRIM4Q9C037 DUX4L14-201ENST00000621227 1267 ntBASIC24.72■■□□□ 1.55
TRIM4Q9C037 DLG3-203ENST00000374360 5905 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
TRIM4Q9C037 BCL7C-201ENST00000215115 1740 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
TRIM4Q9C037 D2HGDH-203ENST00000403782 2208 ntTSL 2 BASIC24.71■■□□□ 1.55
TRIM4Q9C037 BTBD19-203ENST00000450269 1572 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.71■■□□□ 1.55
TRIM4Q9C037 SMARCD3-203ENST00000392811 2018 ntTSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
TRIM4Q9C037 SIN3B-209ENST00000596802 2556 ntTSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
TRIM4Q9C037 GPR75-ASB3-201ENST00000406625 2113 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.71■■□□□ 1.55
TRIM4Q9C037 ZNF768-201ENST00000380412 2315 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.55
TRIM4Q9C037 GSTP1-202ENST00000398606 965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.54
TRIM4Q9C037 AP000911.3-201ENST00000526377 1130 ntTSL 3 BASIC24.7■■□□□ 1.54
TRIM4Q9C037 SLC30A10-202ENST00000366926 1915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.54
TRIM4Q9C037 COL13A1-214ENST00000522165 2061 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.7■■□□□ 1.54
TRIM4Q9C037 AL139393.2-201ENST00000608721 2025 ntBASIC24.69■■□□□ 1.54
TRIM4Q9C037 FSD1L-208ENST00000495708 1906 ntTSL 1 (best) BASIC24.69■■□□□ 1.54
TRIM4Q9C037 ATF4-201ENST00000337304 2019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.69■■□□□ 1.54
TRIM4Q9C037 PIK3R2-208ENST00000617642 1446 ntTSL 5 BASIC24.69■■□□□ 1.54
TRIM4Q9C037 AC113189.4-201ENST00000575331 5553 ntTSL 1 (best) BASIC24.68■■□□□ 1.54
TRIM4Q9C037 STUB1-205ENST00000565677 1560 ntTSL 1 (best) BASIC24.68■■□□□ 1.54
TRIM4Q9C037 C16orf95-205ENST00000567970 1031 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.68■■□□□ 1.54
TRIM4Q9C037 TSKU-201ENST00000333090 2712 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.68■■□□□ 1.54
TRIM4Q9C037 KCNC3-201ENST00000376959 5447 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.68■■□□□ 1.54
TRIM4Q9C037 CRIP1-201ENST00000330233 1311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.67■■□□□ 1.54
TRIM4Q9C037 THAP11-201ENST00000303596 2114 ntAPPRIS P1 BASIC24.67■■□□□ 1.54
TRIM4Q9C037 PLEKHG6-206ENST00000536531 1683 ntTSL 1 (best) BASIC24.67■■□□□ 1.54
TRIM4Q9C037 MRPL9-201ENST00000368829 882 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.67■■□□□ 1.54
TRIM4Q9C037 AGPS-202ENST00000409888 815 ntTSL 4 BASIC24.67■■□□□ 1.54
TRIM4Q9C037 AL589765.4-201ENST00000512280 382 ntTSL 3 BASIC24.67■■□□□ 1.54
TRIM4Q9C037 NME2-205ENST00000512737 826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.67■■□□□ 1.54
TRIM4Q9C037 RNF19B-202ENST00000356990 2598 ntTSL 1 (best) BASIC24.67■■□□□ 1.54
TRIM4Q9C037 SCCPDH-201ENST00000366510 2503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.67■■□□□ 1.54
TRIM4Q9C037 ARMC10-202ENST00000323716 2635 ntTSL 1 (best) BASIC24.66■■□□□ 1.54
TRIM4Q9C037 RDX-210ENST00000530301 1549 ntTSL 1 (best) BASIC24.66■■□□□ 1.54
TRIM4Q9C037 DUSP14-206ENST00000617516 1537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.66■■□□□ 1.54
TRIM4Q9C037 SLC9A3-201ENST00000264938 2584 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.66■■□□□ 1.54
TRIM4Q9C037 BCL11B-203ENST00000443726 2599 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.66■■□□□ 1.54
TRIM4Q9C037 ATRAID-201ENST00000380171 1240 ntTSL 1 (best) BASIC24.66■■□□□ 1.54
TRIM4Q9C037 ABHD17A-202ENST00000292577 1757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.66■■□□□ 1.54
TRIM4Q9C037 ARTN-203ENST00000414809 1943 ntAPPRIS P4 TSL 3 BASIC24.66■■□□□ 1.54
TRIM4Q9C037 SPATA5L1-208ENST00000638607 1863 ntTSL 2 BASIC24.65■■□□□ 1.54
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 18.3 ms