Protein–RNA interactions for Protein: Q13428

TCOF1, Treacle protein, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 1,488 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TCOF1Q13428 SCFD2-204ENST00000611795 1320 ntTSL 5 BASIC29.2■■■□□ 2.26
TCOF1Q13428 LINC00304-201ENST00000321214 2243 ntTSL 2 BASIC29.2■■■□□ 2.26
TCOF1Q13428 GPR137-204ENST00000438980 1596 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.19■■■□□ 2.26
TCOF1Q13428 FAM87B-201ENST00000326734 1947 ntTSL 2 BASIC29.19■■■□□ 2.26
TCOF1Q13428 MLF2-202ENST00000435120 1379 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.19■■■□□ 2.26
TCOF1Q13428 CHTOP-204ENST00000368694 2096 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.19■■■□□ 2.26
TCOF1Q13428 PLBD1-201ENST00000240617 2426 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.19■■■□□ 2.26
TCOF1Q13428 DGCR6L-201ENST00000248879 1154 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.19■■■□□ 2.26
TCOF1Q13428 SCGB3A1-201ENST00000292641 521 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.19■■■□□ 2.26
TCOF1Q13428 CCK-201ENST00000334681 830 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.19■■■□□ 2.26
TCOF1Q13428 FAM8A6P-201ENST00000407496 1135 ntBASIC29.19■■■□□ 2.26
TCOF1Q13428 EEF2KMT-206ENST00000587133 873 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC29.19■■■□□ 2.26
TCOF1Q13428 AC215522.2-202ENST00000633163 1143 ntTSL 5 BASIC29.19■■■□□ 2.26
TCOF1Q13428 RABEPK-202ENST00000373538 1504 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.19■■■□□ 2.26
TCOF1Q13428 ACAP3-201ENST00000353662 2280 ntTSL 1 (best) BASIC29.19■■■□□ 2.26
TCOF1Q13428 ZNF331-202ENST00000411977 2248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.19■■■□□ 2.26
TCOF1Q13428 FO681492.1-203ENST00000622861 1362 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.18■■■□□ 2.26
TCOF1Q13428 KLF2-201ENST00000248071 2018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.18■■■□□ 2.26
TCOF1Q13428 AC243965.2-201ENST00000612576 2671 ntTSL 5 BASIC29.18■■■□□ 2.26
TCOF1Q13428 SWI5-201ENST00000320188 980 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.18■■■□□ 2.26
TCOF1Q13428 BOLA3-202ENST00000327428 639 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.18■■■□□ 2.26
TCOF1Q13428 COPS8-203ENST00000409334 794 ntTSL 5 BASIC29.18■■■□□ 2.26
TCOF1Q13428 SNCB-205ENST00000510387 730 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.18■■■□□ 2.26
TCOF1Q13428 AC005606.2-201ENST00000564438 614 ntTSL 2 BASIC29.18■■■□□ 2.26
TCOF1Q13428 MIF4GD-205ENST00000578305 569 ntTSL 5 BASIC29.18■■■□□ 2.26
TCOF1Q13428 MIR4674-201ENST00000582457 87 ntBASIC29.18■■■□□ 2.26
TCOF1Q13428 MED17-221ENST00000639724 2317 ntTSL 5 BASIC29.18■■■□□ 2.26
TCOF1Q13428 IRGQ-205ENST00000602269 2210 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.18■■■□□ 2.26
TCOF1Q13428 NEU4-201ENST00000325935 2288 ntTSL 1 (best) BASIC29.18■■■□□ 2.26
TCOF1Q13428 WIPF1-202ENST00000359761 2003 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.18■■■□□ 2.26
TCOF1Q13428 ETV4-204ENST00000545089 1628 ntTSL 2 BASIC29.18■■■□□ 2.26
TCOF1Q13428 KCNK4-202ENST00000422670 1697 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.17■■■□□ 2.26
TCOF1Q13428 AIF1L-203ENST00000372298 849 ntTSL 3 BASIC29.17■■■□□ 2.26
TCOF1Q13428 AKNA-205ENST00000374079 2138 ntTSL 1 (best) BASIC29.17■■■□□ 2.26
TCOF1Q13428 TIMM17B-201ENST00000376582 950 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.17■■■□□ 2.26
TCOF1Q13428 AL031133.1-201ENST00000406807 723 ntBASIC29.17■■■□□ 2.26
TCOF1Q13428 RPL39L-203ENST00000455270 653 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.17■■■□□ 2.26
TCOF1Q13428 METRN-205ENST00000568415 612 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC29.17■■■□□ 2.26
TCOF1Q13428 LCE1C-202ENST00000607093 644 ntAPPRIS P2 BASIC29.17■■■□□ 2.26
TCOF1Q13428 PLD6-201ENST00000321560 2560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.17■■■□□ 2.26
TCOF1Q13428 SDHAP1-207ENST00000440850 2000 ntBASIC29.17■■■□□ 2.26
TCOF1Q13428 MTX1-202ENST00000368376 1632 ntTSL 1 (best) BASIC29.17■■■□□ 2.26
TCOF1Q13428 PTAR1-205ENST00000472967 1689 ntTSL 2 BASIC29.17■■■□□ 2.26
TCOF1Q13428 B3GALNT2-201ENST00000313984 1874 ntTSL 1 (best) BASIC29.17■■■□□ 2.26
TCOF1Q13428 RHBDL1-201ENST00000219551 1560 ntTSL 1 (best) BASIC29.17■■■□□ 2.26
TCOF1Q13428 MRPL54-201ENST00000330133 626 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.17■■■□□ 2.26
TCOF1Q13428 AGBL5-AS1-201ENST00000444217 407 ntTSL 5 BASIC29.17■■■□□ 2.26
TCOF1Q13428 KLHL21-204ENST00000467612 1056 ntTSL 3 BASIC29.17■■■□□ 2.26
TCOF1Q13428 ZNF575-205ENST00000601282 1086 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.17■■■□□ 2.26
TCOF1Q13428 TRIM3-201ENST00000345851 2879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.16■■■□□ 2.26
TCOF1Q13428 SLAIN1-206ENST00000418532 2855 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.16■■■□□ 2.26
TCOF1Q13428 DUSP5-201ENST00000369583 2557 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.16■■■□□ 2.26
TCOF1Q13428 ST3GAL3-219ENST00000372374 2170 ntTSL 5 BASIC29.16■■■□□ 2.26
TCOF1Q13428 OGG1-201ENST00000302003 1655 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC29.16■■■□□ 2.26
TCOF1Q13428 DHRS3-204ENST00000616661 1722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.16■■■□□ 2.26
TCOF1Q13428 PIF1-202ENST00000333425 2278 ntTSL 1 (best) BASIC29.16■■■□□ 2.26
TCOF1Q13428 EFS-203ENST00000429593 2610 ntTSL 2 BASIC29.16■■■□□ 2.26
TCOF1Q13428 ACOT2-204ENST00000613168 1553 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC29.16■■■□□ 2.26
TCOF1Q13428 PPHLN1-213ENST00000549190 1777 ntTSL 5 BASIC29.16■■■□□ 2.26
TCOF1Q13428 GPR6-201ENST00000275169 1089 ntAPPRIS P1 BASIC29.16■■■□□ 2.26
TCOF1Q13428 LCE3C-201ENST00000333881 425 ntAPPRIS P1 BASIC29.16■■■□□ 2.26
TCOF1Q13428 AK4P3-201ENST00000418260 669 ntBASIC29.16■■■□□ 2.26
TCOF1Q13428 AL359747.1-201ENST00000442370 536 ntTSL 2 BASIC29.16■■■□□ 2.26
TCOF1Q13428 AC004080.2-201ENST00000523331 556 ntTSL 4 BASIC29.16■■■□□ 2.26
TCOF1Q13428 TRAF7-205ENST00000567653 666 ntTSL 2 BASIC29.16■■■□□ 2.26
TCOF1Q13428 EPS8L1-203ENST00000540810 2360 ntTSL 2 BASIC29.16■■■□□ 2.26
TCOF1Q13428 ENTPD6-203ENST00000376652 2750 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.16■■■□□ 2.26
TCOF1Q13428 SNHG10-201ENST00000500370 1531 ntTSL 2 BASIC29.15■■■□□ 2.26
TCOF1Q13428 RAB11FIP4-201ENST00000394744 1968 ntTSL 2 BASIC29.15■■■□□ 2.26
TCOF1Q13428 C6orf89-203ENST00000373685 1400 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.15■■■□□ 2.26
TCOF1Q13428 CHD1L-201ENST00000361293 2484 ntTSL 2 BASIC29.15■■■□□ 2.26
TCOF1Q13428 AC116565.2-201ENST00000637674 1854 ntTSL 2 BASIC29.15■■■□□ 2.26
TCOF1Q13428 CDK5R2-201ENST00000302625 2508 ntAPPRIS P1 BASIC29.15■■■□□ 2.26
TCOF1Q13428 CENPA-202ENST00000335756 1452 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.15■■■□□ 2.26
TCOF1Q13428 AQP12A-202ENST00000429564 1110 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC29.15■■■□□ 2.26
TCOF1Q13428 LIN28AP1-201ENST00000429574 405 ntBASIC29.15■■■□□ 2.26
TCOF1Q13428 CDKN2AIPNL-202ENST00000458198 1223 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.15■■■□□ 2.26
TCOF1Q13428 AC027682.6-202ENST00000621378 795 ntTSL 2 BASIC29.15■■■□□ 2.26
TCOF1Q13428 AC141257.4-201ENST00000634557 245 ntBASIC29.15■■■□□ 2.26
TCOF1Q13428 AC136944.6-201ENST00000634818 245 ntBASIC29.15■■■□□ 2.26
TCOF1Q13428 AP000550.4-202ENST00000639755 178 ntBASIC29.15■■■□□ 2.26
TCOF1Q13428 DRD2-202ENST00000362072 2789 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.15■■■□□ 2.26
TCOF1Q13428 DMPK-203ENST00000354227 1982 ntTSL 2 BASIC29.15■■■□□ 2.26
TCOF1Q13428 TREX1-205ENST00000625293 1783 ntBASIC29.15■■■□□ 2.26
TCOF1Q13428 SPRN-201ENST00000414069 3128 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.15■■■□□ 2.26
TCOF1Q13428 CDC42EP2-201ENST00000279249 2023 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.14■■■□□ 2.26
TCOF1Q13428 GPT-205ENST00000528431 1822 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.14■■■□□ 2.26
TCOF1Q13428 DNAJC28-201ENST00000314399 1625 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.14■■■□□ 2.26
TCOF1Q13428 TFAP2A-202ENST00000379608 2576 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC29.14■■■□□ 2.26
TCOF1Q13428 NR6A1-202ENST00000373584 1890 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.14■■■□□ 2.26
TCOF1Q13428 DHRS4-201ENST00000313250 1443 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.14■■■□□ 2.26
TCOF1Q13428 BEST2-201ENST00000042931 1908 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.14■■■□□ 2.26
TCOF1Q13428 LMTK3-202ENST00000600059 5113 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC29.14■■■□□ 2.26
TCOF1Q13428 DCK-201ENST00000286648 2716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.14■■■□□ 2.26
TCOF1Q13428 PIN1-201ENST00000247970 997 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.14■■■□□ 2.26
TCOF1Q13428 TMEM160-201ENST00000253047 663 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.14■■■□□ 2.26
TCOF1Q13428 AL450487.1-201ENST00000426799 995 ntBASIC29.14■■■□□ 2.26
TCOF1Q13428 AL451069.1-201ENST00000455414 634 ntTSL 1 (best) BASIC29.14■■■□□ 2.26
TCOF1Q13428 YBX1P2-201ENST00000489612 999 ntBASIC29.14■■■□□ 2.26
TCOF1Q13428 LINC01238-205ENST00000567549 1107 ntBASIC29.14■■■□□ 2.26
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