Protein–RNA interactions for Protein: Q96JC1

VPS39, Vam6/Vps39-like protein, humanhuman

Predictions only

Length 886 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS39Q96JC1 NAPA-210ENST00000595227 1460 ntTSL 3 BASIC19.2■□□□□ 0.66
VPS39Q96JC1 PDLIM2-204ENST00000397760 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.2■□□□□ 0.66
VPS39Q96JC1 FER1L4-211ENST00000616283 1818 ntTSL 1 (best) BASIC19.2■□□□□ 0.66
VPS39Q96JC1 PPP2R5A-201ENST00000261461 3128 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.2■□□□□ 0.66
VPS39Q96JC1 ARHGAP26-201ENST00000274498 6862 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.2■□□□□ 0.66
VPS39Q96JC1 UMOD-201ENST00000302509 2477 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC19.19■□□□□ 0.66
VPS39Q96JC1 KRT81-201ENST00000327741 1929 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.19■□□□□ 0.66
VPS39Q96JC1 MAP3K6-207ENST00000493901 4309 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.19■□□□□ 0.66
VPS39Q96JC1 TLK2-202ENST00000343388 3227 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.19■□□□□ 0.66
VPS39Q96JC1 DIO3-201ENST00000510508 2102 ntAPPRIS P1 BASIC19.19■□□□□ 0.66
VPS39Q96JC1 CDCA7L-203ENST00000406877 3066 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.19■□□□□ 0.66
VPS39Q96JC1 OGFOD2-207ENST00000536150 1956 ntTSL 2 BASIC19.19■□□□□ 0.66
VPS39Q96JC1 CYTH1-209ENST00000589296 2159 ntTSL 5 BASIC19.19■□□□□ 0.66
VPS39Q96JC1 GPR142-201ENST00000335666 1437 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.19■□□□□ 0.66
VPS39Q96JC1 KRT18-202ENST00000388837 1420 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.19■□□□□ 0.66
VPS39Q96JC1 SOWAHC-201ENST00000356454 4657 ntAPPRIS P1 BASIC19.19■□□□□ 0.66
VPS39Q96JC1 RBPJL-203ENST00000372743 1623 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.19■□□□□ 0.66
VPS39Q96JC1 PGAM1-201ENST00000334828 1830 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.19■□□□□ 0.66
VPS39Q96JC1 KLHDC4-203ENST00000347925 1821 ntTSL 1 (best) BASIC19.19■□□□□ 0.66
VPS39Q96JC1 FAM57A-201ENST00000301324 2013 ntTSL 1 (best) BASIC19.19■□□□□ 0.66
VPS39Q96JC1 PRR5-ARHGAP8-201ENST00000352766 2043 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.19■□□□□ 0.66
VPS39Q96JC1 PPP1R3F-202ENST00000376188 2443 ntTSL 2 BASIC19.19■□□□□ 0.66
VPS39Q96JC1 TWF1-201ENST00000395510 3045 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.19■□□□□ 0.66
VPS39Q96JC1 COL5A3-201ENST00000264828 6174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.19■□□□□ 0.66
VPS39Q96JC1 PIP4K2A-202ENST00000376573 3802 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.19■□□□□ 0.66
VPS39Q96JC1 MAP1LC3A-203ENST00000397709 698 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC19.19■□□□□ 0.66
VPS39Q96JC1 ASMTL-AS1-203ENST00000425740 840 ntTSL 2 BASIC19.19■□□□□ 0.66
VPS39Q96JC1 AC092171.1-201ENST00000455866 753 ntTSL 2 BASIC19.19■□□□□ 0.66
VPS39Q96JC1 TSPAN14-209ENST00000481124 808 ntTSL 2 BASIC19.19■□□□□ 0.66
VPS39Q96JC1 AC090192.1-201ENST00000517740 490 ntBASIC19.19■□□□□ 0.66
VPS39Q96JC1 JOSD2-202ENST00000595669 733 ntTSL 2 BASIC19.19■□□□□ 0.66
VPS39Q96JC1 INO80E-214ENST00000620599 515 ntTSL 2 BASIC19.19■□□□□ 0.66
VPS39Q96JC1 KXD1-202ENST00000539106 1496 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC19.19■□□□□ 0.66
VPS39Q96JC1 ST6GALNAC4-201ENST00000335791 1691 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.19■□□□□ 0.66
VPS39Q96JC1 EP300-201ENST00000263253 9587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.19■□□□□ 0.66
VPS39Q96JC1 WNK1-203ENST00000447667 1902 ntTSL 1 (best) BASIC19.19■□□□□ 0.66
VPS39Q96JC1 HEXDC-201ENST00000327949 1733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.19■□□□□ 0.66
VPS39Q96JC1 B4GALT1-202ENST00000535206 1535 ntTSL 1 (best) BASIC19.19■□□□□ 0.66
VPS39Q96JC1 RENBP-201ENST00000369997 1322 ntTSL 5 BASIC19.19■□□□□ 0.66
VPS39Q96JC1 SLC22A23-203ENST00000406686 5658 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC19.19■□□□□ 0.66
VPS39Q96JC1 MAN2A1-201ENST00000261483 4667 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.19■□□□□ 0.66
VPS39Q96JC1 CFAP100-203ENST00000505024 1994 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.19■□□□□ 0.66
VPS39Q96JC1 TSPAN3-210ENST00000561277 1592 ntTSL 5 BASIC19.19■□□□□ 0.66
VPS39Q96JC1 ADORA2A-214ENST00000611543 2412 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.19■□□□□ 0.66
VPS39Q96JC1 IL15-208ENST00000529613 1355 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.19■□□□□ 0.66
VPS39Q96JC1 CLMP-201ENST00000448775 5072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.18■□□□□ 0.66
VPS39Q96JC1 AGAP4-201ENST00000311652 2715 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.18■□□□□ 0.66
VPS39Q96JC1 CHRNA4-201ENST00000370263 5577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.18■□□□□ 0.66
VPS39Q96JC1 NFS1-214ENST00000541387 1436 ntTSL 2 BASIC19.18■□□□□ 0.66
VPS39Q96JC1 LTBP1-203ENST00000404816 6333 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC19.18■□□□□ 0.66
VPS39Q96JC1 WWOX-205ENST00000539474 1670 ntTSL 5 BASIC19.18■□□□□ 0.66
VPS39Q96JC1 TDRKH-203ENST00000368824 2824 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.18■□□□□ 0.66
VPS39Q96JC1 TMEM53-205ENST00000372244 1472 ntTSL 2 BASIC19.18■□□□□ 0.66
VPS39Q96JC1 TMEM8B-204ENST00000439587 2150 ntTSL 1 (best) BASIC19.18■□□□□ 0.66
VPS39Q96JC1 GDF5OS-201ENST00000374375 1734 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.18■□□□□ 0.66
VPS39Q96JC1 MCC-208ENST00000514701 2855 ntTSL 2 BASIC19.18■□□□□ 0.66
VPS39Q96JC1 CFL1-211ENST00000531407 1062 ntTSL 2 BASIC19.18■□□□□ 0.66
VPS39Q96JC1 AC142086.2-201ENST00000569753 217 ntBASIC19.18■□□□□ 0.66
VPS39Q96JC1 CES1P1-204ENST00000574030 877 ntTSL 1 (best) BASIC19.18■□□□□ 0.66
VPS39Q96JC1 TIMM50-213ENST00000599794 786 ntTSL 2 BASIC19.18■□□□□ 0.66
VPS39Q96JC1 SMAGP-206ENST00000604188 433 ntTSL 3 BASIC19.18■□□□□ 0.66
VPS39Q96JC1 ZNFX1-203ENST00000371754 5235 ntTSL 1 (best) BASIC19.18■□□□□ 0.66
VPS39Q96JC1 FP475955.4-201ENST00000623131 1990 ntBASIC19.18■□□□□ 0.66
VPS39Q96JC1 HOXD11-201ENST00000249504 1533 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC19.18■□□□□ 0.66
VPS39Q96JC1 NRN1-204ENST00000622188 1795 ntTSL 2 BASIC19.18■□□□□ 0.66
VPS39Q96JC1 SLC38A8-201ENST00000299709 1308 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.18■□□□□ 0.66
VPS39Q96JC1 IRX1P1-201ENST00000438849 1838 ntBASIC19.18■□□□□ 0.66
VPS39Q96JC1 LRRC27-203ENST00000368613 2113 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.18■□□□□ 0.66
VPS39Q96JC1 ESPN-205ENST00000461727 1869 ntTSL 1 (best) BASIC19.18■□□□□ 0.66
VPS39Q96JC1 CTSH-201ENST00000220166 2190 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.17■□□□□ 0.66
VPS39Q96JC1 CTBP2-214ENST00000531469 1918 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.17■□□□□ 0.66
VPS39Q96JC1 KIF21B-203ENST00000422435 5519 ntTSL 1 (best) BASIC19.17■□□□□ 0.66
VPS39Q96JC1 C4orf32-201ENST00000309733 8901 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.17■□□□□ 0.66
VPS39Q96JC1 TRPC1-203ENST00000476941 3061 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.17■□□□□ 0.66
VPS39Q96JC1 NAT6-204ENST00000443094 1464 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.17■□□□□ 0.66
VPS39Q96JC1 SAE1-201ENST00000270225 2049 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.17■□□□□ 0.66
VPS39Q96JC1 DOLPP1-203ENST00000406974 2037 ntTSL 2 BASIC19.17■□□□□ 0.66
VPS39Q96JC1 COX20-203ENST00000411948 2631 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.17■□□□□ 0.66
VPS39Q96JC1 SLC22A18-202ENST00000347936 1542 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.17■□□□□ 0.66
VPS39Q96JC1 AL390860.1-201ENST00000449298 1541 ntTSL 1 (best) BASIC19.17■□□□□ 0.66
VPS39Q96JC1 TMEM175-220ENST00000515740 1514 ntTSL 3 BASIC19.17■□□□□ 0.66
VPS39Q96JC1 SPON2-203ENST00000431380 1802 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.17■□□□□ 0.66
VPS39Q96JC1 C10orf76-201ENST00000311122 724 ntTSL 1 (best) BASIC19.17■□□□□ 0.66
VPS39Q96JC1 MRPS24-201ENST00000317534 707 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.17■□□□□ 0.66
VPS39Q96JC1 IFRD2-202ENST00000417626 2109 ntTSL 1 (best) BASIC19.17■□□□□ 0.66
VPS39Q96JC1 AC026427.1-201ENST00000508993 555 ntTSL 3 BASIC19.17■□□□□ 0.66
VPS39Q96JC1 LIMD2-206ENST00000578993 602 ntTSL 3 BASIC19.17■□□□□ 0.66
VPS39Q96JC1 AC104771.1-201ENST00000603335 964 ntBASIC19.17■□□□□ 0.66
VPS39Q96JC1 LYSMD4-210ENST00000545021 2431 ntTSL 4 BASIC19.17■□□□□ 0.66
VPS39Q96JC1 ISLR2-201ENST00000361742 4817 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.17■□□□□ 0.66
VPS39Q96JC1 GORASP1-220ENST00000479927 1345 ntTSL 2 BASIC19.17■□□□□ 0.66
VPS39Q96JC1 PRAF2-202ENST00000553851 1334 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.17■□□□□ 0.66
VPS39Q96JC1 PEX16-210ENST00000532681 1639 ntTSL 3 BASIC19.17■□□□□ 0.66
VPS39Q96JC1 LGALS9C-212ENST00000583322 1602 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC19.17■□□□□ 0.66
VPS39Q96JC1 USP39-202ENST00000409025 1946 ntTSL 5 BASIC19.17■□□□□ 0.66
VPS39Q96JC1 C16orf59-210ENST00000569496 1911 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.17■□□□□ 0.66
VPS39Q96JC1 NOMO3-202ENST00000399336 4356 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.17■□□□□ 0.66
VPS39Q96JC1 SASH1-201ENST00000367467 7711 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.17■□□□□ 0.66
VPS39Q96JC1 NOP14-AS1-202ENST00000505731 1999 ntTSL 2 BASIC19.17■□□□□ 0.66
VPS39Q96JC1 C6orf89-203ENST00000373685 1400 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.17■□□□□ 0.66
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 34.6 ms