Protein–RNA interactions for Protein: P38398

BRCA1, Breast cancer type 1 susceptibility protein, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 1,863 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
BRCA1P38398 EMX1-202ENST00000394111 1528 ntTSL 3 BASIC23.76■■□□□ 1.39
BRCA1P38398 GLT8D1-213ENST00000491606 1577 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.76■■□□□ 1.39
BRCA1P38398 LHX9-206ENST00000561173 2144 ntTSL 5 BASIC23.76■■□□□ 1.39
BRCA1P38398 CLN6-201ENST00000249806 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.76■■□□□ 1.39
BRCA1P38398 DTNB-210ENST00000407186 2275 ntTSL 5 BASIC23.76■■□□□ 1.39
BRCA1P38398 RITA1-201ENST00000548278 2053 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.75■■□□□ 1.39
BRCA1P38398 APBB3-204ENST00000358580 2020 ntTSL 5 BASIC23.75■■□□□ 1.39
BRCA1P38398 TMEM237-213ENST00000621467 1824 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.75■■□□□ 1.39
BRCA1P38398 CASKIN2-205ENST00000581870 1612 ntTSL 2 BASIC23.75■■□□□ 1.39
BRCA1P38398 TUBA8-201ENST00000316027 1518 ntTSL 2 BASIC23.75■■□□□ 1.39
BRCA1P38398 SPATA6L-207ENST00000475086 1444 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.75■■□□□ 1.39
BRCA1P38398 SEC61G-203ENST00000415949 732 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.75■■□□□ 1.39
BRCA1P38398 DRAXINP1-201ENST00000437611 948 ntBASIC23.75■■□□□ 1.39
BRCA1P38398 AL162457.2-201ENST00000447909 937 ntTSL 3 BASIC23.75■■□□□ 1.39
BRCA1P38398 DMKN-215ENST00000451297 1111 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.75■■□□□ 1.39
BRCA1P38398 CIB2-208ENST00000560618 804 ntTSL 2 BASIC23.75■■□□□ 1.39
BRCA1P38398 AC084125.4-201ENST00000580385 338 ntTSL 3 BASIC23.75■■□□□ 1.39
BRCA1P38398 BEAN1-211ENST00000622872 1171 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC23.75■■□□□ 1.39
BRCA1P38398 C1orf43-210ENST00000640799 1287 ntTSL 5 BASIC23.75■■□□□ 1.39
BRCA1P38398 GDI1-204ENST00000447750 2474 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.75■■□□□ 1.39
BRCA1P38398 ISLR2-202ENST00000419208 2306 ntTSL 1 (best) BASIC23.75■■□□□ 1.39
BRCA1P38398 MSLN-201ENST00000382862 2116 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC23.75■■□□□ 1.39
BRCA1P38398 APBB1-207ENST00000529519 1442 ntTSL 5 BASIC23.75■■□□□ 1.39
BRCA1P38398 MED26-207ENST00000611692 1444 ntTSL 1 (best) BASIC23.75■■□□□ 1.39
BRCA1P38398 HLA-A-201ENST00000376802 1334 ntBASIC23.75■■□□□ 1.39
BRCA1P38398 SPCS1-201ENST00000233025 1082 ntTSL 1 (best) BASIC23.75■■□□□ 1.39
BRCA1P38398 DPYS-201ENST00000351513 2127 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.75■■□□□ 1.39
BRCA1P38398 CD99-205ENST00000381192 1245 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.75■■□□□ 1.39
BRCA1P38398 AC034232.1-201ENST00000506026 1064 ntBASIC23.75■■□□□ 1.39
BRCA1P38398 NAPSB-203ENST00000531692 561 ntTSL 2 BASIC23.75■■□□□ 1.39
BRCA1P38398 HDDC3-205ENST00000559898 1024 ntTSL 1 (best) BASIC23.75■■□□□ 1.39
BRCA1P38398 GXYLT1P4-201ENST00000613576 1192 ntBASIC23.75■■□□□ 1.39
BRCA1P38398 STXBP2-203ENST00000441779 1914 ntTSL 2 BASIC23.74■■□□□ 1.39
BRCA1P38398 ZC3HAV1L-201ENST00000275766 1753 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.74■■□□□ 1.39
BRCA1P38398 CPNE9-202ENST00000383831 1751 ntTSL 5 BASIC23.74■■□□□ 1.39
BRCA1P38398 NRSN1-204ENST00000378491 2354 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.74■■□□□ 1.39
BRCA1P38398 CYP46A1-202ENST00000380228 1597 ntTSL 2 BASIC23.74■■□□□ 1.39
BRCA1P38398 TTYH1-201ENST00000301194 2088 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.74■■□□□ 1.39
BRCA1P38398 GALE-201ENST00000374497 1488 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.74■■□□□ 1.39
BRCA1P38398 TXNRD2-202ENST00000400518 2025 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.74■■□□□ 1.39
BRCA1P38398 MAP3K3-210ENST00000584573 2480 ntTSL 1 (best) BASIC23.74■■□□□ 1.39
BRCA1P38398 PIN1-201ENST00000247970 997 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.74■■□□□ 1.39
BRCA1P38398 RABL2B-209ENST00000435118 1126 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.74■■□□□ 1.39
BRCA1P38398 KRT8P26-201ENST00000534154 1276 ntBASIC23.74■■□□□ 1.39
BRCA1P38398 KRT87P-201ENST00000529785 1700 ntTSL 2 BASIC23.74■■□□□ 1.39
BRCA1P38398 PRDX3-201ENST00000298510 1591 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.74■■□□□ 1.39
BRCA1P38398 FAM19A5-202ENST00000358295 2638 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.73■■□□□ 1.39
BRCA1P38398 STK16-201ENST00000396738 1673 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.73■■□□□ 1.39
BRCA1P38398 NPB-201ENST00000333383 704 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
BRCA1P38398 HLA-F-217ENST00000334668 1283 ntAPPRIS ALT2 BASIC23.73■■□□□ 1.39
BRCA1P38398 NFIB-201ENST00000380921 1274 ntTSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
BRCA1P38398 HLA-F-220ENST00000434407 884 ntBASIC23.73■■□□□ 1.39
BRCA1P38398 AC137630.1-201ENST00000452042 782 ntTSL 4 BASIC23.73■■□□□ 1.39
BRCA1P38398 AC139530.3-201ENST00000620344 690 ntBASIC23.73■■□□□ 1.39
BRCA1P38398 AL513523.2-201ENST00000633218 660 ntTSL 3 BASIC23.73■■□□□ 1.39
BRCA1P38398 PLK5-205ENST00000642079 1969 ntBASIC23.73■■□□□ 1.39
BRCA1P38398 AP001271.2-201ENST00000624018 1556 ntBASIC23.73■■□□□ 1.39
BRCA1P38398 LINGO3-201ENST00000585527 2241 ntAPPRIS P1 BASIC23.73■■□□□ 1.39
BRCA1P38398 RPL3-201ENST00000216146 1442 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
BRCA1P38398 E4F1-206ENST00000565090 2028 ntTSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
BRCA1P38398 RAP1GDS1-201ENST00000264572 1686 ntTSL 5 BASIC23.73■■□□□ 1.39
BRCA1P38398 ACTG1-201ENST00000331925 1994 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
BRCA1P38398 PANK2-201ENST00000316562 2280 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
BRCA1P38398 TMEM259-201ENST00000333175 2581 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
BRCA1P38398 CHST8-202ENST00000434302 2225 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.73■■□□□ 1.39
BRCA1P38398 LCE1F-201ENST00000334371 357 ntAPPRIS P1 BASIC23.73■■□□□ 1.39
BRCA1P38398 NUS1P1-201ENST00000446295 882 ntBASIC23.73■■□□□ 1.39
BRCA1P38398 NECTIN3-AS1-204ENST00000476301 568 ntTSL 4 BASIC23.73■■□□□ 1.39
BRCA1P38398 CPEB1-AS1-201ENST00000560650 2138 ntTSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
BRCA1P38398 LINC00092-202ENST00000580908 580 ntTSL 2 BASIC23.73■■□□□ 1.39
BRCA1P38398 MUC1-224ENST00000611577 1023 ntTSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
BRCA1P38398 MRPL3-201ENST00000264995 1706 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
BRCA1P38398 PTX4-201ENST00000293922 1422 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
BRCA1P38398 ERF-202ENST00000440177 2032 ntTSL 2 BASIC23.72■■□□□ 1.39
BRCA1P38398 TERF2-201ENST00000254942 2983 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
BRCA1P38398 SLC35A3-222ENST00000640715 1989 ntTSL 5 BASIC23.72■■□□□ 1.39
BRCA1P38398 COPE-201ENST00000262812 1141 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
BRCA1P38398 ZNF575-201ENST00000314228 1298 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.72■■□□□ 1.39
BRCA1P38398 EXOSC3-202ENST00000396521 768 ntTSL 2 BASIC23.72■■□□□ 1.39
BRCA1P38398 FP700111.2-201ENST00000619190 1892 ntBASIC23.72■■□□□ 1.39
BRCA1P38398 FCMR-202ENST00000442471 1441 ntTSL 2 BASIC23.72■■□□□ 1.39
BRCA1P38398 DYNLT3-201ENST00000378578 2217 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.71■■□□□ 1.39
BRCA1P38398 LHX2-201ENST00000373615 2554 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.71■■□□□ 1.39
BRCA1P38398 HINT1-201ENST00000304043 1081 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.71■■□□□ 1.39
BRCA1P38398 PTPMT1-201ENST00000326656 928 ntTSL 1 (best) BASIC23.71■■□□□ 1.39
BRCA1P38398 KCNAB2-205ENST00000378092 1202 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.71■■□□□ 1.39
BRCA1P38398 RPP38-203ENST00000378202 1030 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.71■■□□□ 1.39
BRCA1P38398 AL645608.6-201ENST00000418300 402 ntTSL 3 BASIC23.71■■□□□ 1.39
BRCA1P38398 CCDC61-201ENST00000536603 1282 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.71■■□□□ 1.39
BRCA1P38398 KISS1R-203ENST00000606939 964 ntTSL 5 BASIC23.71■■□□□ 1.39
BRCA1P38398 CADM1-222ENST00000616271 1246 ntTSL 5 BASIC23.71■■□□□ 1.39
BRCA1P38398 AL365255.1-201ENST00000637702 847 ntTSL 2 BASIC23.71■■□□□ 1.39
BRCA1P38398 ZNF444-201ENST00000337080 2042 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.71■■□□□ 1.39
BRCA1P38398 SYT8-202ENST00000381968 1424 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC23.71■■□□□ 1.39
BRCA1P38398 B3GNT6-202ENST00000622824 2503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.71■■□□□ 1.39
BRCA1P38398 FAM216A-201ENST00000377673 1582 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.71■■□□□ 1.39
BRCA1P38398 YPEL3-202ENST00000398841 1588 ntTSL 1 (best) BASIC23.71■■□□□ 1.39
BRCA1P38398 SLC1A6-203ENST00000544886 2420 ntTSL 1 (best) BASIC23.71■■□□□ 1.39
BRCA1P38398 TAX1BP3-202ENST00000611779 1302 ntTSL 2 BASIC23.71■■□□□ 1.39
BRCA1P38398 FEM1AP1-201ENST00000431297 1995 ntBASIC23.71■■□□□ 1.39
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 67.4 ms