Protein–RNA interactions for Protein: P18827

SDC1, Syndecan-1, humanhuman

Predictions only

Length 310 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SDC1P18827 EPOR-201ENST00000222139 2411 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
SDC1P18827 EIF4E3-201ENST00000295612 2764 ntTSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
SDC1P18827 RFTN1-201ENST00000334133 2982 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
SDC1P18827 GTF3C5-201ENST00000342018 1905 ntTSL 5 BASIC18.43■□□□□ 0.54
SDC1P18827 TSPAN3-210ENST00000561277 1592 ntTSL 5 BASIC18.43■□□□□ 0.54
SDC1P18827 TREX2-203ENST00000338525 2116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
SDC1P18827 KMT5B-203ENST00000401547 2666 ntTSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
SDC1P18827 LDHD-202ENST00000450168 1966 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
SDC1P18827 TMEM191A-208ENST00000450925 1961 ntTSL 2 BASIC18.43■□□□□ 0.54
SDC1P18827 TREX2-204ENST00000370212 861 ntTSL 5 BASIC18.43■□□□□ 0.54
SDC1P18827 TREX2-205ENST00000370231 1255 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.43■□□□□ 0.54
SDC1P18827 TREX2-207ENST00000393862 907 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.43■□□□□ 0.54
SDC1P18827 TSPAN14-209ENST00000481124 808 ntTSL 2 BASIC18.43■□□□□ 0.54
SDC1P18827 TP53I11-215ENST00000531928 1078 ntTSL 3 BASIC18.43■□□□□ 0.54
SDC1P18827 AC113189.1-201ENST00000570444 327 ntTSL 3 BASIC18.43■□□□□ 0.54
SDC1P18827 SIGLEC14-201ENST00000360844 2035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
SDC1P18827 HGFAC-204ENST00000511533 2016 ntTSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
SDC1P18827 EML6-201ENST00000356458 8320 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.43■□□□□ 0.54
SDC1P18827 RIMBP3-201ENST00000619918 6105 ntAPPRIS P1 BASIC18.43■□□□□ 0.54
SDC1P18827 SLC27A3-204ENST00000368661 2410 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
SDC1P18827 FAM189B-204ENST00000368368 2609 ntTSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
SDC1P18827 C19orf84-202ENST00000574814 1318 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
SDC1P18827 ISOC1-201ENST00000173527 1940 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
SDC1P18827 CROCCP3-202ENST00000420820 1947 ntBASIC18.43■□□□□ 0.54
SDC1P18827 KCNS2-201ENST00000287042 5219 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
SDC1P18827 TMEM179-201ENST00000341595 2513 ntTSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
SDC1P18827 LARGE2-202ENST00000401752 2516 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
SDC1P18827 NTRK1-206ENST00000524377 2432 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
SDC1P18827 P2RY6-203ENST00000393591 1829 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
SDC1P18827 MRGPRG-AS1-201ENST00000420873 1818 ntTSL 2 BASIC18.42■□□□□ 0.54
SDC1P18827 SMC5-AS1-201ENST00000594708 1818 ntTSL 2 BASIC18.42■□□□□ 0.54
SDC1P18827 KRT18-202ENST00000388837 1420 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.42■□□□□ 0.54
SDC1P18827 NFS1-214ENST00000541387 1436 ntTSL 2 BASIC18.42■□□□□ 0.54
SDC1P18827 OTUD1-201ENST00000376495 2933 ntAPPRIS P1 BASIC18.42■□□□□ 0.54
SDC1P18827 KCNK4-202ENST00000422670 1697 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
SDC1P18827 TMEM53-205ENST00000372244 1472 ntTSL 2 BASIC18.42■□□□□ 0.54
SDC1P18827 NAT16-204ENST00000455377 1492 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
SDC1P18827 FBXL20-202ENST00000394294 2309 ntTSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
SDC1P18827 CCNL2-201ENST00000400809 2305 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
SDC1P18827 LIPT2-201ENST00000310109 1018 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.42■□□□□ 0.54
SDC1P18827 NOXO1-203ENST00000397280 1147 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
SDC1P18827 NCBP2-AS2-201ENST00000602845 918 ntAPPRIS P1 BASIC18.42■□□□□ 0.54
SDC1P18827 MOXD1-203ENST00000392401 2191 ntTSL 4 BASIC18.42■□□□□ 0.54
SDC1P18827 SLC38A8-201ENST00000299709 1308 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.42■□□□□ 0.54
SDC1P18827 PRAF2-202ENST00000553851 1334 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
SDC1P18827 CPEB2-202ENST00000345451 2013 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
SDC1P18827 DBNL-219ENST00000490734 2004 ntTSL 2 BASIC18.42■□□□□ 0.54
SDC1P18827 WRNIP1-202ENST00000380769 3239 ntTSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
SDC1P18827 AC006333.2-201ENST00000607957 2099 ntBASIC18.42■□□□□ 0.54
SDC1P18827 CXXC4-201ENST00000394767 5565 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.41■□□□□ 0.54
SDC1P18827 KCNA3-201ENST00000369769 2569 ntAPPRIS P1 BASIC18.41■□□□□ 0.54
SDC1P18827 GATM-201ENST00000396659 2597 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
SDC1P18827 TFDP2-202ENST00000467072 1853 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
SDC1P18827 TMEM129-202ENST00000382936 2810 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
SDC1P18827 STARD3-209ENST00000544210 1666 ntTSL 2 BASIC18.41■□□□□ 0.54
SDC1P18827 AGAP1-205ENST00000409538 6138 ntTSL 5 BASIC18.41■□□□□ 0.54
SDC1P18827 ILKAP-201ENST00000254654 1490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
SDC1P18827 KXD1-202ENST00000539106 1496 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.41■□□□□ 0.54
SDC1P18827 WDR34-201ENST00000372715 1755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
SDC1P18827 SLC1A6-202ENST00000430939 1794 ntTSL 2 BASIC18.41■□□□□ 0.54
SDC1P18827 EGFL7-202ENST00000371698 1282 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
SDC1P18827 TUBB8P6-201ENST00000436895 1288 ntBASIC18.41■□□□□ 0.54
SDC1P18827 STPG4-207ENST00000445927 891 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.41■□□□□ 0.54
SDC1P18827 AC090192.1-201ENST00000517740 490 ntBASIC18.41■□□□□ 0.54
SDC1P18827 SMAGP-206ENST00000604188 433 ntTSL 3 BASIC18.41■□□□□ 0.54
SDC1P18827 SH2B3-201ENST00000341259 5406 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
SDC1P18827 GORASP1-220ENST00000479927 1345 ntTSL 2 BASIC18.41■□□□□ 0.54
SDC1P18827 TINAGL1-202ENST00000457433 2140 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.41■□□□□ 0.54
SDC1P18827 ARHGAP11A-208ENST00000567348 2422 ntTSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
SDC1P18827 LGALS9C-212ENST00000583322 1602 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC18.41■□□□□ 0.54
SDC1P18827 CLDND1-203ENST00000394181 2170 ntTSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
SDC1P18827 SAMD14-203ENST00000503131 1938 ntTSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
SDC1P18827 C11orf80-214ENST00000532565 1948 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.41■□□□□ 0.54
SDC1P18827 PCBP3-206ENST00000400314 2202 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC18.41■□□□□ 0.54
SDC1P18827 SIX5-203ENST00000560168 1975 ntTSL 4 BASIC18.41■□□□□ 0.54
SDC1P18827 FBLN1-201ENST00000262722 2251 ntTSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
SDC1P18827 DUSP1-201ENST00000239223 2019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
SDC1P18827 KLHL23-201ENST00000272797 2087 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.4■□□□□ 0.54
SDC1P18827 NUTM2D-201ENST00000381697 3290 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
SDC1P18827 GOLPH3-201ENST00000265070 2721 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
SDC1P18827 KLHDC4-203ENST00000347925 1821 ntTSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
SDC1P18827 LINC01586-201ENST00000506090 1840 ntTSL 2 BASIC18.4■□□□□ 0.54
SDC1P18827 ATPAF2-206ENST00000474627 1564 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
SDC1P18827 NFATC4-220ENST00000555393 2235 ntTSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
SDC1P18827 C10orf76-201ENST00000311122 724 ntTSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
SDC1P18827 MRPS24-201ENST00000317534 707 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
SDC1P18827 NXNL2-201ENST00000375854 805 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.4■□□□□ 0.54
SDC1P18827 MAP1LC3A-203ENST00000397709 698 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.4■□□□□ 0.54
SDC1P18827 TTTY14-205ENST00000454875 544 ntTSL 2 BASIC18.4■□□□□ 0.54
SDC1P18827 UNC93B4-201ENST00000505679 747 ntBASIC18.4■□□□□ 0.54
SDC1P18827 EPHA5-AS1-202ENST00000509473 1177 ntTSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
SDC1P18827 GNAO1-211ENST00000570235 568 ntTSL 2 BASIC18.4■□□□□ 0.54
SDC1P18827 ZNF623-203ENST00000526926 2612 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.4■□□□□ 0.54
SDC1P18827 GPC5-201ENST00000377067 2957 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
SDC1P18827 KCNK4-201ENST00000394525 1673 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
SDC1P18827 EDN3-204ENST00000371028 2397 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC18.4■□□□□ 0.54
SDC1P18827 SLC31A2-201ENST00000259392 1785 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
SDC1P18827 ZDHHC18-202ENST00000374142 5020 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
SDC1P18827 TSG101-201ENST00000251968 1824 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.39■□□□□ 0.54
SDC1P18827 PDLIM2-204ENST00000397760 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.39■□□□□ 0.54
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 34 ms