Protein–RNA interactions for Protein: Q9NVE4

CCDC87, Coiled-coil domain-containing protein 87, humanhuman

Predictions only

Length 849 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC87Q9NVE4 AL603832.1-201ENST00000421943 449 ntTSL 5 BASIC24.3■■□□□ 1.48
CCDC87Q9NVE4 AL359747.1-201ENST00000442370 536 ntTSL 2 BASIC24.3■■□□□ 1.48
CCDC87Q9NVE4 LAMTOR4-205ENST00000468582 621 ntTSL 2 BASIC24.3■■□□□ 1.48
CCDC87Q9NVE4 SDHD-206ENST00000528182 754 ntTSL 3 BASIC24.3■■□□□ 1.48
CCDC87Q9NVE4 MIR3652-201ENST00000579335 131 ntBASIC24.3■■□□□ 1.48
CCDC87Q9NVE4 AC010463.1-201ENST00000596542 1207 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.3■■□□□ 1.48
CCDC87Q9NVE4 SMN2-213ENST00000614240 804 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.3■■□□□ 1.48
CCDC87Q9NVE4 TPST2-202ENST00000398110 1968 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.3■■□□□ 1.48
CCDC87Q9NVE4 KRT13-208ENST00000587544 1456 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
CCDC87Q9NVE4 SCRT2-201ENST00000246104 3577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
CCDC87Q9NVE4 TMC6-212ENST00000589553 2389 ntTSL 2 BASIC24.3■■□□□ 1.48
CCDC87Q9NVE4 GPAT2P1-201ENST00000444924 1672 ntBASIC24.3■■□□□ 1.48
CCDC87Q9NVE4 PPP4C-202ENST00000561610 1333 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
CCDC87Q9NVE4 MAGED2-203ENST00000375053 2066 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
CCDC87Q9NVE4 C17orf58-204ENST00000580729 2065 ntTSL 5 BASIC24.3■■□□□ 1.48
CCDC87Q9NVE4 RAB28-202ENST00000330852 1715 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
CCDC87Q9NVE4 ZNF815P-204ENST00000434898 1737 ntBASIC24.3■■□□□ 1.48
CCDC87Q9NVE4 RAB5C-202ENST00000393860 1912 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
CCDC87Q9NVE4 ATP5L-201ENST00000300688 1577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
CCDC87Q9NVE4 LMNB1-202ENST00000395354 1572 ntTSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
CCDC87Q9NVE4 FBXW9-203ENST00000587955 1437 ntTSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
CCDC87Q9NVE4 KLHDC4-227ENST00000622456 1422 ntTSL 5 BASIC24.29■■□□□ 1.48
CCDC87Q9NVE4 AP000662.2-202ENST00000530595 2790 ntTSL 2 BASIC24.29■■□□□ 1.48
CCDC87Q9NVE4 PTPRJ-201ENST00000418331 5122 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
CCDC87Q9NVE4 C17orf62-204ENST00000437807 2242 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.29■■□□□ 1.48
CCDC87Q9NVE4 PDE5A-201ENST00000264805 3020 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
CCDC87Q9NVE4 MRPL20-201ENST00000344843 721 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
CCDC87Q9NVE4 FIBP-202ENST00000357519 1248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
CCDC87Q9NVE4 KRTCAP3-202ENST00000407293 942 ntTSL 2 BASIC24.29■■□□□ 1.48
CCDC87Q9NVE4 AC034232.1-201ENST00000506026 1064 ntBASIC24.29■■□□□ 1.48
CCDC87Q9NVE4 AC135586.2-201ENST00000537262 567 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC24.29■■□□□ 1.48
CCDC87Q9NVE4 AC011773.3-202ENST00000549291 790 ntTSL 3 BASIC24.29■■□□□ 1.48
CCDC87Q9NVE4 PRELID1P1-202ENST00000567272 903 ntBASIC24.29■■□□□ 1.48
CCDC87Q9NVE4 ATP5D-207ENST00000591660 637 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.29■■□□□ 1.48
CCDC87Q9NVE4 AGAP2-AS1-201ENST00000542466 1500 ntTSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
CCDC87Q9NVE4 EGLN2-202ENST00000406058 2150 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
CCDC87Q9NVE4 PRDX3-201ENST00000298510 1591 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
CCDC87Q9NVE4 AGPAT2-205ENST00000538402 1357 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
CCDC87Q9NVE4 LINC01140-202ENST00000467438 2375 ntTSL 2 BASIC24.28■■□□□ 1.48
CCDC87Q9NVE4 FAM57B-204ENST00000564806 1710 ntTSL 2 BASIC24.28■■□□□ 1.48
CCDC87Q9NVE4 SLC50A1-201ENST00000303343 1137 ntTSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
CCDC87Q9NVE4 EFCAB2-203ENST00000366523 1233 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.28■■□□□ 1.48
CCDC87Q9NVE4 VCX3B-203ENST00000444481 812 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.28■■□□□ 1.48
CCDC87Q9NVE4 AC010655.4-201ENST00000462662 707 ntTSL 4 BASIC24.28■■□□□ 1.48
CCDC87Q9NVE4 AC020558.2-201ENST00000582325 795 ntTSL 3 BASIC24.28■■□□□ 1.48
CCDC87Q9NVE4 REXO2-220ENST00000611665 1158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
CCDC87Q9NVE4 VCX3A-203ENST00000612369 812 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.28■■□□□ 1.48
CCDC87Q9NVE4 ANAPC4-201ENST00000315368 2685 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
CCDC87Q9NVE4 AC140125.2-201ENST00000502515 1517 ntTSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
CCDC87Q9NVE4 TAF7-201ENST00000313368 2334 ntAPPRIS P1 BASIC24.28■■□□□ 1.48
CCDC87Q9NVE4 CHMP4A-201ENST00000347519 1393 ntTSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
CCDC87Q9NVE4 RUBCN-206ENST00000449205 1603 ntTSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
CCDC87Q9NVE4 BAALC-205ENST00000438105 2662 ntTSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
CCDC87Q9NVE4 IRF5-202ENST00000357234 1680 ntTSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
CCDC87Q9NVE4 ANKLE2-201ENST00000357997 4646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
CCDC87Q9NVE4 UBXN11-201ENST00000314675 2254 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.27■■□□□ 1.48
CCDC87Q9NVE4 AC007375.3-201ENST00000600936 2314 ntBASIC24.27■■□□□ 1.48
CCDC87Q9NVE4 NDUFS7-201ENST00000233627 1039 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
CCDC87Q9NVE4 CXCL12-204ENST00000395793 665 ntTSL 5 BASIC24.27■■□□□ 1.48
CCDC87Q9NVE4 CYHR1-203ENST00000424149 1162 ntTSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
CCDC87Q9NVE4 HELT-202ENST00000505610 846 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
CCDC87Q9NVE4 DNAJB6-218ENST00000634080 1005 ntTSL 2 BASIC24.27■■□□□ 1.48
CCDC87Q9NVE4 DACT1-201ENST00000335867 2571 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
CCDC87Q9NVE4 NEU4-205ENST00000407683 2273 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.27■■□□□ 1.48
CCDC87Q9NVE4 FAM50A-202ENST00000393600 1352 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
CCDC87Q9NVE4 CEL-201ENST00000372080 2384 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.27■■□□□ 1.48
CCDC87Q9NVE4 C6orf136-203ENST00000376473 1402 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
CCDC87Q9NVE4 SYT8-202ENST00000381968 1424 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC24.27■■□□□ 1.48
CCDC87Q9NVE4 GSX2-201ENST00000326902 1812 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
CCDC87Q9NVE4 USP12-201ENST00000282344 4511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
CCDC87Q9NVE4 AC004870.1-201ENST00000315132 882 ntBASIC24.26■■□□□ 1.47
CCDC87Q9NVE4 TCEAL2-201ENST00000329035 1080 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.26■■□□□ 1.47
CCDC87Q9NVE4 SUV39H2-202ENST00000354919 1233 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.26■■□□□ 1.47
CCDC87Q9NVE4 PVRIG2P-201ENST00000435460 978 ntBASIC24.26■■□□□ 1.47
CCDC87Q9NVE4 LINC02317-201ENST00000555413 426 ntTSL 3 BASIC24.26■■□□□ 1.47
CCDC87Q9NVE4 AC111152.3-201ENST00000569699 673 ntBASIC24.26■■□□□ 1.47
CCDC87Q9NVE4 LINC00092-202ENST00000580908 580 ntTSL 2 BASIC24.26■■□□□ 1.47
CCDC87Q9NVE4 AC024243.1-201ENST00000609234 778 ntBASIC24.26■■□□□ 1.47
CCDC87Q9NVE4 NDUFAB1-201ENST00000007516 717 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
CCDC87Q9NVE4 TMEM200B-202ENST00000521452 2501 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
CCDC87Q9NVE4 SKP2-208ENST00000546211 1589 ntTSL 5 BASIC24.25■■□□□ 1.47
CCDC87Q9NVE4 EARS2-206ENST00000563232 1709 ntTSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
CCDC87Q9NVE4 HMGN1-203ENST00000380748 829 ntTSL 3 BASIC24.25■■□□□ 1.47
CCDC87Q9NVE4 AC008878.4-201ENST00000602083 293 ntTSL 5 BASIC24.25■■□□□ 1.47
CCDC87Q9NVE4 AC124016.1-202ENST00000609575 619 ntTSL 2 BASIC24.25■■□□□ 1.47
CCDC87Q9NVE4 GABARAPL3-202ENST00000624044 1851 ntBASIC24.25■■□□□ 1.47
CCDC87Q9NVE4 C7orf43-201ENST00000316937 2520 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
CCDC87Q9NVE4 ATP5G2-208ENST00000552242 1950 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
CCDC87Q9NVE4 PAQR6-215ENST00000623241 1961 ntTSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
CCDC87Q9NVE4 SPRN-201ENST00000414069 3128 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
CCDC87Q9NVE4 MCTP2-205ENST00000543482 1422 ntTSL 2 BASIC24.25■■□□□ 1.47
CCDC87Q9NVE4 BEST4-201ENST00000372207 2047 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
CCDC87Q9NVE4 DNASE1L2-203ENST00000564065 2194 ntTSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
CCDC87Q9NVE4 KIF12-207ENST00000640217 2194 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC24.25■■□□□ 1.47
CCDC87Q9NVE4 AC036111.1-201ENST00000533973 1582 ntBASIC24.25■■□□□ 1.47
CCDC87Q9NVE4 ETV4-204ENST00000545089 1628 ntTSL 2 BASIC24.24■■□□□ 1.47
CCDC87Q9NVE4 AC026412.3-201ENST00000605200 1661 ntTSL 5 BASIC24.24■■□□□ 1.47
CCDC87Q9NVE4 CSNK1D-203ENST00000392334 2047 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
CCDC87Q9NVE4 SEC11C-202ENST00000509791 2054 ntTSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
CCDC87Q9NVE4 TMEM190-201ENST00000291934 593 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 30.4 ms