Protein–RNA interactions for Protein: O43542

XRCC3, DNA repair protein XRCC3, humanhuman

Predictions only

Length 346 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
XRCC3O43542 CRIP1-201ENST00000330233 1311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.73■■□□□ 1.07
XRCC3O43542 EBF4-210ENST00000609451 2012 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.72■■□□□ 1.07
XRCC3O43542 ITPKA-201ENST00000260386 1824 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.72■■□□□ 1.07
XRCC3O43542 NELFB-201ENST00000343053 2698 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.72■■□□□ 1.07
XRCC3O43542 AL139393.1-201ENST00000417479 573 ntTSL 5 BASIC21.72■■□□□ 1.07
XRCC3O43542 HSF1-204ENST00000528838 2142 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.72■■□□□ 1.07
XRCC3O43542 CD6-206ENST00000452451 1782 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.71■■□□□ 1.07
XRCC3O43542 ACSS1-203ENST00000432802 2438 ntTSL 2 BASIC21.71■■□□□ 1.07
XRCC3O43542 EBAG9-202ENST00000395785 1467 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.71■■□□□ 1.07
XRCC3O43542 ARTN-201ENST00000372354 1003 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.71■■□□□ 1.07
XRCC3O43542 UBAC1-201ENST00000371756 1867 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.71■■□□□ 1.07
XRCC3O43542 KLF3-AS1-202ENST00000440181 2368 ntTSL 2 BASIC21.7■■□□□ 1.07
XRCC3O43542 AP002414.2-202ENST00000590929 1450 ntBASIC21.7■■□□□ 1.06
XRCC3O43542 CDPF1-201ENST00000314567 1875 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.69■■□□□ 1.06
XRCC3O43542 NPAS3-203ENST00000357798 2763 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.69■■□□□ 1.06
XRCC3O43542 MAZ-202ENST00000322945 2532 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.69■■□□□ 1.06
XRCC3O43542 ALG2-203ENST00000476832 1880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.69■■□□□ 1.06
XRCC3O43542 DNAH9-209ENST00000579828 1986 ntTSL 2 BASIC21.68■■□□□ 1.06
XRCC3O43542 FANCE-201ENST00000229769 2554 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
XRCC3O43542 NRARP-201ENST00000356628 1770 ntAPPRIS P1 BASIC21.67■■□□□ 1.06
XRCC3O43542 COQ2-202ENST00000311469 1641 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
XRCC3O43542 SSU72-201ENST00000291386 1290 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
XRCC3O43542 PWWP2B-201ENST00000305233 2651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
XRCC3O43542 SHD-201ENST00000543264 2577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
XRCC3O43542 CLPTM1L-201ENST00000320895 2500 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
XRCC3O43542 BIN1-210ENST00000393041 2272 ntTSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
XRCC3O43542 COMMD3-201ENST00000376836 1342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
XRCC3O43542 NRTN-201ENST00000303212 1109 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
XRCC3O43542 LY6K-203ENST00000519387 963 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.66■■□□□ 1.06
XRCC3O43542 AL355297.4-201ENST00000603191 1249 ntTSL 3 BASIC21.66■■□□□ 1.06
XRCC3O43542 AC145676.1-201ENST00000514988 2004 ntBASIC21.66■■□□□ 1.06
XRCC3O43542 TSEN34-204ENST00000429671 1912 ntTSL 2 BASIC21.66■■□□□ 1.06
XRCC3O43542 RTN2-208ENST00000590526 2357 ntTSL 5 BASIC21.66■■□□□ 1.06
XRCC3O43542 NOXA1-201ENST00000341349 1678 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
XRCC3O43542 ACSS1-202ENST00000376726 2244 ntTSL 2 BASIC21.65■■□□□ 1.06
XRCC3O43542 GATA4-209ENST00000622443 1982 ntTSL 5 BASIC21.65■■□□□ 1.06
XRCC3O43542 C14orf80-205ENST00000392523 1845 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.06
XRCC3O43542 NRGN-202ENST00000412681 1106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.06
XRCC3O43542 LDLRAD4-218ENST00000592991 1640 ntTSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.06
XRCC3O43542 IRAK1-205ENST00000429936 2127 ntTSL 5 BASIC21.64■■□□□ 1.06
XRCC3O43542 BBC3-204ENST00000449228 1827 ntTSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.05
XRCC3O43542 RHOC-208ENST00000369642 1355 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
XRCC3O43542 ETS1-201ENST00000319397 2231 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
XRCC3O43542 PPP1R14C-201ENST00000361131 2152 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
XRCC3O43542 ATRAID-201ENST00000380171 1240 ntTSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
XRCC3O43542 MAF-203ENST00000569649 1217 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.63■■□□□ 1.05
XRCC3O43542 PLEKHA8-201ENST00000258679 2293 ntTSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
XRCC3O43542 PPM1B-202ENST00000345249 1713 ntTSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
XRCC3O43542 CEBPB-201ENST00000303004 1956 ntAPPRIS P1 BASIC21.62■■□□□ 1.05
XRCC3O43542 AC234582.1-201ENST00000447623 923 ntTSL 5 BASIC21.62■■□□□ 1.05
XRCC3O43542 DHFR-203ENST00000505337 1719 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.62■■□□□ 1.05
XRCC3O43542 AC020928.2-201ENST00000588717 2197 ntBASIC21.62■■□□□ 1.05
XRCC3O43542 EID2-201ENST00000390658 1629 ntAPPRIS P1 BASIC21.62■■□□□ 1.05
XRCC3O43542 PICALM-224ENST00000630913 2261 ntTSL 5 BASIC21.62■■□□□ 1.05
XRCC3O43542 C8orf58-206ENST00000614574 1955 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.61■■□□□ 1.05
XRCC3O43542 FLT1-202ENST00000539099 1911 ntTSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
XRCC3O43542 CIB1-201ENST00000328649 1247 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
XRCC3O43542 CCNYL1-205ENST00000420822 952 ntTSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
XRCC3O43542 HOXD-AS2-202ENST00000440016 999 ntTSL 5 BASIC21.61■■□□□ 1.05
XRCC3O43542 CIB1-202ENST00000612800 1096 ntTSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
XRCC3O43542 INPP4A-203ENST00000409463 1565 ntTSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
XRCC3O43542 CAPN10-208ENST00000404753 2570 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.6■■□□□ 1.05
XRCC3O43542 PKM-204ENST00000449901 2526 ntTSL 2 BASIC21.6■■□□□ 1.05
XRCC3O43542 CHPT1-201ENST00000229266 1585 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
XRCC3O43542 DUSP14-206ENST00000617516 1537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
XRCC3O43542 ATPAF1-201ENST00000329231 1241 ntTSL 2 BASIC21.59■■□□□ 1.05
XRCC3O43542 GSTP1-202ENST00000398606 965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
XRCC3O43542 ATP6V1E2-204ENST00000522587 1559 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.59■■□□□ 1.05
XRCC3O43542 AMIGO1-201ENST00000369862 2229 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.58■■□□□ 1.05
XRCC3O43542 MBD2-202ENST00000398398 1237 ntTSL 2 BASIC21.58■■□□□ 1.05
XRCC3O43542 CDK2AP1-203ENST00000535979 1281 ntTSL 3 BASIC21.58■■□□□ 1.05
XRCC3O43542 MBD2-205ENST00000583046 1182 ntTSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.05
XRCC3O43542 RAD21-AS1-201ENST00000521487 2010 ntTSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.04
XRCC3O43542 GSR-206ENST00000546342 1482 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.04
XRCC3O43542 MAP3K3-210ENST00000584573 2480 ntTSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
XRCC3O43542 CIB2-201ENST00000258930 1598 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
XRCC3O43542 ZFPM1-201ENST00000319555 5380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
XRCC3O43542 SNX5-201ENST00000377759 2270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
XRCC3O43542 SP5-201ENST00000375281 2033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
XRCC3O43542 MAD2L2-201ENST00000235310 1860 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.56■■□□□ 1.04
XRCC3O43542 MYPOP-201ENST00000322217 1890 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
XRCC3O43542 HTR6-201ENST00000289753 1984 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
XRCC3O43542 KLC1-203ENST00000347839 2271 ntTSL 5 BASIC21.56■■□□□ 1.04
XRCC3O43542 NPC2-207ENST00000555619 1035 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
XRCC3O43542 C8orf58-202ENST00000409586 2021 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.56■■□□□ 1.04
XRCC3O43542 HSD11B1L-209ENST00000577917 1553 ntTSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
XRCC3O43542 FBXO45-201ENST00000311630 5899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
XRCC3O43542 DLX2-202ENST00000466293 1852 ntTSL 2 BASIC21.56■■□□□ 1.04
XRCC3O43542 SLC35D2-201ENST00000253270 1613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
XRCC3O43542 UBE2J2-202ENST00000349431 1733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
XRCC3O43542 AC018358.1-201ENST00000631079 1402 ntBASIC21.55■■□□□ 1.04
XRCC3O43542 LGALS3-201ENST00000254301 1146 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
XRCC3O43542 LINC00588-201ENST00000521663 1875 ntTSL 2 BASIC21.54■■□□□ 1.04
XRCC3O43542 TSKU-201ENST00000333090 2712 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
XRCC3O43542 PCYT2-202ENST00000538721 1765 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
XRCC3O43542 AC009690.3-201ENST00000569547 1902 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.53■■□□□ 1.04
XRCC3O43542 OTUD5-203ENST00000396743 2682 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
XRCC3O43542 RPUSD1-208ENST00000567114 1835 ntTSL 2 BASIC21.52■■□□□ 1.04
XRCC3O43542 FBXL8-206ENST00000519917 1460 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.52■■□□□ 1.04
XRCC3O43542 BAMBI-201ENST00000375533 1877 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 31.9 ms