Protein–RNA interactions for Protein: Q96CM3

RPUSD4, Mitochondrial RNA pseudouridine synthase RPUSD4, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 377 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
RPUSD4Q96CM3 TMEM54-202ENST00000373463 999 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
RPUSD4Q96CM3 ZNF292-204ENST00000392985 1096 ntTSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
RPUSD4Q96CM3 NDUFB2-207ENST00000465506 1101 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
RPUSD4Q96CM3 AC021660.2-201ENST00000502999 388 ntTSL 3 BASIC15.32■□□□□ 0.04
RPUSD4Q96CM3 FGF8-207ENST00000618991 856 ntTSL 3 BASIC15.32■□□□□ 0.04
RPUSD4Q96CM3 NCOA6-207ENST00000616167 3271 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.32■□□□□ 0.04
RPUSD4Q96CM3 C21orf58-203ENST00000397680 2624 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.32■□□□□ 0.04
RPUSD4Q96CM3 ANKRD65-201ENST00000427211 1976 ntTSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
RPUSD4Q96CM3 FDXR-204ENST00000442102 1967 ntTSL 2 BASIC15.32■□□□□ 0.04
RPUSD4Q96CM3 MIXL1-201ENST00000366810 2005 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
RPUSD4Q96CM3 RIN1-205ENST00000530056 2122 ntTSL 2 BASIC15.32■□□□□ 0.04
RPUSD4Q96CM3 USP45-202ENST00000329966 1444 ntTSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
RPUSD4Q96CM3 TBCB-201ENST00000221855 1473 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
RPUSD4Q96CM3 LEFTY2-201ENST00000366820 2287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
RPUSD4Q96CM3 GAS2L1P2-202ENST00000442849 2262 ntTSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
RPUSD4Q96CM3 SAR1B-208ENST00000507419 2287 ntTSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
RPUSD4Q96CM3 IRAK3-203ENST00000545837 1579 ntTSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
RPUSD4Q96CM3 BORCS6-201ENST00000389017 2575 ntAPPRIS P1 BASIC15.31■□□□□ 0.04
RPUSD4Q96CM3 SMIM4-203ENST00000477703 1770 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
RPUSD4Q96CM3 NUF2-208ENST00000524800 1845 ntTSL 5 BASIC15.31■□□□□ 0.04
RPUSD4Q96CM3 APOLD1-202ENST00000356591 4646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
RPUSD4Q96CM3 AP005717.1-201ENST00000500705 1899 ntTSL 5 BASIC15.31■□□□□ 0.04
RPUSD4Q96CM3 NEUROD2-201ENST00000302584 2041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
RPUSD4Q96CM3 N4BP2L1-210ENST00000613078 2032 ntTSL 5 BASIC15.31■□□□□ 0.04
RPUSD4Q96CM3 SH3BP4-202ENST00000392011 5194 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
RPUSD4Q96CM3 ITGB7-209ENST00000550743 2138 ntTSL 5 BASIC15.31■□□□□ 0.04
RPUSD4Q96CM3 WNT5B-201ENST00000310594 2184 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
RPUSD4Q96CM3 ADARB1-202ENST00000360697 6604 ntTSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
RPUSD4Q96CM3 HNRNPM-201ENST00000325495 2494 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
RPUSD4Q96CM3 AC019068.1-201ENST00000415226 552 ntTSL 4 BASIC15.31■□□□□ 0.04
RPUSD4Q96CM3 PPM1N-207ENST00000451287 1293 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.31■□□□□ 0.04
RPUSD4Q96CM3 COL19A1-203ENST00000478620 589 ntTSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
RPUSD4Q96CM3 RPL29-209ENST00000495383 713 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.31■□□□□ 0.04
RPUSD4Q96CM3 SEC23A-213ENST00000557280 561 ntTSL 4 BASIC15.31■□□□□ 0.04
RPUSD4Q96CM3 AC243732.1-201ENST00000612648 864 ntBASIC15.31■□□□□ 0.04
RPUSD4Q96CM3 AP001160.5-201ENST00000636508 485 ntAPPRIS P1 BASIC15.31■□□□□ 0.04
RPUSD4Q96CM3 COBL-201ENST00000265136 5291 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
RPUSD4Q96CM3 NTRK2-207ENST00000376214 5608 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.31■□□□□ 0.04
RPUSD4Q96CM3 GPR137-201ENST00000313074 1485 ntTSL 5 BASIC15.31■□□□□ 0.04
RPUSD4Q96CM3 GPR137-203ENST00000411458 1495 ntTSL 2 BASIC15.31■□□□□ 0.04
RPUSD4Q96CM3 PSMD8-201ENST00000215071 1553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
RPUSD4Q96CM3 NELFE-202ENST00000375429 1584 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
RPUSD4Q96CM3 HOXA4-202ENST00000428284 1595 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.31■□□□□ 0.04
RPUSD4Q96CM3 METTL21A-203ENST00000411432 4805 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.31■□□□□ 0.04
RPUSD4Q96CM3 B3GALNT1-212ENST00000488170 1660 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
RPUSD4Q96CM3 ZNF821-211ENST00000564134 1748 ntTSL 5 BASIC15.31■□□□□ 0.04
RPUSD4Q96CM3 PGAM1-201ENST00000334828 1830 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
RPUSD4Q96CM3 CLK1-205ENST00000434813 2026 ntTSL 2 BASIC15.31■□□□□ 0.04
RPUSD4Q96CM3 AC090164.3-201ENST00000610780 2143 ntBASIC15.31■□□□□ 0.04
RPUSD4Q96CM3 AATF-208ENST00000619387 2141 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
RPUSD4Q96CM3 MARK4-210ENST00000620044 2105 ntTSL 5 BASIC15.31■□□□□ 0.04
RPUSD4Q96CM3 UBE2K-203ENST00000445950 2175 ntTSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
RPUSD4Q96CM3 SPC24-206ENST00000592540 2315 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
RPUSD4Q96CM3 PTTG1IP-204ENST00000445724 2497 ntTSL 2 BASIC15.31■□□□□ 0.04
RPUSD4Q96CM3 B4GALT2-202ENST00000356836 2629 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.3■□□□□ 0.04
RPUSD4Q96CM3 IGF2-205ENST00000416167 5585 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
RPUSD4Q96CM3 TRAF4-201ENST00000262395 2923 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
RPUSD4Q96CM3 AC012313.1-201ENST00000593393 3059 ntBASIC15.3■□□□□ 0.04
RPUSD4Q96CM3 C3orf58-201ENST00000315691 4346 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
RPUSD4Q96CM3 FAM83E-201ENST00000263266 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
RPUSD4Q96CM3 FICD-201ENST00000361549 1816 ntTSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
RPUSD4Q96CM3 CCDC160-201ENST00000370809 1299 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.3■□□□□ 0.04
RPUSD4Q96CM3 P2RY6-203ENST00000393591 1829 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
RPUSD4Q96CM3 GPT-202ENST00000394955 1885 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
RPUSD4Q96CM3 SUGCT-202ENST00000401647 1369 ntTSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
RPUSD4Q96CM3 KRT19P1-201ENST00000405746 1186 ntBASIC15.3■□□□□ 0.04
RPUSD4Q96CM3 VAV2-203ENST00000406606 4691 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
RPUSD4Q96CM3 PLEKHB2-204ENST00000409158 2277 ntTSL 2 BASIC15.3■□□□□ 0.04
RPUSD4Q96CM3 KRTAP5-2-201ENST00000412090 1118 ntAPPRIS P1 BASIC15.3■□□□□ 0.04
RPUSD4Q96CM3 KANSL1L-203ENST00000418791 3562 ntTSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
RPUSD4Q96CM3 KCNK4-202ENST00000422670 1697 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
RPUSD4Q96CM3 AC007322.3-201ENST00000426526 701 ntBASIC15.3■□□□□ 0.04
RPUSD4Q96CM3 NEBL-AS1-202ENST00000439097 661 ntTSL 2 BASIC15.3■□□□□ 0.04
RPUSD4Q96CM3 DCAF8-211ENST00000475733 1426 ntTSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
RPUSD4Q96CM3 MARCH1-203ENST00000503008 5877 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
RPUSD4Q96CM3 TM9SF1-203ENST00000524835 1938 ntTSL 2 BASIC15.3■□□□□ 0.04
RPUSD4Q96CM3 NUMBL-202ENST00000540131 1931 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.3■□□□□ 0.04
RPUSD4Q96CM3 KRT18-207ENST00000550600 1696 ntTSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
RPUSD4Q96CM3 SLC7A5P1-201ENST00000568957 537 ntBASIC15.3■□□□□ 0.04
RPUSD4Q96CM3 C19orf84-201ENST00000570516 788 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
RPUSD4Q96CM3 CPNE9-205ENST00000613455 1742 ntTSL 5 BASIC15.3■□□□□ 0.04
RPUSD4Q96CM3 RBM17P2-201ENST00000616397 1405 ntBASIC15.3■□□□□ 0.04
RPUSD4Q96CM3 FAM217A-208ENST00000639338 1929 ntTSL 5 BASIC15.3■□□□□ 0.04
RPUSD4Q96CM3 FO681492.1-201ENST00000623662 5321 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC15.3■□□□□ 0.04
RPUSD4Q96CM3 CLIC6-201ENST00000349499 3806 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
RPUSD4Q96CM3 PRDM8-203ENST00000504452 3706 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.3■□□□□ 0.04
RPUSD4Q96CM3 ZFP91-201ENST00000316059 5220 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
RPUSD4Q96CM3 SLC43A1-201ENST00000278426 2598 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
RPUSD4Q96CM3 APH1A-202ENST00000360244 2353 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
RPUSD4Q96CM3 PIGV-201ENST00000078527 2367 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
RPUSD4Q96CM3 PDLIM4-201ENST00000253754 2282 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
RPUSD4Q96CM3 NFATC4-220ENST00000555393 2235 ntTSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
RPUSD4Q96CM3 TMEM8B-204ENST00000439587 2150 ntTSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
RPUSD4Q96CM3 TINAGL1-202ENST00000457433 2140 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.29■□□□□ 0.04
RPUSD4Q96CM3 TLCD2-201ENST00000330676 5971 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.29■□□□□ 0.04
RPUSD4Q96CM3 L2HGDH-203ENST00000421284 1958 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.29■□□□□ 0.04
RPUSD4Q96CM3 GABRB3-202ENST00000311550 5781 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
RPUSD4Q96CM3 C3orf33-201ENST00000340171 1884 ntTSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
RPUSD4Q96CM3 ST3GAL4-203ENST00000392669 1724 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
RPUSD4Q96CM3 TSEN15-203ENST00000423085 1743 ntTSL 2 BASIC15.29■□□□□ 0.04
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 43.3 ms