Protein–RNA interactions for Protein: Q96CM3

RPUSD4, Mitochondrial RNA pseudouridine synthase RPUSD4, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 377 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
RPUSD4Q96CM3 NAA20-201ENST00000310450 920 ntTSL 2 BASIC15.44■□□□□ 0.06
RPUSD4Q96CM3 CCDC28B-201ENST00000373602 1089 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
RPUSD4Q96CM3 EIF6-203ENST00000374450 1289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
RPUSD4Q96CM3 CROT-202ENST00000412227 1213 ntTSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
RPUSD4Q96CM3 DUX4L2-201ENST00000561772 1275 ntBASIC15.44■□□□□ 0.06
RPUSD4Q96CM3 AC011511.3-201ENST00000587088 355 ntTSL 2 BASIC15.44■□□□□ 0.06
RPUSD4Q96CM3 DUX4-206ENST00000616166 1275 ntAPPRIS P2 BASIC15.44■□□□□ 0.06
RPUSD4Q96CM3 DUX4L6-201ENST00000626483 1275 ntBASIC15.44■□□□□ 0.06
RPUSD4Q96CM3 DUX4L1-201ENST00000627662 1275 ntBASIC15.44■□□□□ 0.06
RPUSD4Q96CM3 DUX4L8-201ENST00000629013 1275 ntBASIC15.44■□□□□ 0.06
RPUSD4Q96CM3 DUX4L3-201ENST00000630187 1275 ntBASIC15.44■□□□□ 0.06
RPUSD4Q96CM3 DUX4L7-201ENST00000630678 1275 ntBASIC15.44■□□□□ 0.06
RPUSD4Q96CM3 DUX4L5-201ENST00000630834 1275 ntBASIC15.44■□□□□ 0.06
RPUSD4Q96CM3 RARRES2P11-201ENST00000635158 484 ntBASIC15.44■□□□□ 0.06
RPUSD4Q96CM3 CERKL-204ENST00000374970 1392 ntTSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
RPUSD4Q96CM3 PAK4-201ENST00000321944 2555 ntTSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
RPUSD4Q96CM3 LRCH3-207ENST00000441090 2034 ntTSL 2 BASIC15.44■□□□□ 0.06
RPUSD4Q96CM3 CTBP2-202ENST00000334808 2130 ntTSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
RPUSD4Q96CM3 PTPRU-202ENST00000373779 5579 ntTSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
RPUSD4Q96CM3 CYP2A6-201ENST00000301141 1764 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
RPUSD4Q96CM3 RIIAD1-201ENST00000326413 1772 ntTSL 2 BASIC15.44■□□□□ 0.06
RPUSD4Q96CM3 KRCC1-201ENST00000347055 1753 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
RPUSD4Q96CM3 SEL1L3-202ENST00000399878 4520 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
RPUSD4Q96CM3 PPP2R2B-203ENST00000394411 2071 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.44■□□□□ 0.06
RPUSD4Q96CM3 EFCAB14-201ENST00000371933 5767 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
RPUSD4Q96CM3 HBEGF-201ENST00000230990 2386 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
RPUSD4Q96CM3 PROSER2-201ENST00000277570 3333 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
RPUSD4Q96CM3 TRMT2A-203ENST00000404751 2498 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.43■□□□□ 0.06
RPUSD4Q96CM3 HOXC9-203ENST00000508190 1505 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.43■□□□□ 0.06
RPUSD4Q96CM3 SMAGP-205ENST00000603864 1518 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.43■□□□□ 0.06
RPUSD4Q96CM3 HAUS4-205ENST00000541587 1637 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
RPUSD4Q96CM3 KCNK4-207ENST00000539216 1723 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
RPUSD4Q96CM3 PDLIM2-204ENST00000397760 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
RPUSD4Q96CM3 DUT-202ENST00000455976 1935 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
RPUSD4Q96CM3 EEF1A2-201ENST00000217182 2006 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
RPUSD4Q96CM3 PRR5-ARHGAP8-201ENST00000352766 2043 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.43■□□□□ 0.06
RPUSD4Q96CM3 ZNF487-202ENST00000437590 2111 ntTSL 2 BASIC15.43■□□□□ 0.06
RPUSD4Q96CM3 COQ10B-201ENST00000263960 2239 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
RPUSD4Q96CM3 CD55-201ENST00000314754 2220 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
RPUSD4Q96CM3 PGLYRP2-202ENST00000340880 2230 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
RPUSD4Q96CM3 HCN1-201ENST00000303230 9885 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
RPUSD4Q96CM3 KIF1BP-204ENST00000626493 2337 ntTSL 5 BASIC15.43■□□□□ 0.06
RPUSD4Q96CM3 TBXAS1-204ENST00000416849 2505 ntTSL 5 BASIC15.43■□□□□ 0.06
RPUSD4Q96CM3 NTRK1-203ENST00000392302 2609 ntTSL 5 BASIC15.43■□□□□ 0.06
RPUSD4Q96CM3 RSPO4-201ENST00000217260 2707 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
RPUSD4Q96CM3 UBE2D2-202ENST00000398733 2702 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
RPUSD4Q96CM3 VPS37B-201ENST00000267202 3028 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
RPUSD4Q96CM3 NDUFS3-201ENST00000263774 958 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
RPUSD4Q96CM3 CLPSL2-201ENST00000360454 488 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
RPUSD4Q96CM3 AP002748.1-201ENST00000504911 580 ntTSL 3 BASIC15.43■□□□□ 0.06
RPUSD4Q96CM3 YJEFN3-203ENST00000514277 995 ntTSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
RPUSD4Q96CM3 AC110285.4-201ENST00000572590 424 ntTSL 3 BASIC15.43■□□□□ 0.06
RPUSD4Q96CM3 AC104187.1-201ENST00000607510 612 ntBASIC15.43■□□□□ 0.06
RPUSD4Q96CM3 CASTOR1-201ENST00000404953 1460 ntTSL 5 BASIC15.43■□□□□ 0.06
RPUSD4Q96CM3 CHMP6-201ENST00000325167 1664 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
RPUSD4Q96CM3 ARRB2-202ENST00000346341 1769 ntTSL 2 BASIC15.43■□□□□ 0.06
RPUSD4Q96CM3 RELL2-207ENST00000521367 1780 ntTSL 5 BASIC15.43■□□□□ 0.06
RPUSD4Q96CM3 LMAN1L-201ENST00000309664 1873 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
RPUSD4Q96CM3 MAPT-205ENST00000351559 5811 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
RPUSD4Q96CM3 FIP1L1-202ENST00000337488 2198 ntTSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
RPUSD4Q96CM3 TFEB-203ENST00000358871 2188 ntTSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
RPUSD4Q96CM3 ZNF419-204ENST00000415379 2186 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.43■□□□□ 0.06
RPUSD4Q96CM3 RTEL1-204ENST00000370003 2273 ntTSL 2 BASIC15.43■□□□□ 0.06
RPUSD4Q96CM3 BLACE-201ENST00000378120 2456 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
RPUSD4Q96CM3 DOK7-201ENST00000340083 2562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
RPUSD4Q96CM3 DOK7-203ENST00000507039 2551 ntTSL 2 BASIC15.43■□□□□ 0.06
RPUSD4Q96CM3 TOM1L1-202ENST00000445275 2228 ntTSL 2 BASIC15.43■□□□□ 0.06
RPUSD4Q96CM3 STX18-201ENST00000306200 2138 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
RPUSD4Q96CM3 AC107464.1-203ENST00000468356 2120 ntTSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
RPUSD4Q96CM3 TSC22D3-205ENST00000372390 1812 ntTSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
RPUSD4Q96CM3 NMRAL1-213ENST00000574733 1719 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.43■□□□□ 0.06
RPUSD4Q96CM3 GOLGA4-212ENST00000617480 1545 ntTSL 5 BASIC15.43■□□□□ 0.06
RPUSD4Q96CM3 REPS2-201ENST00000303843 7771 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
RPUSD4Q96CM3 FAM129C-208ENST00000599164 2073 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.42■□□□□ 0.06
RPUSD4Q96CM3 GTF3C5-203ENST00000372099 1999 ntTSL 5 BASIC15.42■□□□□ 0.06
RPUSD4Q96CM3 PTPA-201ENST00000337738 2845 ntTSL 2 BASIC15.42■□□□□ 0.06
RPUSD4Q96CM3 LINC00605-201ENST00000514902 1558 ntTSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
RPUSD4Q96CM3 CDK11B-201ENST00000340677 2534 ntTSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
RPUSD4Q96CM3 APLP2-210ENST00000528499 2530 ntTSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
RPUSD4Q96CM3 KCTD20-202ENST00000373731 5619 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
RPUSD4Q96CM3 TCTA-201ENST00000273590 2146 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
RPUSD4Q96CM3 RNF208-202ENST00000392827 1135 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.42■□□□□ 0.06
RPUSD4Q96CM3 YBEY-204ENST00000397692 433 ntTSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
RPUSD4Q96CM3 AC073343.2-201ENST00000413182 548 ntTSL 4 BASIC15.42■□□□□ 0.06
RPUSD4Q96CM3 CDKN2A-205ENST00000479692 544 ntTSL 5 BASIC15.42■□□□□ 0.06
RPUSD4Q96CM3 CDKN2A-210ENST00000530628 748 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.42■□□□□ 0.06
RPUSD4Q96CM3 AP001160.3-201ENST00000601484 763 ntBASIC15.42■□□□□ 0.06
RPUSD4Q96CM3 CROCCP3-202ENST00000420820 1947 ntBASIC15.42■□□□□ 0.06
RPUSD4Q96CM3 CCDC157-201ENST00000338306 3001 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.42■□□□□ 0.06
RPUSD4Q96CM3 MFSD7-204ENST00000503156 1632 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.42■□□□□ 0.06
RPUSD4Q96CM3 ADGRB2-201ENST00000373655 5400 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
RPUSD4Q96CM3 SLC6A9-201ENST00000357730 2168 ntTSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
RPUSD4Q96CM3 ST3GAL5-202ENST00000377332 2165 ntTSL 5 BASIC15.42■□□□□ 0.06
RPUSD4Q96CM3 NOL4L-211ENST00000621426 6577 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.42■□□□□ 0.06
RPUSD4Q96CM3 LAG3-201ENST00000203629 1974 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
RPUSD4Q96CM3 CARHSP1-219ENST00000618335 2972 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC15.42■□□□□ 0.06
RPUSD4Q96CM3 SHISA4-201ENST00000362011 1341 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
RPUSD4Q96CM3 CD37-204ENST00000535669 1674 ntTSL 2 BASIC15.41■□□□□ 0.06
RPUSD4Q96CM3 WNT8B-201ENST00000343737 2112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
RPUSD4Q96CM3 ALDOA-212ENST00000564546 2104 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 89.2 ms