Protein–RNA interactions for Protein: P49639

HOXA1, Homeobox protein Hox-A1, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 335 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXA1P49639 PCDH7-201ENST00000361762 6403 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
HOXA1P49639 HNF4A-205ENST00000443598 1603 ntTSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
HOXA1P49639 ATF5-202ENST00000595125 1637 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.98■□□□□ 0.15
HOXA1P49639 PYCR1-216ENST00000619204 1904 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
HOXA1P49639 PCDHA8-202ENST00000531613 5260 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
HOXA1P49639 SNAP23-201ENST00000249647 2687 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
HOXA1P49639 SPSB1-201ENST00000328089 3120 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
HOXA1P49639 GAB1-201ENST00000262994 2648 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
HOXA1P49639 VMO1-204ENST00000441199 741 ntTSL 2 BASIC15.98■□□□□ 0.15
HOXA1P49639 UGDH-206ENST00000507089 1712 ntTSL 2 BASIC15.98■□□□□ 0.15
HOXA1P49639 RASGEF1B-208ENST00000510780 539 ntTSL 3 BASIC15.98■□□□□ 0.15
HOXA1P49639 RASGEF1B-209ENST00000512343 498 ntTSL 3 BASIC15.98■□□□□ 0.15
HOXA1P49639 DM1-AS-203ENST00000590076 730 ntTSL 4 BASIC15.98■□□□□ 0.15
HOXA1P49639 OR6D1P-202ENST00000641007 5290 ntBASIC15.98■□□□□ 0.15
HOXA1P49639 PLCH2-203ENST00000378486 4837 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
HOXA1P49639 PLCH2-204ENST00000419816 4837 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.98■□□□□ 0.15
HOXA1P49639 FBXW11-202ENST00000296933 4539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
HOXA1P49639 MEN1-205ENST00000377316 2868 ntTSL 5 BASIC15.98■□□□□ 0.15
HOXA1P49639 ZBTB9-201ENST00000395064 2716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
HOXA1P49639 EPB41L2-211ENST00000525271 2568 ntTSL 2 BASIC15.98■□□□□ 0.15
HOXA1P49639 TBC1D19-201ENST00000264866 2263 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
HOXA1P49639 STARD3-219ENST00000580611 1989 ntTSL 5 BASIC15.98■□□□□ 0.15
HOXA1P49639 TMC6-201ENST00000306591 1681 ntTSL 5 BASIC15.98■□□□□ 0.15
HOXA1P49639 ZNF697-201ENST00000421812 5041 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.98■□□□□ 0.15
HOXA1P49639 PIP4K2A-202ENST00000376573 3802 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
HOXA1P49639 NRXN1-209ENST00000405581 5078 ntTSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
HOXA1P49639 ACVR1B-203ENST00000426655 1782 ntTSL 2 BASIC15.98■□□□□ 0.15
HOXA1P49639 IL17RC-206ENST00000416074 2342 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
HOXA1P49639 TRIM9-201ENST00000298355 5284 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
HOXA1P49639 CAPZB-205ENST00000433834 1462 ntTSL 2 BASIC15.97■□□□□ 0.15
HOXA1P49639 ENC1-201ENST00000302351 5520 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
HOXA1P49639 CTBP2-205ENST00000411419 2036 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
HOXA1P49639 RWDD4-202ENST00000327570 2590 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC15.97■□□□□ 0.15
HOXA1P49639 HBEGF-201ENST00000230990 2386 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
HOXA1P49639 FAM3A-215ENST00000447601 1800 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
HOXA1P49639 P2RX2-204ENST00000351222 1140 ntTSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
HOXA1P49639 PRSS3-202ENST00000361005 966 ntTSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
HOXA1P49639 BRD2-214ENST00000496118 735 ntTSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
HOXA1P49639 AP001972.3-201ENST00000530792 495 ntTSL 3 BASIC15.97■□□□□ 0.15
HOXA1P49639 SNAP23-214ENST00000567094 834 ntTSL 3 BASIC15.97■□□□□ 0.15
HOXA1P49639 AC007993.2-201ENST00000592842 521 ntTSL 4 BASIC15.97■□□□□ 0.15
HOXA1P49639 HAS1-203ENST00000594621 760 ntTSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
HOXA1P49639 SAXO1-202ENST00000380534 2099 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
HOXA1P49639 MSANTD2-202ENST00000374979 2349 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
HOXA1P49639 CDH5-204ENST00000563425 1932 ntTSL 5 BASIC15.97■□□□□ 0.15
HOXA1P49639 ZNF534-201ENST00000301085 1525 ntTSL 2 BASIC15.97■□□□□ 0.15
HOXA1P49639 PARP12-201ENST00000263549 3796 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
HOXA1P49639 ANTXR1-202ENST00000409349 1384 ntTSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
HOXA1P49639 EEPD1-201ENST00000242108 4765 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
HOXA1P49639 AC013275.1-201ENST00000413602 2019 ntTSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
HOXA1P49639 TTLL10-203ENST00000379290 2283 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
HOXA1P49639 GAL3ST4-201ENST00000360039 2537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
HOXA1P49639 CYP21A1P-202ENST00000354927 1481 ntBASIC15.97■□□□□ 0.15
HOXA1P49639 VSTM2A-204ENST00000407838 3112 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.97■□□□□ 0.15
HOXA1P49639 TBC1D4-202ENST00000377636 6364 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.96■□□□□ 0.15
HOXA1P49639 SHANK1-201ENST00000293441 6643 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
HOXA1P49639 FOXN3-209ENST00000555353 1595 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
HOXA1P49639 PRR16-201ENST00000379551 1826 ntTSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
HOXA1P49639 AC005906.2-203ENST00000640962 2091 ntTSL 5 BASIC15.96■□□□□ 0.15
HOXA1P49639 LGI4-201ENST00000310123 2814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
HOXA1P49639 AC133785.1-201ENST00000429282 2824 ntTSL 2 BASIC15.96■□□□□ 0.15
HOXA1P49639 AC006064.2-201ENST00000501075 2196 ntTSL 2 BASIC15.96■□□□□ 0.15
HOXA1P49639 L1CAM-205ENST00000370060 5113 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC15.96■□□□□ 0.15
HOXA1P49639 DTX2-201ENST00000324432 2769 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
HOXA1P49639 PWWP2AP1-201ENST00000429776 2273 ntBASIC15.96■□□□□ 0.15
HOXA1P49639 LRRC58-201ENST00000295628 7903 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
HOXA1P49639 DDX51-202ENST00000397333 4718 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
HOXA1P49639 NIPAL2-202ENST00000430223 4496 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
HOXA1P49639 GGT2-201ENST00000401924 2366 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.96■□□□□ 0.15
HOXA1P49639 C14orf79-202ENST00000547315 2370 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
HOXA1P49639 LYRM9-201ENST00000379102 501 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.96■□□□□ 0.15
HOXA1P49639 BMP1-204ENST00000397814 836 ntTSL 4 BASIC15.96■□□□□ 0.15
HOXA1P49639 ABHD14A-204ENST00000491470 674 ntTSL 3 BASIC15.96■□□□□ 0.15
HOXA1P49639 LYRM9-206ENST00000508862 807 ntTSL 3 BASIC15.96■□□□□ 0.15
HOXA1P49639 AC016888.1-201ENST00000585285 565 ntTSL 3 BASIC15.96■□□□□ 0.15
HOXA1P49639 AL591742.1-201ENST00000604433 565 ntBASIC15.96■□□□□ 0.15
HOXA1P49639 SMARCC2-203ENST00000394023 4271 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
HOXA1P49639 ELN-207ENST00000380562 2240 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
HOXA1P49639 AC135050.7-201ENST00000624508 2218 ntBASIC15.96■□□□□ 0.15
HOXA1P49639 RAD23A-203ENST00000586534 1746 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
HOXA1P49639 CCDC157-201ENST00000338306 3001 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.96■□□□□ 0.15
HOXA1P49639 CASKIN2-201ENST00000321617 5015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
HOXA1P49639 ASB6-202ENST00000277459 2180 ntTSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.14
HOXA1P49639 PTOV1-AS1-201ENST00000596521 2155 ntTSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.14
HOXA1P49639 NBL1-210ENST00000615215 2160 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.14
HOXA1P49639 AL512625.1-201ENST00000305709 2541 ntTSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.14
HOXA1P49639 CASD1-201ENST00000297273 3942 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.14
HOXA1P49639 MOK-201ENST00000361847 1940 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.14
HOXA1P49639 ADAD1-202ENST00000388724 1912 ntTSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.14
HOXA1P49639 HDAC1-201ENST00000373548 2124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
HOXA1P49639 CPEB2-207ENST00000507071 2103 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
HOXA1P49639 TREX1-205ENST00000625293 1783 ntBASIC15.95■□□□□ 0.14
HOXA1P49639 AC022916.1-201ENST00000590478 2658 ntTSL 2 BASIC15.95■□□□□ 0.14
HOXA1P49639 RARRES1-201ENST00000237696 1952 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
HOXA1P49639 ACD-201ENST00000219251 2052 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.95■□□□□ 0.14
HOXA1P49639 SLC3A2-206ENST00000535296 2084 ntTSL 5 BASIC15.95■□□□□ 0.14
HOXA1P49639 NRBP1-203ENST00000379852 2163 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
HOXA1P49639 CBR1-201ENST00000290349 1293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
HOXA1P49639 UBE2D3-201ENST00000321805 1087 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.95■□□□□ 0.14
HOXA1P49639 RTCA-202ENST00000370126 538 ntTSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 18.9 ms