Protein–RNA interactions for Protein: Q8IX90

SKA3, Spindle and kinetochore-associated protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 412 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SKA3Q8IX90 DERA-201ENST00000428559 1705 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
SKA3Q8IX90 LINC01971-201ENST00000617888 1048 ntBASIC22.38■■□□□ 1.17
SKA3Q8IX90 C2orf88-204ENST00000409870 1441 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.38■■□□□ 1.17
SKA3Q8IX90 ZDHHC16-201ENST00000345745 1519 ntTSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
SKA3Q8IX90 ZNF470-206ENST00000601902 1640 ntTSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
SKA3Q8IX90 EIF5A-202ENST00000336458 1511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
SKA3Q8IX90 HS3ST6-201ENST00000454677 1273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
SKA3Q8IX90 FTCD-201ENST00000291670 1905 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
SKA3Q8IX90 ZDHHC23-206ENST00000498275 2055 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.34■■□□□ 1.17
SKA3Q8IX90 GSX2-202ENST00000503800 1181 ntTSL 5 BASIC22.34■■□□□ 1.17
SKA3Q8IX90 FKBP1A-210ENST00000614856 562 ntTSL 2 BASIC22.34■■□□□ 1.17
SKA3Q8IX90 SMARCD3-203ENST00000392811 2018 ntTSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
SKA3Q8IX90 RUNX2-203ENST00000371436 1588 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.33■■□□□ 1.17
SKA3Q8IX90 LACTB-201ENST00000261893 1972 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
SKA3Q8IX90 AC231981.1-201ENST00000450917 974 ntTSL 3 BASIC22.33■■□□□ 1.17
SKA3Q8IX90 C11orf95-204ENST00000546282 390 ntTSL 3 BASIC22.33■■□□□ 1.17
SKA3Q8IX90 MAGI2-211ENST00000535697 6146 ntTSL 5 BASIC22.33■■□□□ 1.17
SKA3Q8IX90 SENP3-201ENST00000321337 2611 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.16
SKA3Q8IX90 PLSCR3-209ENST00000574401 2032 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.16
SKA3Q8IX90 GPR75-ASB3-201ENST00000406625 2113 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.32■■□□□ 1.16
SKA3Q8IX90 DUX4L11-201ENST00000611504 1267 ntBASIC22.32■■□□□ 1.16
SKA3Q8IX90 DUX4L12-201ENST00000614593 1267 ntBASIC22.32■■□□□ 1.16
SKA3Q8IX90 DUX4L14-201ENST00000621227 1267 ntBASIC22.32■■□□□ 1.16
SKA3Q8IX90 MXRA7-203ENST00000449428 1881 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
SKA3Q8IX90 BMP8A-201ENST00000331593 1692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
SKA3Q8IX90 OVOL2-201ENST00000278780 1555 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
SKA3Q8IX90 U2AF2-206ENST00000590551 1104 ntTSL 3 BASIC22.31■■□□□ 1.16
SKA3Q8IX90 CHML-204ENST00000638121 920 ntTSL 2 BASIC22.31■■□□□ 1.16
SKA3Q8IX90 FEZ1-201ENST00000278919 1748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
SKA3Q8IX90 TMEM150A-202ENST00000334462 1518 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
SKA3Q8IX90 MNX1-201ENST00000252971 2174 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
SKA3Q8IX90 MTCH1-201ENST00000373616 2006 ntTSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
SKA3Q8IX90 CDH23-208ENST00000461841 2000 ntTSL 5 BASIC22.3■■□□□ 1.16
SKA3Q8IX90 PCK2-202ENST00000396973 1830 ntTSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
SKA3Q8IX90 GSR-206ENST00000546342 1482 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
SKA3Q8IX90 EMID1-203ENST00000404820 2118 ntTSL 5 BASIC22.29■■□□□ 1.16
SKA3Q8IX90 RHOC-202ENST00000339083 1418 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
SKA3Q8IX90 RRNAD1-201ENST00000368216 2254 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
SKA3Q8IX90 SNX15-202ENST00000377244 1939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
SKA3Q8IX90 C5orf66-AS1-201ENST00000507035 843 ntTSL 2 BASIC22.28■■□□□ 1.16
SKA3Q8IX90 SPIRE1-202ENST00000409402 5665 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
SKA3Q8IX90 PROC-203ENST00000409048 1586 ntTSL 5 BASIC22.28■■□□□ 1.16
SKA3Q8IX90 NFYB-205ENST00000551727 1727 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.28■■□□□ 1.16
SKA3Q8IX90 TBCC-201ENST00000372876 1616 ntAPPRIS P1 BASIC22.28■■□□□ 1.16
SKA3Q8IX90 AC142086.6-201ENST00000621154 1765 ntBASIC22.27■■□□□ 1.16
SKA3Q8IX90 FAH-213ENST00000561421 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
SKA3Q8IX90 AC110285.7-201ENST00000624417 1536 ntBASIC22.27■■□□□ 1.16
SKA3Q8IX90 GSX1-201ENST00000302945 1663 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
SKA3Q8IX90 EBPL-201ENST00000242827 914 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
SKA3Q8IX90 PDCD2-209ENST00000542896 1082 ntTSL 2 BASIC22.27■■□□□ 1.16
SKA3Q8IX90 DUX4L13-201ENST00000554103 1267 ntBASIC22.27■■□□□ 1.16
SKA3Q8IX90 DUX4L15-201ENST00000611059 1267 ntBASIC22.27■■□□□ 1.16
SKA3Q8IX90 DUX4L23-201ENST00000615195 1269 ntBASIC22.27■■□□□ 1.16
SKA3Q8IX90 DUX4L24-201ENST00000617576 1269 ntBASIC22.27■■□□□ 1.16
SKA3Q8IX90 DUX4L22-201ENST00000618238 1269 ntBASIC22.27■■□□□ 1.16
SKA3Q8IX90 DUX4L20-201ENST00000619712 1269 ntBASIC22.27■■□□□ 1.16
SKA3Q8IX90 DUX4L21-201ENST00000622058 1269 ntBASIC22.27■■□□□ 1.16
SKA3Q8IX90 DUX4L10-201ENST00000622460 1267 ntBASIC22.27■■□□□ 1.16
SKA3Q8IX90 DUX4L25-201ENST00000624915 1269 ntBASIC22.27■■□□□ 1.16
SKA3Q8IX90 RTN2-202ENST00000344680 2063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
SKA3Q8IX90 AP002414.2-202ENST00000590929 1450 ntBASIC22.27■■□□□ 1.16
SKA3Q8IX90 HOMER2-202ENST00000450735 1950 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.15
SKA3Q8IX90 TSPOAP1-AS1-203ENST00000579527 2042 ntTSL 2 BASIC22.26■■□□□ 1.15
SKA3Q8IX90 BMP7-204ENST00000450594 1857 ntTSL 2 BASIC22.26■■□□□ 1.15
SKA3Q8IX90 ANKRD16-201ENST00000191063 1567 ntTSL 3 BASIC22.26■■□□□ 1.15
SKA3Q8IX90 NXNL1-201ENST00000301944 946 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
SKA3Q8IX90 MIR7108-201ENST00000614319 87 ntBASIC22.26■■□□□ 1.15
SKA3Q8IX90 TMEM9-201ENST00000367330 1959 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
SKA3Q8IX90 MTMR1-214ENST00000542156 1227 ntTSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
SKA3Q8IX90 RNF166-209ENST00000567844 633 ntTSL 5 BASIC22.25■■□□□ 1.15
SKA3Q8IX90 NRBF2-202ENST00000435510 1816 ntTSL 2 BASIC22.24■■□□□ 1.15
SKA3Q8IX90 AC135731.1-201ENST00000569415 2548 ntBASIC22.24■■□□□ 1.15
SKA3Q8IX90 RRAD-202ENST00000420652 1476 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
SKA3Q8IX90 TMEM147-202ENST00000392204 935 ntTSL 2 BASIC22.24■■□□□ 1.15
SKA3Q8IX90 RANBP1-202ENST00000402752 1132 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
SKA3Q8IX90 SSBP3-202ENST00000357475 1533 ntTSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
SKA3Q8IX90 PLPPR3-201ENST00000359894 2387 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
SKA3Q8IX90 TMEM187-201ENST00000369982 1880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
SKA3Q8IX90 AC013394.1-201ENST00000629685 808 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.23■■□□□ 1.15
SKA3Q8IX90 CTBP1-201ENST00000290921 2297 ntTSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
SKA3Q8IX90 TCF24-201ENST00000563496 2450 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.22■■□□□ 1.15
SKA3Q8IX90 PLSCR3-202ENST00000535512 2067 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
SKA3Q8IX90 PLSCR3-214ENST00000619711 2066 ntTSL 5 BASIC22.22■■□□□ 1.15
SKA3Q8IX90 HTR6-201ENST00000289753 1984 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
SKA3Q8IX90 CLEC3B-202ENST00000428034 752 ntTSL 2 BASIC22.21■■□□□ 1.15
SKA3Q8IX90 TXNL4A-208ENST00000588162 752 ntTSL 2 BASIC22.21■■□□□ 1.15
SKA3Q8IX90 MFSD12-202ENST00000389395 2039 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
SKA3Q8IX90 SERPING1-205ENST00000403558 2231 ntTSL 5 BASIC22.21■■□□□ 1.15
SKA3Q8IX90 FAM220A-206ENST00000616824 2211 ntTSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
SKA3Q8IX90 CAAP1-205ENST00000520187 773 ntTSL 5 BASIC22.2■■□□□ 1.14
SKA3Q8IX90 PEX7-203ENST00000541292 945 ntTSL 5 BASIC22.2■■□□□ 1.14
SKA3Q8IX90 SLC35D2-203ENST00000375259 1361 ntTSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
SKA3Q8IX90 DCDC2C-201ENST00000399143 1476 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.2■■□□□ 1.14
SKA3Q8IX90 HOMER3-202ENST00000392351 1557 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
SKA3Q8IX90 DDAH2-212ENST00000375789 1688 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.18■■□□□ 1.14
SKA3Q8IX90 DDAH2-213ENST00000375792 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
SKA3Q8IX90 C14orf80-203ENST00000354560 1553 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
SKA3Q8IX90 P2RX2-203ENST00000350048 1344 ntTSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
SKA3Q8IX90 ING2-201ENST00000302327 1189 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
SKA3Q8IX90 AGPS-202ENST00000409888 815 ntTSL 4 BASIC22.18■■□□□ 1.14
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 24 ms