Protein–RNA interactions for Protein: P28370

SMARCA1, Probable global transcription activator SNF2L1, humanhuman

Predictions only

Length 1,054 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SMARCA1P28370 INPPL1-201ENST00000298229 4733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
SMARCA1P28370 TOM1L1-202ENST00000445275 2228 ntTSL 2 BASIC22.3■■□□□ 1.16
SMARCA1P28370 CABLES1-201ENST00000256925 5002 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
SMARCA1P28370 SLC25A39-202ENST00000377095 1565 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
SMARCA1P28370 KCTD13-207ENST00000568000 2528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
SMARCA1P28370 AL158211.5-201ENST00000623583 2518 ntBASIC22.29■■□□□ 1.16
SMARCA1P28370 MUTYH-203ENST00000372098 1839 ntTSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
SMARCA1P28370 MUTYH-204ENST00000372104 1823 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
SMARCA1P28370 MUTYH-205ENST00000372110 1809 ntTSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
SMARCA1P28370 TXNRD3-205ENST00000640797 1824 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.29■■□□□ 1.16
SMARCA1P28370 GFI1-203ENST00000427103 2693 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
SMARCA1P28370 PRSS50-202ENST00000315170 1372 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
SMARCA1P28370 SMARCB1-204ENST00000407422 1643 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
SMARCA1P28370 SMURF1-201ENST00000361125 5737 ntTSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
SMARCA1P28370 UNC93B2-201ENST00000285383 730 ntBASIC22.29■■□□□ 1.16
SMARCA1P28370 AC073343.2-203ENST00000366167 564 ntTSL 4 BASIC22.29■■□□□ 1.16
SMARCA1P28370 UBB-203ENST00000395839 1012 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.29■■□□□ 1.16
SMARCA1P28370 ASPHD1-203ENST00000483405 1115 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC22.29■■□□□ 1.16
SMARCA1P28370 PACRGL-207ENST00000502938 810 ntTSL 4 BASIC22.29■■□□□ 1.16
SMARCA1P28370 AC100839.1-201ENST00000559589 577 ntTSL 4 BASIC22.29■■□□□ 1.16
SMARCA1P28370 AC087498.1-201ENST00000572493 945 ntAPPRIS P1 BASIC22.29■■□□□ 1.16
SMARCA1P28370 AKIRIN2-201ENST00000257787 1662 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
SMARCA1P28370 MELTF-202ENST00000296351 1650 ntTSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
SMARCA1P28370 FAM83E-201ENST00000263266 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
SMARCA1P28370 CYP46A1-202ENST00000380228 1597 ntTSL 2 BASIC22.29■■□□□ 1.16
SMARCA1P28370 ISOC2-203ENST00000438389 1566 ntTSL 2 BASIC22.29■■□□□ 1.16
SMARCA1P28370 GABBR1-202ENST00000376977 1739 ntTSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
SMARCA1P28370 BPIFB3-201ENST00000375494 1454 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
SMARCA1P28370 TREX2-203ENST00000338525 2116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
SMARCA1P28370 TP73-202ENST00000354437 2140 ntTSL 5 BASIC22.28■■□□□ 1.16
SMARCA1P28370 SYTL1-210ENST00000616558 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
SMARCA1P28370 Z82202.1-201ENST00000623446 1880 ntBASIC22.28■■□□□ 1.16
SMARCA1P28370 DBNL-219ENST00000490734 2004 ntTSL 2 BASIC22.28■■□□□ 1.16
SMARCA1P28370 LRFN4-201ENST00000309602 2431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
SMARCA1P28370 PAN3-201ENST00000380958 2833 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.28■■□□□ 1.16
SMARCA1P28370 IMMP2L-202ENST00000405709 1522 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
SMARCA1P28370 ACTR3B-203ENST00000397282 1692 ntTSL 2 BASIC22.28■■□□□ 1.16
SMARCA1P28370 AC005056.1-201ENST00000435932 532 ntTSL 4 BASIC22.28■■□□□ 1.16
SMARCA1P28370 AL365295.1-202ENST00000456100 562 ntTSL 4 BASIC22.28■■□□□ 1.16
SMARCA1P28370 AC117500.4-201ENST00000542797 617 ntTSL 3 BASIC22.28■■□□□ 1.16
SMARCA1P28370 TGIF1-222ENST00000577543 729 ntTSL 3 BASIC22.28■■□□□ 1.16
SMARCA1P28370 AP005263.1-201ENST00000579126 914 ntTSL 2 BASIC22.28■■□□□ 1.16
SMARCA1P28370 LINC01011-201ENST00000445000 2811 ntTSL 2 BASIC22.28■■□□□ 1.16
SMARCA1P28370 MCIDAS-201ENST00000513312 1736 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
SMARCA1P28370 GABRD-205ENST00000638771 1707 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC22.28■■□□□ 1.16
SMARCA1P28370 SDHAP1-207ENST00000440850 2000 ntBASIC22.28■■□□□ 1.16
SMARCA1P28370 LRPPRC-202ENST00000409659 1610 ntTSL 5 BASIC22.28■■□□□ 1.16
SMARCA1P28370 IL17RC-203ENST00000403601 2388 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
SMARCA1P28370 SOX2-201ENST00000325404 2513 ntAPPRIS P1 BASIC22.27■■□□□ 1.16
SMARCA1P28370 TTC7A-201ENST00000319190 5157 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.27■■□□□ 1.16
SMARCA1P28370 PDLIM2-204ENST00000397760 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
SMARCA1P28370 KIAA1522-201ENST00000294521 878 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.27■■□□□ 1.16
SMARCA1P28370 TMEM70-201ENST00000312184 2018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
SMARCA1P28370 AL390719.1-201ENST00000427998 977 ntTSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
SMARCA1P28370 TSPY15P-201ENST00000457163 923 ntBASIC22.27■■□□□ 1.16
SMARCA1P28370 SLC39A13-212ENST00000531974 856 ntTSL 2 BASIC22.27■■□□□ 1.16
SMARCA1P28370 AL590094.1-202ENST00000634619 1131 ntTSL 5 BASIC22.27■■□□□ 1.16
SMARCA1P28370 AC005906.2-207ENST00000639005 1580 ntTSL 5 BASIC22.27■■□□□ 1.16
SMARCA1P28370 KCNIP4-206ENST00000447367 1641 ntTSL 5 BASIC22.27■■□□□ 1.16
SMARCA1P28370 AC079598.2-202ENST00000546624 1451 ntBASIC22.27■■□□□ 1.16
SMARCA1P28370 ELMOD1-206ENST00000531234 1832 ntTSL 2 BASIC22.27■■□□□ 1.15
SMARCA1P28370 AC096733.2-201ENST00000609937 1394 ntBASIC22.26■■□□□ 1.15
SMARCA1P28370 ANXA8L1-203ENST00000613703 1874 ntTSL 2 BASIC22.26■■□□□ 1.15
SMARCA1P28370 YPEL5-205ENST00000402708 1735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
SMARCA1P28370 TMEM235-203ENST00000550981 1786 ntTSL 2 BASIC22.26■■□□□ 1.15
SMARCA1P28370 KRAS-201ENST00000256078 1119 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
SMARCA1P28370 STX18-201ENST00000306200 2138 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
SMARCA1P28370 TLCD1-202ENST00000394933 784 ntTSL 2 BASIC22.26■■□□□ 1.15
SMARCA1P28370 ATP5S-204ENST00000426751 1171 ntTSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
SMARCA1P28370 FAM207BP-201ENST00000447172 505 ntBASIC22.26■■□□□ 1.15
SMARCA1P28370 ADCYAP1-202ENST00000450565 918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
SMARCA1P28370 C12orf76-208ENST00000551185 496 ntTSL 2 BASIC22.26■■□□□ 1.15
SMARCA1P28370 SIVA1-207ENST00000556195 674 ntTSL 3 BASIC22.26■■□□□ 1.15
SMARCA1P28370 AP005242.2-201ENST00000580065 1175 ntBASIC22.26■■□□□ 1.15
SMARCA1P28370 CIRBP-217ENST00000588230 1013 ntTSL 5 BASIC22.26■■□□□ 1.15
SMARCA1P28370 ZNF667-AS1-208ENST00000594783 475 ntTSL 3 BASIC22.26■■□□□ 1.15
SMARCA1P28370 GRAMD4P8-201ENST00000605465 1115 ntBASIC22.26■■□□□ 1.15
SMARCA1P28370 SBDS-201ENST00000246868 1631 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
SMARCA1P28370 NBL1-209ENST00000548815 1953 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC22.25■■□□□ 1.15
SMARCA1P28370 YAP1-210ENST00000615667 5398 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.25■■□□□ 1.15
SMARCA1P28370 NISCH-201ENST00000345716 5238 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
SMARCA1P28370 SYNE4-202ENST00000340477 1004 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
SMARCA1P28370 SPSB1-203ENST00000377399 1007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
SMARCA1P28370 ZFYVE1-202ENST00000394207 1183 ntTSL 2 BASIC22.25■■□□□ 1.15
SMARCA1P28370 AL162231.1-203ENST00000416454 465 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.25■■□□□ 1.15
SMARCA1P28370 TSPY21P-201ENST00000433481 731 ntBASIC22.25■■□□□ 1.15
SMARCA1P28370 FITM1-202ENST00000559294 800 ntBASIC22.25■■□□□ 1.15
SMARCA1P28370 MSANTD2-202ENST00000374979 2349 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
SMARCA1P28370 SMN1-209ENST00000514951 1308 ntTSL 2 BASIC22.25■■□□□ 1.15
SMARCA1P28370 EEF1A2-201ENST00000217182 2006 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
SMARCA1P28370 E4F1-204ENST00000564139 2493 ntTSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
SMARCA1P28370 RASSF1-202ENST00000357043 1864 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
SMARCA1P28370 RASGRP2-211ENST00000394432 2304 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
SMARCA1P28370 IL6R-208ENST00000622330 1496 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
SMARCA1P28370 GFI1-202ENST00000370332 2855 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
SMARCA1P28370 TSPAN14-205ENST00000372158 1095 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.24■■□□□ 1.15
SMARCA1P28370 AL445645.1-201ENST00000451318 1019 ntTSL 2 BASIC22.24■■□□□ 1.15
SMARCA1P28370 KCNMA1-220ENST00000481070 896 ntTSL 2 BASIC22.24■■□□□ 1.15
SMARCA1P28370 BX088651.1-201ENST00000540551 451 ntBASIC22.24■■□□□ 1.15
SMARCA1P28370 ZNF561-AS1-202ENST00000586614 568 ntTSL 5 BASIC22.24■■□□□ 1.15
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 20 ms