Protein–RNA interactions for Protein: Q92889

ERCC4, DNA repair endonuclease XPF, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 916 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
ERCC4Q92889 FENDRR-203ENST00000595886 3095 ntTSL 2 BASIC21.99■■□□□ 1.11
ERCC4Q92889 PAX1-205ENST00000613128 5352 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
ERCC4Q92889 KAZN-203ENST00000376030 6030 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.99■■□□□ 1.11
ERCC4Q92889 MRPL23-AS1-201ENST00000419080 1876 ntTSL 3 BASIC21.99■■□□□ 1.11
ERCC4Q92889 ERCC2-203ENST00000391944 2334 ntTSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
ERCC4Q92889 CCNL2-201ENST00000400809 2305 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
ERCC4Q92889 GAR1-201ENST00000226796 1224 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
ERCC4Q92889 SMNDC1-201ENST00000369592 1110 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.99■■□□□ 1.11
ERCC4Q92889 TPT1-AS1-210ENST00000520590 873 ntTSL 5 BASIC21.99■■□□□ 1.11
ERCC4Q92889 SUZ12P1-202ENST00000578070 929 ntTSL 5 BASIC21.99■■□□□ 1.11
ERCC4Q92889 SLC25A3-201ENST00000188376 1909 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
ERCC4Q92889 UBL4A-202ENST00000369660 2382 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
ERCC4Q92889 NUDT4-202ENST00000415493 4839 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
ERCC4Q92889 C2orf81-201ENST00000290390 2227 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC21.99■■□□□ 1.11
ERCC4Q92889 DKK3-202ENST00000396505 2650 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
ERCC4Q92889 CMTM7-201ENST00000334983 2038 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
ERCC4Q92889 NTRK1-201ENST00000358660 2492 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.99■■□□□ 1.11
ERCC4Q92889 ZNF394-203ENST00000426306 2017 ntTSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
ERCC4Q92889 CLDN5-204ENST00000618236 1374 ntAPPRIS P1 BASIC21.99■■□□□ 1.11
ERCC4Q92889 CASTOR1-202ENST00000407689 1623 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
ERCC4Q92889 COBL-202ENST00000395540 2332 ntTSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
ERCC4Q92889 OTOP3-201ENST00000328801 2363 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.98■■□□□ 1.11
ERCC4Q92889 SNN-201ENST00000329565 3312 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
ERCC4Q92889 RNF146-203ENST00000368314 2369 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC21.98■■□□□ 1.11
ERCC4Q92889 EMX2-203ENST00000553456 2897 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
ERCC4Q92889 TCAIM-203ENST00000396078 2178 ntTSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
ERCC4Q92889 UMOD-202ENST00000396134 2408 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.98■■□□□ 1.11
ERCC4Q92889 SMTN-204ENST00000404574 1735 ntTSL 2 BASIC21.98■■□□□ 1.11
ERCC4Q92889 LRWD1-201ENST00000292616 2215 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
ERCC4Q92889 PCBP3-206ENST00000400314 2202 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.98■■□□□ 1.11
ERCC4Q92889 SLC25A41-201ENST00000321510 1532 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.98■■□□□ 1.11
ERCC4Q92889 MIR663A-201ENST00000385250 93 ntBASIC21.98■■□□□ 1.11
ERCC4Q92889 METTL26-203ENST00000397664 604 ntTSL 2 BASIC21.98■■□□□ 1.11
ERCC4Q92889 ABHD14A-202ENST00000458031 1113 ntTSL 5 BASIC21.98■■□□□ 1.11
ERCC4Q92889 HES2-205ENST00000487437 968 ntTSL 3 BASIC21.98■■□□□ 1.11
ERCC4Q92889 PLEKHJ1-205ENST00000587394 937 ntTSL 2 BASIC21.98■■□□□ 1.11
ERCC4Q92889 PTGIR-205ENST00000597185 775 ntTSL 3 BASIC21.98■■□□□ 1.11
ERCC4Q92889 ACAP3-202ENST00000354700 3896 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
ERCC4Q92889 UBE2Q2-204ENST00000561851 1582 ntTSL 2 BASIC21.98■■□□□ 1.11
ERCC4Q92889 AC116351.2-201ENST00000606540 1585 ntBASIC21.98■■□□□ 1.11
ERCC4Q92889 UBE2E3-201ENST00000392415 1347 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.98■■□□□ 1.11
ERCC4Q92889 PITPNC1-201ENST00000299954 6359 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.98■■□□□ 1.11
ERCC4Q92889 CBX1-202ENST00000393408 2422 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
ERCC4Q92889 AL161938.1-201ENST00000569833 2180 ntBASIC21.98■■□□□ 1.11
ERCC4Q92889 ALDH7A1-215ENST00000553117 1935 ntTSL 2 BASIC21.98■■□□□ 1.11
ERCC4Q92889 GAS2L1-210ENST00000621062 2483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
ERCC4Q92889 MBD3-201ENST00000156825 5518 ntTSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
ERCC4Q92889 AC013269.1-201ENST00000409259 1653 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
ERCC4Q92889 TISP43-206ENST00000623376 1653 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
ERCC4Q92889 ANKRD9-201ENST00000286918 6727 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
ERCC4Q92889 IRF3-221ENST00000598808 1468 ntTSL 5 BASIC21.97■■□□□ 1.11
ERCC4Q92889 OGFOD2-201ENST00000228922 1780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
ERCC4Q92889 SHANK1-202ENST00000359082 6459 ntTSL 5 BASIC21.97■■□□□ 1.11
ERCC4Q92889 PCDHAC2-201ENST00000289269 5963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
ERCC4Q92889 SNX4-201ENST00000251775 2513 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
ERCC4Q92889 UNC50-201ENST00000357765 1143 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
ERCC4Q92889 OLFM1-206ENST00000371799 961 ntTSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
ERCC4Q92889 IL15RA-207ENST00000397250 584 ntTSL 2 BASIC21.97■■□□□ 1.11
ERCC4Q92889 IL15RA-215ENST00000528354 1037 ntTSL 2 BASIC21.97■■□□□ 1.11
ERCC4Q92889 C12orf75-205ENST00000549893 719 ntTSL 3 BASIC21.97■■□□□ 1.11
ERCC4Q92889 IL15RA-220ENST00000620345 1115 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
ERCC4Q92889 RCAN3-205ENST00000436717 2574 ntTSL 3 BASIC21.97■■□□□ 1.11
ERCC4Q92889 GRB10-205ENST00000401949 2627 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
ERCC4Q92889 MLF2-201ENST00000203630 1969 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
ERCC4Q92889 MTFR1L-202ENST00000374301 2099 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
ERCC4Q92889 SLC25A43-201ENST00000217909 2783 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
ERCC4Q92889 MEN1-205ENST00000377316 2868 ntTSL 5 BASIC21.97■■□□□ 1.11
ERCC4Q92889 PKD2-201ENST00000237596 5056 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
ERCC4Q92889 LONP1-215ENST00000593119 2918 ntTSL 2 BASIC21.96■■□□□ 1.11
ERCC4Q92889 CASR-204ENST00000638421 5088 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.96■■□□□ 1.11
ERCC4Q92889 MAFF-206ENST00000538320 2458 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC21.96■■□□□ 1.11
ERCC4Q92889 DACT2-204ENST00000610183 2088 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
ERCC4Q92889 CHMP6-201ENST00000325167 1664 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
ERCC4Q92889 TMSB15B-201ENST00000419165 1666 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.96■■□□□ 1.11
ERCC4Q92889 RNF5-203ENST00000375094 1168 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
ERCC4Q92889 CROCCP5-201ENST00000436658 830 ntBASIC21.96■■□□□ 1.11
ERCC4Q92889 HES2-206ENST00000489730 730 ntTSL 2 BASIC21.96■■□□□ 1.11
ERCC4Q92889 AF201337.1-201ENST00000520239 748 ntBASIC21.96■■□□□ 1.11
ERCC4Q92889 RRAS2-203ENST00000526063 970 ntTSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
ERCC4Q92889 RRAS2-208ENST00000532814 982 ntTSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
ERCC4Q92889 RAP2CP1-201ENST00000605103 478 ntBASIC21.96■■□□□ 1.11
ERCC4Q92889 AL161421.1-201ENST00000619666 1101 ntTSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
ERCC4Q92889 FAM187A-202ENST00000412523 1748 ntTSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
ERCC4Q92889 KCNQ5-203ENST00000355635 6623 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.96■■□□□ 1.11
ERCC4Q92889 IFFO1-212ENST00000619571 2724 ntTSL 2 BASIC21.96■■□□□ 1.11
ERCC4Q92889 ZBTB48-202ENST00000377674 2293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
ERCC4Q92889 LONP1-201ENST00000360614 3236 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
ERCC4Q92889 CORO1B-201ENST00000341356 1881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
ERCC4Q92889 NAPRT-203ENST00000435154 1877 ntTSL 2 BASIC21.96■■□□□ 1.11
ERCC4Q92889 RAPSN-205ENST00000529341 1408 ntTSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
ERCC4Q92889 TMEM41B-207ENST00000611268 1440 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
ERCC4Q92889 LDHD-202ENST00000450168 1966 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
ERCC4Q92889 ABCG4-206ENST00000622721 2553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.11
ERCC4Q92889 GTF2IP1-210ENST00000622829 3605 ntTSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.11
ERCC4Q92889 SMARCC2-203ENST00000394023 4271 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.11
ERCC4Q92889 MTDH-203ENST00000519934 2184 ntTSL 5 BASIC21.95■■□□□ 1.1
ERCC4Q92889 TEX21P-204ENST00000641479 1693 ntBASIC21.95■■□□□ 1.1
ERCC4Q92889 SMARCC1-201ENST00000254480 6375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.1
ERCC4Q92889 SULT1A1-202ENST00000350842 1282 ntTSL 3 BASIC21.95■■□□□ 1.1
ERCC4Q92889 SPATA25-201ENST00000372519 757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.1
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 32.6 ms