Protein–RNA interactions for Protein: Q9NUL7

DDX28, Probable ATP-dependent RNA helicase DDX28, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 540 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
DDX28Q9NUL7 ZNF561-AS1-205ENST00000588765 579 ntTSL 4 BASIC17.71■□□□□ 0.43
DDX28Q9NUL7 NAA35-201ENST00000361671 2649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.71■□□□□ 0.43
DDX28Q9NUL7 GABRD-213ENST00000640067 1632 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.71■□□□□ 0.43
DDX28Q9NUL7 CACTIN-201ENST00000221899 2797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.71■□□□□ 0.43
DDX28Q9NUL7 LRRC3-201ENST00000291592 5869 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.71■□□□□ 0.43
DDX28Q9NUL7 ZNF644-201ENST00000337393 5763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.71■□□□□ 0.43
DDX28Q9NUL7 ARID1A-205ENST00000457599 6268 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.71■□□□□ 0.42
DDX28Q9NUL7 FSCN2-202ENST00000417245 1665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.71■□□□□ 0.42
DDX28Q9NUL7 PIEZO1-201ENST00000301015 8072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.7■□□□□ 0.42
DDX28Q9NUL7 ISOC1-201ENST00000173527 1940 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.7■□□□□ 0.42
DDX28Q9NUL7 TCF3P1-201ENST00000423021 1937 ntBASIC17.7■□□□□ 0.42
DDX28Q9NUL7 SLC8A2-201ENST00000236877 5234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.7■□□□□ 0.42
DDX28Q9NUL7 NAE1-201ENST00000290810 1837 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.7■□□□□ 0.42
DDX28Q9NUL7 ELAC2-202ENST00000395962 2924 ntTSL 2 BASIC17.7■□□□□ 0.42
DDX28Q9NUL7 GAS2L1P2-201ENST00000436355 1356 ntBASIC17.7■□□□□ 0.42
DDX28Q9NUL7 DPYSL5-202ENST00000401478 1972 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.7■□□□□ 0.42
DDX28Q9NUL7 INTS12-206ENST00000451321 1975 ntTSL 1 (best) BASIC17.7■□□□□ 0.42
DDX28Q9NUL7 RTKN-201ENST00000233330 2220 ntTSL 1 (best) BASIC17.7■□□□□ 0.42
DDX28Q9NUL7 PGS1-201ENST00000262764 2201 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.7■□□□□ 0.42
DDX28Q9NUL7 PTH2R-204ENST00000617735 2472 ntTSL 2 BASIC17.7■□□□□ 0.42
DDX28Q9NUL7 AMZ1-202ENST00000407112 1862 ntTSL 2 BASIC17.7■□□□□ 0.42
DDX28Q9NUL7 TMEM243-201ENST00000257637 1063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.7■□□□□ 0.42
DDX28Q9NUL7 PLAC9-202ENST00000372267 472 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC17.7■□□□□ 0.42
DDX28Q9NUL7 AC100791.3-201ENST00000617619 330 ntBASIC17.7■□□□□ 0.42
DDX28Q9NUL7 AP5B1-201ENST00000532090 4811 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.7■□□□□ 0.42
DDX28Q9NUL7 EIF2B4-201ENST00000347454 1792 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.7■□□□□ 0.42
DDX28Q9NUL7 SLC1A6-202ENST00000430939 1794 ntTSL 2 BASIC17.7■□□□□ 0.42
DDX28Q9NUL7 RNF224-201ENST00000445101 1798 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.7■□□□□ 0.42
DDX28Q9NUL7 RNF114-201ENST00000244061 2503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.7■□□□□ 0.42
DDX28Q9NUL7 UBXN6-201ENST00000301281 1943 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.7■□□□□ 0.42
DDX28Q9NUL7 NSDHL-201ENST00000370274 1929 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.7■□□□□ 0.42
DDX28Q9NUL7 ANXA8-208ENST00000611843 2174 ntTSL 2 BASIC17.7■□□□□ 0.42
DDX28Q9NUL7 GYG1-202ENST00000345003 2052 ntTSL 1 (best) BASIC17.7■□□□□ 0.42
DDX28Q9NUL7 DLEU7-201ENST00000400393 2092 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.7■□□□□ 0.42
DDX28Q9NUL7 GLT8D1-206ENST00000478968 1826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.7■□□□□ 0.42
DDX28Q9NUL7 UBE2L6-202ENST00000340573 1573 ntTSL 1 (best) BASIC17.7■□□□□ 0.42
DDX28Q9NUL7 GIT1-203ENST00000394869 3711 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.7■□□□□ 0.42
DDX28Q9NUL7 MTMR14-201ENST00000296003 2494 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.7■□□□□ 0.42
DDX28Q9NUL7 ZBTB7C-221ENST00000590800 4947 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.69■□□□□ 0.42
DDX28Q9NUL7 SPHK1-207ENST00000590959 1851 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.69■□□□□ 0.42
DDX28Q9NUL7 BRD2-201ENST00000374825 4894 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.69■□□□□ 0.42
DDX28Q9NUL7 MTFP1-201ENST00000266263 1370 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.69■□□□□ 0.42
DDX28Q9NUL7 RAB28-203ENST00000338176 1787 ntTSL 3 BASIC17.69■□□□□ 0.42
DDX28Q9NUL7 THTPA-202ENST00000404535 1779 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.69■□□□□ 0.42
DDX28Q9NUL7 RBM24-202ENST00000379052 2703 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.69■□□□□ 0.42
DDX28Q9NUL7 LINC01558-202ENST00000495520 1652 ntTSL 2 BASIC17.69■□□□□ 0.42
DDX28Q9NUL7 VSX1-201ENST00000376707 943 ntTSL 1 (best) BASIC17.69■□□□□ 0.42
DDX28Q9NUL7 IZUMO4-203ENST00000395307 944 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.69■□□□□ 0.42
DDX28Q9NUL7 VSX1-206ENST00000444511 1197 ntTSL 1 (best) BASIC17.69■□□□□ 0.42
DDX28Q9NUL7 RARRES2P4-201ENST00000514074 484 ntBASIC17.69■□□□□ 0.42
DDX28Q9NUL7 PET100-202ENST00000594797 719 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.69■□□□□ 0.42
DDX28Q9NUL7 MBD3L1-202ENST00000595891 872 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.69■□□□□ 0.42
DDX28Q9NUL7 C5AR2-202ENST00000600626 1287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.69■□□□□ 0.42
DDX28Q9NUL7 AC080038.1-201ENST00000611274 1154 ntBASIC17.69■□□□□ 0.42
DDX28Q9NUL7 AC011767.1-201ENST00000617410 1153 ntBASIC17.69■□□□□ 0.42
DDX28Q9NUL7 KAT5-203ENST00000377046 2237 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.69■□□□□ 0.42
DDX28Q9NUL7 SLCO4A1-201ENST00000217159 2776 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.69■□□□□ 0.42
DDX28Q9NUL7 FAM46A-201ENST00000320172 5609 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.69■□□□□ 0.42
DDX28Q9NUL7 C19orf67-203ENST00000548523 1427 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC17.69■□□□□ 0.42
DDX28Q9NUL7 PKN1-201ENST00000242783 3069 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.69■□□□□ 0.42
DDX28Q9NUL7 GCGR-202ENST00000570996 1872 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.69■□□□□ 0.42
DDX28Q9NUL7 RSPO4-201ENST00000217260 2707 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.69■□□□□ 0.42
DDX28Q9NUL7 REPS2-201ENST00000303843 7771 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.69■□□□□ 0.42
DDX28Q9NUL7 ADGRB2-202ENST00000373658 5414 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.69■□□□□ 0.42
DDX28Q9NUL7 ARHGAP26-202ENST00000378004 9200 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.68■□□□□ 0.42
DDX28Q9NUL7 NDRG2-242ENST00000555158 2216 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.68■□□□□ 0.42
DDX28Q9NUL7 PAFAH1B2-202ENST00000419197 2517 ntTSL 2 BASIC17.68■□□□□ 0.42
DDX28Q9NUL7 TSTA3-201ENST00000425753 1362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.68■□□□□ 0.42
DDX28Q9NUL7 ZBTB10-205ENST00000610895 2833 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.68■□□□□ 0.42
DDX28Q9NUL7 PLLP-201ENST00000219207 1512 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.68■□□□□ 0.42
DDX28Q9NUL7 RAB33B-201ENST00000305626 4562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.68■□□□□ 0.42
DDX28Q9NUL7 AC018470.1-201ENST00000624790 3129 ntBASIC17.68■□□□□ 0.42
DDX28Q9NUL7 STX3-201ENST00000337979 3299 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.68■□□□□ 0.42
DDX28Q9NUL7 COQ10A-201ENST00000308197 1652 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.68■□□□□ 0.42
DDX28Q9NUL7 DPP3P2-201ENST00000416030 1696 ntBASIC17.68■□□□□ 0.42
DDX28Q9NUL7 TACC3-213ENST00000617535 1693 ntTSL 5 BASIC17.68■□□□□ 0.42
DDX28Q9NUL7 DOK4-218ENST00000569548 1848 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.68■□□□□ 0.42
DDX28Q9NUL7 UTF1-201ENST00000304477 1157 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.68■□□□□ 0.42
DDX28Q9NUL7 ASPRV1-201ENST00000320256 2177 ntAPPRIS P1 BASIC17.68■□□□□ 0.42
DDX28Q9NUL7 ODF3B-201ENST00000329363 970 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.68■□□□□ 0.42
DDX28Q9NUL7 HLA-L-209ENST00000420110 1011 ntBASIC17.68■□□□□ 0.42
DDX28Q9NUL7 SMIM12-202ENST00000423898 897 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.68■□□□□ 0.42
DDX28Q9NUL7 SEC11A-208ENST00000559729 1256 ntTSL 2 BASIC17.68■□□□□ 0.42
DDX28Q9NUL7 AC068338.2-201ENST00000563278 1430 ntBASIC17.68■□□□□ 0.42
DDX28Q9NUL7 BID-214ENST00000617586 542 ntTSL 5 BASIC17.68■□□□□ 0.42
DDX28Q9NUL7 AC093762.2-201ENST00000641700 291 ntAPPRIS P1 BASIC17.68■□□□□ 0.42
DDX28Q9NUL7 MAP7-209ENST00000618822 4497 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.68■□□□□ 0.42
DDX28Q9NUL7 DPH1-201ENST00000263083 2221 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.68■□□□□ 0.42
DDX28Q9NUL7 EXTL3-213ENST00000523149 1779 ntTSL 5 BASIC17.68■□□□□ 0.42
DDX28Q9NUL7 MAST1-208ENST00000591495 1496 ntTSL 5 BASIC17.68■□□□□ 0.42
DDX28Q9NUL7 ZNF302-214ENST00000613363 2893 ntAPPRIS ALT2 TSL 4 BASIC17.68■□□□□ 0.42
DDX28Q9NUL7 DUSP18-205ENST00000404885 1306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.68■□□□□ 0.42
DDX28Q9NUL7 PHLDB3-201ENST00000292140 2591 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.68■□□□□ 0.42
DDX28Q9NUL7 FBXL22-202ENST00000534939 2443 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC17.68■□□□□ 0.42
DDX28Q9NUL7 SGO1-209ENST00000442720 2266 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.68■□□□□ 0.42
DDX28Q9NUL7 SLC8A3-203ENST00000357887 5259 ntTSL 5 BASIC17.68■□□□□ 0.42
DDX28Q9NUL7 SLC8A3-204ENST00000381269 5268 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.68■□□□□ 0.42
DDX28Q9NUL7 AC129492.1-201ENST00000399413 1804 ntTSL 1 (best) BASIC17.68■□□□□ 0.42
DDX28Q9NUL7 LPAR2-203ENST00000586703 1823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.68■□□□□ 0.42
DDX28Q9NUL7 TAF7-201ENST00000313368 2334 ntAPPRIS P1 BASIC17.67■□□□□ 0.42
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 19.1 ms