Protein–RNA interactions for Protein: Q07699

SCN1B, Sodium channel subunit beta-1, humanhuman

Predictions only

Length 218 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SCN1BQ07699 GLRB-203ENST00000509282 1757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
SCN1BQ07699 CLPTM1L-201ENST00000320895 2500 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
SCN1BQ07699 FSD1-201ENST00000221856 1831 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
SCN1BQ07699 PCBD2-201ENST00000254908 1223 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
SCN1BQ07699 GNAS-207ENST00000354359 1975 ntTSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
SCN1BQ07699 GNAS-210ENST00000371085 1972 ntTSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
SCN1BQ07699 C11orf80-210ENST00000527634 1666 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.35■■□□□ 1.17
SCN1BQ07699 TSPOAP1-AS1-205ENST00000580022 2337 ntTSL 2 BASIC22.34■■□□□ 1.17
SCN1BQ07699 PREB-201ENST00000260643 2166 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
SCN1BQ07699 ACAA1-220ENST00000627515 1862 ntTSL 5 BASIC22.34■■□□□ 1.17
SCN1BQ07699 ANO1-202ENST00000355303 4790 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
SCN1BQ07699 ARMC10-202ENST00000323716 2635 ntTSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
SCN1BQ07699 INPP5A-202ENST00000368593 1432 ntTSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
SCN1BQ07699 PROC-203ENST00000409048 1586 ntTSL 5 BASIC22.33■■□□□ 1.16
SCN1BQ07699 NRXN1-205ENST00000401710 2873 ntTSL 5 BASIC22.32■■□□□ 1.16
SCN1BQ07699 TRADD-201ENST00000345057 1877 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
SCN1BQ07699 CTSA-203ENST00000372459 1972 ntTSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
SCN1BQ07699 C8orf58-206ENST00000614574 1955 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.32■■□□□ 1.16
SCN1BQ07699 PCK2-202ENST00000396973 1830 ntTSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
SCN1BQ07699 ANKRD65-205ENST00000537107 2190 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.31■■□□□ 1.16
SCN1BQ07699 AC020928.2-201ENST00000588717 2197 ntBASIC22.31■■□□□ 1.16
SCN1BQ07699 MXD3-203ENST00000439742 1483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
SCN1BQ07699 GNPTAB-202ENST00000392919 760 ntTSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
SCN1BQ07699 AC091060.1-201ENST00000623524 1766 ntBASIC22.3■■□□□ 1.16
SCN1BQ07699 XKR6-201ENST00000297303 1550 ntTSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
SCN1BQ07699 AC068152.1-210ENST00000574741 836 ntTSL 3 BASIC22.3■■□□□ 1.16
SCN1BQ07699 NHLRC4-201ENST00000424439 2097 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.3■■□□□ 1.16
SCN1BQ07699 AGPAT2-202ENST00000371696 1512 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
SCN1BQ07699 C11orf95-202ENST00000433688 5716 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.3■■□□□ 1.16
SCN1BQ07699 CARS2-201ENST00000257347 1879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
SCN1BQ07699 TOP1MT-208ENST00000519148 1868 ntTSL 2 BASIC22.3■■□□□ 1.16
SCN1BQ07699 ABHD17A-202ENST00000292577 1757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
SCN1BQ07699 DSG2-201ENST00000261590 5831 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
SCN1BQ07699 FAM78B-202ENST00000354422 1475 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.29■■□□□ 1.16
SCN1BQ07699 HOXB3-211ENST00000490677 1109 ntTSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
SCN1BQ07699 NPAS3-206ENST00000548645 2926 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
SCN1BQ07699 AC093323.1-202ENST00000635031 2045 ntBASIC22.28■■□□□ 1.16
SCN1BQ07699 PPP1R14C-201ENST00000361131 2152 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
SCN1BQ07699 AMZ2-201ENST00000359783 1722 ntTSL 5 BASIC22.28■■□□□ 1.16
SCN1BQ07699 LTK-203ENST00000453182 2412 ntTSL 2 BASIC22.27■■□□□ 1.16
SCN1BQ07699 MAD2L2-201ENST00000235310 1860 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.27■■□□□ 1.16
SCN1BQ07699 HOXD-AS2-202ENST00000440016 999 ntTSL 5 BASIC22.27■■□□□ 1.16
SCN1BQ07699 SIN3B-209ENST00000596802 2556 ntTSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
SCN1BQ07699 GRIN2D-201ENST00000263269 5093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
SCN1BQ07699 DCAF15-201ENST00000254337 2278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
SCN1BQ07699 EBF4-210ENST00000609451 2012 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.26■■□□□ 1.15
SCN1BQ07699 NPTXR-202ENST00000640136 1503 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
SCN1BQ07699 RILPL1-205ENST00000636882 2258 ntTSL 5 BASIC22.26■■□□□ 1.15
SCN1BQ07699 F8A3-201ENST00000622749 1759 ntAPPRIS P1 BASIC22.25■■□□□ 1.15
SCN1BQ07699 ACSS1-202ENST00000376726 2244 ntTSL 2 BASIC22.25■■□□□ 1.15
SCN1BQ07699 KCNQ3-202ENST00000519445 2801 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.25■■□□□ 1.15
SCN1BQ07699 AC234582.1-201ENST00000447623 923 ntTSL 5 BASIC22.25■■□□□ 1.15
SCN1BQ07699 RUNX2-203ENST00000371436 1588 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.25■■□□□ 1.15
SCN1BQ07699 RHOC-208ENST00000369642 1355 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
SCN1BQ07699 TRIOBP-203ENST00000403663 2324 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
SCN1BQ07699 AC097358.2-201ENST00000607541 1159 ntBASIC22.24■■□□□ 1.15
SCN1BQ07699 AEBP2-204ENST00000398864 5099 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
SCN1BQ07699 KLC1-203ENST00000347839 2271 ntTSL 5 BASIC22.24■■□□□ 1.15
SCN1BQ07699 SLCO3A1-201ENST00000318445 5115 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
SCN1BQ07699 SP8-202ENST00000418710 1618 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
SCN1BQ07699 NAGS-201ENST00000293404 2182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
SCN1BQ07699 MKNK2-202ENST00000309340 1744 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
SCN1BQ07699 LINC01003-201ENST00000564834 1764 ntBASIC22.23■■□□□ 1.15
SCN1BQ07699 PDIA6-201ENST00000272227 2338 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
SCN1BQ07699 ANKS1B-203ENST00000341752 2115 ntTSL 2 BASIC22.23■■□□□ 1.15
SCN1BQ07699 ATP5G2-208ENST00000552242 1950 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
SCN1BQ07699 ABHD17C-202ENST00000558464 1976 ntTSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
SCN1BQ07699 PIM3-201ENST00000360612 2369 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
SCN1BQ07699 ATP5G2-201ENST00000338662 1792 ntTSL 2 BASIC22.22■■□□□ 1.15
SCN1BQ07699 ST6GALNAC2-201ENST00000225276 2170 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
SCN1BQ07699 UCK1-204ENST00000372215 2167 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
SCN1BQ07699 ALG2-203ENST00000476832 1880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
SCN1BQ07699 VRK2-202ENST00000412104 1916 ntTSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
SCN1BQ07699 SNX5-201ENST00000377759 2270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
SCN1BQ07699 AC006486.1-201ENST00000594664 634 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.21■■□□□ 1.15
SCN1BQ07699 UBE2L6-201ENST00000287156 1354 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
SCN1BQ07699 KLF15-201ENST00000296233 2574 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
SCN1BQ07699 NOP53-201ENST00000246802 1528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
SCN1BQ07699 MXRA7-203ENST00000449428 1881 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
SCN1BQ07699 NADK2-210ENST00000514504 1233 ntTSL 5 BASIC22.2■■□□□ 1.14
SCN1BQ07699 FAH-213ENST00000561421 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
SCN1BQ07699 PPP1CC-208ENST00000551676 1581 ntTSL 2 BASIC22.2■■□□□ 1.14
SCN1BQ07699 SLC35A1-203ENST00000369557 1653 ntTSL 2 BASIC22.2■■□□□ 1.14
SCN1BQ07699 MARCH11-201ENST00000332432 1741 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.2■■□□□ 1.14
SCN1BQ07699 TBC1D10A-201ENST00000215790 2077 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
SCN1BQ07699 EBPL-202ENST00000378268 680 ntTSL 3 BASIC22.19■■□□□ 1.14
SCN1BQ07699 NXPH4-201ENST00000349394 1804 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
SCN1BQ07699 PINK1-201ENST00000321556 2660 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
SCN1BQ07699 HTRA1-201ENST00000368984 2120 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
SCN1BQ07699 FAM66E-202ENST00000533615 2087 ntTSL 2 BASIC22.18■■□□□ 1.14
SCN1BQ07699 PIP5K1C-203ENST00000539785 2289 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.18■■□□□ 1.14
SCN1BQ07699 RUNX2-210ENST00000576263 2256 ntTSL 5 BASIC22.17■■□□□ 1.14
SCN1BQ07699 AL391121.1-201ENST00000607967 1349 ntBASIC22.17■■□□□ 1.14
SCN1BQ07699 PCSK6-218ENST00000619160 3093 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
SCN1BQ07699 PMS1-205ENST00000409985 1882 ntTSL 2 BASIC22.17■■□□□ 1.14
SCN1BQ07699 DNMT3A-206ENST00000406659 1775 ntTSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
SCN1BQ07699 GAL3ST1-204ENST00000402369 1712 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.17■■□□□ 1.14
SCN1BQ07699 DERA-201ENST00000428559 1705 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
SCN1BQ07699 DUSP14-206ENST00000617516 1537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
SCN1BQ07699 AC145676.1-201ENST00000514988 2004 ntBASIC22.16■■□□□ 1.14
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 180.5 ms