Protein–RNA interactions for Protein: P55344

LIM2, Lens fiber membrane intrinsic protein, humanhuman

Predictions only

Length 173 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIM2P55344 SDHAP1-207ENST00000440850 2000 ntBASIC18.26■□□□□ 0.51
LIM2P55344 ZNF582-207ENST00000619584 2297 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
LIM2P55344 YAP1-202ENST00000345877 5284 ntTSL 5 BASIC18.26■□□□□ 0.51
LIM2P55344 SOX15-201ENST00000250055 1396 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
LIM2P55344 MATN4-202ENST00000360607 2127 ntTSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
LIM2P55344 ACADS-202ENST00000411593 1398 ntTSL 2 BASIC18.26■□□□□ 0.51
LIM2P55344 PDZD3-203ENST00000525131 1882 ntTSL 2 BASIC18.26■□□□□ 0.51
LIM2P55344 PTBP1-220ENST00000627714 2201 ntTSL 5 BASIC18.26■□□□□ 0.51
LIM2P55344 TMEM214-203ENST00000404032 2830 ntTSL 2 BASIC18.26■□□□□ 0.51
LIM2P55344 MED15P9-202ENST00000427638 1841 ntTSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
LIM2P55344 DMRT2-204ENST00000382251 2292 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.25■□□□□ 0.51
LIM2P55344 PLD4-204ENST00000540372 2007 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.25■□□□□ 0.51
LIM2P55344 C6orf89-203ENST00000373685 1400 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.25■□□□□ 0.51
LIM2P55344 PTGES2-AS1-201ENST00000443493 2100 ntBASIC18.25■□□□□ 0.51
LIM2P55344 BRAF-201ENST00000288602 2480 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
LIM2P55344 DNAL4-201ENST00000216068 1504 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
LIM2P55344 ZNF346-201ENST00000358149 2314 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
LIM2P55344 PCDHA4-201ENST00000378125 2328 ntTSL 5 BASIC18.25■□□□□ 0.51
LIM2P55344 NOTCH2NL-204ENST00000579793 1954 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.25■□□□□ 0.51
LIM2P55344 LRPPRC-202ENST00000409659 1610 ntTSL 5 BASIC18.25■□□□□ 0.51
LIM2P55344 BIK-201ENST00000216115 953 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
LIM2P55344 CXCL3-201ENST00000296026 1075 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
LIM2P55344 PEX26-203ENST00000428061 815 ntTSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
LIM2P55344 AP000697.1-201ENST00000430607 339 ntTSL 5 BASIC18.25■□□□□ 0.51
LIM2P55344 REXO2-216ENST00000544196 452 ntTSL 3 BASIC18.25■□□□□ 0.51
LIM2P55344 CR392000.1-201ENST00000624770 1228 ntBASIC18.25■□□□□ 0.51
LIM2P55344 AC004408.2-201ENST00000623613 2777 ntBASIC18.25■□□□□ 0.51
LIM2P55344 MCIDAS-201ENST00000513312 1736 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
LIM2P55344 GTF3A-201ENST00000381140 1383 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
LIM2P55344 TRA2A-201ENST00000297071 1845 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
LIM2P55344 ASMTL-202ENST00000381333 2035 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.25■□□□□ 0.51
LIM2P55344 ITPKB-203ENST00000429204 6162 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.25■□□□□ 0.51
LIM2P55344 PLPBP-201ENST00000328195 2558 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
LIM2P55344 TREX2-203ENST00000338525 2116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
LIM2P55344 CTNND2-201ENST00000304623 5481 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
LIM2P55344 DSCC1-201ENST00000313655 2314 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
LIM2P55344 LMO4-202ENST00000370544 5405 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
LIM2P55344 CERS5-203ENST00000422340 2855 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.24■□□□□ 0.51
LIM2P55344 RAI14-201ENST00000265109 5092 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
LIM2P55344 AOC3-204ENST00000591562 2522 ntTSL 2 BASIC18.24■□□□□ 0.51
LIM2P55344 FAM99A-201ENST00000382167 1432 ntTSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
LIM2P55344 KRT16P1-201ENST00000399124 1418 ntBASIC18.24■□□□□ 0.51
LIM2P55344 LAMC3-202ENST00000361069 6133 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.24■□□□□ 0.51
LIM2P55344 KSR1-205ENST00000509603 2731 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.24■□□□□ 0.51
LIM2P55344 LGALS12-203ENST00000394618 1618 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
LIM2P55344 TM9SF1-203ENST00000524835 1938 ntTSL 2 BASIC18.24■□□□□ 0.51
LIM2P55344 ALDH7A1-215ENST00000553117 1935 ntTSL 2 BASIC18.24■□□□□ 0.51
LIM2P55344 ZKSCAN7-205ENST00000426540 2791 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.24■□□□□ 0.51
LIM2P55344 LYSMD4-202ENST00000344791 2885 ntTSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
LIM2P55344 TMEM223-201ENST00000307366 1288 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
LIM2P55344 AK2-201ENST00000354858 1021 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
LIM2P55344 AC004980.1-204ENST00000429707 299 ntBASIC18.24■□□□□ 0.51
LIM2P55344 CCK-203ENST00000434608 747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
LIM2P55344 PPP1R14BP5-201ENST00000440334 435 ntBASIC18.24■□□□□ 0.51
LIM2P55344 AP001412.1-201ENST00000608405 714 ntBASIC18.24■□□□□ 0.51
LIM2P55344 AC131212.4-201ENST00000623606 975 ntBASIC18.24■□□□□ 0.51
LIM2P55344 SAMD11-211ENST00000616125 2230 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.24■□□□□ 0.51
LIM2P55344 TMEM53-202ENST00000372237 2310 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
LIM2P55344 HSDL1-202ENST00000434463 1493 ntTSL 2 BASIC18.24■□□□□ 0.51
LIM2P55344 ASGR1-208ENST00000574388 1552 ntTSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
LIM2P55344 MELTF-202ENST00000296351 1650 ntTSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
LIM2P55344 LIMS2-204ENST00000409286 1678 ntTSL 2 BASIC18.24■□□□□ 0.51
LIM2P55344 PTOV1-AS1-201ENST00000596521 2155 ntTSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
LIM2P55344 LAPTM4B-204ENST00000619747 2758 ntTSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
LIM2P55344 RPL7-202ENST00000396465 1308 ntTSL 3 BASIC18.23■□□□□ 0.51
LIM2P55344 SLC22A18-202ENST00000347936 1542 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
LIM2P55344 SLC27A3-214ENST00000624995 2413 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
LIM2P55344 METRN-204ENST00000568223 3325 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
LIM2P55344 CAPZB-202ENST00000264203 2068 ntTSL 2 BASIC18.23■□□□□ 0.51
LIM2P55344 FAR2P2-204ENST00000424873 2070 ntTSL 2 BASIC18.23■□□□□ 0.51
LIM2P55344 HIBADH-201ENST00000265395 1990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
LIM2P55344 NAT6-204ENST00000443094 1464 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
LIM2P55344 LIME1-201ENST00000309546 1178 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
LIM2P55344 C7orf50-201ENST00000357429 1294 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
LIM2P55344 NKAIN4-201ENST00000370307 793 ntTSL 5 BASIC18.23■□□□□ 0.51
LIM2P55344 VKORC1-204ENST00000394971 664 ntTSL 5 BASIC18.23■□□□□ 0.51
LIM2P55344 FAM197Y1-201ENST00000421178 764 ntBASIC18.23■□□□□ 0.51
LIM2P55344 NME6-209ENST00000442597 757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
LIM2P55344 AC137630.1-201ENST00000452042 782 ntTSL 4 BASIC18.23■□□□□ 0.51
LIM2P55344 AC092718.1-201ENST00000501068 1088 ntTSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
LIM2P55344 CXCL2-202ENST00000508487 1218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
LIM2P55344 AL359399.1-201ENST00000557610 462 ntTSL 3 BASIC18.23■□□□□ 0.51
LIM2P55344 ISG20-210ENST00000560741 800 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.23■□□□□ 0.51
LIM2P55344 AC044860.1-201ENST00000560756 1160 ntTSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
LIM2P55344 CD177P1-201ENST00000606252 935 ntBASIC18.23■□□□□ 0.51
LIM2P55344 AC113410.3-201ENST00000623366 203 ntBASIC18.23■□□□□ 0.51
LIM2P55344 AL049637.2-201ENST00000641778 930 ntBASIC18.23■□□□□ 0.51
LIM2P55344 ADORA2A-215ENST00000618076 2630 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
LIM2P55344 SPON2-203ENST00000431380 1802 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.23■□□□□ 0.51
LIM2P55344 TXNRD3-205ENST00000640797 1824 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.23■□□□□ 0.51
LIM2P55344 EIF3B-202ENST00000397011 2966 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
LIM2P55344 PRELID3A-201ENST00000336990 1715 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.23■□□□□ 0.51
LIM2P55344 PRELID3A-202ENST00000440960 1716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
LIM2P55344 EIF4E3-201ENST00000295612 2764 ntTSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
LIM2P55344 TUBA8-201ENST00000316027 1518 ntTSL 2 BASIC18.23■□□□□ 0.51
LIM2P55344 WISP2-201ENST00000190983 1403 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
LIM2P55344 AL032819.2-201ENST00000624543 2162 ntBASIC18.23■□□□□ 0.51
LIM2P55344 ILDR2-203ENST00000469934 1950 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.22■□□□□ 0.51
LIM2P55344 RTN4-201ENST00000317610 2333 ntTSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
LIM2P55344 COLEC12-201ENST00000400256 5742 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 37.2 ms