Protein–RNA interactions for Protein: Q96GC9

VMP1, Vacuole membrane protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 406 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VMP1Q96GC9 TLE6-201ENST00000246112 2100 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
VMP1Q96GC9 PEA15-201ENST00000360472 2471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
VMP1Q96GC9 RUNDC3A-201ENST00000225441 1821 ntTSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
VMP1Q96GC9 BTBD7-201ENST00000298896 2621 ntTSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
VMP1Q96GC9 RNF166-209ENST00000567844 633 ntTSL 5 BASIC24.04■■□□□ 1.44
VMP1Q96GC9 AP000251.1-201ENST00000433071 822 ntTSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
VMP1Q96GC9 NPC2-207ENST00000555619 1035 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
VMP1Q96GC9 CFAP73-201ENST00000335621 1514 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.03■■□□□ 1.44
VMP1Q96GC9 ACTR3B-201ENST00000256001 2216 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
VMP1Q96GC9 SHF-207ENST00000560540 2062 ntTSL 5 BASIC24.03■■□□□ 1.44
VMP1Q96GC9 IRX1-201ENST00000302006 1858 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
VMP1Q96GC9 MACF1-219ENST00000484793 834 ntTSL 2 BASIC24.02■■□□□ 1.44
VMP1Q96GC9 C5orf66-AS1-201ENST00000507035 843 ntTSL 2 BASIC24.02■■□□□ 1.44
VMP1Q96GC9 ZCCHC2-201ENST00000269499 5959 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC24.02■■□□□ 1.44
VMP1Q96GC9 EFNA3-201ENST00000368408 1782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
VMP1Q96GC9 AHSA2-201ENST00000357022 2437 ntTSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
VMP1Q96GC9 MORF4L1-203ENST00000426013 1880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
VMP1Q96GC9 AGPS-202ENST00000409888 815 ntTSL 4 BASIC24.01■■□□□ 1.43
VMP1Q96GC9 TRIM52-AS1-203ENST00000509252 529 ntTSL 3 BASIC24.01■■□□□ 1.43
VMP1Q96GC9 C11orf95-204ENST00000546282 390 ntTSL 3 BASIC24.01■■□□□ 1.43
VMP1Q96GC9 GPR75-ASB3-201ENST00000406625 2113 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.01■■□□□ 1.43
VMP1Q96GC9 CLEC3B-202ENST00000428034 752 ntTSL 2 BASIC24■■□□□ 1.43
VMP1Q96GC9 MRAP2-201ENST00000257776 2153 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
VMP1Q96GC9 THAP11-201ENST00000303596 2114 ntAPPRIS P1 BASIC23.99■■□□□ 1.43
VMP1Q96GC9 MARCH11-201ENST00000332432 1741 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.99■■□□□ 1.43
VMP1Q96GC9 AMZ2-201ENST00000359783 1722 ntTSL 5 BASIC23.99■■□□□ 1.43
VMP1Q96GC9 SMARCD3-203ENST00000392811 2018 ntTSL 1 (best) BASIC23.98■■□□□ 1.43
VMP1Q96GC9 ZDHHC16-201ENST00000345745 1519 ntTSL 1 (best) BASIC23.98■■□□□ 1.43
VMP1Q96GC9 AC135983.2-203ENST00000454486 1613 ntBASIC23.98■■□□□ 1.43
VMP1Q96GC9 UBAC1-201ENST00000371756 1867 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.98■■□□□ 1.43
VMP1Q96GC9 WNT5A-AS1-201ENST00000469484 500 ntTSL 3 BASIC23.97■■□□□ 1.43
VMP1Q96GC9 DUX4L13-201ENST00000554103 1267 ntBASIC23.97■■□□□ 1.43
VMP1Q96GC9 DUX4L15-201ENST00000611059 1267 ntBASIC23.97■■□□□ 1.43
VMP1Q96GC9 DUX4L23-201ENST00000615195 1269 ntBASIC23.97■■□□□ 1.43
VMP1Q96GC9 DUX4L24-201ENST00000617576 1269 ntBASIC23.97■■□□□ 1.43
VMP1Q96GC9 DUX4L22-201ENST00000618238 1269 ntBASIC23.97■■□□□ 1.43
VMP1Q96GC9 DUX4L20-201ENST00000619712 1269 ntBASIC23.97■■□□□ 1.43
VMP1Q96GC9 DUX4L21-201ENST00000622058 1269 ntBASIC23.97■■□□□ 1.43
VMP1Q96GC9 DUX4L10-201ENST00000622460 1267 ntBASIC23.97■■□□□ 1.43
VMP1Q96GC9 DUX4L25-201ENST00000624915 1269 ntBASIC23.97■■□□□ 1.43
VMP1Q96GC9 YAP1-204ENST00000526343 2393 ntTSL 5 BASIC23.96■■□□□ 1.43
VMP1Q96GC9 SLC30A10-202ENST00000366926 1915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
VMP1Q96GC9 CCDC160-202ENST00000517294 1790 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.96■■□□□ 1.43
VMP1Q96GC9 ADAT3-201ENST00000329478 1620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
VMP1Q96GC9 AURKAIP1-203ENST00000338370 1072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
VMP1Q96GC9 JAG2-202ENST00000347004 5720 ntTSL 1 (best) BASIC23.95■■□□□ 1.42
VMP1Q96GC9 EBPL-201ENST00000242827 914 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.95■■□□□ 1.42
VMP1Q96GC9 HLA-V-202ENST00000446817 847 ntBASIC23.95■■□□□ 1.42
VMP1Q96GC9 MIR3648-2-201ENST00000581792 180 ntBASIC23.95■■□□□ 1.42
VMP1Q96GC9 MIR3648-1-201ENST00000615959 180 ntBASIC23.95■■□□□ 1.42
VMP1Q96GC9 CHML-204ENST00000638121 920 ntTSL 2 BASIC23.95■■□□□ 1.42
VMP1Q96GC9 ADAP1-201ENST00000265846 2363 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.95■■□□□ 1.42
VMP1Q96GC9 FOXQ1-201ENST00000296839 2309 ntAPPRIS P1 BASIC23.95■■□□□ 1.42
VMP1Q96GC9 C16orf59-202ENST00000483320 1709 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.95■■□□□ 1.42
VMP1Q96GC9 RUNDC3A-206ENST00000590941 1675 ntTSL 1 (best) BASIC23.95■■□□□ 1.42
VMP1Q96GC9 MAPKAPK2-201ENST00000294981 2171 ntTSL 1 (best) BASIC23.95■■□□□ 1.42
VMP1Q96GC9 P2RX2-203ENST00000350048 1344 ntTSL 1 (best) BASIC23.94■■□□□ 1.42
VMP1Q96GC9 AL121749.1-202ENST00000609313 2153 ntBASIC23.94■■□□□ 1.42
VMP1Q96GC9 HSD17B1-201ENST00000225929 1265 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.94■■□□□ 1.42
VMP1Q96GC9 CPNE1-202ENST00000352393 2147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.94■■□□□ 1.42
VMP1Q96GC9 GDI1-215ENST00000630693 786 ntTSL 4 BASIC23.94■■□□□ 1.42
VMP1Q96GC9 HSD11B1L-202ENST00000339423 1660 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.94■■□□□ 1.42
VMP1Q96GC9 WHAMMP2-203ENST00000563942 1603 ntBASIC23.94■■□□□ 1.42
VMP1Q96GC9 FOXE3-201ENST00000335071 1981 ntAPPRIS P1 BASIC23.94■■□□□ 1.42
VMP1Q96GC9 WSB2-201ENST00000315436 2646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.94■■□□□ 1.42
VMP1Q96GC9 RRAD-202ENST00000420652 1476 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.94■■□□□ 1.42
VMP1Q96GC9 OTUD5-208ENST00000610466 2487 ntTSL 5 BASIC23.93■■□□□ 1.42
VMP1Q96GC9 VEGFC-202ENST00000618562 2064 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.93■■□□□ 1.42
VMP1Q96GC9 PLPPR3-201ENST00000359894 2387 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.93■■□□□ 1.42
VMP1Q96GC9 REXO4-202ENST00000371942 2360 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.93■■□□□ 1.42
VMP1Q96GC9 EFEMP2-201ENST00000307998 2034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.93■■□□□ 1.42
VMP1Q96GC9 AC231981.1-201ENST00000450917 974 ntTSL 3 BASIC23.93■■□□□ 1.42
VMP1Q96GC9 CR559946.2-201ENST00000623684 991 ntBASIC23.93■■□□□ 1.42
VMP1Q96GC9 SLC16A11-201ENST00000308009 1803 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.93■■□□□ 1.42
VMP1Q96GC9 RHOC-202ENST00000339083 1418 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.93■■□□□ 1.42
VMP1Q96GC9 SLC35D2-203ENST00000375259 1361 ntTSL 1 (best) BASIC23.92■■□□□ 1.42
VMP1Q96GC9 GADD45G-201ENST00000252506 1065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.92■■□□□ 1.42
VMP1Q96GC9 C2orf88-204ENST00000409870 1441 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.92■■□□□ 1.42
VMP1Q96GC9 RUNX2-203ENST00000371436 1588 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.91■■□□□ 1.42
VMP1Q96GC9 RANBP1-202ENST00000402752 1132 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.91■■□□□ 1.42
VMP1Q96GC9 MBP-237ENST00000579129 1052 ntTSL 5 BASIC23.91■■□□□ 1.42
VMP1Q96GC9 PRELID2-207ENST00000511435 1894 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC23.91■■□□□ 1.42
VMP1Q96GC9 HOXB3-212ENST00000498678 2196 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.91■■□□□ 1.42
VMP1Q96GC9 ATF4-201ENST00000337304 2019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.9■■□□□ 1.42
VMP1Q96GC9 ACOT12-204ENST00000513751 612 ntTSL 1 (best) BASIC23.9■■□□□ 1.42
VMP1Q96GC9 AP004833.2-201ENST00000532228 1454 ntBASIC23.89■■□□□ 1.42
VMP1Q96GC9 TNFRSF25-204ENST00000356876 1625 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.89■■□□□ 1.42
VMP1Q96GC9 ING2-201ENST00000302327 1189 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.89■■□□□ 1.41
VMP1Q96GC9 AC016575.1-201ENST00000607026 382 ntBASIC23.89■■□□□ 1.41
VMP1Q96GC9 NKX2-1-204ENST00000522719 1417 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.89■■□□□ 1.41
VMP1Q96GC9 TAZ-205ENST00000475699 1862 ntTSL 1 (best) BASIC23.89■■□□□ 1.41
VMP1Q96GC9 RCAN1-201ENST00000313806 2490 ntTSL 1 (best) BASIC23.88■■□□□ 1.41
VMP1Q96GC9 CAAP1-205ENST00000520187 773 ntTSL 5 BASIC23.88■■□□□ 1.41
VMP1Q96GC9 CAPNS1-211ENST00000590874 926 ntTSL 5 BASIC23.88■■□□□ 1.41
VMP1Q96GC9 FGF18-201ENST00000274625 1986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.88■■□□□ 1.41
VMP1Q96GC9 MARCKSL1-201ENST00000329421 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.88■■□□□ 1.41
VMP1Q96GC9 ESRRA-203ENST00000406310 2218 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.87■■□□□ 1.41
VMP1Q96GC9 SLC35D2-201ENST00000253270 1613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.87■■□□□ 1.41
VMP1Q96GC9 WTAP-206ENST00000621533 2109 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.87■■□□□ 1.41
VMP1Q96GC9 ANKRD16-201ENST00000191063 1567 ntTSL 3 BASIC23.86■■□□□ 1.41
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 18.1 ms